G394519


Basic Information

Item Value
gene id G394519
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000222
NCBI id null
chromosome length 845821
location 604240 ~ 706056 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU451929
AGTATTTGTGTTGTACAGCAAAAATCTTAAAGATTTACATCTGTACTAGGTCTACTATACATTGCACATTTCCAAACCAAAGCTCTAATGCTTATTTTGCCTTGAAACGTCAACAAAAACTCGAGCTTGGTGCCTGAAGCTCTCCAGGAAGGCTTTGCGCATGTAGTGTTCTGGAATTCCAGGAGGCACGATGATCTGAGACACAGTGGTGCTTTTACCAGGCCCCTGTTTCACATGGATCCGCAGGTCATAGTAGGGCTGAAGGTTGCGCTTGATAAAGCCCTCCATGTCGATACGGAGATTATTAGAGTAGATCAGATTTGAGTGGGCGTGGTCCACCAGGTACCCATTGTCCCAGCGACTGATTAAGATTTGCGCCTCCCTTTTCCATTGACTGCCATCGGCGATATCAAAAGAAGCTGGCTCCACAGTAAAGGTGATATTCTTGTTAACTCTGTCCTGTGCACATATCAGTTTTCTGTTTTTTAGGTCTCCTCTGTTGCGATTTTGAGAGGTGACATAAGTGCACTCTCCAGATACAACGGGCCCGCAGTAATCATAATCTGACCCTGAGGTCCAGCACCAGTTGTAACTATAACCGTGTAAGCCACATGAGTGATCTGAGCGACACGGCTTGTCTTTATAGGTTACATCCACATCTGGAGAGCAGTAATCCCATCCCTGTGCAGTATTGCACCAATAGTAGCCGTGATATATTTGGTTACAGTTGTCGTAACACACTGCTCCTGTCGTAGATCCATAATAGATCTTGCCGTCCGTCACCAGTCCACAGTATCTCCAAATAAGTGCATCAGGTCCACACCAATAATATT
>TU451930
AGTATTTGTGTTGTACAGCAAAAATCTTAAAGATTTACATCTGTACTAGGTCTACTATACATTGCACATTTCCAAACCAAAGCTCTAATGCTTATTTTGCCTTGAAACGTCAACAAAAACTCGAGCTTGGTGCCTGAAGCTCTCCAGGAAGGCTTTGCGCATGTAGTGTTCTGGAATTCCAGGAGGCACGATGATCTGAGACACAGTGGTGCTTTTACCAGGCCCCTGTTTCACATGGATCCGCAGGTCATAGTAGGGCTGAAGGTTGCGCTTGATAAAGCCCTCCATGTCGATACGGAGATTATTAGAGTAGATCAGATTTGAGTGGGCGTGGTCCACCAGGTACCCATTGTCCCAGCGACTGATTAAGATTTGCGCCTCCCTTTTCCATTGACTGCCATCGGCGATATCAAAAGAAGCTGGCTCCACAGTAAAGGTGATATTCTTGTTAACTCTGTCCTGTGCACATATCAGTTTTCTGTTTTTTAGGTCTCCTCTGTTGCGATTTTGAGAGGTGACATAAGTGCACTCTCCAGATACAACGGGCCCGCAGTAATCATAATCTGACCCTGAGGTCCAGCACCAGTTGTAACTATAACCGTGTAAGCCACATGAGTGATCTGAGCGACACGGCTTGTCTTTATAGGTTACATCCACAATTGGAGAGCAGTAGTCCCAGCCATTGTCAGTGTGGCACCAGTAGTAATCATCACTCGTATGATATCGGCATTCGTCCATGCAAAAATGATCTTCCTTAGACCGATGGAGAAACATCTTTGGTTCCACGGGCCCACAGTGTCCCCAGCCTCCCTCCTTCAGCCAGCACCAGTTGTAGTTTTGACCCCGCTTCCTACATGGACTGTCTTCTTTACACTGCTTGTTCTTGTAATCTGTAACCTGTGGAAATCAGTGTTCCAAACAGCAAACTGAGTTTTTCTGCTGGATATCATATAAAAGATGCGTCTTGTTTTATTAAATT
>TU451931
