XLOC_012186


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_012186
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 30077331 ~ 30082713 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00024919
ACCAAAAGAAATTGCATTATAATTGATATTGAATGTGACTTTGATTTCATGTCATTAAActccagttatttatttaactttacccTCAATAGTATCCTCCTAAAGTTCATCTGTAACTTTTTCAAGCTTCATGTGGGTGTACTATGAGTCAAGAGCGAAGTCTTTCTCCCTGGGCATCTTATTTTTAGACATTGTACATGGGCTAAAGACCTAATGACATTAATTGTGACTTCAAGCTAAGTTTACAAAGTTTTTGGCCTAGAAAGTGCCCGGTGGCCTGGCGTTAGACCTGTTGGAGGGCCTCTGTTCATTACCGTTATGGGCAGGGGGTggtctgtatgtttgtgtgtgtgtgcgtggctgTGTGTATTATGGTGTTTTCAGGACCAGGCTGTGAAATGCCGGTGAGGAACAGCCTGCAGACTGTTTGCGCTGATGTCACAGAGAggtatgatgacgtgtgcagttAGGTCTGTCAGTGTTCATCCATCAGCAGTGTGGCCGGTCACTGGCCTCTCTCCATCCCCACAGCTGAGACCAATGTGGACAGACAGTTGGAGCCCCTCGTATTTAAAGCTAAGAAGTTCAGACAGATGACACCCCTCAGGGAGGCCTGCAATTGTGAGTCCCCTCGCCTGCGCCTTTTCTATTTCCCCGAGTGAGGCGAGAGATCCTGCTTATTGCCTGTCACTCACTATGTTTATTTGGACAACAATATTTTCacatgattaagataatactctgattaaaCATCTACCAtcagtacgtttacatggacagcaATATTCCTCTATTAACATGATTAACATGAGGTTTTGATCACGAATCTATCAAGTAAACAGAGATTTGTGATTAACTCAATCTGTTGAAAATCAGAGTTGTGTCAGgtgaatatttacattagttcaCTATAGTATACACTGTCAAACTTTTCGTTGTAAATTTACAGAATAATACTGGTTGCTGGGTTGCCAGCCACATACTGGATTTTTACTGCACCACTTCTGTAAattctctacactgtaaaaatgtgttctgtaaattaacagtaaaacACTGGAAGTTCCAGTTGCCAGAAATGTTCTGATATTTTAAAGtctgttgctgtaaaaatacatgcactGAATTAAAACTCAAGTAAACTTATTTCATTCACAGAATAGACTACCTCAATTTGACCAACTGCTGTTAAAGTTtctgaaaaaatatttctaatgAGTTGTATGATTAACGCAAGCATATTTATAACAGTAacttatttttgttatttctaaCCATTCAATttaacccaaatctcttgttgctcaattgtcaataattcaaattaacacaatttAATTTCCGATTGCTTGGgcagatttttattttgataccTAATAATTAACATAGAGACTCTCACTATATTAGTATCTACACATTACTGTATTTGAATAAAGAAACATGCAGAAAAACATAAATTGACTCAAACtttggctctactctcctccacaaggGTAACGCATAAAAGGGACAGAGGCAATTTGATGCAAGTTTTActgaaaaaatacagtttttcctTGATTTTACAGAATAATAATGTCAGCTGGGTTGCCAGCCATGTATTGTGTTTTTACAGTCTACTACTGtagtttacatttaaagtatattactgttaaaatacaattatacacAGTTTTACCGCTTAAACCCCCACAAGAAAATCCCCAGATTTAATGAAAGCTTCCATGTCTTCACACTACGGAGTGCTCAAGATACAGTGAAACACCGCTGAAGATAATGagttaattatataataattaaggATTGGTGATTAACAAATACTGtttataaaaagaaacaaaaactacaactgacttcagtcaAAGCTTTGTAATGAAATCAACTGAAGTACAACAAATTATTAAATCactaaaaattcaattaaaaatgattaaatcacTAAAAATCAGCAGATAGTCAAAGCACTCAACAAACAGCATTACCAGCTATGCTTATTACTAGCCTGGTAAATTTTGTCTTACATCCACAAAAGTTCTTCTTGAGATAGaactttacatttaaagtaatcgTCATGAAGAACAGTGTTAGCATTAGTTGGGCTcttaactttttatatatttatttatttatttattgtggctGTTCCTTTTAAgaactttgttttaaaaatttatttgttacagcaaacaagccaagcaaaaaaaaataaataaacaaataaaatgtcagGTGTTGCTAATTTTCTTTTAAGTGAGGCAGAACATATCCTGAAATTGTATAATTCACAGACGTTATCCAATGTTTGATCCATTATTAAAAGtagtagttattaaaactattgttaaaatatgtgttgaaactaaatattataatataatgtaataatataatatttaaaaaagaataaaaatttcaatTGAGGGTTAATAACCAGAATACACACACAACAGTGATTAACAACATACTCTGATTTTGCAGAATTAAACACATTCCAGTCATATTTTGTTGATCTTTTTGTTGAACATCGTTGCTGTCTAACTATGTAATCCTAATCTAATTCTTTCAATTAAAACTAATCTTAACTTTTAAGTTATTCAagtctaaacttaacataaacattAAACTTGTCTTTTAAATCTGATTGATTAAAATGTTGTCAATGCTGGAACATGTTGCACTTGCTAAAATCAGGTTCTGAAGTGGTCAACATTTTGatagcaaacaaaaaataacactttttatatGCACTATTTACACATTTAGTTAACCTAAATCTAAATTTTCTTCTTTAAGTTCAAAAGATCAGTTTTGtgaaaaaactttgcaagttcacccaaaaaaacgCTAAAACACCCAAAAAGTTGAGTTAATCTCAGACCTCCCcacttgaaaaaataaaagttgcAGTATTTGTAACcctaacaacaacagcaaaaataatagtaaccaataataacattaatgtcattaatattaccaacaacacaacaacaaaatactACTGCAATAATGCTAATGtaatttgaaattatttatttgtaattcatctgtgtcaattaaatgttttgttaacatttgtctccgttttaatttcattttttttttctcaattgatCTAGGTTTGTTTGTTCTGAAAATGTATTATTCCTTAGTACCAATttccaaattagtttttttttcactcaacttcagacaatttaggtcagtgcaactgatgttttcaaaaattgagtaaacaaagaaaaagaaagcaattatgcttttttttgttcactcaacttaagGCATTCCAGTTCTACGAACAAATACtgttcagttggcacaacttaaagCTACTCAAAACAGTGTatagtacataaaaaagaaaaatatatatttatatgtaaaaatgtaagggGAACATCTGATGGCATTAAATAGggcagggttgtccaaactcgatcccggagggccggtgtcctgcatatttaagttttaaccccaattaaacacacctaatccagctaatcaagctatttCTAGGCATACTTGAAACttctaggcaggtgtgttaaaggaagttggagctaaactaggacaccggccatccaggactgagtttagacacccctgaagTAGGGAATGTCATTATATCGTCATCGTAATCATAATATCGTCagaataagttaaataattagaTTACGATTGTCCATGCAAGCATAGTTGAGTGTTTGGACTCTGTTGTTGATTATAGCTGGTGATCAAAGAGTCTATCATGAACCTCTGCTTGCGTCTCTCCTGGAGCTTTTCAAATGAGATGTAAAAGGGAGAAAATAAGGCTCCATCTCATTCTGGTTGCCTAATACCGGGAGACACTTTGAACAAGTGGAAATATGACCCGTGGACCACAAGCCACAAATTCTAAATCATTGATGAGATGCTCCTCTTAGCTATACGCTCTAGCCGCGTCTGTCAATCTTCTGCGCCAATTATGCACCGCCATCCTTTATGTTTTTCAAGGAAGAGGTTATGTTTTTGCCGTGACCTTCTCTTAATGCCGGATTCATGCTCGAAGCATCCTGTGATATTGTTCTTTTCCGTCACATCAGAATGATTGctgtcattttacattttatttgattgcCTGCTACTAAGATTAACTGCATGACTGAAATGCACACCTCTGCCAGCTGTGTTCATTGAGGATCAGTTGAGGTTTAATACTGTAGCTGTCGAGATGTAGTTCTCACTTATGTTGTGTTGAAATGTAAACTTTGtcaaatgtgtttttaacagaaaaatagtTTCTAGTAAAGAtctgaacagatttttttaaactctaGGCAGCATTGGATGATGATATACTACTACGTTTTCAAGTTCAGATTATAACACAACAATCTTGTTCAGAAACACAAGCCTTGCTTTTAAGAGAAAAACTAAGAAGCTTGTGTGAAGAAAATGAGTGTCGTAGATCTCTGTGCTGagtaaaaaaagacacaaagcaAGAAAAGTGCATTTGGATATAGTCTTGGGTAAATCAGTATGGTTTCTACAGTGTGAGTTAAAGTTATTTGTGGATTTGTTCAAAAACAGAAGTTTTGTGACCCTAGACTACAAAACCAATCATATAAAGATCAGTTTTTGAAATTGAGATTTAAATATTATCTAAAAACTGAAagaattatttttctatttatttccagtttgaaaatctggaatctaagGGTTTAATAAACCTTAAATATTGAGAATTGTGCCTTTAAAGTCAATAAAGCAATGAAAATGCCTTTAAAGTCAATAAAGCAATgaatattactaataaaaaaatattttaataatattttggttagaaatgtaaaaaatgtattcatgGTAGATTGTAATAgtgtaatgattttaaaatataaattttaactCATATAATGTATTCTTGGCAACGCGATCTCACAGCAATTTatagctttttgatttagtggacaattaattttcttttttacaatctCATTTATCTATTTAAGTATGATTTGTTCACCCCTAAtggggggtagggttaggggtggggttttggGGCATGTTTCCTTCTAAAAATCATACTAAATaatcacttttctgacaatacgtaaaatcaacccaggctcattctgaacagACAGTTCGacagttttgaaaagcaatccagaaaaagagaaGCCCTAGCTGgacttttaccatgtttttagatttgaccatattctcaccttgttatttacttgtttattctattttttggcttttgtttttgtcttacctgctttttgatacagttcttcaccggactcaaaccccgtcgttgtggtcaactcctctctgtctCTCAAGTCTGCAGACGTACATGGCGAGttaactagacaaactggtaaca

