XLOC_010993


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010993
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 44180775 ~ 44295549 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00022230
TAACTATGCTTCCACTGTCATGACCCTGACCATTATGTGctccaGTGAAAAGAAGGAAGACGTTCATATGGTTGAGAGCTGCGTGTTTGCTGACGGCTCTCCTGATGCCGCTGTGTTCGTCTCCAGGAGGATTAGACACTTCCTGAATTACATGTTGGAGGATTGTTCACATCTGAGCGCTCTCATGTTCCTTAGACGgcAGACTTTATCAGAACTGGCCACTAATTAACAGAAATCGCAGTAACTATTGCATAGAGGGATCTTGTTAAATTGAAAAGCGGAGTGATCAGGGTGGCAAAGTGCTAATTAAGCTCCAAATGGGGGGGCTGCATCAACAGAGCACAGGGATGATCCTCCGCTGTCTGTTTACATCGCTGCAGTGCATTCTGGGAGGTCACCCCGCAACCTGGGGCAGGCATGCTGTTTCACTGGatagaggaggaaaaaaaagcaTGCAGAGGAGCAGCGGGTCAGAAAGACCAGACTCATTTCACACAGAGAGAAGAAGTCAGGTGGTTCCAGGTGCGCCATTCGCCCCTCAGGCAGGGAACGTTGCCCCCCCCCCTCACCCCCACCTTGTAGTGCCTGAACCTGGGCAGAATCGGGTGGCAGCCTCCCATTTGTTAAATGCTTCACGAGGTGACTGGTGCTCCTCTGCCCGAGCTGAGAGGACAGATGGAGAGGCCACGGAACGTTCTGGAGAGCCGATGGTAATTACGAGCCAGTAGCAGAGCCGGTGGCGTCCACAGGGAGCAGGCCTGAGCGGAGCTGTTTGAGTGCTGAAaagggggctgtttttgccctttGGCTGCTCATGCTGTTGCTCTGCGCGGTGGGCTCGTGTTGGGACTGCCGTCGATGCACATTTCTTCATCTTCACCTCAGCCAGACACAAACTCCGTCGTCGCCACGGCCTAATCCGCTTTGCGTCTCATATCCTCCAATGTACGCAACGAGCTctggataaactggtaacagcgagaaAGCCGTCCATAATGGAGGCGTCGTTTCTGTTCCTGCCCAACGTGTGTGTGAGCTGAACAAAAGCTGAGCTTGTTTACGTCAGGGTAATTGGTCATGGACGGGTCATTACCTGCAGCGAGAAAGCGGAGACGAAATGAAAAGTGTAGCGACAATTGGTCCATCTGACTGACTGATCAGGTAATTTATGAGCCAACATGTGAAAACACtttattatttagcttttattatttttattttttgctaataaataattacatgtaATGTACATGTACTCACACATGTTATTAAATATTCCCTgtactggtttgtggctggaagggcatccactgcgtataaCTAGTGTGTCCTCTGAGTCCTAGAAAATCTCAAAAGCAAACTTTTAGTctgtaaaaagtcttaaatctacataaatattgtgttgtaggtcttaaatcttttttaacgaATCTTAAATTTCCTTTGTTCaagtatagctacccaatctggccattaacacccatacaatcaccaacaatccatctcaatcaAACTTAACCTTTTGTTTACAATTAGCAGTTAGTTACTTtatttacagtaacatttgcttaaaagttttttatttattaactgttgAGGATACTGACTTGACctaaattattttttcttattaaattattattattgtattattaaatctattaaattGTAATGATTTTTTGATTGGGCAaatgaaaatcttttccaactgggataTTCGAAAAAAATCCTtggcatttagccctgtatatgtttaaaatgtcattcataatagttttaaaatttcttaaaagtcttaattttaacttgcagaaaccctgataacatatgctggaatagttggcggttcattctgctgtggcgacccctgataaataagggactaagccaaagaaaaattaatacattaatgttataaaccaggggtgtccaaactccgaccggtgtcctgctaagtttagttcaaaccccaatcagacacacctaagctagctaatcaagctcttacta
>TCONS_00022231
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>TCONS_00022232
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>TCONS_00022233
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>TCONS_00021481
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>TCONS_00022234
CTGGTAAAATTACAGACTGGATCATGAATGAAGACGAACCCGAGGCCTTTAACTATGCTTCCACTGTCATGACCCTGACCATTATGTGGCTGCGTGTTTGCTGACGGCTCTCCTGATGCCGCTGTGTTCGTCTCCAGGAGGATTAGACACTTCCTGAATTACATGTTGGAGGATTGTTCACATCTGAGCGCTCTCATGTTCCTTAGACGgcAGACTTTATCAGAACTGGCCACTAATTAACAGAAATCGCAGTAACTATTGCATAGAGGGATCTTGTTAAATTGAAAAGCGGAGTGATCAGGGTGGCAAAGTGCTAATTAAGCTCCAAATGGGGGGGCTGCATCAACAGAGCACAGGGATGATCCTCCGCTGTCTGTTTACATCGCTGCAGTGCATTCTGGGAGGTCACCCCGCAACCTGGGGCAGGCATGCTGTTTCACTGGatagaggaggaaaaaaaagcaTGCAGAGGAGCAGCGGGTCAGAAAGACCAGACTCATTTCACACAGAGAGAAGAAGTCAGGCCGTCAGATATGAAGAACTGTCCCTGCGTCTCAACTCACAGATCAGAGGCTTTTCCACTGGCCTGTACTTACTTTTCCTGCATTAAAACAGGCCTGACAAAACTTTCCCAAAGCTTTCTGATGGCGTTCAGCATTCGCCTTGGGGGAAATAACAAGCTGCTTGCTTACTTCGTGACCAAATCCCTGAGGTAGAAAAATCAATATCAACTAACCAGGAGGAATAGTTCGATTTTAAGttaaaatatgtacagttgaagtcagaattattagcttcccttagatttttttttctttttaaaatattttccaaataatgtttaacagag