CCCCAGATGTAGACTTAACAAGTCACACTTCTAAAGATACCCGACTACGCCACCCCAGAGGCTAATATAGCAGGGAATCGCCTGTTACAATATCACCAAAAGGCCGTGAGACAAGTAAAGTATAAACAGCTTTATTGAAAATCAGTGAGTAACATCAAAAAAATACCAATCAATAAAAAAATCAATATAAAACATACACACAATTCTACTTCCACTCCAGGGTTGGGGCCTAATCCTCCTAAATAAAGAAAAAACAAAACCACCAGCTGCCGCACACCAGTTCTAGTTCACAAACTCAAAACCGCCGGTCTGGTGCCATATGATGAGGCTGTCTGCACCCCACCGCTACACAGGAAGCAGCAACAGTGTCCGTGTACGAGTATGCGGCCAACAACGTCCCGACAAGGAACCCACTGCAACGTCTCTCAATGCCTTGGCCTCCCCTTATGCTCTTATTATTCAACTATGCCAAGGTAAATCAAATTTTATAATCTAGGGCACCTTTAACACAAAAATAAGTTTTTGATGATGGTGAAGCTCTCCTACATGTAAGCTGCATCTGGATCAAATTTTGTGGTGATGGCATAAAGTAATCAAAAGTTACAGCATTTGGAACCAAGGTTGTTAAAATTTTTCCAATATCTTGTGATTAGTGCAATGGATTATGTTGATTTTGGGCTTTCTACGATCTGTGCGTGTTTCATGAAGTTCTGAGCGAAAATGCCATGTGAAATCTACATATTTGTTTTTAGTTAAATAAATTATGATAAAAAATTTTTTTCTATTTATCAACAAATAACTCTGCACTACTTAGGAGTTAATCGAACTGGATACATGCATTGTTCAGACTCTAAGGTTTTAAATGACACCTATTTTATGTTTATTAAGTCAGCTAGATGGAACCCACGGGCAGTAAACTCTGGATTAGAGGTACTTCTCAGCACTCATTAGGGAGTTTATCAAAATGGTTAGGTGCATTAAAAAGCTGGGTTTCTAAGCTTAAAAATGTTTTGTGTTACCTATATGGGTTCAGTTTATATTGGCTCTCAGGAGTGTCTTGAAAGTGTTAAAATGAACACTAAAATTAACACCTGAAGTAGTGTTCAAGTTAATAAGAACTAACCCTGCATCCCAATGTGCATACTAGCCACCCTATCCACCCTAAATAGTACTGAATATTACTAATGTCACATACTATTTAGGATGGATAGTATGCACATTGAGACACAGGCTAAGTGAATAACTGAGTGATGGTTGAACATTATTGAAGTCACCTGATTTTAACAAGCAGAATCACTGAAAGAGAAAATCACAATTTTAAGTCACCATTATGGAGATCGATGTTTGCTTTAGTTGTGTGATCAGGTGTAGTTGGTTATATTTTAATACAATCATCATTTGACCTGAATCACTGAACTCATTTAAAGCCTAAACTCTAAGTTAGATTTACCTTATTGATAACGACAGTTCTGTGTTTCTGCTGTGCAGTATAAGAACTGGCATTTTCAATTTAGTCAGTGAGATTTTTAAAAGTTGCTCTGGAAAAAAAAAAGTCTTTTATTTGACACAGACATCAAAAATCAGTGTATGAATCTCAACAACGGTGAAAAACAGCATATTCAGATAAAAAGATCATCTCTGAACATCACAAAACAAGCTACTCAATGGTCACATAAAAACAGCAAAAATGAAAGAGAATAGGAAGAATAAAATAAATTAGTAACACAATTGAGCTCATAATTTATTCCTGTTGCAATGCATGATGGGAGCCATGGATGAGTTTTGATTGGTAGCACCCAGATTGCACTGCAACATAAAAGCTTTTTAATTGCCACCATTATTGAGATTCATAGGCTGATTCTTGATGTAAGCTATCGGATCGTATTTATGCATCACATCAGAGTTCATTCTTCCACCAGAACCAGACTTGCATATGTCTGTTTGCTAATTATTATCAGGGGTGTGGAGATGAGTCACAAATTTGATGACTTGTGACTCAACTCGACATAGACTTTGACAACAATGACTTGACTTGTGCTTGAGCTCTCTGATTTGGAAAGACTTTAGTTGTGATCACTATAGGTTTTGTTCACTGGAGCGTAAAATCACACCAGCACGACTGGCTTTTGTGCTTTGGTTGGTGCAGAGCCAGAGACGGATGAGCTCAGCAAGCGCTTGTCAAATATAGCACAACTCTTTAGTGTTTTCAACCACATAATGTTGATTTAATGTTTCATACATTTAAATTTACATAAGTACTTGCAAACTATTTATAATAAAAAAATAATAAACAGCAATAATAAGCCTTTCAAACATAATTTGAAGACCTGCTTTTCATGTCAAATACAGATTGTATCAGTAACTATAAGGTTTATTTTTCTCCCTGAATACCAGCCACACACTTACATGTCTTTCAGGAGAAATGGATGAATTGATGTTATAAATACGATTAAAACTCTGTTAAAAAAAGTCTCTTTGTGTTCTTCTGAAAGATGATAGTCTCATACACCTAGGATAGCTTAAGTGTGAGTAAATCATTGGATAATTTTCATTTTTGGGTGAACTATCCCTTTAAGGAGCCTAAGTGTCTTTTAATGGAGTTGTTAGTAACAACAGGACCTAGGAGAAGCACTTAAGTTTTATTCAGTTTTTAGTTGAAAAATTGCAGAAAATTATTTTCCATCCAGGTCTTAACTTCCTCAAGGCATGAAAATAGATGATAAAAAGTAATTTCCTGGTTTGTTTGGAAAATAGAGTTGGAGAATGTGAGCATATCTATGATAATTTATGTTAAGTTTCTGAAAGATGGAGCCTAAAAGAAACATGTAGAAGGAAAGCAGTAGAGAGTCAATGATTGAACCCTGTGGAACACAACAAGGAATAGGTGCAAAAGGAGAAGTAAATGACTCAATATTAACAGAAAAAGTCCTACCCTTTAAATATGAGGCGAACCACTGTTATGTTAGGCCCTGAATGCCAACTACGCACTCAAATCGTTTCAGAAGAAAATCATGAACAAGTGTCAAAAGCAGCACTCAAATCTAACATCATCAGGATATCAGATGACCCAGACTCAATAGGCAGCAGAATGTCATTTGTAACTTTCAGCAATGCTGACTCCCCAGATAGCAAGGTGACATTGATTCAATGTTGAAATTCCATCAGAATCATCATTTTGGTTGAGATTGAAAATTCAATGCTAAATAATATTGAATCAACGTTGAAATTTCAATGCTTTTCAGTGTTGAAAAATACGAACATTGAATCAATGTTGATTTTTGGTCAGCTTCATTTCCCCATGTCAATTCATCTGTCCCCTCATTCAACACTTAATTCACATTAGCATTCATGCTCCCCATGACCCTTCCCTCTAGTCTAGTCCCACAAAAATAAATAAATAAATAAATAAAAATATAAATAAAAATTTAATAAATAAAAAATTCCTGCCAACTGAAGTGTGTAGATAAACTCCAACCAGTTGGAAGTCAGTGAGATGAATCAGCTGGACATTATTATTATAATAACGTTACACTCTTTCAACTTAAACAGTAAATTCACAACTACTCAAACATCACACCTGCACTTTAAGGATCCCACGTCAGACGTTTTTCTGACGTCACGACGCACGAGCGTCTTGAACTCTCTGCTCGAATCAATCTATTTTCTCTGAATGAAAGGTAGGTTGAACTTGGAAATTTGTTTTACTTTATATATTCGATAATGCAGCGTTTGAATGTGTGTTTTACAATTAATTAACGTTGTTTGTGAACATGAATACTAACGGAATCGTAATTAATCGAATTTAAAATGAATGCGTCCTTTACCGTGTATGCAGCGCGAGATATTTGAAATGCTGTGGGCGGGAAAAGCGCGTGATTCCTGACACTTTTCTAAGGCATGTTTATAAAAGCTACTTAAATAATTGAACAAAGGTCTGATCCTGGTTTAGCCTAAGCCCTGTCTGTGAAACCAGGTCTATTTGTTTGTCACCATGAAATGCCATTTTTACAGCCACTTGTTTTCCTTGAATGTGATGTTAATTCCTGTTCAAACAGTGTGTGGTTATAAATAAATACATTTGTATGTAAACTGAAGGAAGTTGTGAATTTTTCATTAAAAACCATATTAACTGCAGCCCTTACATTGTCTCCGATTGAAATGAGTAGAAATAGACATTTAACTGGCTTAGAATCTTGCTGTACGTAAAGCAAGATTGATTTGATATTGTTTCCACGTTAATTCAATGTTAAATATTGATTTAATTAAGGTTGAAAAAACATTGATTTTACAACCATCTTGATCTATTTCTCATCACTGAAATAACATTATTTCAGGGTGCAAACCTGATGAAAAATCAATTTAAAATTTAACATTGATTCAATGATAATTTGGTTAATGCATTAACATTGATTCAATTGTTGATTCAAAGTTGGTCTGCTATCTGGGTCAGTACTATGCAAGGCTGTAAAACCAGACTGAAACATGTCTAGAATGTTAAAGTATCCAGGTTTAGCTCCAACTTGTCTCAACACACCTGCCATGAAGTTTCTAATATGCCTAGTAAGCTGGTTCAGGCGTGTTTAATTTGGTTTGGAGCTAAACATTTCAGGACAGTGCCTGACAGTGCCCCCAACCCCCAAGCTCTAAGCTCTGTTCTGCTTATGTTCCAGTAGACTTAACATTGCTAAAATGTCCCTAAATTGCTAAAATAAATGTAAAATATAAAAAAAATCAAACCTGTGGAAATCAGTGTTCCAAACAGCAAACTGAGTTTTTCTGCTGGATATCATATAAAAGATGCGTCTTGTTTTATTAAATT

Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU451929 False 833 lncRNA 0.45 2 604240 706056
TU451930 False 979 lncRNA 0.45 2 604240 612337
TU451931 True 4819 lncRNA 0.35 2 607482 612337

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000222_00584243_00585193 NA coding upstream 19022 584001 ~ 585218 (+)
CI01000222_00531504_00560379 NA coding upstream 43526 531155 ~ 560714 (+)
CI01000222_00328639_00330158 NA coding upstream 273866 328639 ~ 330374 (+)
CI01000222_00315211_00317790 NA coding upstream 286154 315211 ~ 318086 (+)
CI01000222_00255680_00256841 NA coding upstream 347394 255612 ~ 256846 (+)
CI01000222_00772007_00787456 UBN2B coding downstream 65806 771862 ~ 787590 (+)
G394485 NA non-coding upstream 12387 591270 ~ 591853 (+)
G394486 NA non-coding upstream 20269 573474 ~ 583971 (+)
G394492 NA non-coding upstream 118021 478461 ~ 486219 (+)
G394478 NA non-coding upstream 144764 458218 ~ 459476 (+)
G394477 NA non-coding upstream 146193 457834 ~ 458047 (+)
G394544 NA non-coding downstream 9480 715536 ~ 715762 (+)
G394561 NA non-coding downstream 51949 758005 ~ 760127 (+)
G394482 NA other upstream 141774 461989 ~ 462466 (+)
G394294 NA other upstream 455330 132044 ~ 148910 (+)
G394293 NA other upstream 492117 109188 ~ 112123 (+)
G394303 NA other upstream 561393 31433 ~ 42847 (+)
G394559 NA other downstream 44291 750347 ~ 752670 (+)

Expression


Co-expression Network