XLOC_011131


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_011131
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 55192172 ~ 55204179 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021666
acGTTATCCAAGCTAGACTAGTAAATAGAAGCATAAATATAAAAGCACCTCAGTTTTGTTTTCTCCTTTAAAAGTGCACTGCACTTTTGGTTTTTTTTTGGATTCAATGGTCATATATGCTAGAAACGCACAAAGCACACCTGCCGGATAAAAGAGGAATATGCAAAGTGATCACTAAATTCACTGCTTGATTACATagattacacgagctggattcactggtcagttTTTCTAACAAAACACACTGAAGACCCCTGCTGGATAAGAGGGGGTAATGCAAAAAGAACAGCATGAACTAATAATAGATAATGATCGTTTGCTGTTGTAGACCAGTATTGCTGTAgttattcaagtttatttgtatactttttttttcacaataatggTTGTTCCATAGCCGCTTTACAAAAGGGGCATGTTATATTAGAGTTATCTTGCTTGATGTGGACTGTACTCTAGGAGTGGTTAGTGATTCAGTTCtgcatttattaatgtttgaCCTTGATGATTCCTGCATGTCTGATAACTTCTGATTGGTCCGGTTGTAGTTTTTGGCTCATCCTATGAGCCCGAAAGACATGGCGTTTATTGGCTGTAATGTTCTGGGCCTCGTCTTCTCTCTCATCGTCTTCGCCACCTCCTGCTGCTGGTGTAAATCGAGGAAGCGTCTGATGGTGATCCACATGAGTTCAGTGCCTCCTGCAGTGGTCAGTGAAGATGTTGTTGATCATCCGCATCCAGTCTTTCCTCTTCCAGCCTACAGTCCAGTGCCATCCTCAGAACCGCCGGCATATGAGGATGAGCGGCGCTCGACTCTCTCTCGCTCTTCTGCTCCGCGGTGGGACAAGAGACGCTGGATTGAGGATCTGCAGAACAACAGGAGACCCTTACAAGTCTGAACACAGGCACTGTTTACACTTAATCCTGCTCTAAACTAGAGCTTCAGTCACCTTTATTTAATATGAGATCCCGTCAGAGCTCAGTTCAGAGCCTTTTCTTAGTAGAACTtctatttttttcccatttatgCGCCATCAGGACCGACAGGCTGTGCAATATGACCATACATAGGttgtatggacaaaataaaaagtgaatattatttactttatattataataCACATCGTTTACACTAATAATTTGTCTATTTATATAAGCGCAATATTACAAAAACATGAAGAGCAGCACTGAGAGAAAGCTGCAATCTTGAAAGTACAGTGTTTACATTCTGCACATTATTTAGCGATATGTTGGACGTGTAATCATTAgctaaagtgttttattttgttaatatttatttatatttctacatttttaattaaagatttggtctgaagttgtaaataaagtgagaaatatgatcacatatgaaTGAGGACGCCTCTGAGTGTTTACTTTATTATGTTAAGGAATCATCTACATGTGGTC
>TCONS_00022305
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>TCONS_00021852
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>TCONS_00021853
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>TCONS_00021854
ctttattttattttatttggcgtTTTCTATACGTGTGGTAAGCCATTTTTTCCTGATGATCTAAACTTCTAAGTCCTGTTCACATCATGCATGATCACTATAAATATACTGATTAATATAAATCGTCCTGAATATAAAACCACAGCAGAGTTCAGAGCATAACTGAGGATGAAGATGTAGAGAAACAAATATCTCTTTCAGAATGGTTTTGTTCTAGCTAATAAATGACTGATGTTGAGCATTCTTTTCaaagatttttaaagataatgactgtctttaaaacaattaattgtacCATGGGAAATGATGAGAATGTTATGGGaaacggaaaaaaaaatacatggacGTTATCCAAGCTAGACTAGTAAATAGAAGCATAAATATAAAAGCACCTCAGTTTTGTTTTCTCCTTTAAAAGTGCACTGCACTTTTGGTTTTTTTTTGGATTCAATGGTCATATATGCTAGAAACGCACAAAGCACACCTGCCGGATAAAAGAGGAATATGCAAAGTGATCACTAAATTCACTGCTTGATTACATagattacacgagctggattcactggtcagttTTTCTAACAAAACACACTGAAGACCCCTGCTGGATAAGAGGGGGTAATGCAAAAAGAACAGCATGAACTAATAATAGATAATGATCGTTTGCTGTTGTAGACCAGTATTGCTGTAgttattcaagtttatttgtatactttttttttcacaataatggTTGTTCCATAGCCGCTTTACAAAAGGGGCATGTTATATTAGAGTTATCTTGCTTGATGTGGACTGTACTCTAGGAGTGGTTAGTGATTCAGTTCtgcatttattaatgtttgaCCTTGATGATTCCTGCATGTCTGATAACTTCTGATTGGTCCGGTTGTAGTTTTTGGCTCATCCTATGAGCCCGAAAGACATGGCGTTTATTGGCTGTAATGTTCTGGGCCTCGTCTTCTCTCTCATCGTCTTCGCCACCTCCTGCTGCTGGTGTAAATCGAGGAAGCGTCTGATGGTGATCCACATGAGTTCAGTGCCTCCTGCAGTGGTCAGTGAAGATGTTGTTGATCATCCGCATCCAGTCTTTCCTCTTCCAGCCTACAGTCCAGTGCCATCCTCAGAACCGCCGGCATATGAGGTACGTTTCATTGCAGAAATGGGTCTACAAGATGATGGCATGTGCTTATGAAGttcacatttacagttgaagtcagaattattagaccccctgtttattttctcccCAAATTTAtgtgtaacggagagcagatgtttccagcacatttctaatcataatagtgttaataactcatctctaataactgatttattttctctttgtcatgatgacagtaaataatattagactagatattcttcaagacacttctatacagcttaaagtgacatttaaaggttcaactattggttaattagggtaactaggcaggttatggtaattaggtaagttagtctacagaacaaaccatcgttatacaatatcaaaaaatatatactgtagcgtaaaggggataataataatgacttaaaatgcagtttaaaaaatttaaaactgcttttattctagccaaaataaaacaaatcagactttctccagaagaacaaatattatcagacacactgtgaacatttcctcaatctgttcaacatcatttgggaaatatttaaaaaagaagccGTAATTAAATGGGGAGCAAATAAATTTGGACTTCAGCTGTACACTCAAGCATGCATTTGGCAGATGGGTTTGTCTCGGGC
>TCONS_00021855
aggtTGATCAGGTTTGTCTGCTTCAGGAATGCTGTTGCGCactgactttgtgtgtgtgtgtgtatgagaaagaGAGACTCTGGATCATCTGAGTGTTTCTCCtgacagtaacacacacacacagtatgtcCCGGCATGTGGAGGTGGTCATCAATCCCATGGATCAGAGCACTGCTCCAGTGTTAGTCTCAGAATCCACGACAGGAGATCCACCTGGAGTCACCGGATTCCTGAAGATCAATCCAGCTGCTCTCGGGTGGCTGGAGATCCTGACCGGTGGAGCTGCGTTTGGACTGGTCTTCTGGAATTATGAGCGGATGCTTTTAATACCGGCCTGCTTTTTGATTTTAGTAGGAGTTATAACGGCTACAGCTGCATGTACACGAAACCCCTGTCTG