>TCONS_00021482
ATGGGGGGGCTGCATCAACAGAGCACAGGGATGATCCTCCGCTGTCTGTTTACATCGCTGCAGTGCATTCTGGGAGGTCACCCCGCAACCTGGGGCAGGCATGCTGTTTCACTGGatagaggaggaaaaaaaagcaTGCAGAGGAGCAGCGGGTCAGAAAGACCAGACTCATTTCACACAGAGAGAAGAAGTCAGGCCGTCAGATATGAAGAACTGTCCCTGCGTCTCAACTCACAGATCAGAGGCTTTTCCACTGGCCTGTACTTACTTTTCCTGCATTAAAACAGGCCTGACAAAACTTTCCCAAAGCTTTCTGATGGCGTTCAGCATTCGCCTTGGGGGAAATAACAAGCTGCTTGC
>TCONS_00021483
ATGGGGGGGCTGCATCAACAGAGCACAGGGATGATCCTCCGCTGTCTGTTTACATCGCTGCAGTGCATTCTGGGAGGTCACCCCGCAACCTGGGGCAGGCATGCTGTTTCACTGGatagaggaggaaaaaaaagcaTGCAGAGGAGCAGCGGGTCAGAAAGACCAGACTCATTTCACACAGAGAGAAGAAGTCAGACAGTGCCATCTTAAGGAGTAAAGGTGAAGTGAGG
>TCONS_00022235
ACTGAATGGACGTAAATGTGTATAGGCCTACTTCATCAGGTAAAATGGCGATTTCTCATTACACTGGTAAAATTACAGACTGGATCATGAATGAAGACGAACCCGAGGCCTTTAACTATGCTTCCACTGTCATGACCCTGACCATTATGTGctccaGTGAAAAGAAGGAAGACGTTCATATGGTTGAGAATGTTGGAGGATTGTTCACATCTGAGCGCTCTCATGTTCCTTAGACGgcAGACTTTATCAGAACTGGCCACTAATTAACAGAAATCGCAGTAACTATTGCATAGAGGGATCTTGTTAAATTGAAAAGCGGAGTGATCAGGGTGGCAAAGTGCTAATTAAGCTCCAAATGGGGGGGCTGCATCAACAGAGCACAGGGATGATCCTCCGCTGTCTGTTTACATCGCTGCAGTGCATTCTGGGAGGTCACCCCGCAACCTGGGGCAGGCATGCTGTTTCACTGGatagaggaggaaaaaaaagcaTGTAAGACAGATAAAAACAGCACTTCTAAATCCCTTTGGCTCTGTGTTTACAGACACAGGCGGCTTTATCTGCTCTAATGTCATCAACATTTACAGCAGGAAACTTTATTTGTACGAACGGAAGCATTTGCACATGTTATGAGAGAGGTAGGTAATTTATCACTACGCACAGTTTATCTATTagttaattgttaaaaaaatatatctataaaggg
>TCONS_00022236
GCTGatctgagcgtgcagttgggtctcctTACCTGCCACTTCACCCAAcacaacagcaggtggcactgtctgagaaaacgAAAGGTCTGGAGAACAAGTCTGAGctctgagcgtgcagttgggtctctGGGCCTGCAGCTTCACCTTACAACTGTAGCTGGCAGAAGAACCTATTTGTTTTTGCTGGGAAAGCAGAGAGCCGTCGCAAACATTTGAATATGCCTATTTTTAACTTGCATATACAATTTTCacatctaaaatgctttaaaaactaGATTAATATGTTCTAAACTGCGAAAGAGATTATAAACGTCGTTCAATTACATCCTCAAATGTTAGTCTTGGGTAATCTGTCGTCCAGCAGATGGCGGCGTTAACCTATTTGTGTTCATTGTGCTGTTCTGTGTTGTGTTGGGCTGAGAAAAGTGGTTAGGCCTACCAGCCTACACGAAATATTTTCAACGGATTTACAGTATCTGTCCCTGACTGTCGTGATGTTTGCATGGAAGAGCCTAATGCAGATATGAACCACACTTTTCCTGTTTTTCTCAAGTCAAATCTAAAAAGCATTGCTGATATATTCGCACTGGTCTGTGACAAGACTTGTTTATGTGACCAGAACACGTGCTTCAGCAGGTAAAGACTGAATGGACGTAAATGTGTATAGGCCTACTTCATCAGctccaGTGAAAAGAAGGAAGACGTTCATATGGTTGAGATATGGTGGTGTTGTTCACGTCTGCGCATCTTATAAATTCAATCACTGACACGACTTGAAGGCAGTAAAAGCGAG
>TCONS_00021484
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>TCONS_00021485
gtggcactgtctgagaaaacgAAAGGTCTGGAGAACAAGTCTGAGctctgagcgtgcagttgggtctctGGGCCTGCAGCTTCACCTTACAACTGTAGCTGGCAGAAGAACCTATTTGTTTTTGCTGGGAAAGCAGAGAGCCGTCGCAAACATTTGAATATGCCTATTTTTAACTTGCATATACAATTTTCacatctaaaatgctttaaaaactaGATTAATATGTTCTAAACTGCGAAAGAGATTATAAACGTCGTTCAATTACATCCTCAAATGTTAGTCTTGGGTAATCTGTCGTCCAGCAGATGGCGGCGTTAACCTATTTGTGTTCATTGTGCTGTTCTGTGTTGTGTTGGGCTGAGAAAAGTGGTTAGGCCTACCAGCCTACACGAAATATTTTCAACGGATTTACAGTATCTGTCCCTGACTGTCGTGATGTTTGCATGGAAGAGCCTAATGCAGATATGAACCACACTTTTCCTGTTTTTCTCAAGTCAAATCTAAAAAGCATTGCTGATATATTCGCACTGGTCTGTGACAAGACTTGTTTATGTGACCAGAACACGTGCTTCAGCAGctccaGTGAAAAGAAGGAAGACGTTCATATGGTTGAGAGTAAGTAGAtgagatttttcatttttcagtgaACTGTATATGCtaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117528 ENSDARG00000117800

