XLOC_011527 (si:dkey-190l8.2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_011527
gene name si:dkey-190l8.2
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 30591287 ~ 30605734 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00022972
TATCAAACCTGTAAAATGTCTAAGAATAGATTGAGGGCATCAAACTACTTTTTGTAGCCAGTTTACCATCTTATGTTTTTAATACGATTTatctattaaataattaatatacttGGTTTATTGTATTTTAGCACTGTAAACTGCATTTCAGCAAATCTCCAAATTTCAGTCCATATGGGCTGTGGGCCAATGATCCAAATAGGCCACAGACATGTAGCCATGTGATTCCTTACGCAATTAATCTACCTTTAGATACAACAACCTTAAGTCTTCAGACAGAGGGTTTACTGATGTTGATGGATGCAGAGCAGGTGAATCTTTGTCTGAATACAATTCAGCTTTTGATATAAAAGGAGATATAACAGTGTTGAAACACAGCTGTACTGTGCAGGCCAGTGTTTTTACCTTGACAAGACCCTATACTAGAAGGAAGCAAACAAAATGGAAGTTCTCACACGGTTGTTTCCCTACATGAAAACTGTTGCAGGACTAAAAGCAGCATTTAACCAAGTCCTTCGATTTAGGGAACCGACAGCAGAGGCTGGTAGGAAAGCCACTCATCTTCCAACCGTTTCTATTGACCACCCGGAGAGCCAAACATTTCGCTCGCAGTTCCGTCGCCCCTTCAACTGGAGTGAGCTGATGATCAAGAGGCGCAACTCACGCGGGCTTTTTGCAATACAGTTGGCGGGAATTGCGTGTCAGTTATTGTCAGTAACGATTGCTGAAGAAAGGAGTCTGAGTTCTCTACATTTCAATGAGAAGAGTTTTTTAATGTAGCCTATAAGATTAATATAGGTAGGCTACTTAGTTTCTAAGTAATCTTtttcttgttttcatttttttccgAATATTGTTAGGACATTAGAGAACAGAGTTGTTTTAGAGATACCACTTTGTTGTCGGTAATGAGTCCCTGGATATCTTCTGatggaaatgttttattttttattttttactaaataaagcagttttaaatttggACTGTGACAAAACTTGACTGtgttctttaaattttaaaagtgtGCATAATAGCTTTTTATTTCTACATAGACTATGATTTATTaacagttgttattattatatactggATTTGTGGTTGATTGGCTTGTAAGTTCCTCTCGTTTAGCTCATGGTAGTAATAATTAACATCATTTAAATGACACAATCTACAACATAATTTTAcaatatgttgttaaattaatttaaaatgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattactaccACTATAACAGgcacattctaccagaaacatacattatctgtccctgaaataaaaacatacatacagtgaataaaaagtattttatccTCAAAAATGGACTGATCAGTGTAGGATTATATGATTCAATTGGttctcaggtttttttttctttataaaaaactttacaaatttacaaacattgtccttgtcctcagctAAATTTAACCTAcggctttaatagttttgttatgctaaaaaaagTTGAAGTTGTTTTCATTAACATCAGTtgataaaaacatgaaattataaatattctacaaattaatactattttacaatttcccccatgtttctgtcagtcctgtcacatttacattaaatttaatatgAAATGTGTGCAATACGTGTTTAAGGTTGTATAACTTAGAGGAAGAGACACCATTGtatgattttattcatttattttttttctttgaggaAGACAAGCTTAAGTCAGGCCCTTTCACATTTTTAGAAGTGATAATGTATGTTTCTGGTAAAATGTCCCACCAgcctaaatacatatttttaattccCCCAAATTACATGTATTTTACTTCACTGACACTGTGACAAACATTTGAAACAAAACTACCTTAAAATTCAGCCACATTAGTCACTGTCAATAATTATATAACTAGTTTGGCATCAGTCCAGATGTTTAGGGATAGGCAATTTATTCTTATTGACCTCTTGATATTGAATGCTGGATTTCACACTTGTACAGGTTCATTAATTTATGTGATCGCATTACACTTCTCTCTGAAAGACAACACAGTACTGATTTgcataaaggaaaataaatgaaacaaaaatgttaaaaagtagccctttctcCTGATATTGACTATGCCATAAAAGTACACATATAATTTTTGAGGTATGTACAATAGGCCTACACATAAGTCAATTATATTGAGCAACTTTCAAAAAGTCTCTCTTACAAATATTAACCTTAGTTTTATTGATTACCATTTAAATAACTAGCCAACagttttacaagttttttttagcAAAACCACAGTTATTTTGCGGTTACTGTTCAATAAAGCTTAACTACAATATCCATGTTTTTGCTACTTTCATTTTTAGCAAAAACCAGTTTAGTTAGTCTACCAACTACAACAGGAAGTAGCTGGTACGCTGCAAAGACAGGATATGTCCATACAGCTGTGGTTTAAGAAATGTAGAAAAGCTGTCATTTGGCTGGTACTGTATATCTTCAAAGGGTAGCATAAACATTTGGACCTAAAAGCtccatatttgtatattttgaaaaataaaatcccAGTGAAAACTTAATTTCTGAAATGAACCACAGTTCACAACAAAGCCCGAGTTACAGAACCCTTCTTGAACCCTtgcgccactgtgctgctgaCAGACTGTAAATGCAAACCATCAGAAACAGAAAGACTTGTAGAGGGAGGAGAGAAGACGTCTTCAGAAGCCTAGTCAGTGACAGAAAGAGTGACAGGAATATGTAGGCTACACCTCCAAAAAGCTGACCGGACCAGTACTCGTTCCTGCTCTTAGGGAAAGTACTGTTCAAGGAAACTTCAGCTACCAGCCGGTGAAATGAAGAAGGACGCCGCCGCTTTTCCTCGGCTTGCTGGTACGCTGCAAATACATGTTTTTGCCATCCTTACTTTACCAATCTTTTTTACAGCCTTTACATTTTTCGTGGACGTGTTCACGTTACATATCACACCCTGCAGTGTGGATATAGCGACCAAGACTTTGAACCGCTCAGTGGATAGTAATGTTTCCATATTTGCAAGTTGGACGGATAATCACAGCGACCCCACCAGTAGTCAAACGTGTCTCAAGGCGAATCATTTTGCACATGGACAAGCCACATACATGACGGGTTTACTCATTGGCTCTTTAATCGGTGGAGCTCTATCTGACAAGTATGGAAAGAAAATACTTCTCATCTGCTGCACAGCGATCCACGCAGTCGCTACTGTTATCGTGGCATTTCTGCCATATGTGCCCGTGTATCTGACTGCACGCGCCATCAGTGGTGTATCCTGCTGTGCCATCCACATCTGCACCTACAGCTTAGGAGTTGAATGGAGCTTGCCTAAATATCGAATCTGGCCACCCACACTGTTTTCCTTCATCTTCAGTCTGGGAATGATGGGATTGGCCGCCGTAGCTTTCTTGTCCAGCACTTGGATCCAGTTTCACCTGGCGCTGGGCATTCCTCAGATCCTCTTTCTACCTCTTTATTTCTTTCTTCCAGAATCTCCGAGATGGCTGCTTCTAAATAAGAGGATGAAAACGCTCGAGAGCTATCAGAATAGAAGTTCTAAAGACAAGCGCTACTTGGATCTTCTTTTGCACTCTGTGGACAATGAGGCGCAGAAGTCACTTTCAGAGAAATCCTCCACTGAAACACGGTCTAATTTCACCAACTTTACGTCACCTATTATACTGCTTCGCCTGTTTATCATGAGCTATATTGGTTTTGCGTCTGCTCTCACATACTATGGGATCTGCTTCAGTATTGGGAGTTTCGGTGTTAATATCTATCTGGCACAGTTTTTCTCTGGACTATCAGAGGCTCCTTCTTTGCTACTTCCATTTCTGTTAAAGCGATGGGGCCGCAGGCCGTTCACCATGGGCTCCCTGTTCCTCAGTGGCATTTCCTGTATGCTGTCCCTCCTTGTGTCCAAATTCTGCAACATGCCAGCTCTTGTTATGACTCTGGCACTGATGGGCAAGCTGTGTATGCAGTCTACCTATTGTGTGTCTACGCTCTATGGGATTGAGCTGTTCCCAACTGTAATAAGGCAGAAGTGTGTCGGCGTGGTTAGTCTTTGTTACCGAGTGGCCTGTATTATAAATGCGGTGATGAGCCCTGAGGGCGGGATTCCTCTGCCAGCCATGATCTCTTACAGCGGTGGGCCGATCATTGGCGCAGCTCTGTGCCTGTTATTGCCGGAGACCAGTGGCATCCCTTTACCAGACACAGTACATGAATGTGAAAAACAGCCCAGACTTAAGCTCTCATGCTGTGCATGtggGTCCATCAAGCCTACACGGAAGTCTACACAGAACACAGAAGCAACCTTTATCAAGGAGGAATGCAGTCCCCTCTCAGCATAGAGGAAACAGCAAAAACTGATTTGTTCATGATTTGGTTCCtgcttttacatttctttttatattattttcatgataattaaataaaagggTATACATTTAGAAAGTCAGACTTTTAAACTGATATTTTTACTAGTGTATTATAGTGTTTTAGATACTGTATGTTAATAATGAGACTCTTGTTATACTGGAATCATTCATTGCTGCTACTAATAAATACACAACATGCCTAGAGAGGAGCTCCTCAGCTCGGAAAAGCGCACAccttttatatattttctgttttaatgtATAACTAATGTTGTAAGCTTGCAAGTCaaatttttacctttttaaaaacactttgagACTGGGTCTTATGTAACTCTTACACAATTCTTAACAGCGAAATAAACTGCAAGATGGTTAAATCATTGTACTAAAAACCTTGCAGTTGCAACAAGAGTGCTTCAAGAATGGCCATGTTTAAGGGTCTTTAACACTGATTAAATgtgcactttattttattttattttatttttactgttttattagaGATTTTATTCTGCGATTTGAGATCAGTGTAACTCTTCTATTTAgagaaaaatgtctttaaattattaaa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>TCONS_00022973
gagcagaCAGCACAGAACCAGACAAAAGGAGAGATAAAATTGTTCCCACACTTAATTGAAGTGTTCAGATAAGACGTTGTTTCTAACCTTTGAAGATTTGTTTTTCGACTGCCAAGGCAGAAGTGTGTCGGCGTGGTTAGTCTTTGTTACCGAGTGGCCTGTATTATAAATGCGGTGATGAGCCCTGAGGGCGGGATTCCTCTGCCAGCCATGATCTCTTACAGCGGTGGGCCGATCATTGGCGCAGCTCTGTGCCTGTTATTGCCGGAGACCAGTGGCATCCCTTTACCAGACACAGTACATGAATGTGAAAAACAGCCCAGACTTAAGCTCTCATGCTGTGCATGtggGTCCATCAAGCCTACACGGAAGTCTACACAGAACACAGAAGCAACCTTTATCAAGGAGGAATGCAGTCCCCTCTCAGCATAGAGGAAACAGCAAAAACTGATTTGTTCATGATTTGGTTCCtgcttttacatttctttttatatt

