XLOC_013056 (prrg4)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_013056
gene name prrg4
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 45666489 ~ 45676686 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00025957
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>TCONS_00025956
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>TCONS_00027165
CCTGGGTACAAATACACTTCTACCCTTACATAACCTCTCTGTCATGTTTATTATGTCATACAGTCTCTAATTACCATCTATTTGTCATATCTTAGCatttaaaaaagctattttaGTACACTTAATTGCCAGAACAGGCACGGCTCATGCATGCAATTACATTAATTGTAGTCATTGTTTGTTTCTAAATGCTTAATGTCTCAAAAACGCCAATGTAGTTTAATTGTTTATAGTGTATTAAAATGGTCACACATCTAATTCTGCATATCTAACGTCTATCTACAGTTCCAGGCCAGGAAGTATGAGACGATAACCAATCACCGCGATGAATGGATGGACTAAACGCCTATTTTCTTGATTATGAACTGAACAATTTTCAACCAAAGGCTTTTGGATTTAATTCCCTAGGATAAGCTACTAATATACATATTGTCCTGCAGAACTACACTACAGCTTTTAGCTTATCATGAATTAAAAAGCAATGGAAATGAAATCACCGGATAGTTCTGAAGagcatcCCTGGTATAGATCATAGgactcaaactcggtcctggagggctgcatctctgcacagttttgctccaatcctaatcaaacaaaGCTGatgcaaataatcaaggtgttcaagactactagagactatcaAGCAGGCGTGAGTTGGAAGTttttggagctaaactatgcggagctgcggccctccaggaattgagtttgagaccattggtaTAGATAGTCataacttttaaatataaaaagtattataattgtgtttactttaaaaacataattaattaaCAGTTTTGATATTAATTATTGTATCAATAAAAAGCCAGATCGTATAGTTTaacttattttttcttctagggatTTAATGAAGGACACAGCATCGTTTTATCTTTTTTAATCCTCTGTTACAGAGATATAGTGAAATGTGACTTGCTATTTAGTATTTACTGGATCAATATTTGTAATAATTCAGTAATCAGAGCAAGATTACCTCCTCTAACCTCAAGACACTACTCAGGCTGTGTTTTTGGTGCAAAACCGTGTACATATAGATGAATGAATTCTGCTGCTTTGatcttattttgatttaatttaattctacTGGCAGATGAAACTGTTTTGCGGAGTTATGAAACTGCACAGTTGCATTAGTGGTTTCTGGAGGCTGAAGCGTGTCTTTTACTTGACAGCACGTCAGCTCTGATGTTATCGTCATATATTACTAGCCTTCATAATAAACTTCTTCCTTTGTTGACAAATTTTGCATGTTAATGTTGTCTTGCTACATCCTGGAGCATAATGAAAGTGTGGAAGATGCATATCGACAACAAAGAAGCCTTTTCGATGCAAATGATTAGTACAAATATAATGACACTGTGGTTGTGGTCAGGACAAGTGTTGGGGAAGGTTACTTTTGAAAGtactgcattacaatattgagttactccccaaaaatgTATCTAGCTGCATTACTTGGTTATGTTTTATGGTGAGTTATGTTACGTTACTTTATCTGACCTGGCTGATGCTTGATCTCTTTCAGGACAggcaggtttttttttgtttgttttttttcttgttatatttttttatttgaggagttgtgcatttaaaaaaacacagtgtagccttcatttattaaaacaagacattAAAAATGTAGGATAATGTTGTCTACTAAGAACGTCCTGACCCaagagctatataaataaattaattaaagtttaaagcaatgtgtttgctacctctaccattttttttcttgtgaaaaaGTAACATCAATGTCTTTTCAGATAATCCTCTTTACCTTTTATACCATGTgtataaataataagaatatttccaTCACAGTCAGCAATTTAATCCGGAGCCATGTTaatttctgtctgttcctgcattctctcattggGTGTTGGATTAAACATGAATATGTTAATTTTAactcagcaatttattttttaaaagcgaattaactaaactaaaaagtaactctcATTACTATTTTCAAATTATTTCTTGTGTGCATAATTTTTATGGATAGAATTTCAAAGTGCAGCCTTGGGCTGCagggggtccggttcggggaccacaggatttcatctgttatttgcagacgatgttgttctgttggctttatcgaacatggaccttcagcatgcactggggggGTTTGTTGCCGGGTGTGATGctgctgggatgagaatcagctcCTCCGAGGCCATGATGCTCCACTGGAAAAGGGTGGTTTCCATCTCCgggttggaggaaagtctttaccctaggtggaggagttcaa

Function

symbol description
prrg4 Predicted to enable calcium ion binding activity. Predicted to be located in extracellular region and membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in plasma membrane. Orthologous to human PRRG4 (proline rich and Gla domain 4).

GO:

id name namespace
GO:0008150 biological_process biological_process
GO:0005576 extracellular region cellular_component
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0005509 calcium ion binding molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-050417-112 Predicted to enable calcium ion binding activity. Predicted to be located in extracellular region and membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in plasma membrane. Orthologous to human PRRG4 (proline rich and Gla domain 4).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000030753

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00025957 False 4113 mRNA 0.41 6 45666489 45676686
TCONS_00025956 False 3875 mRNA 0.41 7 45666489 45676686
TCONS_00027165 True 2302 lncRNA 0.36 2 45673477 45675969

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_013055 eif3m coding upstream 8413 45645357 ~ 45658076 (+)
XLOC_013054 kifc3 coding upstream 71740 45526483 ~ 45594749 (+)
XLOC_013053 cngb1a coding upstream 146741 45483282 ~ 45519748 (+)
XLOC_013052 NA coding upstream 188065 45456662 ~ 45478424 (+)
XLOC_013051 BX908385.2 coding upstream 339732 45313968 ~ 45326757 (+)
XLOC_013057 qser1 coding downstream 102 45676788 ~ 45698627 (+)
XLOC_013058 depdc7a coding downstream 32058 45708744 ~ 45732585 (+)
XLOC_013059 CU896647.1 coding downstream 86860 45763546 ~ 45777627 (+)
XLOC_013060 rpl35a coding downstream 104429 45781115 ~ 45791224 (+)
XLOC_013061 abcc5 coding downstream 115349 45792035 ~ 45851621 (+)
XLOC_013050 BX908385.1 non-coding upstream 407392 45258981 ~ 45259097 (+)
XLOC_013048 CR792424.2 non-coding upstream 615539 45050835 ~ 45050950 (+)
XLOC_013047 CR792424.1 non-coding upstream 686396 44935173 ~ 44980093 (+)
XLOC_013064 NA non-coding downstream 273080 45949766 ~ 45953343 (+)
XLOC_013067 NA non-coding downstream 441990 46118676 ~ 46119323 (+)
XLOC_013070 CR933839.1 non-coding downstream 506450 46183136 ~ 46198335 (+)
XLOC_013072 NA non-coding downstream 718123 46394809 ~ 46399312 (+)

Expression


Co-expression Network