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00022230 False 2010 lncRNA 0.43 10 44180775 44289374
TCONS_00022231 False 2021 lncRNA 0.44 9 44180775 44289423
TCONS_00022232 False 1492 lncRNA 0.49 9 44185042 44233687
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TCONS_00022234 False 850 lncRNA 0.45 7 44190701 44289423
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TCONS_00022235 False 706 lncRNA 0.42 6 44221219 44294614
TCONS_00022236 False 793 lncRNA 0.43 4 44222299 44295549
TCONS_00021484 False 807 lncRNA 0.44 3 44224076 44295490
TCONS_00021485 True 661 lncRNA 0.41 2 44257469 44295490

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010992 NA coding downstream 20910 44154484 ~ 44159865 (-)
XLOC_010991 zfpm2a coding downstream 53388 43818896 ~ 44127387 (-)
XLOC_010988 oxr1a coding downstream 438432 43417632 ~ 43742343 (-)
XLOC_010990 LO017721.1 coding downstream 501164 43679267 ~ 43679611 (-)
XLOC_010989 LO018541.1 coding downstream 625196 43555464 ~ 43555579 (-)
XLOC_010994 rims2a coding upstream 43256 44338805 ~ 44399335 (-)
XLOC_010995 NA coding upstream 139904 44435453 ~ 44649053 (-)
XLOC_010996 dcaf13 coding upstream 357717 44653266 ~ 44673851 (-)
XLOC_010997 si:ch211-151m7.6 coding upstream 384110 44679659 ~ 44709832 (-)
XLOC_010998 zmp:0000000951 coding upstream 459250 44754799 ~ 44763813 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc downstream 23285600 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_010987 NA non-coding downstream 811904 43358925 ~ 43368871 (-)
XLOC_010981 NA non-coding downstream 1056548 43119113 ~ 43124227 (-)
XLOC_011004 NA non-coding upstream 717365 45012914 ~ 45014480 (-)
XLOC_011005 BX511252.1 non-coding upstream 722875 45018424 ~ 45018540 (-)
XLOC_011010 FP085399.2 non-coding upstream 809064 45104613 ~ 45106574 (-)
XLOC_011011 FP085399.3 non-coding upstream 835372 45130921 ~ 45134479 (-)
XLOC_011012 FP085399.5 non-coding upstream 845309 45140858 ~ 45144372 (-)

Expression


Co-expression Network