XLOC_011769


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_011769
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 51821696 ~ 51825482 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00024783
AGCACACTGTTTTTGTCACGTGTGAATattaaaatagaatttaaaaggggaggagctactctatgctcCGCTCTCTCTTCAAATTTAAGTTGAGattgtcaaacatcaaataaaaaaggcTCATTTCAAAGTGCGTAACTggatcttttaaaaaataatgcaacaaaCAAGATGTCAGAGACAACAGAAGCACGCAGAACTGCTTTCCTCTACCCACCAACATTTTATTTGATCTCTTAGATTAGATTTTCCATAAAGAATTGGAataatacaatgcaatacttacAAAATGGAATCAAAACCTAAAAACGGGGCCGATCATCTTCACGTCTGATAAAAACAAAAGGGTTCGTGGAATTGTATGAAAAGCAGGTGAAATTTAACATTGACTGCAATCATTTTTTTTGGATCTGGAACCACAGTTTCTACCGAGACTGGTGTCTTGTCAATCGTAGATGACGGATTAGTACAGTGCTTGTGCTAAAATTAAAGCAAAATTTCttatcaaattaaaacaaaagtggCTTGGAAGGTGACACTGTCAATAgtgttaaaaaaatcattaaaaattgctaaaaaaaataatgaaaaaatcaaAGTACTGATACTAtagtacaaaaaaaaaggttaaaatgaCAGCATGACAGACAGATAGCATCGTCTGGGCCCTGTGCGATTTACAGATCCTCCAAAACCCAGTCCGTTCTGATTATCTATTTACAAAAAGACGAACATCCAAACTATGCATGGTGGCCAGAAGACTTTAACCAAATGACGAAAGAGACGAGACATGAAAACCGTCCCTTCacgctcatatatatatatatatatatatagatttgctCTTTTCCAGTATGCACACAAAATACGCCTGCACCTTTGGAAAGATTATTTACAGCTCTTCAGTTAAATCTCAAAGctatttaaaatatacttaatgcataaaaataaagattttggcATTCTCTTGCTTCTTCCTCTTCGTCCGTGAAGTGGCTAGTCCTTCAGGTAGCCAGCAGTCATCCAGCCTGCCAGGGGGTGCTGTGAGTCGGGTTAGTCCTCAACAATATGGGGAGCATCTATAGAATCCATTCACCATCATCTCCAATTCATCTCAGATAAAAGTAGTTGtatttgctgtgttttttttccGAGGGGGTGTTGGGGGGCACCTTCATCAACCCCCGTCCAGGTCTCCATTAGTTCATATCACAAGCAAAAATCCAAATACggacaaactaacaaaacaaaacaaaaaactaaagagtggctgagagagctgcaatttaagaaaacacatgcagttTAAAGAAAACGgaaattaagaaaagatcctcATCGGTTTGACAGCATACCCAAAACccaaacacattaataaaatacgcTGCATTTtctacaacacatgcaaatagcaaTGAACCTAAAGGGGACCCTAAAACGTGACGGATGTGGCTATATAAGTTATGATTATTCAGGCTAATAAAATACTACAGAATAGCGTAATCAGGATGTTAAATACACAACAAAACTCTGCTTTcgaagatcacctacaacttcactgagcaatatcCACGGCACAATAAACAAATCCCAGCAGGGGAGCCACGTTTTTAAGTCCCATTGAAACATTTCCGTTTCGCATTGCCCTATTTGaatgaaaatgcagcacgttttattaaagtgtttgcgttgtgaggatttgctgTCAAACTAACgaggatcttttcttaatttgctggtgtttttagcAATTGCATGTGCTTACCTAAATTGCGCGATGTTAAGCTCTCTTGGGGACCGTAAAAGATGGAGATAAGGATCTGAAGTGGTATTAAGGTGTCGTTCCCTGTGTGATTGGCTCGCCATTAAATCGAATTGTCTTTCAAGGTCGCTTCTTCCACCCCCGTTCGCATCTCCATTAGTTCAtatcacaagaaaaaaaacaaatatggacGAACTAACAAAAAACAAAGGAGTGGCTAAAAGAGCTGCAATTTAAGTAATCACatgcaattattattaataacgtcagcaaattaagaaaagattttCGGATTGACTGCATACATGATGCGAATCCTCACAACCcaaacacattaataaaacacgctacattttctcacaacacatgcaaatagcatgGAACACAGCGGAAATGTTTTAAGGGGACCCTAAAATGTGACGGATGCCACTATATAGGTTATTTAtgctaataaaatactaaAGAATAGCGTAATCAGGATGTTAAATACAGAaaaacttcactgagcaatagccATGACACAAACAAATCCCGGCCAGTCCGTCACGTTTTTTAGGTCTCCTTGAAATATTTCCATTCTGTTCCGTGCTATTTGCATGAAAATGCAGcaccttttattttaatatgtttgcgTTGTGAGGTGTTTTTAGTAATTGcatatgttttcttaaattgcgcGATGTTAAGCTTTCTTGGGGACCGTAAAAGATGGAGATAAAGATCTGAAGTGGTTTTGACGAGTCGTTCCCTGTATGGTTGGCTTGCTATCAAATTGAATTGTCTTTCAAAGTTGCTTCATCTCATTGTTCCTCAAAGTCgcttgtttgctgttttgttgtttatcttGAATGTTTTGAGGAGATTCATCAACCCCCGTCTGTGTCACCATTAGTTCATatcacaaacaaaaaacaaatacggACAAACTAAGAACAAATGAAAGCTGGAGATGTGGATCTGAAGCGGTTTGCGGAGTCGTTCCCCGTTCCCTGTATGGTTGGCTCGCCATTGTCCCTAAAAgtctcttgtttttgttgtttgtccTTATAGTTGGATCTTGTTTTGTGAAGCTTGCAGGGGGGTTGTTGCATCTTCATCAACTCCATCTGTGTCTCCATTAGTTCATATCATTATCATCAGAAACCAAATATGGATaacctgccaaaaaaaaaaaaaaaacgaaagctGGAGATGTGGATCTGAAGTGGTCTTGAGGAGTCGTTCCCTGTATGGTTGGCTCGCCATTTAATCTCATAGTCCTTTAAAGTCTCTTGTTTGTTATCCTTATAGCTGGATCTCGAATGTTTT
>TCONS_00024784
tcCGCTCTCTCTTCAAATTTAAGTTGAGattgtcaaacatcaaataaaaaaggcTCATTTCAAAGTGCGTAACTggatcttttaaaaaataatgcaacaaaCAAGATGTCAGAGACAACAGAAGCACGCAGAACTGCTTTCCTCTACCCACCAACATTTTATTTGATCTCTTAGATTAGATTTTCCATAAAGAATTGGAataatacaatgcaatacttacAAAATGGAATCAAAACCTAAAAACGGGGCCGATCATCTTCACGTCTGATAAAAACAAAAGGGTTCGTGGAATTGTATGAAAAGCAGGTGAAATTTAACATTGACTGCAATCATTTTTTTTGGATCTGGAACCACAGTTTCTACCGAGACTGGTGTCTTGTCAATCGTAGATGACGGATTAGTACAGTGCTTGTGCTAAAATTAAAGCAAAATTTCttatcaaattaaaacaaaagtggCTTGGAAGGTGACACTGTCAATAgtgttaaaaaaatcattaaaaattgctaaaaaaaataatgaaaaaatcaaAGTACTGATACTAtagtacaaaaaaaaaggttaaaatgaCAGCATGACAGACAGATAGCATCGTCTGGGCCCTGTGCGATTTACAGATCCTCCAAAACCCAGTCCGTTCTGATTATCTATTTACAAAAAGACGAACATCCAAACTATGCATGGTGGCCAGAAGACTTTAACCAAATGACGAAAGAGACGAGACATGAAAACCGTCCCTTCacgctcatatatatatatatatatatatagatttgctCTTTTCCAGTATGCACACAAAATACGCCTGCACCTTTGGAAAGATTATTTACAGCTCTTCAGTTAAATCTCAAAGctatttaaaatatacttaatgcataaaaataaagattttggcATTCTCTTGCTTCTTCCTCTTCGTCCGTGAAGTGGCTAGTCCTTCAGGTAGCCAGCAGTCATCCAGCCTGCCAGGGGGTGCTGTGAGTCGGGTTAGTCCTCAACAATATGGGGAGCATCTATAGAATCCATTCACCATCATCTCCAATTCATCTCAGATAAAAGTAGTTGtatttgctgtgttttttttccGAGGGGGTGTTGGGGGGCACCTTCATCAACCCCCGTCCAGGTCTCCATTAGTTCATATCACAAGCAAAAATCCAAATACggacaaactaacaaaacaaaacaaaaaactaaagagtggctgagagagctgcaatttaagaaaacacatgcagttTAAAGAAAACGgaaattaagaaaagatcctcATCGGTTTGACAGCATACCCAAAACccaaacacattaataaaatacgcTGCATTTtctacaacacatgcaaatagcaaTGAACCTAAAGGGGACCCTAAAACGTGACGGATGTGGCTATATAAGTTATGATTATTCAGGCTAATAAAATACTACAGAATAGCGTAATCAGGATGTTAAATACACAACAAAACTCTGCTTTcgaagatcacctacaacttcactgagcaatatcCACGGCACAATAAACAAATCCCAGCAGGGGAGCCACGTTTTTAAGTCCCATTGAAACATTTCCGTTTCGCATTGCCCTATTTGaatgaaaatgcagcacgttttattaaagtgtttgcgttgtgaggatttgctgTCAAACTAACgaggatcttttcttaatttgctggtgtttttagcAATTGCATGTGCTTACCTAAATTGCGCGATGTTAAGCTCTCTTGGGGACCGTAAAAGATGGAGATAAGGATCTGAAGTGGTATTAAGGTGTCGTTCCCTGTGTGATTGGCTCGCCATTAAATCGAATTGTCTTTCAAGGTCGCTTCTTCCACCCCCGTTCGCATCTCCATTAGTTCAtatcacaagaaaaaaaacaaatatggacGAACTAACAAAAAACAAAGGAGTGGCTAAAAGAGCTGCAATTTAAGTAATCACatgcaattattattaataacgtcagcaaattaagaaaagattttCGGATTGACTGCATACATGATGCGAATCCTCACAACCcaaacacattaataaaacacgctacattttctcacaacacatgcaaatagcatgGAACACAGCGGAAATGTTTTAAGGGGACCCTAAAATGTGACGGATGCCACTATATAGGTTATTTAtgctaataaaatactaaataatagcTTAATCAGGATGTTAAATACAGAACAAAACTCCGCTTTCGAAGATCAcgtacaacttcactgagcaaaaTCCGAGGCACAATAAACAAATCCCAGCCAGGACTTACGTCTTTAGGTCCCATTGAAACATTTCCGCTCTGCGCTATTTGaatgaaaatgcagcacgttttattaaagtgtttgcgttgtgaggatttgctgTCAAATTGACgaggatcttttcttaatttgctggtgtttttagcaattgcatgtgttttcttaaattgcgcGATGTTAAGCTTTCTTGGGGACCGTAAAAGATGGAGATATGGATCTGAAGTGGTTTTTAGGAGTCGTTCCCTGTGTGATTGGCTCGCCATTAAATCAAATTGTCTTTTAAGGTCGCTTCATCAACCCCCGTCTGTATCTCCATTAGTTCATatcacaaacaaaaaacaaatacggACAAACTAAGAACAAATGAAAGCTGGAGATGTGGATCTGAAGCGGTTTGCGGAGTCGTTCCCCGTTCCCTGTATGGTTGGCTCGCCATTGTCCCTAAAAgtctcttgtttttgttgtttgtccTTATAGTTGGATCTTGTTTTGTGAAGCTTGCAGGGGGGTTGTTGCATCTTCATCAACTCCATCTGTGTCTCCATTAGTTCATATCATTATCATCAGAAACCAAATATGGATaacctgccaaaaaaaaaaaaaaaacgaaagctGGAGATGTGGATCTGAAGTGGTCTTGAGGAGTCGTTCCCTGTATGGTTGGCTCGCCATTTAATCTCATAGTCCTTTAAAGTCTCTTGTTTGTTATCCTTATAGCTGGATCTCGAATGTTTT
