XLOC_012853 (si:ch211-220f16.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_012853
gene name si:ch211-220f16.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 30028135 ~ 30030949 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00025642
TACCGAGCCCCATTCAAGCACTGCAGCAGAGAGCGTTGTCATGGAAACGGAGCAACGACACGACACCTGACCGTCAACAGCACTTCTCTCATGCGGCAGTTTTCACtaatttcaggagtgaCAAAATTACCCCTACAACAGAAGAAAAGAGCCAAGATGAAGGGAGCTAATCACAAAGCTGGAGGAAACACAGATTTTGGATCGTCCTCTACTCACTCTACCACTTTGTTTTTCCTTGCCAGACTTCATTCAAGGATAAGAAAGAAGCCTGCTACAAGAGAGACAGCGGAAGGGAGCCTCAAAGACATTTTTATTAGGATCTGCTAATCATGAGGGGGCAGACAAAAGAACctgcattttccttcagcttaatatcaggggtcgccacagcgtaaggAACTGGATAttactttggcatatgttttacatagccttccagctgcaacccagcactgtgaaacacccatacactctcgtatTCACAGACACTTCTACACTATgttcaaattcacctatagcacaagtgtttggactgtggtggaaacccacaccaaaacagggagaacatgcaaactccacacagaaatgccagcggacccagccgggactcataccagcgacctttttgctgtgaggtgacagtctgagccactgtgctgccccagtGTAGTTATTAATAACCTCCAGATGTTTTACAGTttgattttgtaataataatgcaCGTTTAGATTTattgtaatatgttaatatttattcgcaatgtaatttattcttatgttatttataataacGTTAAATGTCATAAGaatgttataatttaatataatattataataaataattataataatgttaaaatataaacaataattttttttaatagtttatttttataatgagaaGTCTCAAAGTTTGTCTTTATTATAGAAAACTCATTGTTGAATGGCtaccactttacaataaggttgtatgtattagttaatgtatttactaacataataaacaatacatttattacagtatttattcatctttgctaatgttggtaaatggtaaaaagttgttaattgtttattcatgttaactcgcaatgtattaactaatgttaacaagcatgactgattttattaatgcattagtaaatgctgtacatAAATTATGCTGTACAGGTATTGTTCATATTAGTTCATATTTAAACCATTAACATTACTTATAAAACTACTGTATAATGTAACTGTTGTATgtatgttgttatattatatttgtatgtattttatatgtattttatatttattttgttatatttgttaacgtatgtgtttttgaaacatttcattaagtgtttaatgtatgttcgttatgcagtattataaataaatgttataatgatTAA
>TCONS_00025643
GCAGAGAGCGTTGTCATGGAAACGGAGCAACGACACGACACCTGACCGTCAACAGCACTTCTCTCATGCGGCAGTTTTCACtaatttcaggagtgaCAAAATTACCCCTACAACAGAAGAAAAGAGCCAAGATGAAGGGAGCTAATCACAAAGCTGGAGGAAACACAGATTTTGGATCGTCCTCTACTCACTCTACCACTTTGTTTTTCCTTGCCAGACTTCATTCAAGAAGCCTGCTACAAGAGAGACAGCGGAAGGGAGCCTCAAAGACATTTTTATTAGGATCTGCTAATCATGAGGGGGCAGACAAAAGAACctgcattttccttcagcttaatatcaggggtcgccacagcgtaaggAACTGGATAttactttggcatatgttttacatagc
>TCONS_00025644
AAACGGAGCAACGACACGACACCTGACCGTCAACAGCACTTCTCTCATGCGGCAGTTTTCACtaatttcagtgttctgtggtttcaggagtgaCAAAATTACCCCTACAACAGAAGAAAAGAGCCAAGATGAAGGGAGCTAATCACAAAGCTGGAGGAAACACAGATTTTGGATCGTCCTCTACTCACTCTACCACTTTGTTTTTCCTTGCCAGACTTCATTCAAGGATAAGAAAGAAGCCTGCTACAAGAGAGACAGCGGAAGGGAGCCTCAAAGACATTTTTATTAGGATCTGCTAATCATGAGGGGGCAGACAAAAGAACctgcattttccttcagcttaatatcaggggtcgccacagcgtaaggAACTGGATAttactttggcatatgttttacatagccttccagctgcaacccagcactgtgaaacacccatacactctcgtatTCACAGACACTTCTACACTATgttcaaattcacctatagcacaagtgtttggactgtggtggaaacccacaccaaaacagggagaacatgcaaactccacacagaaatgccagcggacccagccgggactcataccagcgacctttttgctgtgaggtgacagtctgagccactgtgctgccccagtGTAGTTATTAATAACCTCCAGATGTTTTACAGTttgattttgtaataataatgcaCGTTTAGATTTattgtaatatgttaatatttattcgcaatgtaatttattcttatgttatttataataacGTTAAATGTCATAAGaatgttataatttaatataatattataataaataattataataatgttaaaatataaacaataattttttttaatagtttatttttataatgagaaGTCTCAAAGTTTGTCTTTATTATAGAAAACTCATTGTTGAATGGCtaccactttacaataaggttgtatgtattagttaatgtatttactaacataataaacaatacatttattacagtatttattcatctttgctaatgttggtaaatg
>TCONS_00025645
gagtgaCAAAATTACCCCTACAACAGAAGAAAAGAGCCAAGATGAAGGGAGCTAATCACAAAGCTGGAGGAAACACAGATTTTGGATCGTCCTCTACTCACTCTACCACTTTGTTTTTCCTTGCCAGACTTCATTCAAGAAAGAAGCCTGCTACAAGAGAGACAGCGGAAGGGAGCCTCAAAGACATTTTTATTAGGATCTGCTAATCATGAGGGGGCAGACAAAAGAACctgcattttccttcagcttaatatcaggggtcgccacagcgtaaggAACTGGATAttactttggcatatgttttacatagccttccagctgcaacccagcactgtgaaacacccatacactctcgtatTCACAGACACTTCTACACTATgttcaaattcacctatagcacaagtgtttggactgt

