XLOC_013349


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_013349
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 17777527 ~ 17786790 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00027285
GTTGTTCTGTTCCCTCTCGTACAGCAACATAAAACGCTTACCTTTAACGGAGCGCGGTTTGGCCTGCTTGCGTCTAGACATCTCCGTGTTAAGAGCAATATTTTACTTTCTTTAATCGGTATCTTGTCCTCTCCAAGAAATATTGACAGGTCACGCGCTGATACTTGGGAGATTTCTTCACTTTGCCTGTTGCAATGCGGCAACTTCAGTCTCGCTAGTCCAGAAGCGTGCAAAGGAAGAGAGAGTACGGCAATGGAAAGGGATATTCCAATGATTGAACTTCTCCAACCTGTAGATTTAACGAATAACTTGCGGCTTTCCCCGTTCTCGAGGCGCGAACGCTCTTTTGTTCCTCCGTAACGGTAGACGCTGACGGCGGAGCGGGCACGCGCGCTCAGAGTTTCGAGAAGCGGAGCGTGCCCAAATTACACCTGATCAGTAGCGAGAGGTGCCAATACTTGCCGATAATGTGGAGAAGCCACTTCGACGGTGTTTCGGAATTGATTCGCTATGTTTGTCCTCCTTTTTGCAGTTGTCGCAACTGTCTCTTTTCGTTGAGATCCGCCGAACCACCCTCCTTCGCTGTTATTTTTCCGAAGGTGCCACTCTCAATGGCATTTTACGCAGCATTTTACCTGAGGGGATtttcttcttcttgttgtttATCGTCCTAAAAGCCGTAAATATTTCTAGTCGCTAGCCTCTCTCTCCCTTTTTCTTTGTCCTGACTCTGGTCTTCCCTCCGCCTCCCGATCCGACTGCTGGCGGGGCTGCAGCGCAGACACACATAATAAAGCCAGGCTTGGCTGGAAATGTAGCCGTGTCCCAGCAGGAGGATGTGAGAGTAGGGTCCCGGCGGGGGAGCGCTCTGATCCCGCAGGGAGCTCCGCACAGCCTGGGTTGAGCAGACAGAGAGAGCCAACAGCACCAAACCATGGTCAGCCATGGAAACTACAGCTTAACTTGGAGCACGGATCGGGGCCAAAACACGGAGCTTCGAGGAAACTCTGCAGCGTGCAAGAAAAAAGACGGACTGGATTCGCTTTTTGCGCTCCTTGTACCGATGCCATCGTCTCGGGTTCACTCCAGCGTTTAACTGTCGATTGGATACCATGACATTTTGGTTATTTTGAACATTTAACATTCCTACGTCGTCTTTGTAATGCGTTAACCTGCGTTTAAAACGAACAGTTTtagatttaaaggaatagttgggCTCAGCCGAAAACATAAacaatgtcatcatttactcaacctcacgTTCTCCCAAGCCctttttgactttctttcttttgctcaacacaaaaggagatattagGCAGTTTGTTAAGCCCTGACAGCCTCCGCCACCATtcactttattacattttttgtgtgtaagTGAATGAGACTAAAGAAACTCATTCTGATTTAAAACAAGAGGGATTCCTTTTGGCAGTGTTAGGCCTTTTCGACAGTATTTTCAATCCCCACAGCGTCTGTCTGGCCGTTTGCATGTGCTGCTGAAGTGCAATTGCAGAAAGAAGATCATTTGTGCAAAAATCAACCTAAGAAATGGTCAAAATCACATGCGGTGCGCCGGAGCTGCTCAGCCGTTGTCATGGATAACATGGTGGGCACCCTGTCTCGGTCAGTGGGATGTCCTGCAGATTGAGCCAGGCGCCCTGTGGAGCCACGGAGCGGCCTTTAAAATTGACCCCCCGCAGAGGACCGGGGCCCCTCTTGTCTCGTCTGAGCGCACGCCTGGAGACCGCTTTTAAATGTGCTTCTGGTGTCCCAGAGAGAGAGGCCGCTGGCACGAAGGGGCGAAAGCTCACCGCAGTGGTCCCTTTTTCTTGGATAAATTCAAAGGAGGAAAATAGCCCACATTACAAGCTCCTTAAGGGTCAAGGACAGCCGAGACATGAATGGTTTGAAAGAGTGGCATTGTGAAATCACATAGCACACGATTACACCCTCTGTCATCTTTTTACGGATTTGCATTTTTCTTGCACCACAATGAACAGTTCAGAATAAGACTTACAAGACATGTGGATGAAATTAATTAAGACGCTGGAGAAAAAGAGGTGTGAACGACAAAAGCGGTGGTCCTGTTTGGAATAAACGCCGTTGCTATTTTAGGATGATTTTAATGAGtggcaaaacatttttattagtattataatcttttcttttttttttttgtttggatcCCATTTGAAAAATATTGGACATTCAAAGAAGGAACAAAATCCTACGTCGGACGCAAAATAAGTAATGAAGGCATTTGCAACACTTCATTTCACTGCTAACTGAACTCAAATGGTCTCACTTTTGGCTAGTATTTCCCTCCACGCAGCAGGGATGGCAGTAGATTGATGCCCTTACATTATTCATGCAACAATTATTCAAAATTTAGCAATAACTCAACAGCGTTTTGTCCTTTCTCTCATCCGTCTCCTCTCTCAGCGTACCTAGGTATGCTGCTATTCTTATGCGACCATCATCCATTGGACAGTGCGGCCCCAGAAAACACCCTTAAACACTCCCCCATTGTACTGTCACAAGCCTGGAGAGTTCATGTTATATTTATGTTGCCTACAGCGTATTctctctgttctgttctgttcagcTGAACTCACGCCAACTCCTCCAGGTCCCCCCTCCACAGACAATGTTACATCTCATTGGCTTTGCCCTAGATAGGCTATTTTTGTATGAAATAATTAGACATAACTGATTTAAATACTGCAAAGCCAACACTCTTTTGTCTCGTTAACAAAGTACAGGAAAGGCACATGCTTGTCATGTCATTTCTGTCAATCCCTACAAATACGAATGCGTCCAAAGCTAATGGATCTGAAGGTGAGCCAAAAAATGAAGAACTTTATTTGATTCGGATACGTTCGGGACTGAGCTACAGTGACCTGACCTGATAGAATCtattatgaaagcaaaaaaagCACTGCCAGGAGCTTTTAATTGTCTCAACGTGTATATCAGCAAAATATAGGATTGCTAAAATATGCCGGCGTACAGCACTAATTGTCCATATAAGGACAGCGCGGCGCTTAAAACAGCACGTTTTGTTTGTTACACTGACCCCGGACCCAGACAGCCGTGCTGATGCCGAGTGCACACGGGCACACAAGGGAGAGGTGGAGAGCAGGAACGCAGATTGGGGCTGACCGCTCGGCTGCACTTTAATGTACCCTCTACTTCATCAGTCCTGATTAGCCACCATAAAAATCCAGATTGAACATTACAGTTTTACTGCTGATTGTCTTCCAAACACTCTCAGGTGTTGGCGTGTTAAATGCCAGGGTGTGCATCTGTCCTCGCGTCCCATTAGCCTGCTGCAGTGAGACGTCTGACTTGAAAAAGGGGGACCCTCTTCAGAAACGAAAGCAATGCAGAACAAATTTCAGGCTTTTAGGCTTACTGCATCTTGTGCCAAAACCTCAATAACAAGCCCCCCTCCAAGCCCCCATTTCTCTGGCTCTTGCCCCAGACTTACACAAAGAAACACCAGCTTTATGGACTTAGGGCATTAAGGCATAAAAAACAGCGGACGGAGAACAGGTTCGTGACACATGGCGCCAAACGCAGGACCTGATCTTGTCAGATCTCGCACAGGCCGTACAGTTTAACGCTCCAATTCGTAGGTGCGCCGACTTGTTTTCAAAAGGCCACATGAAAGGGCTTAGCGAGAGAGATGAGCATTTGCGGCGAGGAGGCCGGCGCTCCAGCAAAAACGCTTTTCTGATGAGCTGCAACAATGCACTCACTCCCACGACATCAGCTCTCTGTTGGGAGTCTCCTCCTAATTTCCTCCATCCATAATAAAAAGAGCTACATTAAACAGTGCCATTAGTGCCAGCAATTTGTTTTATTCTCCACAGAAAGAGAAATGTTATCTGTGGCGGACAAACTTAACCCAATTAAAGCTCATTGTGTATGGGGGCCTTGCTGGGTCTTCAGCTGATGCCTAGGAACGAGGGCAGAGGAAGCCAACTTTGGGGAGGGAGAGGGGGGAAAAAGAATGTTTGGAACATGTCTGGAGAATTAGGGAAACTAGGAGAGAGACAAATGTGCTTTCAGGAAAATAGACGGGAAGAGAAATTATGTTTTCCTGCATTTTCCCCCCACATCAAATCCCTCCCAAGATGGTTTGATAGAGGAATGGTGTGCGAAATGTACACTTGAAACTAAAAATGAACAGTTATTTTGCCTTTTAAATAAACAGCCAAAGGATTAAAGCGTAAACGGCATATACGTTTTTGGGGGGCCACCCTCCCAAATATTTGATGCTGATGATACTCGGTCCATCCTTAGAATGACCAACTTTTAAATATACGTTCTGTCGATCTTGCAGCCCTTATCAATATTAAAACTACTGAAATGGCCAATCAAAACAAAGAAGGCTGAGCTTTCACCAAGACCAACATAAATTAAGTTTGAGAAATAGCAGGTCTCAGTATTTTTGTTGATACTAGTCTGATTATTAATAATGCAAAATTGCCTGTCTCAATATTTGAGTCAGATTGTTGTTAGAATGACCCAGTTTAAAAAGTTTTGTCAAAAAAACTGAAATGGTCAATCAACTCAAATGCAGACCTTTGCAATCCACAGAAACCAAACATGAACTACAGCTCAAGCCTTTAGTTTTTAATAGCGAAAGAGTGTGAAGTAATATGTAAACAGCTAAATATTTGATACATTACACAGACTGATGAACACTTAACTTAACACACCTCACGCAAACTctttccatacccctcactgcataCCATCAAGATGTaacatgcactgcactttaaccaaatCCTTACTAACAATATTGCCTACAACAATTTTCCAACAACAGTCAAACTATGTGTACACCTTTTTGACTGTGTACTTGTCAATCTGTGCCTACTACATGTGTGTTTTTCTTAACGCATCTATTGTCTTTcatgtatttatagtcttttatgAATTATTGTCAATATTGCTAAtagcatattgttttgtttttgaag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Function

GO:

id name namespace
GO:0071840 cellular component organization or biogenesis biological_process
GO:0006996 organelle organization biological_process
GO:0016043 cellular component organization biological_process
GO:0050321 tau-protein kinase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00027285 True 9094 lncRNA 0.39 2 17777527 17786790

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_013348 psme3ip1 coding downstream 53232 17707688 ~ 17724295 (-)
XLOC_013347 bbs2 coding downstream 246044 17516569 ~ 17531483 (-)
XLOC_013346 b3gnt9 coding downstream 264101 17511995 ~ 17513426 (-)
XLOC_013345 NA coding downstream 284821 17491321 ~ 17492706 (-)
XLOC_013344 foxl1 coding downstream 292108 17483557 ~ 17485419 (-)
XLOC_013350 CR387935.1 coding upstream 300470 18087260 ~ 18122969 (-)
XLOC_013351 NA coding upstream 325204 18111994 ~ 18113888 (-)
XLOC_013352 lonp2 coding upstream 688884 18475674 ~ 18524624 (-)
XLOC_013353 il34 coding upstream 740380 18527170 ~ 18543358 (-)
XLOC_013354 sf3b3 coding upstream 760233 18547023 ~ 18587745 (-)
XLOC_013384 BX323829.1 misc upstream 1755312 19542102 ~ 19542231 (-)
XLOC_013329 NA non-coding downstream 1400186 16372210 ~ 16377341 (-)
XLOC_013327 NA non-coding downstream 1469590 16224790 ~ 16307937 (-)
XLOC_013324 NA non-coding downstream 1759440 15991454 ~ 16018087 (-)
XLOC_013323 NA non-coding downstream 1806954 15939261 ~ 15970573 (-)
XLOC_013355 BX470163.3 non-coding upstream 782451 18569241 ~ 18569322 (-)
XLOC_013356 BX470163.2 non-coding upstream 790684 18577474 ~ 18577549 (-)
XLOC_013357 BX470163.1 non-coding upstream 791024 18577814 ~ 18577894 (-)
XLOC_013358 NA non-coding upstream 842276 18629066 ~ 18634673 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000013_05402289_05403494 NA coding CI01000013 null 5401587 ~ 5403927 (+)
bowfin (Amia calva) G62409 NA unknown CM030127.1 CM030127.1 16118989 ~ 16120153 (-)