G378340


Basic Information

Item Value
gene id G378340
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000186
NCBI id null
chromosome length 966831
location 835113 ~ 916060 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU432483
AAAGATGGCAGGAGGCTGTGGAATAAATTCTAAGGCGTCGACACCTGAGAAGGGGACATGTGCTCAATAAAAAGGCATCTTTCCCTAAGGGTGGTCATATTAGGACTTCACACAAATATAGCTGGTCGGTCAGCTATGCCATCAGGGCTTTGCCATTTGTCAGCAAAGGCCACAAGTGTTATTGTGGTGTCAAGTTGAAAGGTTTGATATCAAATGGTCATTCGCTTTAATCAACTCCGTCCTGGACACTTTTATATTTATAAGAATATTGTAAGAAGCTATTGATTAATTTAATCTTTAATTATTGGTCATTCATTGGTTTGGTCAGTGTAATGGAAGACTTTACATTAGCATTTATCTTTATTAATTCAGGTGCTTTTATTCAGCAGTCGGTTTGCAGGTGTGCTGTTCTTGCATTGATTCATTGTTTGGCTTTCCTGTTGTTGACATACGGTAGTGGGACACAGCTGAACTGGCCAGAACATTGCTGATGAATGCTGTCCTTCCATACAACCATACTGTAAGTGTTTCCAACACATCTTCAGAATAAATATACACTTACACACATCTACACACATTCTTTTAGTGCAGCTAAAAGCTAATACGTCAGTCGTCTTGGACTTTACAGATAAAAAAAAAAGTTATTTTCAGCCATGATGATTAATTGTTCTTTGAGCAAAAGTGTTCAATAACAATCCCATGTAAAACAAAACTGTTATAATTGCACTACTGTTATGACTAGATTTTCTGTCTCATATGAGCGTACATCACTTCAAACAGACTTCTCAAAAGTACATATATTTTTTATTTTTTTATTTTTTTCTGCAAAATGTTTTAATGAGAACAAATTACTGAGTGCACCTCTAAAACAGCTCAAATAATGTTGGCAATGACTCTAGTATGTCTGTTCAAACAGACCTGAGAAAATAAATTAAATTACTTCATAATTCAGAAACAAGGTGTATTTTACATTAGGGGTGGGTAAAAACATTGTGTTATTTGATGCATCAGAATCTTAATCTTTTAGTTTTTGCTTTTTCAGTTGCATGATAAAACTTGCCAAATTATTTTTGAACAAACATGGTCAGTTTGCCAAACACGCAGCCAGCTCTGTCAAAGTTAAATTTAAGTATATGAGAATATTTCGGAGTAAATTTGCAATGCAGATACATTTGTGACATGCTCCATCATTGAATTGGGTGTTTTTGAATCTCAAAAGTGTCCGCGGATATAACCCAGTGCGTGCATCACTAGTAGGTGCCGCGCTGGACTGCTGCATCTTATGAGGCAGCGGCAGAAACGTAGGTTTCTGGTATGAGCGGCTTTATTCTGTGCAGTCGTCTCTGCCTGTCTTAATACATGTCCTCCTCCTGGTCCAGCACTTTGCAACAACACAAGCTTGTTTCTGCAGCGACTTTCAGCATGTTTCATATAACAACGTCTGACGATACATTTTAAGTGGTGTGAGAAAGTCACAAACCACGCAAAATTCGATCAGAGCAGTCAGCCATGCATTCCGTTAATTTTGTGAATTGGTAAGTTTCGTCAGGGCGTGAAGAAATATAGAGCTGAGTGTCATCAGCGTAACAGTGAAAACTGATGCCCTGCTTCCTAATGATATCTCCCAAGGGTAGCATGTACAGAGTAAAAAGCAACGGTCCTAGTACTGAGCCTTGCGGTACTCCATACTGAAATTGTGATCGATATGACATTTCTTCGTTTACTACTACAAACTGATAACGGTCAGATAAGTATGATTTGAACCATGACAATGCAATTCCACTAATGCCATCGTAATTTTCGAGTCTATTTAAAAGAATGTTGTGGTCGATAGTGTCAAATGCAGCACTAAGATCCAGTAACACTAATAGAGAGATACAACCACGATCTGATGATAAGAGCAAATCATTTGTAACTCTAATGAGAGCAGTCTCAGTACTATGGTACGGTCTAAATCCTGACTGGAAATCCTCACAGATACTATTTCTTTCTAAAAAGGAACATACAGTCAAACCAAAAATTATTCAGACATTTTTGATATTTTAGATATATATTTACTAGTGGGTGCAGGACACCATAGTTCATTTATGTAAGTGAGGATAGCAAAATAAAGTAAACTGTGACATATTATACCCCAAAATTTTTACTACCAGTAAAACTGATAAAAATTTGGAACCAAAAATTATTCAGACACTTTGACCTGACCATGTTTTGCTGAAGTGTTATCTGACATAATTAAGATATATTTTTTCTGACACAGTTTAACTCTGATATCTTGTCATATTTTATTACCATTTTTTTAACTATAGTGAATAAACTGTAATAATGAATAAAATGTTCAAGGTATCTGAATAAATTTTGGTTTGACTGTAGTTGTGATGATACTGCCTTTTGTAGTATTTTTGACAGAAAAGGTAGATTCGAGATCGGCCTGTAATTGACTAATTCTCTAGGATCAAGTTGTGTTTTTTTTTAATAAGAGGTTTAATAATAGCCAGCTTAAAAGTTTTTGGTACGTATCCTAGTGATAAAGATGAATTAACGATATTAAGAAGAGGATCTATGACCTCTGGAAGCATCTCTTTCAATAGCTTAGTCGGTATAGGGTCTAACATACATGTTGTTGATTTCGATGATTTAACAAGTTTAGACGATTCTTCCTCTCCTAAAGCAGTAAATGAATTGAATTTTTCCTCAGGGACACTACAATGCACTGTCTGACGCGATACTGTAGTAGACGGTTGCATGGTTATAATTTTCTCTCTAATATTGTCAATCTTGCAAGTAAAGAAGTTCATAAAGTCATTACTGCTGTGCTGTTTGAAAACATTAGAAGTTGAAGCTTTATTTCTCGTTAATTTAGCCACTGTATCAAAAAATACTAGGATTGTGTTTATTTTCTTCTAAGAGATTTGAAAAATAAGCAGATCTAGCCATTTTTAAGGCCTTTTTGTACTCAATCATTCTCTCTCTCCACGAAATGTGAAAAACCTCTAGTTTTGTTTTCTTCCAGCTGCGCTCCATTTTTCTGGCTGCTCTCTTAAGGGCTCATTGTACCATGGCATATACCATGACTATTTTCCTTAATCTTCTTTAACCCTCTGTGGTCTGAGGATTTTCGGGGCCCTGGAGAAGTTTTGACATGCCCTGACATTTGTGCTTTTTTCAGTTGTTCATAAACATATTAATGGAAAAAGTGTTATTACACTGTATTCAGCACAAACTAGGCTACCATAATATGTGAGGAACATGTATGTACATGTTTGTGTTTTTGAAGGAATAACGTTTATGCGTGGTTATTGAAAAAACAAAAACTTAAGTCACTGAAATAAAGCCAAAAAATATATATTAAATCTGTGTTCACAAGACTTCTGGGTATTGGAGGTTGTAGACTAGAGTTTTTGCTTCAAAATGATGTAAAAATTATCCTGCATACTCGTTCATTTATAACAATATATTGATTTAGTTTTTGTAAGACACTTTTTGTCAAGAAACACAGTATGCGTGGAGGCGTGAATCATCATGAATAATGGGTGATTTACACCTGAGAAGACAAAAGAATCACATAAAGAACCTCTAATGAGCTGCATATTAATGAGGCCTTTCAGTCAGGTAGGCTGTGAAAAAACCCTCTGTGATCATGTCTCAAGCTCATCATGGTGTATATCAAACATACAGAAAAAACAGCAATACTGTGAAATATTATTACAATTTAAAAGACCCGAGGGAGTTAAGTGCAAAGGAGCAACTGAGTCTAATGTTCTGGAAAAGAGATCAAAAAATCTGATCGGATATCAATCAAATATGCACAAAAATGGAATTAGGACAGACAGTCTGTCAAGGCTTAGGTTTGGTGTTTTGTTATTTTTGATAAAGTCTCACTTTTTAAATTATGCTACTTTTATCACGAAATTCGAATGATAAATGGGACTCGAATGATAATAGGCTATTTGTGGACCTTTTAATCGTTTATGGGTATAAATTCATTTTATATGTTTCTGGCTTAAGAATAATGAATGTTGTGAAATTCTAATTAGGTTGTGCAATAAAATTTATTAAAGTGACTTTCCTGCCTTTCCTCAAAATATCTTATATAATTTTCATAAATAGAAAATGCATTTTGATTTAAGAATTTTTAGATATTTGCATTTGAAATTAGACAAAAATACAAAAGTATTTAAACATCTCTTACACTTTAAAAAGGGGGAGGAGACCGAAAGAAACTCTGGGTTAATCGAAGAAAACCTGCTCCCAACCAGGTTAGGTTCACAGAGTAAGTTACCATAGTAACTGACTCTGAGTATAAATTATGTCTCTTTCAGAAACAGGCTTGACTTACCCTGCTTTCTCGGGTTTGGCATACCTCCCATTCTGAAACGGAAAACTCAGAGTTTCCCTCATTTCAAGGTTAACATACTCAGAGTTTTCACTTAACCTCCTTTTCTGAAATGGGCCCCTATTACCTCGTTAGTCTTGTCAGCCGTGTCTCGTTTCCCTGATCAGTTCACTATGTATTTAGCCCTGAGTTTTGCTCTGTTCAGTTGTCAGTTATTTGTTATGCATACGTTGTTGTTCTGTTCCATTTATCCTGTAATCCGGAGTTCTGTTTAATAAATACCTGTTACTGCTGCATTTAGATCCTGCTTCCTCCTTGTTTGCAACTACGTGTGACAAGTAGGAGCAGTATTGTTAGATTTTAGCTCAGCTTTTGATGTATTGGATCATAAATTACTGCTGGACAAATTGAAATGTTACATATGTAATTCTCATACTATACATTGGTTTAAAATTGATCTGTCTAATAGGGGACAATGTATTTTATAATGGAAGTTACTCGGATGTGAAAGAGTTGCAATGTGGTGTGCCTCAAGGAAGTTGTTTGGGACCATTATTATTTTCTATTTTTACCAGTGATCTTCCTCTTGTTTTAAAGTGCTGCATCAATTGAGCAATTGTCTACTACTTTGGATGACGTTATAAAGTGGGTATGGAATAATAAG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>TU432468
AAACATCTTACATCATCCACTTGCTGCTCAAGCTTTGTCTTAGATTTAGTCAGAGTGTTGACTTTGTCTTCCTCTGCCTGCAGGTCATCAAGAGTCTGCTGGTGTGCCTCTTGGAGGGCTTTCTTCTCTTTGGTCAGTTTGGCAATGCTCTCATCCTGAGAGGCCATCTCCTCTGTCAGGTTTTTAACCTAATTTCTGTTGCATGTTTCTCCTTCTCCACTTTGGCCAAGGTGAGCTCTAGGTCATCGATGTCTTTCTTCAGTTCAGAGCATTCGTCCTCCAGTTTCCTCTTCTTGGCAGTGAGTTCAGCATTGATTTCCTCCTCATCCTCCAGTCTCTCGTTTGTCTCTTTGAGTTTTCCCTCGAGCTGAATCTTGCTTTTGATGAGACCTTCACATCTCTCTTCAGCATCAGAGAGGTTTTCAGTTTCCTGTTCATTGAGATGGATTTAGTTTAATAGCTTATGTTCATAGCTATTGCATCTATATTATTTACATGGTAATAGTTTAACACAAGTTTCTAATGAACTTACATATTCTATGGTTAATGTATTAGCATGGTTAAAGGAAAATTGTTTACAACTAAATGTGTCTAAAACAGTATGTATGTTTTTTTTTTCCCTAAGTCAAACAGTATCAGTAATGAACCAGATGTTTTTGCGTCTGGGGTGAGGCTGCAGGTAGTTTCTCAATATAAATACATTGGAGTATTGATTGATTCTAAACTTACATTCAAAGCTCAGGTAAAAAAGGTTTGTAAGCAGGTTAAGTTTATTCTTTGTAATTTAGGCTTATTAGAGATTATGTGTCACTAGAGGCAGCTAAGATGTTTAAGCACTCTATGGTTATTTCTCACATTATCTGTTGTTTAACAACCTGGTTTCAGGTGAGTTCTGTGACTCTTAAACCATTAGAGTCTTCATACAAATGTACACTTAAAGTTCTTGAAGAAATTGGTACATTTTCATCATTGTTCAATATTAAAAAATATAATCTGTTGAGTTGGGAAAATATGATTAACTATGCAAATGTATGCCTGATGTGCAAGATTAACTATGGTTTAACTTCTCCCCCTCTTAGTCAGTTACTATCGGAACAACTGCTTATCGCTCCAGAAGAGGTGCGTTAAGAGGGGATTGTATTATACCACTCAGATGGAGTAATCTTAGTCAGTCTGCTTTCTCTGTTTAAGCTGCACGACAGTGGAATGCTATTCCAGCAACTATAAGAGAACTAGATACATATCAATTAATTAGAGTTCAGGTGAAGAAATGGTTTATTAATAATTAGCTCTGTCAACATTAGAATTTACACCTGCTGGCTGTCCTGCTATTGTTTTGTATTTGTTTCTATTTTATTAAGTTGTTTTTATTGATAGATGGTTTTTATGTAGTGTGTTATGTATTTGTTTAAATTACTAGTATGTAATTTAACCACATATTTCTTTCTAGGGTGACTTGTAACATTCTGTCCATGGACTACAGATGAAAAATAGCCTTCAGCTAATTCAGGTGCATTTACAGAAATGTTTTATTAATGTGCAATGTCCATGTTAACTAAACAAATAAATAAATAAAAAATAAAAATAAAAAATAAATTAGGATCAGTAAGAGCTGAAATACTCACAGCTGCTACTTGCAGTTGAAGATCGTTTTTCTCCTGAAGAAGTGACACCATTTTCTCCTCAAGCTCTTTCTTTTTAGCTAATGCCTTTGCTAGATCCTCCTTCATTTTCTCATAGTTCTCCTTCATGGCTGCCATTTCTTTCTCAGTCTCTGCACTCTTCAGAAGAGGCTTGATCTTGAAGTAGAGCTTCATCCATGGCCAATGTTTCACATTCATGAATGAGCGGATGTTGTATTGGATGGAATAAATTGATTCTCTCCTCTCCATCATTTTGACAAACTCCTTCCTCATGACATATCCACGGCACAAAGCCTGAGTCATGGTAACCAGTGTTGCTAGTTTCTCATCTCTCATCTCCTCAAGAGTACCCAACAGACCAGCTTTGAAGAACACCTTGGTGTGTCCAAACTTGTATTGGGTGTGGTCAACATCAATAGAGCCCAAGAGTTTCTCTGAAGCCTTTTTGTTGTCAATGAACTGGCCCTCAGGGATGACGCTAGCATTTAATACTTTGTATCTCTGCTTGAAGTCACCATAGAGGATTCTGCTGGGGAAACCCTTCCTGCAGATTCTGATGCCCTCCAGCACACCATTACACCTGAGCTGGTGGATAACCAGGTAGTTCTCCATCAGACCTGGAGTCTTGGACTCATTAGGAATCAAGCAGCGCACAAAGTGAGGGTGAGTGCTCCTCAGGTTAGTCATCAGCTTACCCAAGTTCTCCCTAAAAAGTGCAGAGACAGTCTGGAAGGAACCACCCTTCTTCTTCTTTTTTCCACCGCCCTCAGCTGTTTCATGTCAATAAAAAAAAAAGTCTTTATTGATCTTGTGTTGCTTTCCATTAAACCCTTTAATAAATCTCTATTTGAATCTTGTTGAATCTATTTGTTATCTTGCATAGTTATGTCATATTTTCATGAAACTTTAGAATCTGTGATCACATAGTGTGTAACACTCTGAAAATCTTATTCTTTTCTCTGTTTTTTTATATAAGCATGTGTCTTGTACATAGTTAAAAACACAAAGGAAATGCAGATGTTCATACCTTCAGCAGCTCCATGAGTGGCATACAGGAAGGCCAGCACTTTGAGCGATGACTTTTGGTAGAGTTGCACAACAGAGTCGTTCAGTGGATCCTTGTTCTTGTCCAACCAGCCATTAATGTTGTAGTCCACAGTGCCGGCGTAGTGCACCAGAGAGAAGTGGGCCTCTGCCTTACCTTTGGCAGGCTTGGGCTTCTGGAAAGCTGCACATTTGCCCAGATGCTGATCATGCAACTTGTTTTTGAAGCTTGTGTCTGTAGCTTTGGGGAACATGCACTCCTCTTCAAGGATGGAGAAGATGCCCATGGGCTGTTGAAGAAATTCATGCTCAAGTACAGGCACAATATGGATAATCATATTAATTTGCTGAAGGTCCTCTTACCTTCTCAATGAGCTCAATGCAGGCAGCCAAGTCCATACCAAAGTCAATGAACTCCCATTCAATGCCTTCTTTCTTGTACTCCTCTTGCTCCAGAACAAACATGTGGTGGTTGAAGAACTGTTGCAGTTTCTCATTTGTGAAGTTGATGCAAAGCTGCTCCAAGCTGTTGAACTGATAATTAAACAGAGGCAAATTCTTACTGCTGACTGTTATCTTTTATGTCTTGATTCTTACACAGACATTAATAACTGATGCTCACATCAAAGATCTCAAATCCAGCGATGTCCAGCACACCAATGAAGAACTGTCTTGGTTGTTTTGTGTCCAACATCTCATTGATACGGACAACCATCCACAAGAACATTTTCTCATAGACAGACTTGCAGAGCGCAGAGACTGCGTTGTTCACCTGAGACATTCAAAGGTCAGTATAGATCATATTATTACACTTTTACTTCTCAAGACAACTATGAATATCTATGAGACATTTCTAGCTTTATTCATCTATTGAGTAGAGTAGATAAGTGATCACCTGTGGTACTGTCTGGCCTTTGGTCACCATCTCATTTCCGACCTTCACTCTGGGGTAACACAGAGCTTTCAGCATGTCAGCGGAGTTGAGGCCCATGAGGTAGGCGATTTTATCAGCCACTGAGGAAGAACAGAGAAGTTTTATGCATTATTATTGCTAATGAAGTGAATGTTCACCTGTTAATATGTGCTAAAAGTACGTCTTACCCTCAGTGCCATCAGGTTCGGCCTGCTCCTCTCTCTGCTTCTGTTTAAACTTCATGTTCCCATGATGCATCACAGCACCTGTCAGCTTGTAGATGCTGATTTTCTCATCAGCACTGAAGCCCAGAATGTCAATCGCAGTCTGTTTATACAATGACCAAATGAATCACACATTATTAATTAGCAAATATGTATGTCATGCATTATTCAGTTTATGCTAGTGTTTTTCTAATGTTTGTTTGCTNN

Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU432483 False 8246 lncRNA 0.37 6 835113 844630
TU432468 True 4031 lncRNA 0.39 8 900644 916060

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000186_00796544_00798374 NA coding upstream 36304 796544 ~ 798809 (+)
CI01000186_00773514_00774851 NA coding upstream 60151 773322 ~ 774962 (+)
CI01000186_00697638_00721963 SPEN coding upstream 113150 697583 ~ 721963 (+)
CI01000186_00692336_00696891 NA coding upstream 137827 692258 ~ 697286 (+)
CI01000186_00676085_00686938 FBXO42 coding upstream 147463 675557 ~ 687650 (+)
CI01000186_00941016_00950379 NA coding downstream 23479 939539 ~ 950529 (+)
G378290 NA non-coding upstream 35758 755360 ~ 799355 (+)
G378352 NA non-coding upstream 80892 753992 ~ 754221 (+)
G378351 NA non-coding upstream 81384 753509 ~ 753729 (+)
G378350 NA non-coding upstream 82688 752129 ~ 752425 (+)
G378327 NA non-coding upstream 184959 649812 ~ 650154 (+)
CI01000186_00413028_00415878 SFRS3, SRSF3 other upstream 418790 412601 ~ 416323 (+)
G378108 NA other upstream 821618 11415 ~ 15229 (+)

Expression


Co-expression Network