XLOC_014147 (si:dkeyp-34f6.4)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_014147
gene name si:dkeyp-34f6.4
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 31873308 ~ 31895595 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00028177
GAGGAACATCATGCTAAAGCCTTCCAAGATGGGGGTTGCCATTATAACTTCTTCTCTTTGACTGACGTCACACTTCAAGAATATTATAGACAGAATATAAACCGAGGGGATGTCATATTGTTCATGTCTGGACCAACTGTAAAAAAGGAAGTTATGTCTACATTAGTCCTTCACGGGGGTGGCACCAGCATCACCCTCGCAGTGGGATTGGTCAATCTCATTGGGCTCCTCCCCTTCTGCCTCCATGTCCTCGTCCCCTTCTCCGGCTTCGTCGAAGTCTTCATCGCGGGCGAACTCCAGGTCCTGCATGCCCTCCAGACCCTCCTGCGTGCCCTGGGAATGTCTCTTGACGTGTTCTCTGCGAGTGAAGAGCTTCCCGCAGATGTCGCAGCTGAATGAACGCACGCCTGAGTGGATGATCAGGTGCCTCTTTAGTGTTCGCCGGTGCTTGGCAATGTAGTTACAGTGGGGACACTTCAGCTTATTGAGGGCGTTTTCCGGCGCTTCGCCTTGGAGAAACCACACAAACAAACAGGTTCTCAGCAGTTTTCACACCGGTTTCTGAGATGCAAGTTTTCTCCATTCACTTTATCAACTTTAATTGACAGCTTAGCAGAAATACAGCAAGTGGCTTAATGTGATAGATAGAGAAaataaatgtctgcatgaa
>TCONS_00028178
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>TCONS_00029964
CGTAATTCAGAAACAATTCAGAaacaaaatgttgttttgctataaggcttttaatgaaattaaaaataaatccagATGCACATATTAGacttgtagaatttttttttaaataacccacTAAATATAGACAAAAGAACATCTCACAACTTCCTCGCATCAGAAGAAAAAGACAGAACAGCACAGAGAAATatcaaagttttattttaaaatttataatagAGGAACAGTAGTACAATTGAAAGAGAaggaaaaatgtattcatttaaattcttgaaaaaacataaaaagaataACCTGATTTGATTTGTGTTTGAGGTGAGACCGTGGCCCCGTTTGCATCACTGTAAGAGTTGAAAAATACATCTTTGAAACAGCTTTTACAAAATACAGCTGAAAAAAACCTTCatctgtagtgtttttttttcttttttgtctgttATGTCCATTTACAGCATAAGTTTAAGGAGTACATTAATGTGAGTTGAACCGACACAcagacaaaacaagaaaaaactaTAAACCGACATGATGGTGAACGTGCACATGTGAACAGACTAAGAGAAAAGTCGGTGTGTGAACAGTGAAAGCCAGGCCGAGGTTTTAAACTGGTTAACTGCAGCAGTGTGCCATCATTTAATTCAGCTAATTAAATATCTATATTTCATaatctttcatatatatatatatattttatagtatatAATATCCCTCCCACAGTGATCTGAAGGTAAGTAATACAAACAGGAtcttctatacagcttttaaAATACACTTTCATCTCGAGTAAAGGGAAAGATAGACGATTTCTGTATCAGTATAGCACTTCAATATATCCACTGCATATGAACAGAAACTCCTGCTCCTAGGAATAAACCCACAAacaatttttcttaaaaaaaatgtgcttaaaatgaAATAGAAACAACACAAACGAAATAAAAACTCGAAAAGGAaggacaaataaaacaatatatgcaTCTAAGGGTAAAGTGAATGATTGATTtcagaataaaaacatttcaatttgACAACATACACAAGCAAGGATCTACGCTAAATATTAACCTGGTTTTCTTATACATTAACAATTAAAACAATGATTTTGGTAggacaaataaaaattaacagtcTTGATTGCATTTTGGAgtcaatacatatatatttatagcattaaataatgaaatgtcaaaaaaacaaacaaaaaaaagctccGTAtggaataaaacacaacagtttcTAATTATTTCCATTCAGACCGGCTTTTGGGAAATAAGAAATAATCAAACGCAGAACAGTAAGTGCCCGTCTATGCGTTTCCATAGACCTTCCACTCTACGTCAGCACAAAGAAAGTGTTTTCCACTCAGCAGACACACGACAAAATAAACGAAATGATCGCAACAAATGTTACGTGGGGGGGGGGAGATCAAAAACAAAGTTTGGGTGTCTATTGCAAACCTTTCCATCTGCATTCTTtagggaaaaaacaaacaaataaaacattgttaCACAGGTCGTTCAAGTGATTCAAAGTAAGCTCAGTACCACTAACCAACTCAAGAACATCAGGTCGATCCATCTATACAAGTACTGCCAGTagtttaacaacaacaaatggtatgtatgtgtgtgtgtgtatgtgcatttcATAGAAAAGACGTTAAAAACAGAAAGCATACCTGATAGGCTCTTTAGCACAACAGTGTAAAATACAAAGCTGATTAGTATAACTGAGTCGAGTAGGCTTTACGATTATTAACATCATATACAGCTCGTAGgtccagtattttaaaaataataataaaaataaaaagcgtTACAGCACCAAACGTTTTCCATCATTTGGCAAAAAATTCAAGCTTTAAGTGAATGTCAAAATGctttataaagtgttactgtgATGCTGTGATTCAAATAAAGCTAGCAATAATATATTCCCCTTATATTTgagtctttttttgtctttttcttatATCTCTCTGCTTTACGTTCTCTCAGCATTTTCAGTAGTTTTGTGTCCTGCGAAAAAATCTTGGTGTGCGTTCTGCTTGGCACGATCTAACAGCCCCGTATAACTTAAATCATAAATATGGCTGTGGTCAATTAGtctcacaaaacagatttttGGTTCCAAGATTTGTGCAGGgaaaggaaaatatatatatatatatttgttatatatatcaTAAAGTTTCATGACAACATTAAACTAGAAAggaaaaacacacagaaaaaaacatttcttcCTGTAGGCGGAATTTCTATAATGCTCCTTCTTTGTCGAGAtcctatggagccagatcagtcccaaaaataaaacatttaaaaaataaaattcatacatgcacagaacagttcacatttacaaaatccaatttgtacaTCTGTAAACAGGCAATTCATGAACTCACAAGagaaaatcataaatattttcggCAAATGAATGGCAATTGTGTAtttgtgaattgtgttttgaattcacgaatgggatttgctgttttttaatcattttttgaatttataatttggatttgtgtatttttaaatttctttttttatttacgaCTTGGATttgaatattttcaaaaaaaaaaattaatatacgaattggatttgtgtattttttttaattaaattaacgaATTGTattagcaatttttaatttttttttaatttacaaattggattagcatattttttaattgtgttttgaatttacgaatcggatttgcatatttttaaattgcGTTATGATTATACGAATCAGATTTtcgtatttttgaatcatgttttgaatttacgagttggatttgcgtatttttaaattttttttattaacaaattggatttgcattttttttattcatcttttttgaatttacacattggatttgtatatttttgaatcgccttttgaatttacaaattagatctgcattttttaaattgtgttttgaatttacggattggatttgcatatttttaaacttacgaattagatttgcgtatttctaaatagtttttttaatttctgaGTTTTTTGAACTACTAattggatttaaatattttttaatagtttttttgaaCTACTAATtggatttaagtatttttattagcttttttaatttacgagttggatttgcatatttttaataattttttaatttacgaGTTGGATTTGGTTctttttagtagttttttttttatttccgaaTTGGAATTAAGTATTTTAGATCCTCgttttaatttacgaattggatttgcgaatttatgaattatgttttgaaCCTTTCAAttgaattagcatattttttaatcatgttttgaacttgtatatcagattttttaaatgtgaattgtgttgcggatatatgaattttatttagtaaatgtattatttttgagactgatctgccTCTACAAGATCCTCCTTTAGAGCAACATATTATCAGGAAGCGCAGTTATAAACTGAAAATAAGCAGatgtacatttaaaaagaaaagaaaacaaaaaactaattctaCTGTTTCATAAGACCATAATATCTTtcttcataaattaaataattaatatttctttTAATATGATTGGCCTAACTCAAAAAAACTAAACTCTGTACACCCTCATCCcctacaaaagaaaaacaaaatacatcacagaaaaacctgatttttttttgttatatatatatcattataccTCTTTCTCTGACACACAGAACAATCTTTAAATATTGGAGTCCCTCTCTAACAAAGCTATAGATCTCTTTGACATAACTTCACGTGCAACAAAGAGGTTTGATAGCACTTTGGAATTGTTGATTGTTTCCcagctatattttttttactttgcatttTGATTCGTGTTTCTACCAGGTTATGTCTACATTAGTCCTTCACGGGGGTGGCACCAGCATCACCCTCGCAGTGGGATTGGTCAATCTCATTGGGCTCCTCCCCTTCTGCCTCCATGTCCTCGTCCCCTTCTCCGGCTTCGTCGAAGTCTTCATCGCGGGCGAACTCCAGGTCCTGCATGCCCTCCAGACCCTCCTGCGTGCCCTGGGAATGTCTCTTGACGTGTTCTCTGCGAGTGAAGAGCTTCCCGCAGATGTCGCAGCTGAATGAACGCACGCCTGAGTGGATGATCAGGTGCCTCTTTAGTGTTCGCCGGTGCTTGGCAATGTAGTTACAGTGGGGACACTTCAGCTTATTGAGGGCGTTTTCCGGCGCTTCGCCTTGGAGAAACCACACAAACAAACAGGTTCTCAGCAGTTTTCACACCGGTTTCTGAGATGCAAGTTTTCTCCATTCACTTTATCAACTTTAATTGACAGCTTAGCAGAAATACAGCAAGTGGCTTAATGTGATAGATAGAGAAaataaatgtctgcatgaacCCTC

Function

symbol description
si:dkeyp-34f6.4 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000093430

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00028177 False 670 mRNA 0.49 3 31873308 31882372
TCONS_00028178 False 696 mRNA 0.44 4 31873308 31895595
TCONS_00029964 True 4399 lncRNA 0.32 2 31875019 31882377

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_014146 NA coding upstream 13768 31800505 ~ 31859540 (+)
XLOC_014145 stmn2b coding upstream 82757 31771270 ~ 31790551 (+)
XLOC_014142 gmnn coding upstream 280883 31541607 ~ 31592425 (+)
XLOC_014144 BX957279.1 coding upstream 281768 31591524 ~ 31591540 (+)
XLOC_014143 acot13 coding upstream 293925 31576849 ~ 31579383 (+)
XLOC_014148 tpd52 coding downstream 9241 31904836 ~ 31939039 (+)
XLOC_014149 NA coding downstream 47913 31943508 ~ 31954728 (+)
XLOC_014150 NA coding downstream 59364 31954959 ~ 31969766 (+)
XLOC_014151 BX119962.1 coding downstream 162882 32058477 ~ 32058599 (+)
XLOC_014152 mrpl53 coding downstream 262415 32158010 ~ 32164532 (+)
XLOC_014139 NA non-coding upstream 524960 31250920 ~ 31348348 (+)
XLOC_014138 NA non-coding upstream 655209 31157647 ~ 31218099 (+)
XLOC_014137 NA non-coding upstream 720218 31138827 ~ 31153090 (+)
XLOC_014158 NA non-coding downstream 820983 32716578 ~ 32718796 (+)
XLOC_014159 NA non-coding downstream 869688 32765283 ~ 32780918 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
eurasian perch (Perca fluviatilis) G134589 NA non-coding NC_053124.1 CM020921.1 18362566 ~ 18365861 (+)
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G340410 zbtb10 unknown NC_047617.1 CM018563.1 8659504 ~ 8662368 (-)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) G199288 NA non-coding NC_035919.1 CM008322.1 22935720 ~ 22936265 (-)