XLOC_011050 (LO017849.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_011050
gene name LO017849.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 47348766 ~ 47381652 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021563
ATGGATGGTTGCTGGCATGTTTTTCTcattttttgctttcttttctttCAGATTTCTCCACACTTATTACTCTTCTGTGGGATATTgcttggttttgtgtttgttcagCAGCTCGTATATTTAAGGATTGAAGGCAGAACGTTAACACCTGCTCATATTCTTTCCTCTCACGCCAAGAGTCATGCATGGAACAAGAAagCTGATCTGGTGCAGTCTCTGTATCCTCGTGTTCGTGTGTTATGCTGGATCATGACGAGGCCTGAAAACCTGCAGAAGCGTCTCCAGCATGTGAATGCCACCTGGGCTCAACACTGTAACTTGGTGCTGTACATGAGCTCGCAATCCTCAGATTTCCCCACAGTAGGTCTAAACGTCAGCGAGGGTCGATCGCAGCTCTACTGGAAGACCATCCGAGCCTTTCAGCACATCCAAAAACACCACCTCCAACACGCCGACTGGTTTCTCAAAGCCGATGACGACACCTTTGTGGTGCTGGAAAACCTCAGATACCTACTCTCCCAGCACGACACCGAAAAACCTCTTTATTTCGGACACAAATTTCGTCCGTTTGTGCGGCAGGGATACATGAGCGGTGGAGCCGGGTATGTTTTGAGCCGAGAGGCGCTCAGGAGATTTGTGCAAGGATTCGTGACGGGACGCTGCACTCATTTCAGCTCTCTGGAGGACATGGCATTGGGCCGCTGCATGGAGATTATGGGAGTGAAGGCTGTGGATACTAGAGATGCCAATCTGAGGGAAACATTTAATCCGTTCTGGCCTGATAAACACCTCATTCACAAGGATAATACAAAGAAACAGGACTCGTTGTACAGTTACTATAAAACCAAACTGGGCCCGGAGTGCTGTTCGGATTTTGTGATTTCTTTTCATTATCTGAGAGCTGCAGACATGTACATGCTGGAGTATTATACGTATCACCTGCGACCATTCGGATACAAGTACAGATTCAACCCTCATCATCACCAAAACAACACCATTGAGATTAACCAGACAAACACACAATAG
>TCONS_00021564
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>TCONS_00021565
CGTTTATCCAAAACTAtaaaagtgaaacaatgtagGAAAACTCGATTTCCTCATCGGACGCGTCCACAAACAGCGTTATACTTCACACGCCACGTGTTCACGAACAAAGAAATGCACATTTGCATCTGAAACCATGTTTTATTGTCGatttctgctttatttttatcTGCTGTATTTCGGCGCGTCGTTTCGCGTTATAGCCGCGTCTTCTCAAGGAAACGACAAAGCGCCGAAAAATCTACATTTAGTGAAGCGAAACGCAATTAAAACCAGGCCCAGCGATGCTCTTGGAGGGCTTGAACCCGGTGATCCCGCTCCTGCATTTCAGGTGCACACTCTGGACGGAATGTTTGTTTACAGTCCTCGGAATGAGTCAGGGCGCGCGCTCATCGTGCACGCGTTCACCAATAAATCCGCTTTCCTCGAGTGTTTGTGGACGTGGAGCGAGTCTCTGTCGGACCTGCTGGATTACCTGCCGTCCAGCACTGAAGTTTTAATGCTGTCCATGGATGAGACTGCTGAACAGGACGCCCTCTGGATGAGGGAACAGGTGTACAGAGCCGCTGCTCACAGAGGAAAGGAGATTTTATCCAGACTGCATTTCTCCCCAACGCATGTGTACAATCTTGGAAACTGGATACCTAGAGTTCTGTACTCATGGGGATGTGGAGGACATAACTGTGGCCTCGGTCAGGTTGTTTTTTCCTCTCCAGACTGGAAGGGGCCTGTGATCGGCAAGCGTCTGAATGCCCGATATGACTGGCTGTACGCCCACTGGAGTACAGATCCATACAGACTGCTGGATGTTGGCGATGGATGTGCACCTGTGGCTTCTCTCAAAGGAGCTGTCGCTTGGGTATCAGAGGGAGGATGCTCTTTCTTTACTAAGATTAAAAACATGGAGAAGTCAAACGCTACCGGGGTGTTGGTGTATGCCTTGCCTGGAAATAACATTCAGGACATGAACTGCAAAGGGGATGAATGTTTTACTTCACTCCATATACCTGCATCGATGGTTCATTTCCAACCCAAAGTCAAAGAAGCCCTACAaAAGGGGAGGCCTGTTAATGTGAAGTTCCAGGTCACACCTTCACGAAGCTTCTTCTTCGGGATTGACCAGAGGGGGGTGCTTTCTGAGATGGGCTGGTTTCTTTACCCATCCTTTAGGTTCATGGCCTGGCAGGCTCAGTGgtTTGTATTCAATGATGCTTTGCTGGAGCAGCTGAGTCAGCCTGCAGTTACAGTGTCCGTGTTTGATCATCATGATATGCATGGAAATGCAGGAGCTCATGCTGTGGTGGATCTTCCTGCAGACATATCACCTTATGATGTCCTGGAGCTGGACACGTCTCTATCCTGTCCGGGCCGCAGAGATGAGACGTGTGCTCATTGGGATCACACAGTGCAGCTGTTCGTTTGCTGCAATGACAGCAGTCCCTATTGCAACCAGGAGCTCGGCCGCTGGGTAACAGCCTTCCGCAGAGGCACAGGCCATTGGCTGACAGACGTGTCTGCTTTGATTCCCCTGCTGAATAACAAGAAATGCTCCTTCACCATGAAGACTGCGCCATGGGCAATGCCATGGATGACTACTCTCAATCTGCGCTTCAGTCAGAGCAATAAGACAGAAAGACTGTACCCTTTCGAGGTGATGCCGCTGTTCAATGGAGGGACGTTTGATAAGGACTATAACCGCAGATACCATGAGATCACCTTTAGTATTCCAGCTGCAACAAAGAAGGTG

