G487134


Basic Information

Item Value
gene id G487134
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000340
NCBI id null
chromosome length 19571558
location 3958255 ~ 3968426 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU558936
TTGAGTGGGAGACCTTCCGAACCTACTCCTCTTTCCTCCGAGTCATGGCAGCAGTTCCTCTGCAGTAGGTGGACGCGCAGCAGCGCCGATGGATCGCGGAGAGTCCCTCGCGTTGTGACACGAGACCCCGCGCACACCGCTGCCCTCTAACCCTCCTCCTGCTCCTCCTCCTTCTCCCACCGCAACACCCCCTGGTCACGGCAGGCAGCATGGCTCCTCCAGAGCTCTCTCAAGTACAGCTTTCTTCCGGAGCGCTTTAATCTGTCAGGCCGATTGAGTTGAGTCAAGTCAAGCGAAGAGATAGGACGGAAGAGCGGTGGACTCAACTGACAAGGGCTCACTGGATGAAGGCATCACGTCGCCGTTTCTACGGACCGAGCCGAGAGATGAGGGTGCATGTCAAGAGCAGGCAGCGGGCAGAGCTCGTGGAAGCATTTGGCCGGCACCTCAATCGCTGATGGATTGAAGTGCCCAGGCACAGAATGTCTCCCAGCATCAAAAACTTGGATTGCTTTTCGCCAATGTTGTGCCACTGTAAAGTAGCATGCACCAACAGCACCATCTCACTTATGTTTGGATGCAAGGTAGGGGATTGTTTTGAAAGATTTATCAGAAAGATGCATGAGCGACAGTTGCTTGAACTTAGTTGCTTAAATGGTCCCTGGACTCTGAGCTGCTAATTGTCTTCTCACACTGAGGATAATTTTGTTGATGACACCTTTAGTGGGTTAAGATCTGAACATATGCTCCAGGTTACACCCTCATGGCAATGATCCATTCCTTTGCATGTGATCCTAATATTCGTTTGTGATTAGGTTGGAAGTCTCACAGAGTCTCCATTTGTCTGGTTTTAGTCTGACAAAATGAAATGCTCAATGAGACCACTGATGATGCCAGGTTAAAGAGCCGAAGGCAAGCAGGATCTCAACTCGACCCTTTTCAAATTTCAGACTGTACCTAGCTTGCATTGTGTTCCATCCTGCCTTTAATTCCACCACTGTTGTGCACAAACCACATGCGCCTGGGAAAGATATCCTGAGGGACTTCTGGGCTTCTGTTTGCTGAAACAAACTGATTTCAGCTTGAAGCCAAATAAAGGCAGCCCAATCGAAATGTTCATTCCTTATCAAGAGTAAAGCTCAGGCCCAGCATTCCTTTTGGTCCATTTTCTGCTCGTCTAGTTCGAAGCAGGATAGCAAGTTCTTTTAGTTATGTAACCACTTGGTCCTCTGGGTATCTTAGCCTGCGTCCCAATTATATCTACTATGTGCGAATGGGTTGTGGGGAAAGAAGCTTGTGTTTTCATTATTTCACGACTGAATGGTTAGTCTTCGTTGTCTAACTCTACCAAGCATTGCAACTTGCACAGAGCGTAGAGGATTACAGCTTATCACTTTGCTCCTACACAGACTGATCAGTCCTAAAAAGCTTCCTGTCATTATAGCTGAACCTTCTTTTCTTCTAAGCATGAGATCAGAGGGCTTGGGGAAGCCCTTGTTAACTCCTAATGACAGTCAATCCCCAGCAAGCACAGAGATGACCCCTTGCCATTTGTGCGTAGCAGAAACACGGCAATCAATGTTTCATAGCCGCTTTAAATTGTTTATATGCTGATGTATGATTGAGTTTAATTTTGATCAAAAACCTGTCTAAATATTAAAGATGCTCGGCTAAGCCAAAGAATTTTTCAAAATGCCTCATTGGCTGCATGTTTTATTTATTGGTATTGCATCTTGCTGCCATTTTACAGTGTGTTGCACAATAGTGAATAAGTAAAACTACAAGAGCTTACAGTGAACGCAAAGCATTTCAAGACTTAACAGTAACACCCAACAATAAGACTCAATGCATTCAGTATCATGAACAAACAGCCCTTACAGCAGTTAATTTCTACAGTACTCTAGTAATCAGTGTCACATGATCCTTCAGAAATCATTCTAATATGCTGATTTGATGCTCAAGAGACAATTCTTATTATCAACATTGAAAACCGTTTTTGTGGAAATCTAAAACATTTTTTCAGGATTTTTTATTAAAGTTCAAAAGATCATTATTTATTTGACAGATTTTTTTTTTTCCATAAAAATGTCAACGTTTTTTACTATCATTTTTGATAAATGTATTGCACCCTTGCTGAATAAAATGATTAATTTCTTTTGAACCGTACTGTATAACCAAATCCATTGCTCATTAATGTAGCTGTAGAATCAAAATTATTGACAAAGTTGCAAGAGTAAATTGGTTTATTGACAAAAAAGAAACCGTTCAAGGATATAGTTATACACCAAAAATCCCTGATAGGAATTAGCCTAATATGGATGGATCATGAATATGAGTCGAGCTATTGACATCTGTTTTGAAAATTGCATTAGCTTTTGATATCTGGTGGGTTTGTATAGTCCTGAGGAGATAAAAATTAGAGTAGGTTTGTGGGAAGGGGGCTGAAGATTGTTTAAATAATACAGCACCTCCATCCATGCTGTCACCCAGCTCTATAGATGCCTGACTAAAGTCAGCAATGTGAGTGAAGCCTTTTGGGTACACAAGATTCCACACTGATAATTAAAGCTCACATGCATCCTTTTTCAGATGCTTCTTTCCTTTGCCTGGACTCTGTGCATTTGTCGGATGAAGTTCCTGAGCTAAGCTGTGCTCTGCGTAGCATTGATTTAATCCTGCTGGGATGTGCTTGCCAAACAGAAAGTGGTGAATGAGTCTTCGATATGCTTCAATTTATTCATGTGTGATGTGAAAGTTTATAAATTTATGGGTTTTTGTAATCGATTTTGTTCTGCTTTCCGTGAATATGTGCATCACACGTTGATTTGATTATTTCAGTGCAGACCTTTCAGTTTACCTAGCTGACGTTTTGTTCTAGGATGTAGAAACTTCTGAGGTTGTATATCTTTTGAAATGGCATATTTCAGCACAGATTGTTTTGTGAACCTACATAAATTAAGTTTCTGAACTGCTTGAAACCTACGTAGGTTTGTAACAAATTTGCAAAATGCTTTTCACTGGCTGCCCATGAACGTCTACTTTGACCCGCCCTAAAAAACTGTAGTTGTAGCTGAGGCCTGGAAGAGTTTGGTTTGTCTTGTCAACAAGAAGATGCTGTTATGAAAGCAAATCCACTTTGCATGCACTTCCAAAGGATGAGGACTCAACTAGGGCTTGAATTGATAAGGTAAAACCAACACCATCGTTACTGCTCGCATCGATGTGTACAAGTGCTGAGGAAGCCTTCTGAGCTGAAATTCAGATATGGTATGAGCGATTTGTTTCCAACACGATCTGTAAGCGGTTGACCAATCACAACAGACTAAGCCATCTGATCAATCAGGGGAGAGTAGGCCCTCAGAAAGGAGGGGTTTAGTGTTTAGACACTATGAGAAAACAGGTGATGCTGCGATTGTATTCTATGAGAAAATTTAAGTGTTTTTTTGACCCTGGATGCATGTAAACCTATTGTAGAGAGCTGTAAAACTACACTGATTGAGTGACTTTCCCATTGATATTGCAAAGACCAATTTTCCTATTGAAATAAAGGGATTAGACCACATTTATACTTTAAGTTGATGATGTTTTCTCTAAAATCTCATGGAAAACCTAGCAGGCTACCCAGTTGATAGTGTGATTGATTGGAGTCTTTCTGAAATTTCTTTGGTTTTCAATGTTCCAGCATTTGGAGTGTGATTAATGAAATGTAGCCCATCTCTCATTCAGTCATTGTTTCCCTCTTTATAAGCTTTGGAGCAGCCACAGGTCATCAGAGATACTTTTGTGTTCATTTCTGTGCTTGTTGGCATGTTGGCAGCTTATAGCGGTTGGTAGACCTGATGCGAAGGTCAGCAGATGGATGTCTCATGTCATACCAATTCCTTCTCTCTCAGGGATGTAGATTGTAAAGGAAGCATGTTTGCTATGCTGCGGACAGCTTGTTTTCTCCTGGCCTGCAGAGCTGTTTATTAGGTTTTACTGTCATCCCCATTCCTCTCACTTTCCCCACCTGCCGTTTTTATCAAATGTTAATGTGTCCTTAAATAGAAACCGCTGTGAAGATTCAAATGGCAAATGGTATGAAATTATGCTTTTCTTCACAACGGAGCTGATCTTAACAGCGATCACTTACTAATAAACTGAATTGTACATGTGTGACTATGACCAAGTGATGAAACCTATGATGGAATAACAGAAAATTAAGTGAAATGCATAATTAATTATCTCTACATGACATTTTATTAGTGAGAGGGTTTATGTTTTTCTACTGGAGAAGATTCAGCTCTAATATTGCAACCTGTCTTTTAATTTATAATATATAATATAATATAATATAATATAATATGCATTTTATATATTACAACCTGTTATTCCTGATGTTTGATTTTTAAATTTGTGTCACAAAATATACATGTTATTGCTGAATCTTTACCAGTTAACACATTTCTACCATCGCATGGTATATACAGACATATAGTTCTGCCTTAAAATGATTGGACTAATAAGCCAAAAGATGTTAATTCCTATCTGAAATTGAAATCGCGGCAATTTAGCTCAACTATTTACTGTACAAGGTGCAGTCTGATGTTTTATTCTGAAGATCTGCATTGGGCAGTGGGATCCTTTTACATATTGACTTATATAACTGAGCACTTTACATTTAGTCAGTTAACCGTGAAGCTCCTTTTGTGACCAGCAGTTCCACATGCTCTCACATGAGCATCATTCATTAGCAATTTGTTACATAAGGCATGTTAGAATTGATCACCCTCTACGTTTTTGTTGATAAGCCTTTAGAGCAGCAGAGGGAATCCTACTGAAGTGTGTAAATTGTCTTACAATGCGGTTGCCCCGAGTGCATATGATGTAACAAGGGCATGTATGAGGGAAAAAAAGAAGGAAGGATGCTGAGGAAGACCAGGGAGATAACAAGCTCTGCTTTTGTCTGGAATTCTTCAGAGTCCAATCAATCAAGATTTTAAGCATGCAAAATTACCCTA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU558936 True 9952 lncRNA 0.39 2 3958255 3968426

