XLOC_013957 (lin28a)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_013957
gene name lin28a
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 15440841 ~ 15473157 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00027864
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>TCONS_00027869
ATGGGCGAGATGGGTGAAATGGGCTCAGTttatgagcaatattacacaGGTGGATGTACAAAGACAGAGGAGGAAGAAGCCGCGAGCTCCGAGGAAGACTCAGGCTCTTTTCACGGCTCTGGGGTCTGCAAATGGTTTAACGTGCGGATGGGCTTCGGATTTCTGTCCATGACCCACCGGGAGGGCATCTGTCTGGACTCACCCGTGGATGTCTTCGTCCATCAGAGCAAGCTTCATATGGAGGGTTTTCGCAGTCTGAAGGAAGGAGAAGCAGTGGAATTCACCTTTAAAAGATCCTCTAAGGGTCTGGAGTCCTTACAAGTGACGGGGCCTGGAGGGGCACCATGTGTGGGCAGCGAGAAGAAACCTAAGGGTACCCAAAAGAGGCGGTCAAAAGGAGATCGATGCTTCAACTGTGGAGGACCCAATCATCATGCCAAAGAATGCCAGCTGCCACCTCAGCCGAAAAAGTGCCATTTTTGCCAAAGCATCTCCCACATGGTGGCCAACTGCCCAATCAAAGCACAGCAGTTGTCACCAGGATCTCAGGGCAAATCGACAACCTCAACAGGAGAAGAGGAGGACATGAGCCACACTCCCTTACTGCCAGAGAGCACTGATTAGCAGAGGAAAGGTTGTCAGGGAAACACAAGCACCAATCAAAAAGTTTCAGAGGAAAAGCTGCTTTTGAAACTAActcaggtttttctttttcaaacagcAGAAATGAATGTCAACAGctcacttttgtacttttagtgAGGAAATTAATATTGTaagttgtacaaaaaaaaaaaagatcattataCTATCCATCTTTATTTATAACCATCTTCATTGTCTTAGTAAAATGTAGGTAGCTCAGCTTTGGGTTTGTTTAGAGGGCAAATCTCACATGAACATGTCTaagatttaaataatattttacttaaaatgaagcttgttttcattattattcagaAATCTTTTTCTTTGTTGgcagatttttgttttattttgccactTTTTAATCTTTTGTAAAGatttttcttcaatttttttAAGGAATTATATGGTACTAATTTACAAGTATAGAATTATGACAATTATTCACTTGTTAAACATATTGTGTAAACGCTGAGTGTGTTGTTGCACAaccttttgtttcgttttttaacaataaaaacttaaagaaatttatttaaagaaaaaaatgcatattaaattttaaaattagtATGATACTTGCTTTCCAACATGTGTTTTACTCAAAAAcaagaaaactaaaactaatattcCAAACTAATTtagtttcttctcttttttttttcttttttttttggggggtgaaaaCTGACAGCAAATTTGTTTTAGCCTGATTAATAATGCTTACaattcaataataattaaaatactatttacttTATTTGGGGAGATATTATAATGCGTGTAATACAGATATGTTTTGTGAGATCTGCCCTAAAGTGTGAAGCAAATGTGAAAAagtaaagacttttattttctgCCTTAGCAAAGTGTCTTCGATTTGTACTGAAACAATCAAAACGCATCATGTTTACGGATTGCAATATGTTTGGTGACACACATGTACCTTTGCATTTACACACAAGTGATATTTTGCTTTCTGATGAcaaaattattattgtcatccacaagtacatttacatttttttatattaatgttatctGACACTCTGAGATTGTTCTGAACCACAGGCCAAGTGAATGTTAAGGTTGTGTTTGTGCATATGATACCTCAGCTCAGCCTCATATCATCAGTGGAAATACTCTGCACTGTCTCTAGTTAGTTCATAAGAAAGCCACTGTGGCtttcttaaattatttaatgACTCGTAATTGTAATGAATGGCTTGCTCTAATTTTAAATCTTGGGAAATCGAGAACCTATTCCCAAATTGTGCATAAGCCAAGACAATAGCACGTTTATAGTGATAATCTTTTTAACGTTAAAGGAGAGTCAAATGATGTGCCAGGCTAGAGATCCTGCTTTATTTGATGTTACTTTATTGTAAATAACTATTGTGAACTTGTTTTAAATCGCTGATATTTATTTGTAGCCACACAAACTGACCTCAAACTTGATGCGATGCTGCAATGGGTTTGCTCTTGAATGCAAACAGACAAAtcctttattttagtttaataatgCTTAAACTGTAGCTTTGAGTTGACCAGAATCTGCTGTATTATCAaggcagaaaaaaaatatgagtttCACATATGCAATTACATGTTTAAAATCAACATGAGGTTGAGTGATAACAATTTTAAATTGGGTGATCTAAGGGTAATGGAGCAAATAAGCCAACAAGCTTCATTTTTAGGAAAGTATTTAGCTTTGTCAAATAGTAATTGTCATTCTATTTGCCGTTTTGTATGTTTGACAGTTCAGATACTCAGTGTGAAATAGCTGTAGTAAACCAACATAGCATTCTTTAATACTTGTTGCATCACAAAATTATGTCTATCATGTTAAAAGCGTATTCCGTGATCtgcattatacaaaaaaaaagtatgattttatttttgaaactCCTAAACAATTGATATTTGAGCAGATTTGACCGTGTATGAATTGGTTAAGTTACTAAAATGTAAACTAATTACACTTTTTCTGTAAGTAATTTGTCTTATGATGTTTTACTAATTGGTTACTTTTATATTTCTTTCATACTCTATTCCAGTGCTGCAAAACCTGCAGTTTGGTTTTAATTCAAGTAAACGAATGACAAATGGTGAATAAAAGCGTGAAATGATtggtcttaaaaaaaataatgaaagcacTGCATGTGTTAAGCACAGATTGTTAGTACATACACACAGCAGCAAAACATTTAATGTGGACAAAAATGTTGTCAAAGATATCCCTTTTTACCAAAACGTGTGAAATGTGGTTTAGGCACATTTTCATGTGAAAATGCATATGAACAAATTGTGGACATGTTTGGAAATGTTTCGCATGAAAATGTTCCCAAACGTtgtgatttttaccatgtttccaTATGTGAAGCTCATTTCTGCAAGGACTGTTTTGTTTCTGGAAGTGATGCGTGCtggtttaaagggttagttcaaataattttgttaatatcTCACTCTTGTCATTTTAATAACCTGAAGCCTTCTATCATCTTTGGAACAAAAATTGAGATATTTTAGTTGAAGTCTGAGACTTTTCTCATcctcaatagacagcaatgggcCTGAGatgtttaaagtccagaaaagaaacggaaaacatttcatgtgacttGACATTCCATGAGTCAAATTGCGCTTGGTAAACATGCACCATGACCTTGAACCTCTCAAGTcgcatggaatgttttgacataTTTATTTGGTTCCCATTTAAAACTTGTGACCATTGCTGTCTTTAAAGGTGgagagagctcctggatttcatctGACACTGTGTTTCTCAACTATGTTTCTGGAGGACCCCCAGCCCTaaacattttccatgtctctttaaccaaacacacctgattctgaTCATCAGCTCAGATCAtcagagacatccaaaacatgcagtgttggtggtcgtCCAaaaaacgtggttgagaaacgctgatctaaaatatcctaatttattttctgaagatgaacgaaggtctcgggggagtaattaataacacaatCCAAGCTAACCCTTTAAACAGAGACTATAgttatatcatttaaaaaaaaaaaaacttgcaatttgAAATCAATTTTTAAAGGTTTGCATTTTCAAAGTAACAATGTAAACAATGTTAATTTTTCCGTTTTACAGCACATCGCTGCTCCCAAAGTGTGTTTTGCTGACCAGAGCCTTTCAGGTTTTAGTATATTATTGCATGAAAGTAGGTGTTAGAGTAGTTTAAtagggatgggtggatgggttTCGCCTTGAGCAGCCTGTTGAAAACTTGAAGTTTTCTTTTTCAGGGATGTGAAGGTTTCTTCATCATTGTAAAGATGGTATTTGGTGTCATGCTATTATTTTGTATCCCATTATCATTTCaatattttgttgtatgtttttttttttttttttatctttatttaaagtTAGAACGAGATGCTAACTTGTTTTGAATCTATACAAATCTACCTCAGGGTGtgctgaaatgtattaaataGACAATTCGATTAGGACATTGTccatttaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcctgtgtgtgtgttgtttattttataattctaggtgtaatgtatttaattttggtGTGATCGtttcaggattttttttgtttgtttgtttcacctATAGGCCAGCTCACAAAAGAAGTGCAAATTTTACAgttcttttaatattttgtttaattttttggtaTATTgcttgatgttttgttttttggcctGTTCTGTATGCTGAGATTGTGAACTCAGgaatatttgttaattatttcttTAGTTTCTAATGAATGAAGAGGATAATCAATGTTGCTGACCtggatttgttttattattataaagattGATTTTTCTCATGTGTTCTCATTCACTGATGCTCAGGATATCAAATGCTGCACAAATATGAAGACCTACTCATGTTTCGTTTGTATTTTCTTCGGTTGCCTTGAGTACTCATTGCAGGTGGCCAAGACTCTATATGTTCCATTGTGTGTTTGATGAAGACGAGCATGTTTTGTGTTCCGGTGACCAAAGAATGTAGCCACAATGAATATGGCAGACGAAAAGCATGGAGCTCAGTTTATAGAGTTTCCTCTGCAATCACCATGCTAAAACAGTTTCAGAGAGAGCAAATTCATTTTCAGTTTATCGTGATGAAGCATGCAAAGAATGTTGTGCCCAAAGTGTGTTTTAGTGGTAACATTACAACTGCTTTCTAAGTGAATAAATATCTTTTTACGACCATGATGCccctgccttttttttttaacaattattattgtttatgctAAACATAAACCTCATTTT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>TCONS_00027870
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Function