>TCONS_00024785
AGACAACAGAAGCACGCAGAACTGCTTTCCTCTACCCACCAACATTTTATTTGATCTCTTAGATTAGATTTTCCATAAAGAATTGGAataatacaatgcaatacttacAAAATGGAATCAAAACCTAAAAACGGGGCCGATCATCTTCACGTCTGATAAAAACAAAAGGGTTCGTGGAATTGTATGAAAAGCAGGTGAAATTTAACATTGACTGCAATCATTTTTTTTGGATCTGGAACCACAGTTTCTACCGAGACTGGTGTCTTGTCAATCGTAGATGACGGATTAGTACAGTGCTTGTGCTAAAATTAAAGCAAAATTTCttatcaaattaaaacaaaagtggCTTGGAAGGTGACACTGTCAATAgtgttaaaaaaatcattaaaaattgctaaaaaaaataatgaaaaaatcaaAGTACTGATACTAtagtacaaaaaaaaaggttaaaatgaCAGCATGACAGACAGATAGCATCGTCTGGGCCCTGTGCGATTTACAGATCCTCCAAAACCCAGTCCGTTCTGATTATCTATTTACAAAAAGACGAACATCCAAACTATGCATGGTGGCCAGAAGACTTTAACCAAATGACGAAAGAGACGAGACATGAAAACCGTCCCTTCacgctcatatatatatatatatatatatagatttgctCTTTTCCAGTATGCACACAAAATACGCCTGCACCTTTGGAAAGATTATTTACAGCTCTTCAGTTAAATCTCAAAGctatttaaaatatacttaatgcataaaaataaagattttggcATTCTCTTGCTTCTTCCTCTTCGTCCGTGAAGTGGCTAGTCCTTCAGGTAGCCAGCAGTCATCCAGCCTGCCAGGGGGTGCTGTGAGTCGGGTTAGTCCTCAACAATATGGGGAGCATCTATAGAATCCATTCACCATCATCTCCAATTCATCTCAGATAAAAGTAGTTGtatttgctgtgttttttttccGAGGGGGTGTTGGGGGGCACCTTCATCAACCCCCGTCCAGGTCTCCATTAGTTCATATCACAAGCAAAAATCCAAATACggacaaactaacaaaacaaaacaaaaaactaaagagtggctgagagagctgcaatttaagaaaacacatgcagttTAAAGAAAACGgaaattaagaaaagatcctcATCGGTTTGACAGCATACCCAAAACccaaacacattaataaaatacgcTGCATTTtctacaacacatgcaaatagcaaTGAACCTAAAGGGGACCCTAAAACGTGACGGATGTGGCTATATAAGTTATGATTATTCAGGCTAATAAAATACTACAGAATAGCGTAATCAGGATGTTAAATACACAACAAAACTCTGCTTTcgaagatcacctacaacttcactgagcaatatcCACGGCACAATAAACAAATCCCAGCAGGGGAGCCACGTTTTTAAGTCCCATTGAAACATTTCCGTTTCGCATTGCCCTATTTGaatgaaaatgcagcacgttttattaaagtgtttgcgttgtgaggatttgctgTCAAACTAACgaggatcttttcttaatttgctggtgtttttagcAATTGCATGTGCTTACCTAAATTGCGCGATGTTAAGCTCTCTTGGGGACCGTAAAAGATGGAGATAAGGATCTGAAGTGGTATTAAGGTGTCGTTCCCTGTGTGATTGGCTCGCCATTAAATCGAATTGTCTTTCAAGGTCGCTTCTTCCACCCCCGTTCGCATCTCCATTAGTTCAtatcacaagaaaaaaaacaaatatggacGAACTAACAAAAAACAAAGGAGTGGCTAAAAGAGCTGCAATTTAAGTAATCACatgcaattattattaataacgtcagcaaattaagaaaagattttCGGATTGACTGCATACATGATGCGAATCCTCACAACCcaaacacattaataaaacacgctacattttctcacaacacatgcaaatagcatgGAACACAGCGGAAATGTTTTAAGGGGACCCTAAAATGTGACGGATGCCACTATATAGGTTATTTATGCTAAGAAAATACTACAGAATAGCGTAATCAGGATGTTAAATACAGAaaaacttcactgagcaatagccATGACACAAACAAATCCCGGCCAGTCCGTCACGTTTTTTAGGTCTCCTTGAAATATTTCCATTCTGTTCCGTGCTATTTGCATGAAAATGCAGcaccttttattttaatatgtttgcgTTGTGAGGTGTTTTTAGTAATTGcatatgttttcttaaattgcgcGATGTTAAGCTTTCTTGGGGACCGTAAAAGATGGAGATAAAGATCTGAAGTGGTTTTGACGAGTCGTTCCCTGTATGGTTGGCTTGCTATCAAATTGAATTGTCTTTCAAAGTTGCTTCATCTCATTGTTCCTCAAAGTCgcttgtttgctgttttgttgtttatcttGAATGTTTTGAGGAGATTCATCAACCCCCGTCTGTGTCACCATTAGTTCATatcacaaacaaaaaacaaatacggACAAACTAAGAACAAATGAAAGCTGGAGATGTGGATCTGAAGCGGTTTGCGGAGTCGTTCCCCGTTCCCTGTATGGTTGGCTCGCCATTGTCCCTAAAAgtctcttgtttttgttgtttgtccTTATAGTTGGATCTTGTTTTGTGAAGCTTGCAGGGGGGTTGTTGCATCTTCATCAACTCCATCTGTGTCTCCATTAGTTCATATCATTATCATCAGAAACCAAATATGGATaacctgccaaaaaaaaaaaaaaaacgaaagctGGAGATGTGGATCTGAAGTGGTCTTGAGGAGTCGTTCCCTGTATGGTTGGCTCGCCATTTAATCTCATAGTCCTTTAAAGTCTCTTGTTTGTTATCCTTATAGCTGGATCTCGAATGTTTT
>TCONS_00024786
atgaaaaaatcaaAGTACTGATACTAtagtacaaaaaaaaaggttaaaatgaCAGCATGACAGACAGATAGCATCGTCTGGGCCCTGTGCGATTTACAGATCCTCCAAAACCCAGTCCGTTCTGATTATCTATTTACAAAAAGACGAACATCCAAACTATGCATGGTGGCCAGAAGACTTTAACCAAATGACGAAAGAGACGAGACATGAAAACCGTCCCTTCacgctcatatatatatatatatatatatagatttgctCTTTTCCAGTATGCACACAAAATACGCCTGCACCTTTGGAAAGATTATTTACAGCTCTTCAGTTAAATCTCAAAGctatttaaaatatacttaatgcataaaaataaagattttggcATTCTCTTGCTTCTTCCTCTTCGTCCGTGAAGTGGCTAGTCCTTCAGGTAGCCAGCAGTCATCCAGCCTGCCAGGGGGTGCTGTGAGTCGGGTTAGTCCTCAACAATATGGGGAGCATCTATAGAATCCATTCACCATCATCTCCAATTCATCTCAGATAAAAGTAGTTGtatttgctgtgttttttttccGAGGGGGTGTTGGGGGGCACCTTCATCAACCCCCGTCCAGGTCTCCATTAGTTCATATCACAAaaaaaaaacaaatatggacGAACTAACAAAAAACAAAGGAGTGGCTAAAAGAGCTGCAATTTAAGTAATCACatgcaattattattaataacgtcagcaaattaagaaaagattttCGGATTGACTGCATACATGATGCGAATCCTCACAACCcaaacacattaataaaacacgctacattttctcacaacacatgcaaatagcatgGAACACAGCGGAAATGTTTTAAGGGGACCCTAAAATGTGACGGATGCCACTATATAGGTTATTTAtgctaataaaatactaaAGAATAGCGTAATCAGGATGTTAAATACAGAaaaacttcactgagcaatagccATGACACAAACAAATCCCGGCCAGTCCGTCACGTTTTTTAGGTCTCCTTGAAATATTTCCATTCTGTTCCGTGCTATTTGCATGAAAATGCAGcaccttttattttaatatgtttgcgTTGTGAGGTGTTTTTAGTAATTGcatatgttttcttaaattgcgcGATGTTAAGCTTTCTTGGGGACCGTAAAAGATGGAGATAAAGATCTGAAGTGGTTTTGACGAGTCGTTCCCTGTATGGTTGGCTTGCTATCAAATTGAATTGTCTTTCAAAGTTGCTTCATCTCATTGTTCCTCAAAGTCgcttgtttgctgttttgttgtttatcttGAATGTTTTGAGGAGATTCATCAACCCCCGTCTGTGTCACCATTAGTTCATatcacaaacaaaaaacaaatacggACAAACTAAGAACAAATGAAAGCTGGAGATGTGGATCTGAAGCGGTTTGCGGAGTCGTTCCCCGTTCCCTGTATGGTTGGCTCGCCATTGTCCCTAAAAgtctcttgtttttgttgtttgtccTTATAGTTGGATCTTGTTTTGTGAAGCTTGCAGGGGGGTTGTTGCATCTTCATCAACTCCATCTGTGTCTCCATTAGTTCATATCATTATCATCAGAAACCAAATATGGATaacctgccaaaaaaaaaaaaaaaacgaaagctGGAGATGTGGATCTGAAGTGGTCTTGAGGAGTCGTTCCCTGTATGGTTGGCTCGCCATTTAATCTCATAGTCCTTTAAAGTCTCTTGTTTGTTATCCTTATAGCTGGATCTCGAATGTTTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00024783 False 3070 lncRNA 0.38 2 51821696 51825482
TCONS_00024784 False 2999 lncRNA 0.38 2 51821762 51825482
TCONS_00024785 False 2892 lncRNA 0.38 2 51821874 51825482
TCONS_00024786 True 1766 lncRNA 0.39 3 51822280 51825482

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_011768 si:ch211-168d23.3 coding upstream 31948 51764310 ~ 51789748 (+)
XLOC_011767 odc1 coding upstream 61453 51743908 ~ 51760243 (+)
XLOC_011766 nol10 coding upstream 100893 51682429 ~ 51720803 (+)
XLOC_011765 zgc:113142 coding upstream 183490 51627209 ~ 51638206 (+)
XLOC_011764 pxdn coding upstream 209608 51517750 ~ 51612088 (+)
XLOC_011770 flvcr2a coding downstream 80571 51906053 ~ 51929012 (+)
XLOC_011771 CU633997.1 coding downstream 82589 51908071 ~ 51908186 (+)
XLOC_011772 ttll5 coding downstream 115286 51940768 ~ 52053951 (+)
XLOC_011773 NA coding downstream 304210 52129692 ~ 52130818 (+)
XLOC_011774 NA coding downstream 305814 52131296 ~ 52135039 (+)
XLOC_011761 NA non-coding upstream 203332 51493080 ~ 51618364 (+)
XLOC_011762 NA non-coding upstream 325290 51493931 ~ 51496406 (+)
XLOC_011760 NA non-coding upstream 390058 51416465 ~ 51431638 (+)
XLOC_011757 NA non-coding upstream 618056 51200126 ~ 51203640 (+)
XLOC_011756 NA non-coding upstream 805313 50999273 ~ 51016383 (+)
XLOC_011775 NA non-coding downstream 445815 52271297 ~ 52272517 (+)
XLOC_011777 NA non-coding downstream 648276 52473758 ~ 52474091 (+)

Expression


Co-expression Network