XLOC_013382 (lctlb)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_013382
gene name lctlb
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 19463425 ~ 19484919 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00026446
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>TCONS_00026445
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Function

symbol description
lctlb Predicted to enable beta-glucosidase activity. Predicted to act upstream of or within carbohydrate metabolic process. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in endoplasmic reticulum. Orthologous to human LCTL (lactase like).

GO:

id name namespace
GO:0008152 metabolic process biological_process
GO:0005975 carbohydrate metabolic process biological_process
GO:0005783 endoplasmic reticulum cellular_component
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0008422 beta-glucosidase activity molecular_function
GO:0004553 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds molecular_function
GO:0016787 hydrolase activity molecular_function
GO:0016798 hydrolase activity, acting on glycosyl bonds molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-060503-93 Predicted to enable beta-glucosidase activity. Predicted to act upstream of or within carbohydrate metabolic process. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in endoplasmic reticulum. Orthologous to human LCTL (lactase like).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000016337

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00026446 False 6868 mRNA 0.38 14 19463425 19484919
TCONS_00026445 True 6913 mRNA 0.38 15 19463425 19484919

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_013375 rpl4 coding downstream 7156 19451070 ~ 19456269 (-)
XLOC_013381 CT863714.7 coding downstream 8184 19455144 ~ 19455241 (-)
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XLOC_013379 CT863714.2 coding downstream 10544 19452751 ~ 19452881 (-)
XLOC_013378 NA coding downstream 11147 19452210 ~ 19452278 (-)
XLOC_013383 snapc5 coding upstream 2783 19487702 ~ 19491162 (-)
XLOC_013385 aagab coding upstream 327689 19812608 ~ 19819812 (-)
XLOC_013386 NA coding upstream 398672 19883591 ~ 19884294 (-)
XLOC_013387 NA coding upstream 655153 20140072 ~ 20149097 (-)
XLOC_013388 NA coding upstream 800746 20285665 ~ 20319873 (-)
XLOC_013384 BX323829.1 misc upstream 57183 19542102 ~ 19542231 (-)
XLOC_013377 CT863714.4 non-coding downstream 11488 19451870 ~ 19451937 (-)
XLOC_013395 BX470130.1 non-coding upstream 1148870 20633789 ~ 20633923 (-)
XLOC_013398 BX470160.1 non-coding upstream 1361271 20846190 ~ 20846313 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000013_04542059_04550082 LCTLB, LCTL coding CI01000013 null 4542059 ~ 4550307 (+)