Function

GO:

id name namespace
GO:0034330 cell junction organization biological_process
GO:0034332 adherens junction organization biological_process
GO:0045111 intermediate filament cytoskeleton cellular_component
GO:0005882 intermediate filament cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021666 False 1430 lncRNA 0.39 3 55192172 55197372
TCONS_00022305 False 1169 lncRNA 0.43 5 55192172 55202200
TCONS_00021852 False 935 lncRNA 0.43 4 55192224 55202075
TCONS_00021853 False 1319 lncRNA 0.44 6 55192224 55204179
TCONS_00021854 False 1782 lncRNA 0.36 2 55194052 55197716
TCONS_00021855 True 398 lncRNA 0.50 3 55199359 55202200

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_011130 cmc1 coding downstream 69396 55105545 ~ 55122776 (-)
XLOC_011129 zgc:114181 coding downstream 163381 55003121 ~ 55028791 (-)
XLOC_011128 NA coding downstream 192179 54998986 ~ 54999993 (-)
XLOC_011127 wdtc1 coding downstream 213191 54947768 ~ 54978981 (-)
XLOC_011126 tmem222a coding downstream 249638 54930747 ~ 54942534 (-)
XLOC_011132 iqgap3 coding upstream 4219 55208398 ~ 55259199 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc downstream 34296997 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_011121 NA non-coding downstream 424979 54761897 ~ 54767193 (-)
XLOC_011119 NA non-coding downstream 594751 54594910 ~ 54597421 (-)
XLOC_011118 NA non-coding downstream 660082 54526409 ~ 54532090 (-)
XLOC_011114 NA non-coding downstream 753016 54436976 ~ 54439156 (-)

Expression


Co-expression Network