XLOC_014570


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_014570
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 9594867 ~ 9609512 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00030166
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>TCONS_00030167
CAATAAGTATTTTATTTACAGCACATTAAAATGCACATGAGTTGAATGAGGTTACAGGATGACACCAAATAGATTTGAAGAAACTGCAAGATCGGTACCTacccttattttttatttcagtattcactGCGTTTCTTTGCCATTCTGCACTAAATGCATCTTATTTGACAGAAAATGATGACCTTGTAACGTCATTGCTGTCAGCTATTAGTGTCGCCAAACTTTGGACATTAGAGCTCTAGATGCTGAGAGTgtatttcccaaataatgcaaTCATTTTGCTCTAATTCCGATCTAAATATAACCATTAGACCTGTGAAAATGAGACTCTTCTTTAGTCGTAAGATGTTCAAAATATCACAAGAATGGCAACTCGCAGGCCTCGTTAGTATAGAAAAATAAATGTTGCCTCAGCATTGCATAACAGCGTTAATCCAAACCCTCAAAATCAGCAGAGAGTAGAAATCATTGCGAAACCAAACAGCTTCTAAATCTAAATCTGATGTTAATGTTGCCACacccaaaatattatttttctattctcTCACTCTCTTTTGGAACACATACAAGTGTCGACAAATGTTTTTGAGATGTGCAcactacccagcaggcacaggacgtcaacatgatgtcagattgacgttgtaccctaacgtcatgggacgctgaattttgtttggaaatgaaaatcggattgatgtcagaacccaaaaTGACCCAACgtcattttggttactttccaatgcaacctaaaatcaacgaaatatcaacgtctaatgatgttacagcttgacgttgtgtggacgttaccaatatgatgtctatcagattgtggattttggttgccatacctgacgaataaatatcagtatttgatgtcaatatgatgttggtttaagatgttggctcaacgttagattttggtcactttccaacacaacctaatatcaacaaaatatcaacatgtaatgatgttgcagcttgacattgtgtgaacgttaccaatATAACTTCTatcaaatgttggattttggttgccatacagtacctgacgaataaatgtctgTTTTTGATGTCAatgtgatgttggtttaagatgttggctcgacgttgaattttggtgGCTTTCCAActcaacctaaaaacaacaaaatatctacatctaatgatgttacagcttgacgttaccaatatgacgtctatcaggtgttggattttggttgccacacctgacaaataaatgtcattatttgacgtcaatatgacgtggcttaagatgttggcttgatgtcgcattttgtttactttacaacacaacctaaaatcaaccaaatatctacatctaatgatgttacagcttgacttgTGTGAAtcttaccaatatgacgtctatcaggtgttggattttggttgtcaaacctgacaaataaatgtcattatttgacgtcaatatgacgtggcttaagatgttggcttaatgtcggattttggttactttccaacacaacctaaaatcaaccaaatatcaacatttaatgatgtaacagcttgacattgtgtgaacattaccaatatgacgtctatcagatgttgtatttggttgccatacctgatgaataaatgtatttgacgtcaatatgatgttggctcgacgttagatttggtcactttccaacacaacctaaaatcaacaaagttatcaacgtcatttcacattGATATTGGACGTCAAAacaacattgtccttagatgctgacaacctaaatctaacctaatactaACATCATATGACATTGTGTTTCTGCTGGGTAGTAGTTGAGGGCACTTCTTTTTCTGCAGCGGGTTTTTAAATGACAGCTTATGAAATAATTAGTGGAAAGCCTGCAAGCATTAACCAGAAAAGCACCTTCTTTTTCACTTCTTTCCACAGTCATACGGTCTGTCGTGAACAAAAACATACTGTGACCGAACATGTCAACTAGCCCATTACCACACCGTTTCACTGAGGTAATGAGAGTTTGTCTCTTTGCATCGTGTCCGCTACAGGGTTCAAAAAGCTATAATGAAGCAAAAAAAAGTGGTTCAATTCAGCTCCTACAGATTAGttcatcaaaaatgtaaatgactgGATCCATGAGTGGTCTTCAGGATGACTTTCCTGTAGTCTAAGACTCAACGGATCAAAAGtttccttctctttttttttttttcgtggagAAGATTGATGAAACTCGACGAAGATGACTCCTTAGTTTTCCTTTTTGTTCAGTGCAAATCAATATTGAGCAGCTCAGCCAGGCAgtatacacaaacaaataaacatagaCATCGATGACCAAAAAAAATGAAGTAGAAATGAAAAAAAGGAGGACAGAACTGAGCTGTCACTAAAGAAGATGAGCAGTACATTCGTTTATGTCCATAGTAGTGCATAAGTCTTAGTAACAATACAGTTAGGATGTTGAAAAGGGCAGCACTGTTTTCATTTGGGCAGTATTGTGCTTGGTTATATTAAGagcaaaaacatgttttttttttcagtgtgtgtgtatggatgtgtgtgtgtgtgtgaaaatgtgtaaaaatgtgtcCACAGCTGATGCAAAAATTTACGCAAAGTACATCAGGAGTACATCTGAAATTTAACGAGTCGTGGTTTATTACAGTTGGAGATTTTGTTTAGTTGCATCCTGATTTTAATTCGTTAAATTTTTTGTTTCGCATTTGTTGCATCCAGTGTAGACACAGCATTAAGGCTCATTTACACCAAGAAAAATAGCTATAACAACGAAGAAACAGTTCTAAAATGCGATTCCAAGGGTGTTTACACTGAAGCGATATACTTAAAAATGGaagctttttaaaaagttattgcaTACTGACGATATCATGGAACTGTGTttgtgtatcttttggtcattggattttcatGTTAGAAACCGC