symbol description
lin28a Enables RNA binding activity and polysome binding activity. Involved in RNA metabolic process; positive regulation of cytoplasmic translation; and stem cell population maintenance. Located in cytoplasmic ribonucleoprotein granule; cytosol; and nucleolus. Part of polysome.

GO:

id name namespace
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GO:2000767 positive regulation of cytoplasmic translation biological_process
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KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040426-747 Predicted to enable RNA binding activity and polysome binding activity. Acts upstream of or within chordate embryonic development; negative regulation of gene expression; and regeneration. Predicted to be located in P-body; cytoplasmic stress granule; and nucleus. Predicted to be part of polysome. Is expressed in several structures, including Kupffer's vesicle; central nervous system; digestive system; neural plate; and neural tube. Orthologous to human LIN28A (lin-28 homolog A).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000016999

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_013956 NA coding upstream 137008 15301688 ~ 15303833 (+)
XLOC_013955 NA coding upstream 413499 15025916 ~ 15027342 (+)
XLOC_013954 oprd1a coding upstream 489085 14921000 ~ 14951756 (+)
XLOC_013953 NA coding upstream 569610 14850817 ~ 14871231 (+)
XLOC_013952 tent5bb coding upstream 852427 14573998 ~ 14588414 (+)
XLOC_013958 pdik1l coding downstream 12130 15485287 ~ 15518874 (+)
XLOC_013959 ppp1r8a coding downstream 48840 15521997 ~ 15532515 (+)
XLOC_013960 foxo6b coding downstream 98133 15571290 ~ 15620967 (+)
XLOC_013961 ctps1a coding downstream 542724 16015881 ~ 16031503 (+)
XLOC_013962 rab42a coding downstream 559226 16032383 ~ 16036147 (+)
XLOC_013944 BX530067.1 non-coding upstream 1606848 13833879 ~ 13833993 (+)
XLOC_013943 NA non-coding upstream 1634968 13796592 ~ 13805873 (+)
XLOC_013963 snrnau11 non-coding downstream 588669 16061826 ~ 16061961 (+)
XLOC_013965 CR385068.4 non-coding downstream 595813 16068970 ~ 16069103 (+)
XLOC_013967 NA non-coding downstream 1238669 16711826 ~ 16712299 (+)
XLOC_013968 CR318590.2 non-coding downstream 1434552 16907709 ~ 16909487 (+)
XLOC_013970 NA non-coding downstream 1880483 17353640 ~ 17354668 (+)

Expression


Co-expression Network