G433633


Basic Information

Item Value
gene id G433633
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000306
NCBI id null
chromosome length 11491657
location 6011659 ~ 6028057 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU497912
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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU497912 True 16176 lncRNA 0.35 2 6011659 6028057

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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CI01000306_05891607_05897232 PECR coding downstream 114334 5891573 ~ 5897325 (-)
CI01000306_05888356_05890267 TMEM169A coding downstream 121293 5888069 ~ 5890366 (-)
CI01000306_05879886_05883498 NA coding downstream 127427 5878738 ~ 5884232 (-)
CI01000306_05760131_05782175 SCML2 coding downstream 229484 5759334 ~ 5782175 (-)
CI01000306_06048083_06049632 NA coding upstream 19782 6047839 ~ 6049632 (-)
CI01000306_06108667_06110250 NA coding upstream 80201 6108258 ~ 6110250 (-)
CI01000306_06244021_06244397 NA coding upstream 215878 6243935 ~ 6244397 (-)
CI01000306_06253870_06254391 NA coding upstream 225289 6253346 ~ 6256066 (-)
CI01000306_06273326_06277287 NACC1 coding upstream 244358 6272415 ~ 6277442 (-)
G433628 NA non-coding downstream 124527 5885203 ~ 5887132 (-)
G433656 NA non-coding downstream 159260 5849758 ~ 5852399 (-)
G433595 NA non-coding downstream 195790 5758198 ~ 5815869 (-)
G433593 NA non-coding downstream 219428 5788815 ~ 5792231 (-)
G433617 NA non-coding downstream 223588 5787733 ~ 5788071 (-)
G433940 NA non-coding upstream 23748 6051805 ~ 6054634 (-)
G433939 NA non-coding upstream 75782 6103839 ~ 6107564 (-)
G433948 NA non-coding upstream 110620 6138677 ~ 6139696 (-)
G434001 NA non-coding upstream 228948 6257005 ~ 6257347 (-)
CI01000306_06336883_06339725 NA non-coding upstream 310922 6336651 ~ 6341662 (-)
G433450 NA other downstream 627896 5361643 ~ 5383763 (-)
CI01000306_04544349_04545034 NA other downstream 1466567 4542723 ~ 4545244 (-)
G432022 NA other downstream 3007768 3000236 ~ 3003891 (-)
CI01000306_01723684_01726043 MAFGA, MAFGB, MAFG other downstream 4262709 1717933 ~ 1726043 (-)
G431814 NA other downstream 4699225 1311702 ~ 1312434 (-)
G433670 NA other upstream 12957 6041014 ~ 6041283 (-)
G433985 NA other upstream 168050 6196107 ~ 6197210 (-)
G434016 NA other upstream 327123 6355180 ~ 6361643 (-)
G434086 NA other upstream 409349 6437406 ~ 6452251 (-)
G434338 NA other upstream 838599 6866656 ~ 6866936 (-)

Expression


Co-expression Network