XLOC_013486 (cmc2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_013486
gene name cmc2
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 29885190 ~ 29898369 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00026595
GTAAGTGTTGCAGATTTCAGAGGATTTTAGAATGAGTGATGGTTTGGGATGGGGCGGCTGTAGTATCCTTAATCTCAAGTCGAATTGCTTAATTGATTTTCCAGCTTTCTGCTAGTCCAGCCTAATATTATTGACTTGAATGAAGATGGCTGTATTTGAACATTTTAAGGAACCAGCATTGGCAGTGAACTGATTTACAGATGTATGTTTGTTTAGAACACGGgtggccacccctggtttagaatAATGGACAACGCTAATTTTAAGTTTTCTAAAGTGTTCAAGAATTTGCATTAATTGTATATTTAGCCAAAAATGAAAGTAACTGGTCGTCTTTCCAACACAAATgagaataattataaaaaaagtacTTTCAGTAGTTCTGTTCATCTGTTGAATCCTTTCAACCAAACATTAAATGCctcaaaatatgaaacaaaaaaacatgaaagTACAATCCAGATTCATTGGGAATACAAGCATTTTAGTTCTGTCTCTTCCGAAAGACTTGGATTAAActagtttatttatattattttgctgtgtcTTTTATTGTACTGTTTGGGTAAATGGACTTTAgacgttttttctttctttttccttttctttatgGTGGCGTAAATAATGGTAGTCACCAACAAGGCAAGTGGTGTCATAGATTGAGACATACAACCTTAACTCAGGATGCATCCGGATCTGTCGCCCCATCTGCATACTGATGAGTGCAATCAGCTTATAACACTTCTCAAACAGTGCCACAAAGAGCATAACGTCCTCAAGTTCTTTGGAACATGTAATGATATGGACCGTGCAATGCGTGAATGTCTCAGGAAAGAGTATCAAACAAAAAGGGAGCGCAGCAAAGCCCATGCAGAAGAAATGAGACGACGTTTAAAGGAGCAACCAAAAGAACATCCATAAGATCAAGACCTGCACCCTTGAAGCACAGACCCTTGCACCCTTGAAGCACAGACATTACCTAGCTTCTGGGCTTTGTAGGTGACTCTTTAAACCTGGAGTACATTTCCTTGAGGACATGCTGATTAATTTATTATGAACATTGCAGTAAATAAAGAAGCTGAGTGAGTTGCCACTAGATGCAACACAAGTTTATTTAATGGTGTTGAATTGCAGTTGGTTGGGTTTGAGCTGAAGTTCACAGCTCCTATTTAAAATTTAAACTGTTTGTTCCCAGGTGAGGCCTACTGATCTGAAAGAAAAATGATGTCaaattgtgaaattaaataaaaatctatttgaaTTAAATGTATACAGAAAAGTAATCATCTCAAGTAAACATTTCAAAGATGATCCAGAGAAATGCAATGCACCTGAGCATGAAATGTCACGGTAATTGGTATAAATGCTTATGACAATGTGatgtacatttgtttttaaaaacctaaatTAGTTTAAGTTGAAATCTTCTAGACACCAAATTGGAGTTGTTGGTCTGATAAGCTGCAGTTGTAATTTATTCTAAAGAACAGCctcaaatatatatgtgtgtatatatcagTCTATGGCATATACATATGCTGATACTAATTTGAATCAGGTGTATTACATTATGTAACCTGGcaggtttaaataaaaaaaataaaagacttacttacttactttgtCCACAAGGTGTCAACGCTGTAGCTGCTGGACTGTTGTCCCACAGTGGGTAAAGACATTGTAAGAGACAGAACAGCAACAAAGTAATGAAGTAACCAAACAATAGACGTTTATGTAATGATTATAGAGACAACATTATCACTCAACTTTAGAGAAAAAAAGGGTGCCAGAACTGGACTTTGTGTTGCACTCATCTAGTGCCTGTGTTCATGTATACACACTGTCAAGTTGTGTATGCTTTAAAAAGCTGTGTGCAAGACTACATTTACacgttaacaaaataaataaagtacactTTGAGCCTTACAAAGCAACAACACTGATCAAACACGGCACAACAATAAATGAACTGTGCAGGAGAGCAAGAGTGACCCACTTTCAgttcaaaacactgaaaataaggCAGCATTTAAAGAGATGATAAAGGAAACAGTAATTGGTGAAAGATGGGGaaagatttgtcagctgcaaacagagataaagttaaattaaatttaaataacaaagCAAGAGGTAAATGTTGTTTAAGTCAAATGTAACACCTGAGTCTTTACACATTTCTTATTGACACAAACGAGTGGGGTGCTTGTTTTAACGCTGGAAACGATAGAGACAGATTTTTTACTATGCCTCAGGTAGACTAACATTTGCAGTGCTGATCACATATCTTCAGGGGTGCCACTGGCCGGTATGAGCCCATGCAAATCTCCTATATCTTCTCTTCTCCTCTTTCATACTCTAGATTTGTTAACTGTCCTTCACTCTTGCATAAAAAGTAATGGGATGGGGCTTTCTCAGTTGGCATGAGGAATCAGTTGCCTCTGGACATCAATTTTGCACCTTCTATCTTTTAAAACAAAGTTGAAAACATACCTTTAAAATTCTTAAACCTGACGTTATACACTAACATACTCCCAAGAGTCATTTTTGACACTAAATCAGAAAAACACCATAATAATGAAAATGCTGAACTTTTCTTGGAAGGCTGTTCCCGAGGTTAGGTGCCAAATAAGAAAATGATCTAACACCACAGTCAATTTTGATATTCTAGGAATAGTAAATTGTCCAGAATTATTTGAGCAAAGAGGATGCAAGGGGCAGTAATACACCAGGAGCTCACTTAAATACCTGGGAGCTAAGCCATTCAGGGGTTTGAAGGtagtcaataaataaaaaacaaaacaaatacaatgtttAATTGGGAGCCAATGCAATGATGGCGGAATCAGACTAATATAATTCTTAGTTCTAAAAAGCACTTTAGTTTGTTAATTAGGCCTGCAACCACTAACTTATTGCAATAGTTTAATTgaggtcatgaaagcatgaaCAAATTTTTCTCAGttgacatttgtttttgtttttgacacttttaaagcatacaaataccataatatgtttgcagatatttaggaaacatgcatAATGAAaaattgtttatctgaaaaacaatgctaaaataaTTTATTCTCCTATGAAAATGTGCATTCCGTGTCAGAtattctgtctttgttttggtcttgaTAACCTTTCCATTGCTAGTTTGCCCAATTATATTTAAGCATCCTGCCTTGCCTGAGTAAAAAACAGCATATTCAATTCGGTCAAGAGGCTCCCTTACTGTATGCGgccattttcaaaaacacagccTCTGGAGGACAGCAACAGTGGCCTGTGAGTCACGCAACAGTCTGTTTTGTGTTCTGATCTGCCTTTTGTCCATTGGGAATTTACACAAGAATGAGGATACAATGGTGTCTAAGGCTCATGGTATGGCCATTTCCATACACAGATCTTGTATTATTTGATGATGCATTTACCTAGATATATACCGATGCAtaggtatacccagattttcttTATATGGCACTCTATATATCGTctccttagaattataaggttctatctgccatttttgtcaaaattgagttattgacatattcttattaaatgacaacttatttacattatgggatgtctttttatttaaaaaacaaatgttacacacatactgtttgctatggaatgcaaaaactttgaagctcaatatctcaaaatcattcagaatgcagatagaaccttataattccaaagtgACAATATTTATATGCATAGGTATACACAGATTTTCTTTATATGGCACCATTTATTTATATCAAACCTCTTACATTAAAATCCTAACATTATTTAAAGAATGCACAGTTGAGTCAGAGCTTTAacattcaatttcaaatggtttagtTTATTTCCAAGATCTGTAGTGTCTACTCTTTAAGTTTGacaataaatgtcacgtaaaaaagtatttaaaatcacactggtagcatttaacactgaataaatccGTATCTAAGGTAATCACCATCAGTAGTTCATGCTGTTGTTTAGCCTCAAGaaataaacaccattttaaaaatagaaatagcaAATAATGGTCAGGACAAAACTTTTAATATAGAAATTATCCCCTCTATAATGTGTCATCGTGTATTTAGGACACCATGGTCAATAGTCAGGCATGTTTGCTCCTGTATTGTCAATCTGACAACCtgcatttgcatggaattgttgGAGAAGGGAATGAGTGAAAAggtattttgaatttggactgcaatacctagttcaaccattgGGTGTCAATCAAGTGTGCCACACACCTGCTTTTGAGTTCTGCTCctggccgttagatcgccccctgggggctggctgcagtagaAGTCATAAAGCctgcctcctccgtgttaatgaactAGACTTGagcccaattaaaaaaaaaattacatttgcagtAAATTGTcccaaaagatggttttggtcaattaaagcttaatttttaaaaacatttttaaacaatatcttTTTAGCTAGTAATTTAATGCTATAAAAATGGGgtgtgattgacagttgtgattaacagtttctcaaagcagactGTTGGAGCTTCGGGAGAAGTTTGAAGTGTTATtgttcgatttctgtgttattttaccatgatgaAATGACTTCATCAGTAAACTATACTTTTTGACTTACAGGATCTGATGGATCACAGTTTATTCAGTAAAGTAAGGGTTTTATCTGGCTTTATTATTAGTTTACTGATACAAAATGCAGGTAATCATTATCTAGCAGTAAATCTTTTAATGGGTCTGAAATAGGAATAAGGAAGACAAAACTAATGTTAGCCTATATCTCCACATTGGTCTCCTGTAACATTATTTGAATTTGATGTAATAGATGTCTCTGACATTTTGAGCTTTGACGTATTACTGAGTTAATCTATTgttgttataaaatattaatgcttTAAAATACAGGATCTTGTATAACAAATAGAACAGTAAATGTTACAATTTATATTCACTATTCACTGttgg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>TCONS_00026596
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>TCONS_00026597
GAAGGCACCATGCTAAATGTGATTTGATGCCTAGGTGAATTGCGGCTTTAGGGTTATTGCATTGCATCGCATCAAAAACCTGACGTCTGTGTGAGAACATGAAATATAAAGCAAAGGAGCTGACTAACATAACATACATTTCTGATTTGTTGTTAGTGTGTATTAGCCACTGTGGACTTTAAACACGTGAACTGTGATGCCCTTCAGGAGTTTTACACAACTGAACCGCCTATAAGGCTATTGTCACCAACAAGGCAAGTGGTGTCATAGATTGAGACATACAACCTTAACTCAGGATGCATCCGGATCTGTCGCCCCATCTGCATACTGATGAGTGCAATCAGCTTATAACACTTCTCAAACAGTGCCACAAAGAGCATAACGTCCTCAAGTTCTTTGGAACATGTAATGATATGGACCGTGCAATGCGTGAATGTCTCAGGAAAGAGTATCAAACAAAAAGGGAGCGCAGCAAAGCCCATGCAGAAGAAATGAGACGACGTTTAAAGGAGCAACCAAAAGAACATCCATAAGATCAAGACCTGCACCCTTGAAGCACAGACCCTTGCACCCTTGAAGCACAGACATTACCTAGCTTCTGGGCTTTGTAGGTGACTCTTTAAACCTGGAGTACATTTCCTTGAGGACATGCTGATTAATTTATTATGAACATTGCAGTAAATAAAGAAGCTGAGTGAGTTGCCACTAGATGCAACACAAGTTTATTTAATGGTGTTGAATTGCAGTTGGTTGGGTTTGAGCTGAAGTTCACAGCTCCTAT
>TCONS_00026598
CGCAACATAGGAAGGCACCATGCTAAATGTGATTTGATGCCTAGGTGAATTGCGGCTTTAGGGTTATTGCATTGCATCGCATCAAAAACCTGACGTCTGTGTGAGAACATGAAATATAAAGCAAAGGAGCTGACTAACATAACATACATTTCTGATTTGTTGTTAGTGTGTATTAGCCACTGTGGACTTTAAACACGTGAACTGTGATGCCCTTCAGGAGTTTTACACAACTGAACCGCCTATAAGGCTATTGGTAAGTGTTGCAGATTTCAGAGGATTTTAGAATGAGTGATGGTTTGGGATGGGGCGGCTGATGCATCCGGATCTGTCGCCCCATCTGCATACTGATGAGTGCAATCAGCTTATAACACTTCTCAAACAGTGCC

