XLOC_010881


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010881
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 36398505 ~ 36424101 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021819
CGCAGCGCTGCTGTGTTTCCGTGTTTAGTCAGCGTCGATCATCTGACGGCTTTAGTTCCTTTAAACGGAGTTTTGGAGTATTTTTTGGGAGTATTTAATCTGTTGAAGGGAGAGTTTAGGGTCCAGACATAAAGTCAACAGTGTTCTGCTGTTTAAAGCGTACAATTCTTCACATTATGGGGCAGTTTCTTGTGTTTTGGTCGACCTTCCTGCTGATGTGCGTCGCGTTCAGTTTTTCTGAATcagaatcaacaacaacacaacaaccTACAACTGCTCCACCTGTGCGCAAACGTACATTTTCATCTGCATCTGCTTCCTTTATTTTCATCCCATATTTCTAttccattgagCATGCAACACTCTGACTTCCTGTGAGACCTGCCTCGCCAACGTCTCGTGAAATGTCTGCTTACTCAAAGATGCACATCTTTCTTCCACCTTTGGAACTTCCGGTCACCAATCTCCATCTCGACAACAGCACAGAGCAGCAACTGTAGAAGAGTGACGGGACACTGACCTGAGCGGCTGTTCTCATCGCTGGACGTCTCTGCTGCTTTGATGCGTTTCCGCAGAGCGTATGGTTTGACTCCATCAGAATCACTCTGCAAATCATCATCCGCTTTCCTCTTCACTCCTCTTCCTCCTGATGTGGATTACAGtcaataatgaattattaataatcgATTATTTCAATATTGCCATTTATTTTACTCTGGGATTCAACAAATGGCAGCAGTGCTCCAGTTTTCCAGTCATTAAGAGTGGACTGACCTGAGCTGGACGCCTCTGTGTCGGCGTCTACACTTGTTTTCTCCAGCTCAGCAACTCTGATGCGTTTCCGGTGGGCAGATGGTTTACCTCCACCAGAAACACTCTGAAAAGCATCATCTGCTTTCCGCTTCACTCCTCTTCCTCCTAATGTGGATGACAacacaatgaacaatacactCCTAATCTTaagaatcatttattttttatgccaGTAATGAAGCTTTTTCACGTTTgttttcaactctgaaaactggactgacacagtttcaatttactacaacttctatgttaagctgctttgacacaatctacattgtagaaaatagtttggactgtgggggaacccatgccaacatggggagaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgacccagccgaggttcaaaccagcgaccttctatcTGTGAGGAGAACATGCTACCCACAGCACCACCGCGTCGCcctatttgaatgatttttttggcACAAATAAAAGTGGATAATTTTCACACATACCGTGTATTTCTGCCATTGCTTTAGCAGCTAACTGATTAAAATACTTTGCAGCTTGCCTCTGTATTATGAATTTTAAGTGATGAAACTGTAGAAAAGTGTGATTCTGTAACGGGAGACTGACCTGAGCTGCTGTTCTCATCGCTGGACGTCTCAGCAGCTCTGATGCGTTTCCGCAGTGCATAAGGTTTACCTTCACCTAAAACACTGTGAAAATCATCATCCGCTTTCCTCTTCACTCCTCTTCCTCCTGATGTGGATTACAGtcaataatgaattattaataatcgATTATTTCATTAATTGGCATTTATTTTACTCTGGGATTTAACGAATGGCAGCAGTGCTCcagttttccagtatttctccagTCATAAAGAGTGGACTGACCTGAGCTGGACGCCTCTGTGTCGGCGTCCACTCTTGTGTTCTCCAGCTCAGCAACTTTGATGCGTTTGCGCAGTGCATAAGGTTTACCTTCACCTAAAACACTGTGAAAATCATCATCCGCTTTCCGCTTCACTCCTCTTCCTCCTAATGTGGATGACAacacaatgaacaatacactCTTCAGAATATAAAGATTGAGAAAATCCCCTTTAAAGTGCCCGAATTAAGTTCAAATCAACATCTGAGTTCTGACATGTTTACAGTAGAAAGTGTTCAACTTGATGGAGCATgatcataatataatattgtattgattTTGGCCATAATAGATAAATCAATCACTTTGATCCAGACACTGTATTGTTGCCTAGTGGCCAAAATCTCCGCATGCTCACTGGATTTAGCAGCTAACTGAGTGAAACACTTTGCACCCTGCTTCATGTTTCAGAATCTTCAGTGGTGATAAATGTATGGTGCTGAAGCTGTACAAGTTTTGATGGAGACACACCTGAGCTGGTTTTCTCTTGATAGCTGCTCATCTCTGTGTCTCTTGTGTTCTCCAGCTCTGCAACTCTGATGCGTTTCCGCAGAGCGTATGGTTTGCCTTCAcctaaaatactgtgaaaatcatCCTCCGCTTTCCTCTTCACTCCTCTTCCTCCTACTGTGGATTAAAACACAACGAACAATAAACTCTAAATCTCAATCTTgatttttattgtcaatatttcattaaaaaatcctAACATTGAGAAAAAATCCCCTTTTAAATAGTCAAATGAAGTTCTTAGCGGTGCAGATTATAAATATCAAACACTCAGATTTACAGCAGCAAGTTTGTAAATAATTTCATGCTTCTGTCATatttcaggcccgtagccagagTGTGGGGGGAGGGGATAGAACAGAATTTGTCCTATACATAacctcatttgtcctattttggctCCTacaccatcataaattgtgaaaataacctgTTGAAAAAAGCCGAATCATCTGTTGACGTCAcatcagtgtgacttcagctaatcagtatGCAAACTAATATTTTTCATGAGTCAAACATCCTCATCCAGCAAGACAACATACAATATGAcaaaagtgaagtcatctttcactacaagTAGCCCAACGTTTATTctgaatcttggaccttattcttgaagaagaaaaaaaacactatgaAGGTTTTGAAGCCAAAAGCGGCCCATGTTCAAggtaatattaatactaattggGCTATTTTTGTTATCCATAAACCTTCAAAAAGTGAAGCtctgcattattaatattattgttttagaaGGAtgaattctgactgaggaaagttcaATGTGCTTGCCAGTTTATTTTCTCATTAAATGACAAAAGAccacaatttttttcatttaaaactttaactcttttttttaaattatatatgatATCCTCTTAAGGGCCAAGAtgatttttacatgcatttttttatttctatttgctatttgggcttattggaacctaagtagaataaaaatctaagtatcatcttttgatatgatgtacttttagagaaacatggtgtccatatatgtggactcgtggtctgaatttacataaaacccTTTCCTGAATGTTTTtgaatgcatatataacatagcAACATGACTACCAGAGGGTAAAAACAaatttttcccccatttctgAAAGTTCAGaatagggtttgggacatttcatatgctgaaaacagttgcaggatgacaatGTATGCctgtaagaaaatataaaacattcaaagtattttaaatagccacttaagagcttaAATGTGccgtccacatatgtggacactcCAGCCCCAGGAGgttataataatttgtatttttaaaataagttttttttcatatttcttaattctttatatttagcaaacagtttttttttggtATCTTAAAGTGCTATTATGATGACCATCCatcaagctaatccagctaaaagcagtgcttaaaatgtcactaaaatgcagtattataatatcattattaaGAGAAACATAAGGCGAATAAAtacaaaaaggtccacatttttttttagaaaaagaagCCCTATTTCCCCCCAGGCTGGCTACACGCCTGTATATCATTATATATTCGTTAGGAAGAGTTTGACTCTGACTCAAGTAAGAGTTAGTAGGTTATCTGCATTTTACTCTGGTGTTTATTGTATTAAATAGACTGATGTTGTTCACTAAAACACTGAATCTGCATTTATATTCACTATGCTCTGAAAACACCTCTGTGTACCGTCAGGTTATCGAGTTATGATCGCCATATTTCGGCTAAACAGCAGCGCCGGGATAACAGACACCTGAACGTACACACAAATGGGTTAAAGCTACTGTCAGACGGGCTTACGGCAGTGTATGATTGTatttattaatccaaaataaGTACACaagttattttacagtgtaaaagtaGAGTTTTAGTATCAAAAATTGACATATAAAACAGGCAAATACGAAACACATGTGTTCTTAGTGTCTGGACTTACCCGTCAAAGTCTTACAACTTTCCATTTCCGCTAGAATCTCGAAAGGTCTTGTAGACATCTTCTGAAATCGCTCAACTGTTTTGCTCGATGTGTTTATCGACCGAGACTCGGAACAACTTTTACAATCAACCTTCATTTCTTGTTCCAGCAGATTACTGAAGCTGAGTTTGCGCGCGCCTGCAGACCCTCTACAACCGTTAGAACGCGTTCTGCTGTTGCCAAGCAACGAGTCGTCTTTCGCGAGGGTCTGTGACCTTTACCCTATAAAGCAGCGCGTATTATCTTTAATACACAAGTTTATAAGATCTGTATATTATAAACCTGAGCATTCGTTTGATTGAAAGCCTGCTGTATATACTTTGATACGTGTATtttgccctcttgtggattttaaTGACACTGCAGGCAGTGGAAGAGCTTTTTTGACCTTTCCAAAATGTCCGCGCTCATTGAGTTGCTCGCATGCATTTTGGCTGGAAACTGTTCGCTAAATTCAAGATGTTATAGTAAGAATACAACTGTAAATGTTActaattgtattaaataaaggTTTTCTTGATTGAAACTAAGCATAATTACTTAATAATTCATTCTTTATGTTACAAATAAATTATGTTGAAAATGCAGATTTGACCCAACAGGTGTAAAAGGTGCATTATTCAATCCCGAACAGTCATGTCAGATTCGTGTAATGTCATCTATACAATCCATACCTACTACAATGCAAACACAGAACatttgaatgattaaatgaatctaATTAGTGACATTAAATGGCATCTTAAAATA
>TCONS_00021818
CGCAGCGCTGCTGTGTTTCCGTGTTTAGTCAGCGTCGATCATCTGACGGCTTTAGTTCCTTTAAACGGAGTTTTGGAGTATTTTTTGGGAGTATTTAATCTGTTGAAGGGAGAGTTTAGGGTCCAGACATAAAGTCAACAGTGTTCTGCTGTTTAAAGCGTACAATTCTTCACATTATGGGGCAGTTTCTTGTGTTTTGGTCGACCTTCCTGCTGATGTGCGTCGCGTTCAGTTTTTCTGAATcagaatcaacaacaacacaacaaccTACAACTGCTCCACCTGTGCGCAAACCATGCAACACTCTGACTTCCTGTGAGACCTGCCTCGCCAACGTCTCGTGAAATGTCTGCTTACTCAAAGATGCACATCTTTCTTCCACCTTTGGAACTTCCGGTCACCAATCTCCATCTCGACAACAGCACAGAGCAGCAACTGTAGAAGAGTGACGGGACACTGACCTGAGCGGCTGTTCTCATCGCTGGACGTCTCTGCTGCTTTGATGCGTTTCCGCAGAGCGTATGGTTTGACTCCATCAGAATCACTCTGCAAATCATCATCCGCTTTCCTCTTCACTCCTCTTCCTCCTGATGTGGATTACAGtcaataatgaattattaataatcgATTATTTCAATATTGCCATTTATTTTACTCTGGGATTCAACAAATGGCAGCAGTGCTCCAGTTTTCCAGTCATTAAGAGTGGACTGACCTGAGCTGGACGCCTCTGTGTCGGCGTCTACACTTGTTTTCTCCAGCTCAGCAACTCTGATGCGTTTCCGGTGGGCAGATGGTTTACCTCCACCAGAAACACTCTGAAAAGCATCATCTGCTTTCCGCTTCACTCCTCTTCCTCCTAATGTGGATGACAacacaatgaacaatacactCCTAATCTTaagaatcatttattttttatgccaGTAATGAAGCTTTTTCACGTTTgttttcaactctgaaaactggactgacacagtttcaatttactacaacttctatgttaagctgctttgacacaatctacattgtagaaaatagtttggactgtgggggaacccatgccaacatggggagaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgacccagccgaggttcaaaccagcgaccttctatcTGTGAGGAGAACATGCTACCCACAGCACCACCGCGTCGCcctatttgaatgatttttttggcACAAATAAAAGTGGATAATTTTCACACATACCGTGTATTTCTGCCATTGCTTTAGCAGCTAACTGATTAAAATACTTTGCAGCTTGCCTCTGTATTATGAATTTTAAGTGATGAAACTGTAGAAAAGTGTGATTCTGTAACGGGAGACTGACCTGAGCTGCTGTTCTCATCGCTGGACGTCTCAGCAGCTCTGATGCGTTTCCGCAGTGCATAAGGTTTACCTTCACCTAAAACACTGTGAAAATCATCATCCGCTTTCCTCTTCACTCCTCTTCCTCCTGATGTGGATTACAGtcaataatgaattattaataatcgATTATTTCATTAATTGGCATTTATTTTACTCTGGGATTTAACGAATGGCAGCAGTGCTCcagttttccagtatttctccagTCATAAAGAGTGGACTGACCTGAGCTGGACGCCTCTGTGTCGGCGTCCACTCTTGTGTTCTCCAGCTCAGCAACTTTGATGCGTTTGCGCAGTGCATAAGGTTTACCTTCACCTAAAACACTGTGAAAATCATCATCCGCTTTCCGCTTCACTCCTCTTCCTCCTAATGTGGATGACAacacaatgaacaatacactCTTCAGAATATAAAGATTGAGAAAATCCCCTTTAAAGTGCCCGAATTAAGTTCAAATCAACATCTGAGTTCTGACATGTTTACAGTAGAAAGTGTTCAACTTGATGGAGCATgatcataatataatattgtattgattTTGGCCATAATAGATAAATCAATCACTTTGATCCAGACACTGTATTGTTGCCTAGTGGCCAAAATCTCCGCATGCTCACTGGATTTAGCAGCTAACTGAGTGAAACACTTTGCACCCTGCTTCATGTTTCAGAATCTTCAGTGGTGATAAATGTATGGTGCTGAAGCTGTACAAGTTTTGATGGAGACACACCTGAGCTGGTTTTCTCTTGATAGCTGCTCATCTCTGTGTCTCTTGTGTTCTCCAGCTCTGCAACTCTGATGCGTTTCCGCAGAGCGTATGGTTTGCCTTCAcctaaaatactgtgaaaatcatCCTCCGCTTTCCTCTTCACTCCTCTTCCTCCTACTGTGGATTAAAACACAACGAACAATAAACTCTAAATCTCAATCTTgatttttattgtcaatatttcattaaaaaatcctAACATTGAGAAAAAATCCCCTTTTAAATAGTCAAATGAAGTTCTTAGCGGTGCAGATTATAAATATCAAACACTCAGATTTACAGCAGCAAGTTTGTAAATAATTTCATGCTTCTGTCATatttcaggcccgtagccagagTGTGGGGGGAGGGGATAGAACAGAATTTGTCCTATACATAacctcatttgtcctattttggctCCTacaccatcataaattgtgaaaataacctgTTGAAAAAAGCCGAATCATCTGTTGACGTCAcatcagtgtgacttcagctaatcagtatGCAAACTAATATTTTTCATGAGTCAAACATCCTCATCCAGCAAGACAACATACAATATGAcaaaagtgaagtcatctttcactacaagTAGCCCAACGTTTATTctgaatcttggaccttattcttgaagaagaaaaaaaacactatgaAGGTTTTGAAGCCAAAAGCGGCCCATGTTCAAggtaatattaatactaattggGCTATTTTTGTTATCCATAAACCTTCAAAAAGTGAAGCtctgcattattaatattattgttttagaaGGAtgaattctgactgaggaaagttcaATGTGCTTGCCAGTTTATTTTCTCATTAAATGACAAAAGAccacaatttttttcatttaaaactttaactcttttttttaaattatatatgatATCCTCTTAAGGGCCAAGAtgatttttacatgcatttttttatttctatttgctatttgggcttattggaacctaagtagaataaaaatctaagtatcatcttttgatatgatgtacttttagagaaacatggtgtccatatatgtggactcgtggtctgaatttacataaaacccTTTCCTGAATGTTTTtgaatgcatatataacatagcAACATGACTACCAGAGGGTAAAAACAaatttttcccccatttctgAAAGTTCAGaatagggtttgggacatttcatatgctgaaaacagttgcaggatgacaatGTATGCctgtaagaaaatataaaacattcaaagtattttaaatagccacttaagagcttaAATGTGccgtccacatatgtggacactcCAGCCCCAGGAGgttataataatttgtatttttaaaataagttttttttcatatttcttaattctttatatttagcaaacagtttttttttggtATCTTAAAGTGCTATTATGATGACCATCCatcaagctaatccagctaaaagcagtgcttaaaatgtcactaaaatgcagtattataatatcattattaaGAGAAACATAAGGCGAATAAAtacaaaaaggtccacatttttttttagaaaaagaagCCCTATTTCCCCCCAGGCTGGCTACACGCCTGTATATCATTATATATTCGTTAGGAAGAGTTTGACTCTGACTCAAGTAAGAGTTAGTAGGTTATCTGCATTTTACTCTGGTGTTTATTGTATTAAATAGACTGATGTTGTTCACTAAAACACTGAATCTGCATTTATATTCACTATGCTCTGAAAACACCTCTGTGTACCGTCAGGTTATCGAGTTATGATCGCCATATTTCGGCTAAACAGCAGCGCCGGGATAACAGACACCTGAACGTACACACAAATGGGTTAAAGCTACTGTCAGACGGGCTTACGGCAGTGTATGATTGTatttattaatccaaaataaGTACACaagttattttacagtgtaaaagtaGAGTTTTAGTATCAAAAATTGACATATAAAACAGGCAAATACGAAACACATGTGTTCTTAGTGTCTGGACTTACCCGTCAAAGTCTTACAACTTTCCATTTCCGCTAGAATCTCGAAAGGTCTTGTAGACATCTTCTGAAATCGCTCAACTGTTTTGCTCGATGTGTTTATCGACCGAGACTCGGAACAACTTTTACAATCAACCTTCATTTCTTGTTCCAGCAGATTACTGAAGCTGAGTTTGCGCGCGCCTGCAGACCCTCTACAACCGTTAGAACGCGTTCTGCTGTTGCCAAGCAACGAGTCGTCTTTCGCGAGGGTCTGTGACCTTTACCCTATAAAGCAGCGCGTATTATCTTTAATACACAAGTTTATAAGATCTGTATATTATAAACCTGAGCATTCGTTTGATTGAAAGCCTGCTGTATATACTTTGATACGTGTATtttgccctcttgtggattttaaTGACACTGCAGGCAGTGGAAGAGCTTTTTTGACCTTTCCAAAATGTCCGCGCTCATTGAGTTGCTCGCATGCATTTTGGCTGGAAACTGTTCGCTAAATTCAAGATGTTATAGTAAGAATACAACTGTAAATGTTActaattgtattaaataaaggTTTTCTTGATTGAAACTAAGCATAATTACTTAATAATTCATTCTTTATGTTACAAATAAATTATGTTGAAAATGCAGATTTGACCCAACAGGTGTAAAAGGTGCATTATTCAATCCCGAACAGTCATGTCAGATTCGTGTAATGTCATCTATACAATCCATACCTACTACAATGCAAACACAGAACatttgaatgattaaatgaatctaATTAGTGACATTAAATGGCATCTTAAAATA

Function

GO:

id name namespace
GO:0090085 regulation of protein deubiquitination biological_process
GO:0008033 tRNA processing biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko04623 Cytosolic DNA-sensing pathway
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021819 False 5003 lncRNA 0.38 4 36398505 36424101
TCONS_00021818 True 4944 lncRNA 0.38 4 36398505 36424101

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010880 capn7 coding downstream 201805 36167907 ~ 36196700 (-)
XLOC_010879 mrps15 coding downstream 279991 36095582 ~ 36118514 (-)
XLOC_010878 stk40 coding downstream 304729 36038130 ~ 36093776 (-)
XLOC_010877 NA coding downstream 376661 36021296 ~ 36021844 (-)
XLOC_010876 eva1ba coding downstream 423251 35944222 ~ 35975254 (-)
XLOC_010882 NA coding upstream 37536 36461637 ~ 36465645 (-)
XLOC_010883 NA coding upstream 67416 36491517 ~ 36491840 (-)
XLOC_010884 NA coding upstream 83388 36507489 ~ 36570467 (-)
XLOC_010885 NA coding upstream 154394 36578495 ~ 36610636 (-)
XLOC_010886 NA coding upstream 156342 36580443 ~ 36599740 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc downstream 15503330 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_010875 AL773558.1 non-coding downstream 573797 35821321 ~ 35824708 (-)
XLOC_010874 NA non-coding downstream 736953 35659889 ~ 35661552 (-)
XLOC_010868 NA non-coding downstream 1068504 34915567 ~ 35330001 (-)
XLOC_010869 BX004992.1 non-coding downstream 1303545 35094846 ~ 35094960 (-)

Expression


Co-expression Network