G477505


Basic Information

Item Value
gene id G477505
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000335
NCBI id null
chromosome length 1176510
location 555248 ~ 612384 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU547950
TCATATACACCTAGGATGGCTTGAGGGTGAGTAAAGCTTGGGCTAATTTTCATTTCAAAGTGAACTAATCCTTTAACTGTGCATGATCATTTGTTAGTTTTTTCACTTTCTTAAAGTTCATTTTTACACTAATAATTTAAAAACACTCTTAAAGTTCCCCTGCTGTTTTAAAGGTTGCTAATTTTGTTTTGGAGGTCTCCTTCACATTTACATGTGTCCAAGGTCAATTTTTTTTTTTTTTAATTTTCTCATAATATACACTGCACATCACCTCATTTCTCATAGTGTCTGAAAACGGTTCATTCAAAGATTCATTCGCTCTAAACCCCTCCTTTCCGAGAGCCTGCTCTGCTCTGATTGGTCAGATAGCTCAGTCTGTTGTGATTGGTCTACCACTTAAAGTGCGTAATGAAACAAAATGCCTTTTACCATATCTGAATTTCAGCTGTGACATTCGTGACATTGTTACGCAGGTATGTAACAGGAAATGACACTGGAATGGCTGACGACTCGTTTCAGCAGTTCAAGAATCAATTCTTTTAGAACACTAACTTTATTTGTCATGTACTTTGATCTTTTGAAATTTTGAAAAGACATTGTGTCATTTAAGGTGCTTTTAACTAATATTAGGGTGTGATTGTTGCACTTTCATGGGTCAAACACAAGAGTCTGCATGCACAGTTTAAAGCCTCACTGCTTCTGTTTCATGTAATTGTACATTCTGAACGATGTTCTGTTTTTGGCACAGCGCGCACACTGTAAATAGCACCGGGAGCTTGTGCGGTGTAAGCCAGGCGCTTTGTTTTGCCAGGGTTTTGATAAAGAGAGTCTCTCAGCACTGATCAGAGGAAGCTTTGTTGACGAGTCTTTGGCAGTTTATAATCACACATGACATGAATCTTTATGAACACACCACTGTTTTTTAAAAGGGAGGATAGGCACCTACTAAGGGCACCTTCGACAACAACCAACCATAAGAGTCTAAAGGAATAGAAACACATTATATCCACAGACCATACAAGCATCATCTTTGCCTCTGACCTATTTGTTTTGCACGCAACGGAAAACAACATTGCAGCTTCTTACATAAGAGTATAATTATAGTCACTGTTGGTGGTTTGCGATTGGATTGGTGCACATGCTAAAACAAGGAACGTTGGAGGCGCTACATACTTGCATGTTGTTTACTTCCTGACAAACATTTTTTTTTTGGCTTGATATTGTTGTTTACTCAGACAGTAATGTTTTAAAATGGGAATACATCAAGCTTTTATCACATTTGATTAGAATGATTTCCTAAGGCACACATTGACACACTTAGTTCCATGAACTGGTGGGTGCAAAATTGTTCCAAGAAAACATAATGAATGTGTATTTTCCTCTACTTCAAATCACAAAGTGCTATTTGGCACCATTTGAGAGAATCACATATAGCTGAGAAACAAAGTCAACTGGCATTTAAAGAAAGAAACTTTCTTTGAAACATTTTCATACTTATTTGCTTTGTGGTGATTGAAAGAATGAGACAAAAGCTCTTCATATCTTTCAAAGCATCAAAAGGCCTTCAAAATGTCTCTCTGCTACTATACAGAGAATATAGCATTTTTTAAAAAACTGTTTTTCTTTATGACTCCCACTACTGTTCATTTGATGGGCAATGAAGACAAAACAAAAAATTAATTGATTTGTAATTTATTATATTTTTTTCCTCCTTGTGTGGAAGCTAACTGACATTAGAGGTCTTTGAACAAAATAAAATGTCATTAAATGATTGATTTTAGCTGTTGTATATGTCAAAACTCATATGCAAATGTCTGTTTTGCATCTCAAATGCGTTCATCAGACATCATCTCCTATTAAGAAAAGATTTGTACATTTTGCAAGACAGCATACCAGTCAAAACTGTCATGCATAATTCATCACATTTTCCATATCGGAGCATGTGAATGTCTTGTAGTGTCAGTCTGTTTGTACTGAAAAGATGTGAAGTCCGAGTTAAAGGAAGTCACTTTTGAATATATGGTGTCCTGGAGGTGACTGCCTAGATTTCACTGAGGAACTAGAGACGTTTTATGTGGAACTGCATCCATCCATCATGGAAAACAGGTAATGGAATGAGAGCTGATCGTGTATGAATGAGAGGCAGTAGGCATGGAGTAGGTGTGCAGATGCATCATGCTGGGCGGCTGAAATAACACTGCGTTACACCACCACCGTATCCTAAAATACCTTTTAAGATCTTATTCATCTCAATAATTAGTGCCCCTGCAGTGTGATCATTTTCCATTCACATTCTCCATATGGTGTGCAACTCATCTATAATCTGAGAATGTGATGTTAAATTCAACATGAATCAGCATTCACAACCTGTTTCACTGTAATGTGACATATTTCAAAGTGAAACATGAATGAAAAAAAAGGGCAGCTAACTGGACCATTGTAACTAGCCAAGAGGGATGGGATTGAATTAAACAATTTAAATTCTGGATTCTTAACAGTTCCACTAATGGTTCTTTTAGTAATTTTAAGGAATAAATATTTGGAAGAAAAGTCAAAGATCATTCAAAAAATTAATAATTTTAAAACATCTCACTCGCCGACGTTTTAAAAAGCCTATTATGCAATTTTAAAGTTGTAAGCTGATTGATTCACTAACAAGAATGATTCATGTTCAGGAATCGGTTTCAATCTGTTTGGAATTCTGTTTCGAGATGTAGATTTAGAAAAGGTGTTGCAGCGCCGCTGAATAGTAGGGCATTTTAGAGTATTTTAGTATGGGATTCTGTTCGGAGCGGCAGATGAATGCACTTGTGAAACAAGTTAAAGGGATAGTTCACCCCAAAATGAAAATTCTGTCATTAATTACTCACCCTCATGTCGTTTCAAACCTGTAAGACTTTCGTTCATCTTCAGAACACAAATGAAGATCTTTTTGATGAAATCTGAGAGCTTGCTGTCACTCCATAGACAGCTACGCAACTGACGCTTTTATGCTTCAAAAAGTTCACAAAGAGATCGTAAAACTAATCCATATGAACTGAGCGGTTTAGTCCAAATTTTCTGAAGAGACTCTATCGCTTTATATGATGAACATATTGAATTTAGGCTTTTATTCACATATGAACATTCATAAACTCACACATCAGTTGTGTAAACAGAAGCTCAAGCATGTTTGTGAGAACCTTTGAGGTTCATTATGTTACGCAACACATTTGAGCTTCAGCAAGGTTTGTTCTCGCATGTCAAGCAGGTTTGGTTGAGTTACTGTTTGTGTTTGCTGATCAATGTTTATATGAGAATATGTTCATCATAAAAAGCGATCAAGAAAATTTGGAGTAAACCACTAAATACATATTCAAGCGTCAAAGTGTCAGTTGCGTAGCTGTCTATGGAGGGACAGAAATCACTCAGAATTCATCAAAAAGATCTTCATTTGTGTTCCGAAGATGAACAGAAGTCTTACGGCATTGGAAGGACATGAGGATGAGTAATTAATGACAGAATTTTCATTTTTGGGTGAACTGTCCCTTTAACAGGACCGAACCTCATTCACAATGATGAATAGTTCACAAGACCAAGAGCATGTATAAAGCAAGAAAATTGGGTCCATTTTACTTTCATGTTGTCTTTAAAAAAGAACTACAAAGACGATACATGCAAGGCTCGTATTTGTAATAATATTTCATCCACAGTAAAAAAAAGTTTACACAAAGGATAGTTACTTAATCTAAAATAAAACAAGCTTCTTTGGAGGCTCAACTTAAGAAACAAGCTAGGAACATTTGCAAATGAGTAAGAAAAATGTCTTCAATCTCTTCAGGCATCATCTACACTGGGCTCACTTTTTACATATTAAAACAGCCATTTCTAAACATTCACAGCAGTATAATATAAGAGGATTTGTTGAGCTGTATCCCTGATATACAAATTTTGCATGCATATTTGTAATGTTTTATCCATTTTCTTGTTGATATTTGTGCCAACCCCTGCACGCTCCACTACGGGAGGTCGTGTGATTAAAGGTGTTTATCAGCTGGAGAGGACAGTTTGCCAGCCAGCCATGGTGCATCCTAAGATCCATCATTCAGAGCGGAGTTCAAGAGCGCTGCTGATCCACCCCGCAGGCAGCGACGTCGGCGAGTGAGGTTGACACAGCATGGCACACCTGTTTCACTGATCTGCTTCAAAATCAACAAATGACTGGCTGCCAAAGAGAGCGCTATTCCCCCATGACGGGAAGACTGGAGGCCAGCTCTACCGAGGTACTAATATTTCAAACTAATGAGGTTCTGCGCTACTCGTAATTATACTTTATATTCTAAAGCAGCTTCTGTTGCCCTGGGTCTTTCATAGGATTGCACTGCTAAGATGCGATTTGTAATGCGATCTGATTAAAGAGAATCCTTATTATGCACATTCTTTGAAATATATTTAGCTGCAGGAAAGCTGCCTACTATCTGTCTATCCCACCCATCCATCTATCTGTCTATCCATCCGTCCGTCGTCCTTCCGTCCATCCATCCATCCGTCCGTCCATCTTAGTGTTGTCAAAATTACTGACTTCGATACCAAGTCGATACTGAAATTTTAAAAATGTGACACTTTGAGCACTATTAAGCGGATTCGTAAACACCTCTGATTGGTCATTGTGTTCATGCACTCAACAGATATGTCTGTGATTGGCTATAATGATCAACGTTTTAAAAACATGTTGTAAATAGACATCAGTGACGCTCTTCACCGAGCGCTTACACAGATACACACAGCAGCGTTTGAAAGTAGGCGTCTATCAGCGGACATGTCCACTGATAGACGCCTGCTTTCAACCGGTCCCACTTTCAAATTCAAACACTTCTGTGTGCTTTCAAACGCTCCCGTGCGTTGATCATTATAGCCAGTCTAACAGCTGGGGGCTCGTCCGGGATGTTCCCAAGAAACACGGGACTGACAGGTCATCCTCCATCACAGGTAAGTTGTTTTTAATGATTTCCTGTGGTGGT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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU547950 True 7224 lncRNA 0.39 2 555248 612384

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000335_00526951_00528066 GPR85.L, GPR85 coding upstream 25590 526951 ~ 537487 (+)
CI01000335_00489106_00492720 NA coding upstream 62275 488688 ~ 492973 (+)
CI01000335_00286459_00296460 NA coding upstream 257992 284727 ~ 297256 (+)
CI01000335_00193513_00197704 NA coding upstream 357484 191873 ~ 197764 (+)
CI01000335_00149953_00163006 TFEC coding upstream 391709 149953 ~ 163539 (+)
CI01000335_00681430_00741137 DOCK4B, DOCK4 coding downstream 69046 681430 ~ 741222 (+)
CI01000335_00884515_00888701 NA coding downstream 271954 884338 ~ 888831 (+)
CI01000335_00930276_00934328 NA coding downstream 317892 930276 ~ 936380 (+)
CI01000335_00988268_00990978 NA coding downstream 375884 988268 ~ 991337 (+)
CI01000335_01029328_01043603 NA coding downstream 416944 1029328 ~ 1043603 (+)
G477489 NA non-coding upstream 28352 523714 ~ 526896 (+)
G477523 NA non-coding upstream 148967 405053 ~ 406281 (+)
G477441 NA non-coding upstream 162122 327884 ~ 393126 (+)
G477458 NA non-coding upstream 229168 325859 ~ 326080 (+)
G477588 NA non-coding downstream 9580 621964 ~ 622163 (+)
G477589 NA non-coding downstream 10356 622740 ~ 623214 (+)
G477497 NA non-coding downstream 12414 624798 ~ 627290 (+)
G477605 NA non-coding downstream 104714 717098 ~ 803072 (+)
G477636 NA non-coding downstream 205763 818147 ~ 818353 (+)
G477502 NA other upstream 615 549522 ~ 554633 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_027075 NA non-coding NC_007115.7 CM002888.2 6678430 ~ 6695024 (+)
tiger barb (Puntius tetrazona) G25330 NA non-coding NC_056702.1 CM032071.1 2405174 ~ 2405397 (+)