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000340_03908893_03911941 NA coding upstream 45729 3908760 ~ 3912526 (+)
CI01000340_03853070_03866459 PHB2 coding upstream 91440 3853008 ~ 3866815 (+)
CI01000340_03679908_03709888 USP13 coding upstream 248206 3679824 ~ 3710049 (+)
CI01000340_03662829_03666784 ACTL6A coding upstream 291471 3662760 ~ 3666784 (+)
CI01000340_03616496_03620617 NA coding upstream 337285 3616496 ~ 3620970 (+)
CI01000340_04060349_04070533 MFI2 coding downstream 91876 4060302 ~ 4071410 (+)
CI01000340_04074777_04081250 LRRC40 coding downstream 105622 4074048 ~ 4081469 (+)
CI01000340_04249473_04264824 SHROOM2A coding downstream 281047 4249473 ~ 4266007 (+)
CI01000340_04273797_04274531 CLDN34, CLDN34A coding downstream 305171 4273597 ~ 4274533 (+)
CI01000340_04310811_04341754 WWC3 coding downstream 342385 4310811 ~ 4341754 (+)
G487128 NA non-coding upstream 7935 3947428 ~ 3950320 (+)
G487196 NA non-coding upstream 33968 3923052 ~ 3924287 (+)
G487189 NA non-coding upstream 72025 3885824 ~ 3886230 (+)
G487187 NA non-coding upstream 77557 3880491 ~ 3880698 (+)
G487186 NA non-coding upstream 78005 3880008 ~ 3880250 (+)
G487197 NA non-coding downstream 242 3968668 ~ 3968910 (+)
G487198 NA non-coding downstream 1343 3969769 ~ 3970093 (+)
G487200 NA non-coding downstream 54142 4022568 ~ 4023153 (+)
G487201 NA non-coding downstream 58170 4026596 ~ 4026846 (+)
G487202 NA non-coding downstream 59696 4028122 ~ 4028366 (+)
CI01000340_02930635_02933799 LSM2 other upstream 1026455 2930635 ~ 2933935 (+)
CI01000340_00312480_00313262 NA other upstream 3645010 312212 ~ 313534 (+)
G485427 NA other upstream 3790621 163286 ~ 167634 (+)
G485373 NA other upstream 3844486 106885 ~ 113769 (+)
G487133 NA other downstream 5489 3973915 ~ 3982545 (+)
CI01000340_04399692_04401164 NA other downstream 430993 4399419 ~ 4401496 (+)
CI01000340_04660938_04668996 NA other downstream 695883 4659584 ~ 4669322 (+)
G489634 NA other downstream 2725795 6694221 ~ 6700788 (+)
G490645 NA other downstream 5070386 9038812 ~ 9043101 (+)

Expression


Co-expression Network