XLOC_014114


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_014114
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 29459117 ~ 29607003 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00029944
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>TCONS_00029945
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>TCONS_00029947
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>TCONS_00029948
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>TCONS_00029949
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>TCONS_00029950
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>TCONS_00029951
CGCCACCCTGCGTGAATGTTAAAAAGGTTCATGTCAGTTTTAATGTCCTCGTTAACCATGCTGTTGTAGTGAACAAAACGTTTAATGGATGGCCATCAAAGTAATCTCCAGTTGAGCTTCATAAGCACAAAAACATATTTCAACGAACAACGAACCGcttttccgctgttaccagtttgtcggcggacttgagaccaAGTGGCGTTGACCGCGACAATGGGGTTCGAATTTGGTGAAGATCAGTTACAGGAAAAAAGGTGACGGTGGATGCAATGTGACTCCTGATTAGTTGCTCTGGCAACCTCAGGGTACGTTCGCTGGTGGCCATGGCAACGGCTGAAGCATGGCGATGGAGCCCGGcagattatttaaatttaacaggAATGAGAATACGGAGGCGGATTGGCAAACCACAACGTCATCACAGAGAAGATGTCGCTTGTCAATAAAACTGAAGCATAActgTGAGACCAAGAGGAAGAGTGACTGTGTGAAAGAAAGAGTGAAAGATGGACTACTTTATCTTGTCATCCTCCCTCGGGGAAAGAAAGGTGCCAGACACCTCATATACCCACGGCTCAAAGTAAGcccctgtttgtgtgtgtgtgtgtatgtcagtgAAAGAAACAGTGCCTCTTTCAGTGTGGGTCAGACTGGTTGAGATGGTGTTGGTCAGAGACAAGCATGTTATTCTCTTAGCATGTTGCATCTTTTCCTCAATCCTGTTTCTTTGTCTTCTGTgttgtttctttctttcatccGGTGTCTGTGTGTCATGCAGTCTGTTTCTCTGTGCCATTAGTCGCTCATTgtgttcttttgtgttttgttttgtgcgtGTAGGCTTTGTATGTGCTTCTGTACTGTACATGAGATAATGTGTTATGAGTACTGTATATGTGTACAGTTGCACTGAGCATATCTATAGACAGTCTGTCTATTTAAGACAGC

Function

GO:

id name namespace
GO:0044444 obsolete cytoplasmic part cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00029944 False 351 lncRNA 0.39 3 29459117 29489898
TCONS_00029946 False 1487 lncRNA 0.42 5 29459117 29586042
TCONS_00029945 False 1401 lncRNA 0.41 4 29459117 29586042
TCONS_00029947 False 966 lncRNA 0.43 5 29459117 29586739
TCONS_00029948 False 730 lncRNA 0.44 4 29459117 29601454
TCONS_00029949 False 1119 lncRNA 0.43 5 29459117 29607003
TCONS_00029950 False 507 lncRNA 0.44 3 29459121 29601454
TCONS_00029951 True 951 lncRNA 0.44 4 29459174 29607003

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_014113 ldlrap1a coding upstream 95338 29337789 ~ 29363779 (+)
XLOC_014112 maco1a coding upstream 125250 29303847 ~ 29333867 (+)
XLOC_014111 CU469458.1 coding upstream 255860 29203142 ~ 29203257 (+)
XLOC_014110 NA coding upstream 351423 29105935 ~ 29107694 (+)
XLOC_014109 NA coding upstream 634727 28788968 ~ 28824390 (+)
XLOC_014115 NA coding downstream 139135 29746138 ~ 29751743 (+)
XLOC_014116 marcksl1b coding downstream 191061 29798064 ~ 29800812 (+)
XLOC_014117 hdac1 coding downstream 201468 29808471 ~ 29821601 (+)
XLOC_014118 si:ch73-130a3.4 coding downstream 247220 29854223 ~ 29860334 (+)
XLOC_014119 tspan13b coding downstream 780996 30387999 ~ 30399876 (+)
XLOC_014106 BX511306.1 non-coding upstream 1315863 28143135 ~ 28143254 (+)
XLOC_014104 NA non-coding upstream 1482634 27974665 ~ 27976483 (+)
XLOC_014123 BX510301.1 non-coding downstream 911452 30518455 ~ 30518573 (+)
XLOC_014124 BX510301.3 non-coding downstream 980863 30587866 ~ 30589951 (+)
XLOC_014125 CU463182.1 non-coding downstream 1023940 30630943 ~ 30631060 (+)
XLOC_014127 NA non-coding downstream 1117993 30724996 ~ 30725703 (+)

Expression


Co-expression Network