XLOC_014742


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_014742
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 22965786 ~ 22969561 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00030218
AAAGAACAAGAGTGAATAAACAGGCAATATAATGAACACCAAGTTTGAAgagtgtatatatgtgtgaatggatttaaaaataactgtaaaatgtaactgttttaactattttaaataagtattaaatCATTTTTGGAGAGACAGAGACAAGGATGAGATTTTCTATTGTGTTGAGCATGCTatgaaatggagtttactttgaAAGGCTCTATGTGCAATTGACCGATGAAAAAATGCAGTTGACTTCTTGTACCTAAATTCACCAAGGCCTTTATTCCTGTGACAAACACCTGAAGCTCAACAGTGCTTTCCTCCAGAGGCATAACGGTCACCACACCCTGCAGTGTCTTCTCATTGGCCGAGTCAATGTAACCGCTGCTGTAGTAATAGACTCCAGGAGACGTGAAACGTTTGTCTGTCTCCGCTGCTGAAACTAATGCCATCATAGTCTGTGCTGCTGGGATTGGAAACACTGAAGACCCTGTAGCCCAAACCAGGCACAAAAGCTGGTGCGTCCCATCGCCAAACCACCGTGTCTCCAACTGAGGTTATTAATGCAGAAGGGCTCCAGGCATATCCCTGACCATACACTGAACGCATGTGATGAGATTAATTATATTCAAGGTGACAAAACAAGCGTACTGTAATCAGAAATGCACATTTTAtggctttattttttaatttttgtgcaTGACAGAAAAAAGATATTACCAGAATGGGAACCTTGGTTTGTCACAGTGTGTGTTTTATCTCTAGGCTGGGCCACACACTCCAGTTCATTATCTGAAGCAGCTATCACTCTGCATTGTGTGTCACCTGtgtgaatgtaaaacaattactATAAACAATATGGATATGTCTGGGGTCTGAGAAGAGCTGTGAAAGATGTTTAAATGAAAGTATTTCACTGTAgattaagacatttaaaaaggctCAATACATTTCTTATCCATTCTACTTTTGCCGTACCCAAAGTGACAGTGTTGTCCTGTATGTCAAGGCTAAACCCAGAGCCGATGATAGTGATGGTGGTTCCTCCATACAGTGACCCCACAGATGGAGAGAAACCTGTCACCTCTAGGACATACTCTATGGTGGTATTTATGTCAGGACtggaaatgataaaaaaaaaaagattaatcatCAGTATTAATGTACAATTATAGTCACAGTTAAGGCTAGATTAACTAAACAGAGCAAAGTGCTGTGAGATCAGCAACTATCACATCTATTAGCGTGTCTTGATGACCATCTGGTTGCGAGGAAATTGAAGATTTTTCTCAATTTAATTGTTTATCTAAAAAgaaatctgaagaaaaaaaatccaagctTTTTTTATTGCCAAGTCTTAATGtagtaataatttattattgCCTTAACTTTACTTTCCTCTGTTAGTTAATCTGGCTCTTATGATATTACATCACATCTTCTGAAACTACAGCATGAACATTTTAATGAGTCTGTGTCCACTAAATGATTTTTTTACACCATTTgaggtctttttttttgtttgtaaggTTGTTTACAACAGAAATGCagcatttgttttagttttttttttataaaactgcaGCTGTGTGCTGAGACTTGTGTTGGCGTAACATGAGTCAGACATAATCAGATAACTTTTTTAGTTAActagtaaagtaatgcattactttttaataTGAAGAAGATTTTATGAATGCTTATGACAATCTTTCATTAAATGTCATTCATCAgttgttattttaattgtaaaggtgacattgtttgagatgtcattgttgtgacaacttgacataaacaaacatttttctctttgtcatgacaatTTGACATTATTGACAACTGTTGAGGTCATTATAAATGTGTCTAGTGGTACAACTTGAATttatcattaaaatgtcatttcaggagttcacacttagctgacgattgataataaagctttgTCTGAGGACTGCAGGGatagagccctgagcttataagatgcTCTAGCCCTAGGCTCCCTCCCATAAGCAGGGcaagaaggga
>TCONS_00030217
AAAGAACAAGAGTGAATAAACAGGCAATATAATGAACACCAAGTTTGAAgagtgtatatatgtgtgaatggatttaaaaataactgtaaaatgtaactgttttaactattttaaataagtattaaatCATTTTTGGAGAGACAGAGACAAGGATGAGATTTTCTATTGTGTTGAGCATGCTatgaaatggagtttactttgaAAGGCTCTATGTGCAATTGACCGATGAAAAAATGCAGTTGACTTCTTGTACCTAAATTCACCAAGGCCTTTATTCCTGTGACAAACACCTGAAGCTCAACAGTGCTTTCCTCCAGAGGCATAACGGTCACCACACCCTGCAGTGTCTTCTCATTGGCCGAGTCAATGTAACCGCTGCTGTAGTAATAGACTCCAGGAGACGTGAAACGTTTGTCTGTCTCCGCTGCTGAAACTAATGCCATCATAGTCTGTGCTGCTGGGATTGGAAACACTGAAGACCCTGTAGCCCAAACCAGGCACAAAAGCTGGCTAAACCCAGAGCCGATGATAGTGATGGTGGTTCCTCCATACAGTGACCCCACAGATGGAGAGAAACCTGTCACCTCTAGGACATACTCTATGGTGGTATTTATGTCAGGACtggaaatgataaaaaaaaaaagattaatcatCAGTATTAATGTACAATTATAGTCACAGTTAAGGCTAGATTAACTAAACAGAGCAAAGTGCTGTGAGATCAGCAACTATCACATCTATTAGCGTGTCTTGATGACCATCTGGTTGCGAGGAAATTGAAGATTTTTCTCAATTTAATTGTTTATCTAAAAAgaaatctgaagaaaaaaaatccaagctTTTTTTATTGCCAAGTCTTAATGtagtaataatttattattgCCTTAACTTTACTTTCCTCTGTTAGTTAATCTGGCTCTTATGATATTACATCACATCTTCTGAAACTACAGCATGAACATTTTAATGAGTCTGTGTCCACTAAATGATTTTTTTACACCATTTgaggtctttttttttgtttgtaaggTTGTTTACAACAGAAATGCagcatttgttttagttttttttttataaaactgcaGCTGTGTGCTGAGACTTGTGTTGGCGTAACATGAGTCAGACATAATCAGATAACTTTTTTAGTTAActagtaaagtaatgcattactttttaataTGAAGAAGATTTTATGAATGCTTATGACAATCTTTCATTAAATGTCATTCATCAgttgttattttaattgtaaaggtgacattgtttgagatgtcattgttgtgacaacttgacataaacaaacatttttctctttgtcatgacaatTTGACATTATTGACAACTGTTGAGGTCATTATAAATGTGTCTAGTGGTACAACTTGAATttatcattaaaatgtcatttcaggagttcacacttagctgacgattgataataaagctttgTCTGAGGACTGCAGGGatagagccctgagcttataagatgcTCTAGCCCTAGGCTCCCTCCCATAAGCAGGGcaagaaggga

