XLOC_012189


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_012189
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 30306215 ~ 30369525 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00024923
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>TCONS_00024012
CCACTGCAATGGGAGATAATaaggccatttatatggatgtcAGTGGACAGGAAGCATGACCATATCTGGACTCTGAAGGACAGACCATCAGGTCCTCATAAGGAAATGCTGCAAGAAACCATAGTGCTGAATGCTGTACTGTGGagcactatccctttaaatgtctgCCAACAGGACAGTCTTGTCTGGCTCTTTGGATAGTGTCAGAACGTTGTGAGTGGCCATGAGATGTCAGCGTGACAGGCAGCATCCTGAAGCCGCCAGCGCTTGTGCATGGCCACTGGGCCGACACATATGGCCATTCCTGCACCCCGAGCCGGCCTCCCCGAGGAACACTTTGGAAGAGGGTGAGATTGTGGAGGAAGGTCGTGATAAGTTCGGATGCCGTTGTGCCGGGAGGGAGGAGGTTTGAGTCTGGGCTGGAAATGAACACTGAGGTAGCAGCGGTCAAGGTGAGATGTCACACATGATATCATCACAGGTCTTGACAGCTGATGAACCGCTGACAGATAAATGAGCCATGAAAGAAA
>TCONS_00024924
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>TCONS_00024925
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>TCONS_00024926
TCACCGTTAGTTAATTGTGAAATCACTCAGATATTCCAAGGGAATTCGGCAAGGATCGCACTGTTCATGTACATATCTCCGAGATGCGCGATTGAGCCGCGTCTCCGCTGGTCACTGGCGGTCAGACTCCGTAAAAATGCCGCTGGCCGCATGCCATAATTTCTTACTGCGATCTGGTCACCCCTTCCTCTCTCTGTGATGGTGTCGACCCTTCATTCTCTCCCTCAAGTCCCTGTGGAGATGGTATCGCCCAACGTCACCGCTTGTTGAGCGGGATTTAGGACATAAGTGTTGAAAACAGTCAGGTGTTTAAAACTTCAGGCACCGGAACCTAATGAGAAAACAAGAGCTGGAGCCTGGCCAGAAAAGGAGAACTTGCTGGTGATTCATTGGACTAGACCAGACCAGGTTCTCCACTGCAATGGGAGATAATaaggccatttatatggatgtcAGTGGACAGGAAGCATGACCATATCTGGACTCTGAAGGACAGACCATCAGGTCCTCATAAGGAAATGCTGCAAGAAACCATAGTGCTGAATGCTGTACTGTGGagcactatccctttaaatgtctgCCAACAGGACAGCAGTTCAAATATAGGATCACAGAAGACACCTCAGAATCATACAGGAGGGTCTTTTACAGTGTCTGACACACACCAAAGGATCTCAGCTGTCTTAATATATGAATGCGACTCTGACTTCAGCCCTTTGCCatgcaatatttcaaaatttcttgtaaatataatatttttaaatacaatattttctatataatatacaaaatCATTTTAAGTATGATGTTATTACATTAACAGACTAACAAAACAATTAACGCAACATCTGCATGGAAGGATGGAGCAGAGGCAAGTGTTTTATCACTCTCATGCGCACCCTCACTCTTGCTCTCAGCCCTTCACCTGCTCTTCTCCTGGAGggctacaaaatgcagcagctgaTATGCATGGAGCTCAGTTCCCCTGTCCTCCATCATCCAGTGGCAGGGGAGGCAGGCTCTCTGTGCTGGTCTACCGT
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Function

GO:

id name namespace
GO:0033596 TSC1-TSC2 complex cellular_component
GO:0031462 Cul2-RING ubiquitin ligase complex cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000097668

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00024923 False 2016 lncRNA 0.41 5 30306215 30369525
TCONS_00024012 False 530 mRNA 0.51 3 30307454 30366705
TCONS_00024924 False 1231 lncRNA 0.48 4 30326532 30369351
TCONS_00024925 False 1400 lncRNA 0.48 4 30326532 30369525
TCONS_00024926 False 1040 lncRNA 0.45 4 30353737 30369525
TCONS_00024927 True 4401 lncRNA 0.35 1 30364855 30369255

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_012188 NA coding downstream 25502 30278131 ~ 30280713 (-)
XLOC_012187 si:dkey-27l15.1 coding downstream 80691 30140099 ~ 30225524 (-)
XLOC_012186 NA coding downstream 223502 30077331 ~ 30082713 (-)
XLOC_012185 CR377229.1 coding downstream 252058 29976009 ~ 30054157 (-)
XLOC_012184 esrrga coding downstream 404028 29797876 ~ 29902187 (-)
XLOC_012190 NA coding upstream 29424 30398949 ~ 30409759 (-)
XLOC_012191 si:ch211-175f11.5 coding upstream 100219 30469744 ~ 30473374 (-)
XLOC_012192 itsn2b coding upstream 103982 30473507 ~ 30521043 (-)
XLOC_012193 NA coding upstream 204047 30573572 ~ 30593058 (-)
XLOC_012194 sh3yl1 coding upstream 235294 30604819 ~ 30652738 (-)
XLOC_012183 CT027582.2 non-coding downstream 583002 29722085 ~ 29723213 (-)
XLOC_012182 AL928842.1 non-coding downstream 668894 29637205 ~ 29637321 (-)
XLOC_012201 BX571712.1 non-coding upstream 726801 31096326 ~ 31097541 (-)
XLOC_012203 BX571712.2 non-coding upstream 812425 31181950 ~ 31185243 (-)
XLOC_012208 BX539317.1 non-coding upstream 1014909 31384434 ~ 31384548 (-)

Expression


Co-expression Network