Function

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-9466 Predicted to enable oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced ascorbate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000021849 ENSDARG00000099098

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021563 False 1026 mRNA 0.47 3 47348766 47360023
TCONS_00021564 False 6047 mRNA 0.39 12 47359754 47381519
TCONS_00021565 True 1744 mRNA 0.49 9 47367134 47381652

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_011049 NA coding downstream 44097 47302446 ~ 47304669 (-)
XLOC_011048 mios coding downstream 47390 47272825 ~ 47301376 (-)
XLOC_011047 LO017877.2 coding downstream 103203 47198112 ~ 47245563 (-)
XLOC_011046 NA coding downstream 538554 46806237 ~ 46810212 (-)
XLOC_011045 NA coding downstream 550024 46796412 ~ 46798742 (-)
XLOC_011051 sept7b coding upstream 7887 47389539 ~ 47427016 (-)
XLOC_011052 cthrc1b coding upstream 72934 47454586 ~ 47483142 (-)
XLOC_011053 csmd3a coding upstream 149864 47531516 ~ 48074540 (-)
XLOC_011054 CR388140.2 coding upstream 561491 47943143 ~ 47943257 (-)
XLOC_011055 NA coding upstream 661732 48043384 ~ 48056492 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc downstream 26453591 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_011041 NA non-coding downstream 726323 46621203 ~ 46622443 (-)
XLOC_011033 NA non-coding downstream 888916 46396002 ~ 46459850 (-)
XLOC_011056 NA non-coding upstream 837714 48219366 ~ 48220310 (-)
XLOC_011061 NA non-coding upstream 1438698 48820350 ~ 48821345 (-)
XLOC_011062 NA non-coding upstream 1774208 49155860 ~ 49184484 (-)

Expression


Co-expression Network