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00030218 False 2019 lncRNA 0.37 2 22965786 22969561
TCONS_00030217 True 1528 lncRNA 0.36 3 22965786 22969561

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_014741 nudcd1 coding downstream 122306 22759116 ~ 22843480 (-)
XLOC_014739 eif3eb coding downstream 301388 22622355 ~ 22664398 (-)
XLOC_014740 BX957242.1 coding downstream 319487 22646182 ~ 22646299 (-)
XLOC_014738 pleca coding downstream 343795 22407819 ~ 22621991 (-)
XLOC_014737 eppk1 coding downstream 578645 22360956 ~ 22387141 (-)
XLOC_014743 BX571825.10 coding upstream 72925 23042486 ~ 23042956 (-)
XLOC_014744 BX571825.3 coding upstream 77239 23046800 ~ 23047282 (-)
XLOC_014745 BX571825.8 coding upstream 78356 23047917 ~ 23048219 (-)
XLOC_014746 BX571825.11 coding upstream 81216 23050777 ~ 23051016 (-)
XLOC_014747 NA coding upstream 82417 23051978 ~ 23052463 (-)
XLOC_014711 CR382300.3 misc downstream 3237031 19728690 ~ 19728755 (-)
XLOC_014734 NA non-coding downstream 903732 22059711 ~ 22062054 (-)
XLOC_014733 NA non-coding downstream 926284 22034197 ~ 22039502 (-)
XLOC_014730 NA non-coding downstream 1598454 21358578 ~ 21367332 (-)
XLOC_014729 BX470117.1 non-coding downstream 1777748 21176257 ~ 21188038 (-)

Expression


Co-expression Network