Function

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-070912-198 No description available

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000093977

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00025642 False 1393 mRNA 0.33 4 30028135 30030949
TCONS_00025643 False 397 mRNA 0.45 4 30028160 30029988
TCONS_00025644 False 1024 mRNA 0.36 4 30028179 30030608
TCONS_00025645 True 415 mRNA 0.43 3 30028637 30030092

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_012852 atmin coding upstream 72744 29950233 ~ 29955391 (+)
XLOC_012851 cenpn coding upstream 122125 29898955 ~ 29906010 (+)
XLOC_012850 mafa coding upstream 614379 29402623 ~ 29413756 (+)
XLOC_012848 ppfibp2a coding upstream 834427 29145681 ~ 29193708 (+)
XLOC_012849 CT025546.2 coding upstream 852927 29175093 ~ 29175208 (+)
XLOC_012854 NA coding downstream 98822 30129771 ~ 30131831 (+)
XLOC_012855 gse1 coding downstream 126085 30157034 ~ 30480827 (+)
XLOC_012856 cox4i1 coding downstream 476890 30507839 ~ 30510241 (+)
XLOC_012857 dusp22a coding downstream 480281 30511230 ~ 30564688 (+)
XLOC_012858 irf8 coding downstream 536996 30567945 ~ 30573849 (+)
XLOC_012845 CR769777.2 non-coding upstream 1723818 28303891 ~ 28304317 (+)
XLOC_012841 BX649600.1 non-coding upstream 2291295 27736724 ~ 27736840 (+)
XLOC_012835 BX640463.2 non-coding upstream 2831809 27196210 ~ 27196326 (+)
XLOC_012832 NA non-coding upstream 3029546 26997576 ~ 26998589 (+)
XLOC_012863 NA non-coding downstream 1042294 31073243 ~ 31075619 (+)
XLOC_012865 NA non-coding downstream 1249901 31280850 ~ 31459487 (+)
XLOC_012866 NA non-coding downstream 1488629 31519578 ~ 31521691 (+)
XLOC_012868 BX908763.1 non-coding downstream 1814555 31845504 ~ 31846556 (+)

Expression


Co-expression Network