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00024919 True 5383 lncRNA 0.34 1 30077331 30082713

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_012185 CR377229.1 coding downstream 23174 29976009 ~ 30054157 (-)
XLOC_012184 esrrga coding downstream 175144 29797876 ~ 29902187 (-)
XLOC_012181 ush2a coding downstream 305692 29376854 ~ 29771639 (-)
XLOC_012183 CT027582.2 coding downstream 354118 29722085 ~ 29723213 (-)
XLOC_012182 AL928842.1 coding downstream 440010 29637205 ~ 29637321 (-)
XLOC_012187 si:dkey-27l15.1 coding upstream 57386 30140099 ~ 30225524 (-)
XLOC_012188 NA coding upstream 195418 30278131 ~ 30280713 (-)
XLOC_012189 NA coding upstream 223502 30306215 ~ 30369525 (-)
XLOC_012190 NA coding upstream 316236 30398949 ~ 30409759 (-)
XLOC_012191 si:ch211-175f11.5 coding upstream 387031 30469744 ~ 30473374 (-)
XLOC_012179 AL845481.1 non-coding downstream 804250 29272963 ~ 29273081 (-)
XLOC_012176 NA non-coding downstream 852420 29216066 ~ 29224911 (-)
XLOC_012193 NA non-coding upstream 490859 30573572 ~ 30593058 (-)
XLOC_012201 BX571712.1 non-coding upstream 1013613 31096326 ~ 31097541 (-)

Expression


Co-expression Network