G426343


Basic Information

Item Value
gene id G426343
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000304
NCBI id null
chromosome length 18613800
location 14235877 ~ 14241431 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU489569
AGTCCTTTGAAGCTGCACTAAAACTGCAATTTGGACCTTCAACCCATTGAACCCTGTTGAAGTCCACTATATGGAGAAAAATCCTGGAATGTTTTCCTCAAAAACTTTAATTTCTTTTTGACTGAAGAAAGAAAGAAATGAACATCTCGGATTACATGGGGGTGAGTAAATTATCAGGAAATTTTAATTCTGAAATGAACCAATCCTTAAAAAGTAAAAAAATTAATGGGGTACATTTTAATTTCATGTTGATTTAAATAATTTGACTTTGATTTTGTTTGTATATATTTCTGCATTATGCATTTTTAATTTTCAGACTTTATTCTCATAAATTAATCTTAAATAGTAGTATAGTTCTTGTTTAATAATGTTTGCCGAGTATTAATGATGTTTTAGAGCTTAATGTTTTATTATAAAAATTGTGATATGTGATAAATATATAATATTGGTCACACTTTAGATTAGGGTCCAATTCTCACTATTAATTAACTATGAATTTTGCCTCAATAAACTCCTAATTACTGCTTATTAATAGTTAGTAAGGTAGTTGTTTAGTTTAGGTTTTGGGTAGGATTAAGGAATGTAGAATATGGTTATGCAGAATAAGGCATTAATATGTGCCTTATAAGTACTAATAAACAGCCAATATCCTAGTAATATACATGCTAATAAACAACCCTGATCAGAATTGGACCCTAAACTAAAGTGTAACCATAATATCTATTTAGTATTTATTTCCTGTGGCTACAAAACATTTTACCTCCTCCATAATACTGACTTCAGAGCAAGAAATTATTAAAAAGATAAACAGAATAATCAAAAGACCTGCGTGATGTATTCCAGCCTCCAGGTTCACTCCAAACGTCCCATGCGTCAACGCTCTTTGGCTAGTCTTCTGAGCAGCTGCTTATGATTCTCCCAGATATGTTTCACAATACAATCAGCAGAACAGAGATTAGTTCTTCATTAGCTGGTAGCGACAAGCAGCTGTAGATCCCCGATTTGGCTTCGTTATTGTATTAGCTGGACAGTTTTAGCAGAACCAGCGCACCTGTGGAGATCCATTGTGATAAATAGCTCTCTTGTCAGCAATTATACACATACACACCTCCTCTTTTCATGATGTACAGCATGCACCTCTCCCACAGCATTAAAAAATGCCCAGTATCTCCTTCTCAGCTGCAGTCTAATGCCGCAGGCCCCCTCTGTGGGTGCAGGATAATTGTACTGTGCCGTAGCCAGTCATTTGGGCCGTAGAGCTGGCTGGGTTTGCAGAACACGGATGTTGGGAAGAGCTGAGACACAGGAAATCAGACCTTATAGGGAGTCATTTATTTGCTGCAGTACAGATCAGCTCACCTGTTTTTTTTAAAGGGTTAGTTCACCCAAAAATGAAAATTCTGTCATTAATTACTCACCCTCATGTCGTTCTAAACCCGCAAGACCTTCGTTCATCTTCGGAACACAAATTAAGATATTTTTGATGAAATCCGAGAGGTATATGACTCGTCCATAGACGGAAATATAATCAACACTTTCAAGGTCCAGAAAGGAACTAAAGACATCGTTAAAACAGTCAACGTGACTGCAGTGGTTCAACCTTAATGTTATGAAGCGACGTGAATAGTTCTTGTTTAACAAAAAATCTTTTCTTCTGTGTCATTCTCATACGTTGTTTGAGAATAACACAGAAGGTTCTACGTCAGAACGCCAACTCATCATTGGCCGGCTCCTGCGTCAGCATCACACGCATGTGTCGTGCTGCTCACGTGATCAGCTTTGGCCAATACTGAGCCGGCATTTGCACAAACACGAAACCCTTCACTGTGTTTACTGTGTCACCTGCGTAAGAATAATGACAGGGAAGAGAAGAGGTTGTTGAATAAAGTCATTATTTTTGTTTTGTTTTTGCACACAAAGTATTCTCGTCACTTCATAAAATTAAGGTTGAACCACTGTAGTCATGTCGACTGTTTTAACAATGTCTTTAGTACCTCTATCAGAGGTCAGAAAGCTCTCAGATTTCATCAAAAATATCTTAATTTGTGTTCCGAAGATGAACGAAGGTCTTACGGGTGTGGAACGACATGATGGTGAGTAGTTAATGACAGAATTTTACATTTTTGGGTGAACCAACCCTTTAAGTATGTGGTTTTACTAATGCTCGATTATGGTTTGTCATATCATAGCTTTTGTTAACTATTTTCTCATCAAGTTATTGGCATCACATAAGCATACAGTTGCAGGAAAAAATATGTGAACCCTTGGATTTAACAAGGATTTCTGCATAGATTCAATCACTCACAATAACAGGCAAAACAGGCTTAAATAGCAACCAAACGTATTTTTTTTTAACACACTTAATAGTGAGCATTCATAGTATAAGGTGGAAAAAGAATGCGAGTCAGCTAGCCTGGAGTCCAAACAATGAGACAAGATTTGAGGTGTTAGTCATATATATAATATATATATATATACATATATAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCCTCCTGCAGCCGAGCACCAGCATTATTTTAGTATTATTTATGTACTATTATAGTATTTATATGCTATTTTAGTATTAAACCATGTATTAACCTTATATTAACAGTAGTTTCTTAGGTAAGTACATAAGAGTGCATGTACTGTAAAATAAAGTGCAACCAAAACTTGAATACATACTAGTATACTGTATGCCTTTAGAATTCTGCAGAGAAGGAAGGAGATATATGTGAGGCAGAAAAAAAACTGAGTCTCCAAAAACCTCTGCTCAGTCTGTAGAGGGAAAAAAGAGAATTATGACAAGTATCATTTCCAGTTTGCCTCCGCTGAGCATTGAGATGCATTAGAGTTCTGCTGAGATGAATGCAGAGGTGTGATCGCTGTTGGCTGCGTACTATGAATAGAAAGCACATGTCAATGTAAAAGCAATGCATGCATGATTCCATTCACACGCTGACTCAGTTAAGATTGGATGAGTCAGTTATTGAGTGATTTTCCTCAATCAGCATGTTTCATTTTTTCTGTCACAATGAATCAACATCACAATTTCTCTAACGTATAAATGTGCGTGTGTGCACTGCTTATTTACCTCCGCAAAGTGTTCTCTGTGTCCCTCTGCGGTAGCATTTACATGTAACCATAACAACACCCTTCCTCTGTGTGATCAGAGAAAGAAATATACATCGCCTCATTCCGCTCATTATGCAAGAAACTCCAGTATGTGTGTAATTTGTCCAGTGCAAATGTAAATTCCAGAATATAAATTGCGAAGCTGTCTGGTTGGATTTATTTTGTGAGAAGTTGGCTGTGTTGTGTCGATGGACTGCGACAGTGAGAAAGCTATGGAGATTTCTTTTTTTAAAACCCTGCAAATAATACCATGAATATTGATGTTAAGTTCATGTGGTGGTGTTGTTTTTAGTTTAGATATCCAGTTTATGTTTAGCAGGAAAGGATGCCTAGGTTCTTACCCTGACCTAATATGTATGTTTTTTTTGTTTGTTTTTTTAATAAACAGATTGCACATGAACACTCTAGAAACTACTTGGTACACATTAACAACCACATAGCAACACCCTGGCAACCACCATGAAGGTGGGCTCTTTTGACTTTAAGCGACCATCCTAACATTGTGACAGAGACTTTCTCACTAACTAACACCTCTCCCATTTCCTTCAGAAAATGTAAAAATGTAGTTATCACATAAAATCCCCAGTTGTTGCAGTGTATGTAATTCATTCTTGCAAATGTCAGCTAGGCTCCTGTTATTTCACTAGCCCAAGCTCTTATTGTTATGAGGCCGCTGATCTACACATACAGATAGCAGTCTACTTTACTCTCAGGGGGCTTTTAAACCACATTTCCCTGTAACAAGCAAAAGCACCACATTATCTACACCTTTGCCAGCACTCTGACACTTTCTCCTAGTTTGCGTGTTGTAGATGTAATGCTTTTTTTCCCTTTTGCCATGCTGATGGCTTCAGCTTTTATCTCTCTGCTTAGCAAATACTACACTTAATTTTTTTTTTTTTTTTCAAGGACTGAGGCAGCACTCACTCTTAACAAATTATGTTACAGACATTTGCTGGTGTGGAAAATGCTGTCCATGAGGTTCACCACCCATGGATGTATCTTTTCTGCTGAGCACTGTATATTACACATACCTGGACTCTTGCTATTGCACAGAGATTCAGCCCTGCAGCTCTACTGCAAGACCCACACAATAAATCACAAGACAAAACACTCAGGAGCGAATTCCATTCACTAAACAGTTTCGGCACTTTTGCATGCAGTATTTCAGTGCACTAAGACTCAAACTAGTGTTGTTATTGTTAACTATTAACTATTAAAAATACTTTTCTTTATCTCACTGATTCTTGAGATAAGGGACAAAACATTTCAAAGCCCTCTTTATGTTAAAAATAAATTAATTATTTAAAATAAAAATACTTATAAAGTTACATCTAAAGGAAATCTGGATAATCAGTCAGGACATTAACTGCTTTTATTTTTAAATAACTTTGTTAGTATCATTTAAATGCACACTCTATACATGTAATATAGCCTGTCCTCAGCATGAGGTCACAATGTAAAATTGCCAAAGTGTTTAAAAATGCAACAAATTCAAAAATATACATTTACATTGAAAGGCAGAGATCTGTAATATATCAAACAATACAAAAAGTAAGTCTTGAATTATATCTTCCATAAAAAATGCCAAAGTTGTGACCTCACAACTTTGCGTCAACTCCGCCAGGATTTTTTATAATTCTGAATAAATCAGGCAATGTCATGGTCATCTTTAACTCTGAGGAGCACTTACTATTTTCTGCTCATTGTGGATCTCACAGTAGGACACATGGTCCTGGAAGTTTATATTTTTTTTTATATTTTATACAAACAATGTTGAAGTCTCTTCAACTGGACCTTTGTCTACACGTCAGTTTTTGTTAATTTTGAAAGAAATGTCTTATTCTTTTTTCAATTCCTTGTGTTA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU489569 True 5513 lncRNA 0.36 2 14235877 14241431

