G431611


Basic Information

Item Value
gene id G431611
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000306
NCBI id null
chromosome length 11491657
location 857128 ~ 868493 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU495554
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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU495554 True 11343 lncRNA 0.37 2 857128 868493

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000306_00815374_00840697 NA coding downstream 16431 814998 ~ 840697 (-)
CI01000306_00717778_00722360 NA coding downstream 134768 717619 ~ 722360 (-)
CI01000306_00701052_00701714 NA coding downstream 155414 700937 ~ 701714 (-)
CI01000306_00646585_00650863 GNB4, GNB1, GNB2, OL-GB1, GNB1A, GNB1B coding downstream 206265 646572 ~ 650863 (-)
CI01000306_00602711_00614050 NA coding downstream 242726 602691 ~ 614402 (-)
CI01000306_00879678_00883167 NA coding upstream 11010 879503 ~ 883182 (-)
CI01000306_00896923_00897303 NA coding upstream 28424 895082 ~ 898523 (-)
CI01000306_00993910_01003851 NA coding upstream 123357 991850 ~ 1004567 (-)
CI01000306_01018942_01021787 NA coding upstream 150313 1018806 ~ 1021829 (-)
CI01000306_01024523_01027114 NA coding upstream 155847 1024340 ~ 1027131 (-)
G431618 NA non-coding downstream 71888 783967 ~ 785240 (-)
G431486 NA non-coding downstream 142599 712907 ~ 714529 (-)
G431576 NA non-coding downstream 156885 699919 ~ 700243 (-)
G431475 NA non-coding downstream 195983 660044 ~ 661145 (-)
G431568 NA non-coding downstream 335577 520960 ~ 521551 (-)
G431639 NA non-coding upstream 38861 907354 ~ 946054 (-)
G431662 NA non-coding upstream 99783 968276 ~ 1061413 (-)
G431683 NA non-coding upstream 182608 1051101 ~ 1057359 (-)
G431682 NA non-coding upstream 185969 1054462 ~ 1057705 (-)
CI01000306_00482506_00494090 PFKLB, PFKL other downstream 373479 482482 ~ 494090 (-)
G431706 NA other upstream 294534 1163027 ~ 1163338 (-)
G431814 NA other upstream 443209 1311702 ~ 1312434 (-)
CI01000306_01723684_01726043 MAFGA, MAFGB, MAFG other upstream 849440 1717933 ~ 1726043 (-)
G432022 NA other upstream 2131743 3000236 ~ 3003891 (-)
CI01000306_04544349_04545034 NA other upstream 3674230 4542723 ~ 4545244 (-)

Expression


Co-expression Network