Function

symbol description
cmc2 Predicted to be active in mitochondrion. Orthologous to human CMC2 (C-X9-C motif containing 2).

GO:

id name namespace
GO:0005739 mitochondrion cellular_component

KEGG:

id description
ko03029 Mitochondrial biogenesis

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030616-409 Predicted to be active in mitochondrion. Orthologous to human CMC2 (C-X9-C motif containing 2).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000043635

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00026595 False 5387 mRNA 0.34 3 29885190 29896367
TCONS_00026596 False 1126 mRNA 0.37 5 29888959 29898369
TCONS_00026597 False 781 mRNA 0.42 4 29889408 29898351
TCONS_00026598 True 386 processed_transcript 0.43 3 29895611 29898361

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_013485 NA coding downstream 482174 29397940 ~ 29403016 (-)
XLOC_013484 CT025546.1 coding downstream 577549 29307525 ~ 29307641 (-)
XLOC_013483 CT025546.3 coding downstream 671941 29213133 ~ 29213249 (-)
XLOC_013482 LO018677.1 coding downstream 800016 29085058 ~ 29085174 (-)
XLOC_013481 si:ch211-174j14.2 coding downstream 946278 28937061 ~ 28938912 (-)
XLOC_013487 BX908800.1 coding upstream 19693 29918062 ~ 29919105 (-)
XLOC_013488 mhc2dbb coding upstream 24570 29922939 ~ 29925717 (-)
XLOC_013489 si:ch73-103b9.2 coding upstream 60284 29958653 ~ 29962234 (-)
XLOC_013490 si:ch211-220f16.2 coding upstream 69836 29968205 ~ 30021479 (-)
XLOC_013491 gins2 coding upstream 582661 30481030 ~ 30499489 (-)
XLOC_013384 BX323829.1 misc downstream 10342959 19542102 ~ 19542231 (-)
XLOC_013480 CR388161.1 non-coding downstream 1089515 28795559 ~ 28795675 (-)
XLOC_013493 NA non-coding upstream 854115 30752484 ~ 30753423 (-)
XLOC_013494 FO834814.1 non-coding upstream 956127 30854496 ~ 30855535 (-)
XLOC_013495 NA non-coding upstream 1061803 30960172 ~ 30961069 (-)
XLOC_013500 NA non-coding upstream 1825737 31724106 ~ 31724812 (-)

Expression


Co-expression Network