G323048


Basic Information

Item Value
gene id G323048
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000110
NCBI id null
chromosome length 4324856
location 985076 ~ 1134588 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU367330
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>TU367325
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>TU367326
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>TU367328
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>TU367332
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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
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GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
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GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TU367332 True 1266 lncRNA 0.37 2 1131330 1132754

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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CI01000110_00779093_00781105 LBX2 coding downstream 203420 778574 ~ 781656 (-)
CI01000110_00749362_00764862 NA coding downstream 220128 748903 ~ 764948 (-)
CI01000110_00485210_00497592 AUP1 coding downstream 487221 485210 ~ 497855 (-)
CI01000110_00479846_00482461 TUBB4A.S, MGC53997, TUBB4B, TUBB4A, TUBB4B.L, TUBB, TBB2C, TUBB2B coding downstream 501079 479710 ~ 483997 (-)
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CI01000110_01422600_01428949 SELT2 coding upstream 287305 1421628 ~ 1428949 (-)
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CI01000110_01436253_01450759 NA coding upstream 301617 1436205 ~ 1450759 (-)
CI01000110_01864492_01865547 NA coding upstream 729890 1864478 ~ 1865547 (-)
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G322758 NA non-coding downstream 307406 677438 ~ 677670 (-)
G323107 NA non-coding upstream 11527 1146115 ~ 1146378 (-)
G323110 NA non-coding upstream 15279 1149867 ~ 1150154 (-)
G323124 NA non-coding upstream 40272 1174860 ~ 1175081 (-)
G323125 NA non-coding upstream 40723 1175311 ~ 1175517 (-)
G323149 NA non-coding upstream 109261 1243849 ~ 1250080 (-)
G322580 NA other downstream 879257 103265 ~ 105819 (-)
G323133 NA other upstream 71241 1205829 ~ 1236849 (-)
G324936 NA other upstream 1980870 3013673 ~ 3120099 (-)

Expression


Co-expression Network