XLOC_012328


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_012328
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 43641817 ~ 43649494 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00024979
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>TCONS_00024980
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00024979 False 6826 lncRNA 0.33 2 43641817 43649433
TCONS_00024980 True 7346 lncRNA 0.33 3 43641817 43649494

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_012327 rtkn2a coding downstream 18447 43610894 ~ 43623370 (-)
XLOC_012326 zfyve28 coding downstream 46953 43565628 ~ 43594864 (-)
XLOC_012325 nt5c1ab coding downstream 83323 43534115 ~ 43558494 (-)
XLOC_012324 si:dkey-21a6.5 coding downstream 108722 43519290 ~ 43533095 (-)
XLOC_012323 mrpl35 coding downstream 124275 43512876 ~ 43517542 (-)
XLOC_012329 egr2a coding upstream 14010 43663504 ~ 43677471 (-)
XLOC_012330 FO704797.1 coding upstream 58905 43708399 ~ 43718395 (-)
XLOC_012331 ahsa1b coding upstream 201022 43850516 ~ 43863700 (-)
XLOC_012332 NA coding upstream 354945 44004439 ~ 44010882 (-)
XLOC_012333 BX511267.1 coding upstream 409317 44058811 ~ 44058927 (-)
XLOC_012319 NA non-coding downstream 389897 43250258 ~ 43251920 (-)
XLOC_012310 NA non-coding downstream 1077665 42540854 ~ 42564152 (-)
XLOC_012308 NA non-coding downstream 1369219 42261845 ~ 42272598 (-)
XLOC_012306 NA non-coding downstream 1464829 42167187 ~ 42176988 (-)
XLOC_012304 NA non-coding downstream 1548981 42092334 ~ 42092836 (-)
XLOC_012334 NA non-coding upstream 420847 44070341 ~ 44116077 (-)
XLOC_012336 NA non-coding upstream 705330 44354824 ~ 44409623 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G157853 NA non-coding CI01000030 null 1821288 ~ 1821735 (+)
bowfin (Amia calva) G142482 NA non-coding CM030139.1 CM030139.1 21103820 ~ 21143131 (+)