Function

symbol description
si:dkey-190l8.2 Predicted to enable transmembrane transporter activity. Predicted to act upstream of or within transmembrane transport. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

GO:

id name namespace
GO:0055085 transmembrane transport biological_process
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0022857 transmembrane transporter activity molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-9103 Predicted to enable transmembrane transporter activity. Predicted to act upstream of or within transmembrane transport. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000091222

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00022972 False 6589 mRNA 0.37 11 30591287 30605734
TCONS_00022973 True 495 processed_transcript 0.46 3 30598373 30603607

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_011526 nhsl1a coding upstream 64 30522764 ~ 30591223 (+)
XLOC_011525 CR628334.1 coding upstream 94447 30496724 ~ 30496840 (+)
XLOC_011524 lpin1 coding upstream 121016 30442518 ~ 30470271 (+)
XLOC_011523 greb1 coding upstream 173271 30369107 ~ 30418016 (+)
XLOC_011522 spata17 coding upstream 316972 30205258 ~ 30274315 (+)
XLOC_011528 apoba coding downstream 98334 30704068 ~ 30727966 (+)
XLOC_011529 NA coding downstream 138995 30744729 ~ 30745172 (+)
XLOC_011530 ldah coding downstream 143517 30749251 ~ 30817230 (+)
XLOC_011531 tpp1 coding downstream 238147 30843881 ~ 30855792 (+)
XLOC_011532 degs2 coding downstream 288697 30894431 ~ 30900380 (+)
XLOC_011521 CT027582.1 non-coding upstream 862544 29723351 ~ 29728743 (+)
XLOC_011517 NA non-coding upstream 1513445 29021960 ~ 29077842 (+)
XLOC_011515 NA non-coding upstream 1758575 28822373 ~ 28832712 (+)
XLOC_011509 NA non-coding upstream 2299144 28216448 ~ 28292143 (+)
XLOC_011533 BX571712.3 non-coding downstream 519421 31125155 ~ 31127838 (+)
XLOC_011538 NA non-coding downstream 965279 31571013 ~ 31571489 (+)
XLOC_011547 CT573453.1 non-coding downstream 1463524 32069258 ~ 32069372 (+)
XLOC_011548 NA non-coding downstream 1497172 32102906 ~ 32112037 (+)

Expression


Co-expression Network