XLOC_011239 (BX088649.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_011239
gene name BX088649.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 7741616 ~ 7747160 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00022434
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>TCONS_00024590
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>TCONS_00024591
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>TCONS_00022435
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Function

GO:

id name namespace
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GO:0016072 rRNA metabolic process biological_process
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GO:0003729 mRNA binding molecular_function

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117225

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00022434 False 2099 lncRNA 0.33 2 7741616 7747160
TCONS_00024590 False 2118 lncRNA 0.36 2 7742676 7746690
TCONS_00024591 False 2113 lncRNA 0.36 2 7742679 7746690
TCONS_00022435 True 1795 lncRNA 0.31 2 7742765 7747160

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_011238 BX511121.2 coding upstream 80292 7661208 ~ 7661324 (+)
XLOC_011237 fbxo30a coding upstream 113158 7620220 ~ 7628458 (+)
XLOC_011236 si:dkeyp-110a12.4 coding upstream 124058 7595356 ~ 7617558 (+)
XLOC_011235 shprh coding upstream 152310 7534180 ~ 7589306 (+)
XLOC_011234 klhl10b.2 coding upstream 209984 7522777 ~ 7531632 (+)
XLOC_011240 akap12a coding downstream 16470 7763630 ~ 7783588 (+)
XLOC_011241 ccdc170 coding downstream 74730 7821890 ~ 7842209 (+)
XLOC_011242 BX927406.1 coding downstream 343197 8090357 ~ 8090474 (+)
XLOC_011243 myct1b coding downstream 428838 8175998 ~ 8179152 (+)
XLOC_011244 tulp4b coding downstream 436233 8183393 ~ 8211012 (+)
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XLOC_011231 CABZ01057751.1 non-coding upstream 421451 7320042 ~ 7320165 (+)
XLOC_011230 NA non-coding upstream 512604 7226730 ~ 7229012 (+)
XLOC_011220 NA non-coding upstream 1213073 6528023 ~ 6528543 (+)
XLOC_011246 NA non-coding downstream 478495 8225655 ~ 8229883 (+)
XLOC_011249 BX248131.2 non-coding downstream 553230 8300390 ~ 8300504 (+)
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XLOC_011252 FO818681.1 non-coding downstream 724941 8472101 ~ 8472217 (+)

Expression


Co-expression Network