XLOC_014097


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_014097
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 27033873 ~ 27041528 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00029916
TTTTAAGAAAATGTAGCAAAAACAATATCTTTATTTCACCATAGACACCAGTCCAACCGAGTTGTACAGAATctatcaaatacaaatatatCTTCAATACCACATATGAATACCTTTGACTGTATATACTTCATGGTTTTGTTGTGCGAGAGAATACATTTAGCATTTACACAATTCACATTTGTGCATATCATTGTCACGATCATGATTATTGTTCGACCACCATTTGACGAGAAATGATGAGTAAAATGTTACAGTAGACCGATAATAAACAGCGCGGTGGGGTTTCATCACATCCTCCCCAGGATTCCGGGAGAGTTATCTGGTGGAGTCAGCATTTATGCAAATCAGCAGAGCGCCATTTAGCCAATCACAAGTGCTTGTGACACAGCAACTCGATGACATCATCACGATGCACTATGTTTGGAATGGAATACTGCAGCTGCAATTATATACTCTATTTTGAATTGTTTGTGAAAGACTTATGCTACGTTCAACTTTGTTTAATGGATAAACAGCTAAAGTTTAGGGagcttaatattatttttttgtccacAGAGTAAAAAAATACCTGCCAATATTTTTAGCACTCTTGCTTCTGGAAGTTTTTCATTTTCCCATatggattttaaaaaaggagTTATAAGTTATGAACCGAACCAACTGGCTAAAGACTGAATCAAAACATTACACAAgttttatttaaagcaaaaaagtgttttaaaatcagATAAAAAGACAATATAATCCCATCTTGCACTGCGAAGGACACAATCACATCAAAAATGATCGACAAATATAAAACCTAGTATTTAAATAcatcaaatatgtacatataaacattgttttttttaagtttattgcaAAATATGCATATAGAAATATTTGGAGTGCTTCATGGGATTGTATATCCTTTCATCAGTAAAGCTGTTCACAGTCTTGGGTAGAAAATTTGCATTGCTTTATCTGAAAACAAATATGTACTATGTTTCAATTTGTAGATAatatcccagcaaacaattttgtgtgtaatagacatctaatagacatctaaacgtagacagcttggctaaataCAAGACTAAACTTggcctgtcagtgaaaatctaatagacatctaagaaaagcccaaaactagactagtcgtcaagtGACAGActttgtgtagtcattcatttctgtttatttgatgactagtctagttttggcctattcttagggtgctttcacacctagacttttgttttggaacctagAGCGTTTCCTCAGTTAGCACGGTTCggttggcatatgtgaatccagcaattgcgctcggatccgcgccaaaacaatcagtccgagatcgcctgaatgaggtggtctcagctcaattgaaacaaactctggagcgaattgattgtagtgagaaagcattACGATCCGAAACAGgctatattacagtgtattatggaCATGTAACAGGCAAATAAGgcaatatgaagagagaattatgaataggACGGGATGTTATTCCTACcagtaaatgtgtgtttcatgtcaaatacgaaaTTGTAAGCATGTTAACTATTAAAGagagctgtttatctgttaggaaaaCTGACCAAACtacagtcttggtttatctgttatctctctcttaTGTATTGCCTTTAATGAATAAGCCAACAACTATGTAtaagaaagtcttacctctgatttacaTTTGGTGACGAtatctgtgggtgtcaccattcaaaattaaagcccAGCTTATCACTTATAATGTCTTATAGCTcattgtcataaattaaaataaggactcATGACAGCTAAGAGGtacaaaataaactgtgaaacttTGATTAATGTGAGGaatttactcgcacgtgacttgtttgtAGAatttttggtccgtttagaaattttgcagtgtgaaagcgaaacacaccaagaacaaagagcaacaatgtaacaattttactccctgtttcagaacaaaagaTTCAATCCACAGGTGTGTAAGCACTCATAGATGtcttttagattttcactgacagcccaaatttagccttgttttagccaaactgactatgtttagacgtctattagacatcttttaaaaacataaaatgcttgctgggataaCAGAATGACTACTAAAATCTCTCTCCTGATTGCATTATGGAGTCTTGTGTAATGGGGCTTTGTGCTTCATGTCAAATATGattattcaaaacatgatttgaaATAATGTGCACTGATGGCTTTGAAAGGAGATAAACAGTCTTCTAGTTTACAGCTGGTCTATCTTTACCGGTTgatatattattgtttaaaacCAATTCCCCGCTGAAGAAAATTGATAGGATCTACTTCTGGTTTCTGACTGTTGCGCTCTACAGACTGCATTAGTTACTGCTCACTTTTTTCATCAGCGCTGGATTCTGAAgtattttccaattttttttttttacccataggGATTGCAAAAAAGGTTTTGTTAATGTAAAACCCTAACCATGTACCAAAGCAACCAGCAAGGAGAATCACAACATTACAATCTTTGATTGTAAGCGAAGAAGTAaatgaaaatcaaacaaaaattgaCTGTACACGACAGCTTTAATAAGAAAAAGAACTACAATCCTATCAAGCATTGCGAATGATGgagaaataaaaaactatttgtttCCAGTTACTGATTGtatcaatataaatatatttatgtttattgcaAAATATGCACATTTATACAAAGGCTTCAgtatgcttaaaacacccaggcaggtgtgtttaggcaagttggagctaaaccctgcagggacaccgggcctccaggaccaagattggtgacccctggcattATGGTACCATGCCTGGTATATATACACAACAACGGTATTCTAGTATACTCATCCAAACATAGCCTCTGATTGTTTTATAAACCAGTGAAACCTTCTGTCACTTAAGAGGTATTAACAGTTCCCTTAAATATGTTCCCTAAATGAGCAAAGTGCTACTGTCACAAGCACTTATAAGCAGACAAATGACTCTCACAGTCCCTGTAgggattttttcttcttctgtacaTCCCATCTCTCCAAATGAGAAAGTCTTTGTCACCGCAAAGAAGAAAATGAGGAAGGTGAGACGAACCATTAAAAGTCCAGCTGAAAACGTTTCTGTACAGGCCTGCAGATGAATCCAAGCCGAGCACACCGAGATTAAACAAGAAGAAGCGAAAAAGCTGCCATTGAAGATGCAAACACAAAACTGAAACCACGCATGATGACCATCTGAACAAGGAACAGTTCCTCTGTGCTCACCATTTCAGTTTGTGTTTAAATCAGAATGTGGTTTGAGTGATGAGGAAGCAGCTGATGTTGAAGTGAAGTACCATATTGCACACTCACATGAAGTCTGCTTAATGAACTAATTCCCCTTTACCGTCGCTTTGTACCAGACACATGACAAATATGGCTGCACGATGTGCGTTCAATGCTATTTGCATTGTAGAGTAGCAGCATCCAGTGACGGCTCCAATATGGCAGGTGCCATTTAGAAGCAAACCGCATTACAATGCTGGGAGATTCAATCTGTAGCTCTCAGATACTCAGGGGATCTAATAAAAAACCAAACCCCCAAATCTATGATGAAATTACGGCTTCTCTGTACAAACGCCTTCGACAGCTTGTGACTGCTAATATATTATCCCAGCATGCTCTGGGAGAAACGCTGGCTATAAGCGAACCAGCATCATTTCATTACTTCTTATCAGCTTATTGTGAagcttgatgttttgttttttttattaaagaattgtGAGGGATTTTTGTCTGAGCACACATCACCTCAGGTTGGCTGTGCAGTTACACTTTATTTAGTGTCTGCTTAGTGAAAATCATATGTTTCATTACTTTATAATAGTAATGGCACACCGCTCTTCGACATGTTACACAATTTGAGGTATTTCACTGATCCATGTTATAAATCCCtacatgcttttcttacttagagattttgacttgtttctagtccatatATCAGTCAAAACTaattgagtttttctttaaaacaactaagtaatctgccaatggggttagcaaaaaagaaatattatttcaaatggaaaacaagattattttgtttacacCATTGACAgatgattttatttgttttaaggaaaactcaattaattttaattctgaaaacaaagctattttttttgcttgtctagcaAATGTTTCTTGAGATATTTGGAcaggaaacaagacaaaaactctaagaaggaaataaaagtgtaaaatgGATCCAAAATGGTGTAATGGGTTAACAAACAGGAATTATGAACCTGTTGATCTTGATAACAGTGTTATGTAATACTGTCAGCTACACATTAGGGAAGAATAATCATGTTGTCATGATGAAACTGGGAAATTTGGAGAGCAACAACAGGATATGATGTATTTTGATGAAAGTGAGGAAAATGCATTATAATTATGATGCAGCAAAGGCCAAGGTCAATGATTCAATCCTTAGGAAACAAGTATGGTGCGTCTGGAATCACATACTTTCCTACTATAAAGAAGTATAGGGCCAAGTACTATCatagcaggcacacaatgtcataagacgctaatattaggttagatttaggttgtgatgtcagatgaccaaaattcaatgtttagaCAGAGTCTAAGGACCACATTATTTTGACTTCCAATAACAATGTTAAATGACGTTAatatatttagttaatattaggttgtgttgaaaagtgaaaaaaatccaacatcgagccaatgtcatattgacatcaaatactgacatttattcatcaggtacgGCAACTAAAATTCAACGTCCtatagatgtcatattggtaacgtccaaaCAAATCAAGCTGTAactttagacgttgatatttggttgattttaggttgtgttggaaagtgaccaaaaccaaTCTTaagccaacatcatattgatgtcaaataatgacatttattcgttaggta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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00029916 True 6980 lncRNA 0.37 2 27033873 27041528

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_014096 tnfa coding upstream 9854 27019432 ~ 27024019 (+)
XLOC_014095 nelfe coding upstream 101044 26922780 ~ 26932829 (+)
XLOC_014094 FP085398.1 coding upstream 189291 26828502 ~ 26844582 (+)
XLOC_014093 FP085398.3 coding upstream 227991 26805766 ~ 26805882 (+)
XLOC_014092 si:dkey-27c15.3 coding upstream 303623 26681848 ~ 26730250 (+)
XLOC_014098 ddx39b coding downstream 298320 27339848 ~ 27358545 (+)
XLOC_014099 ppp1r11 coding downstream 407097 27448625 ~ 27453644 (+)
XLOC_014100 atat1 coding downstream 438035 27479563 ~ 27515651 (+)
XLOC_014101 C19H5orf49 coding downstream 547673 27589201 ~ 27608549 (+)
XLOC_014102 nsun2 coding downstream 817338 27858866 ~ 27902509 (+)
XLOC_014090 FP017254.1 non-coding upstream 457165 26576594 ~ 26576708 (+)
XLOC_014087 BX842609.1 non-coding upstream 840937 26192822 ~ 26192936 (+)
XLOC_014081 CR855860.3 non-coding upstream 1858481 25175272 ~ 25175392 (+)
XLOC_014079 CR855860.2 non-coding upstream 1881296 25151416 ~ 25152577 (+)
XLOC_014104 NA non-coding downstream 933137 27974665 ~ 27976483 (+)
XLOC_014106 BX511306.1 non-coding downstream 1101607 28143135 ~ 28143254 (+)
XLOC_014109 NA non-coding downstream 1747440 28788968 ~ 28824390 (+)
XLOC_014110 NA non-coding downstream 2064407 29105935 ~ 29107694 (+)
XLOC_014111 CU469458.1 non-coding downstream 2161614 29203142 ~ 29203257 (+)

Expression


Co-expression Network