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000304_14179009_14221165 NA coding upstream 12744 14179009 ~ 14223133 (+)
CI01000304_14131633_14155156 NA coding upstream 80599 14125318 ~ 14155278 (+)
CI01000304_14108490_14112755 NA coding upstream 122816 14108490 ~ 14113061 (+)
CI01000304_14011581_14044797 NA coding upstream 190917 14011326 ~ 14044960 (+)
CI01000304_14005720_14006514 CREBZF coding upstream 229017 14005720 ~ 14006860 (+)
CI01000304_14304022_14317252 HYOU1 coding downstream 62591 14304022 ~ 14318025 (+)
CI01000304_14331169_14331855 HIST1H2AD.L, HIST2H2AB, H2AFX.L, HIST1H2AH, HIST1H2AJ coding downstream 89633 14331064 ~ 14331973 (+)
CI01000304_14352375_14355516 HSP70, HSP7C, HSPA8, HSPA1L.S coding downstream 110944 14352375 ~ 14355516 (+)
CI01000304_14356867_14373980 NA coding downstream 115155 14356586 ~ 14374666 (+)
CI01000304_14695603_14740389 NTM coding downstream 454172 14695603 ~ 14741079 (+)
G426352 NA non-coding upstream 112396 14115749 ~ 14123481 (+)
G426375 NA non-coding upstream 140255 14085038 ~ 14095622 (+)
G426362 NA non-coding upstream 173833 14051748 ~ 14062044 (+)
G426307 NA non-coding upstream 257715 13976965 ~ 13978162 (+)
G426379 NA non-coding downstream 33046 14274477 ~ 14288222 (+)
G426675 NA non-coding downstream 154952 14396383 ~ 14396619 (+)
G426676 NA non-coding downstream 157118 14398549 ~ 14398910 (+)
G426678 NA non-coding downstream 159113 14400544 ~ 14400954 (+)
CI01000304_13578347_13595075 NA other upstream 657030 13578049 ~ 13595097 (+)
G425718 NA other upstream 1796791 12436554 ~ 12436605 (+)
CI01000304_10555326_10571933 NA other upstream 3680173 10555216 ~ 10572164 (+)
G424251 NA other upstream 4042982 10188822 ~ 10189404 (+)
G424246 NA other upstream 4108555 10116343 ~ 10127322 (+)
G426312 NA other downstream 88617 14330048 ~ 14330886 (+)
G426828 NA other downstream 707459 14948890 ~ 14950592 (+)
G427860 NA other downstream 1644023 15885454 ~ 15889591 (+)
G428017 NA other downstream 1841799 16083230 ~ 16083714 (+)
CI01000304_16505174_16506124 NA other downstream 2263431 16504764 ~ 16513625 (+)

Expression


Co-expression Network