Function

GO:

id name namespace
GO:0005753 mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex cellular_component
GO:0031012 extracellular matrix cellular_component
GO:0062023 collagen-containing extracellular matrix cellular_component
GO:0045259 proton-transporting ATP synthase complex cellular_component
GO:0005201 extracellular matrix structural constituent molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00030166 False 4088 lncRNA 0.35 2 9594867 9609512
TCONS_00030167 True 2943 lncRNA 0.36 2 9605861 9609375

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_014569 ing4 coding downstream 72319 9512982 ~ 9522548 (-)
XLOC_014568 iffo1a coding downstream 91394 9481698 ~ 9503473 (-)
XLOC_014567 vamp1 coding downstream 121932 9460432 ~ 9472935 (-)
XLOC_014566 NA coding downstream 134538 9457546 ~ 9460329 (-)
XLOC_014565 NA coding downstream 196401 9391235 ~ 9398466 (-)
XLOC_014571 clcn1a coding upstream 2651 9612163 ~ 9662958 (-)
XLOC_014572 BX927218.2 coding upstream 67005 9676517 ~ 9683508 (-)
XLOC_014573 slc2a3a coding upstream 75653 9685165 ~ 9712530 (-)
XLOC_014574 si:dkey-14o18.2 coding upstream 122572 9732084 ~ 9786914 (-)
XLOC_014575 znfl1h coding upstream 161905 9771417 ~ 9776075 (-)
XLOC_014711 CR382300.3 misc upstream 10119178 19728690 ~ 19728755 (-)
XLOC_014564 NA non-coding downstream 212846 9381458 ~ 9382021 (-)
XLOC_014563 CR391915.1 non-coding downstream 360834 9232539 ~ 9234033 (-)
XLOC_014562 NA non-coding downstream 408433 9176427 ~ 9186434 (-)
XLOC_014578 NA non-coding upstream 294812 9904324 ~ 9906939 (-)
XLOC_014580 BX950852.1 non-coding upstream 402986 10012498 ~ 10012614 (-)
XLOC_014581 BX950852.2 non-coding upstream 513721 10123233 ~ 10123347 (-)
XLOC_014600 BX005424.1 non-coding upstream 1095947 10705459 ~ 10705475 (-)

Expression


Co-expression Network