XLOC_014839


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_014839
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 27571706 ~ 27575094 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00029298
acgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgagggCATCAAGAACACGCAGATGGCCTAAACCTGTGTCAGTCTGGACAGACTGCAGATCTGCTACTCAACGccaaggcttttgtatggatgtctgactactactgtgttctctaaaggtattactggagcaaaacaacagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctttgccacaacaggtcatggtGTGTGCTTACTGCTCGTAGTAAACGCACACGCTGATCTGATGCGGGAGAGATATAcgcaaacacatttgtatttactgttttgttttgcttcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaatgaccatcttgggaccattgcagtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagataaacatGTCTCTGGGAtgacaaaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatTTATCTACTAGGTGAATAgtcctacattcacaaatgtgagccatCATTATAAGACCAcatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataacgGAATAACAAACTgctattactgttgtgtttgtgagagagaatcaaatcatatattctacacattttcttgatgatttactgaaatatttgtctacatgttccactgtgacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacacaatagatgtac
>TCONS_00029299
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>TCONS_00029297
ccaaattttgcacacacaaactctcccagccggcacacgaccgaccttcaacgttgaaatatggttgaaataaggtcagatgtgttttaaacgttaaaataatgttgatagaacgtttaatgttaaacggttgaaaaacagcctgcatatgacaaggcttcaacgttgaaatgtggttgaaaatacgtcagttgttgctttaatgttgaaactatgttgaatgataaatggttgaaaaaagttacagaaatccttatacaaatcaacgttgacatttttttatcatgatctgtatgttgaattaacgtcatggcttcacccaatattcaacatgtttggttaccatggtatcatcggaggactcggcgcacgcggccacgcgcagcgcttcacttaattacgaacacctgacctgcagtgtagcagaattcagagagatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgagggCATCAAGAACACGCAGATGGCCTAAACCTGTGTCAGTCTGGACAGACTGCAGATCTGCTACTCAACGccaaggcttttgtatggatgtctgactactactgtgttctctaaaggttttctggaagctccaGTTGAGGGCTTCAAGGACAAACCGATGGCCTAAACAAGTGTCAGCCTGGACAGacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacggtgttctctggaggtattactggagcaaaacaacagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctttgccacaacaggtcatggtGTGTGCTTACTGCTCGTAGTAAACGCACACGCTGATCTGATGCGGGAGAGATATAcgcaaacacatttgtatttactgttttgttttgcttcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaatgaccatcttgggaccattgcagtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagataaacatGTCTCTGGGAtgacaaaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatTTATCTACTAGGTGAATAgtcctacattcacaaatgtgagccatCATTATAAGACCAcatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataacgGAATAACAAACTgctattactgttgtgtttgtgagagagaatcaaatcatatattctacacattttcttgatgatttactgaaatatttgtctacatgttccactgtgacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacacaatagatgtac

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000094497

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00029298 False 922 lncRNA 0.37 3 27571706 27573862
TCONS_00029299 False 1511 lncRNA 0.38 4 27571706 27574710
TCONS_00029297 True 1527 processed_transcript 0.39 4 27571706 27575094

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_014838 si:dkeyp-46h3.8 coding downstream 1343 27546401 ~ 27570363 (-)
XLOC_014837 si:ch211-152p11.4 coding downstream 29273 27522425 ~ 27542433 (-)
XLOC_014836 NA coding downstream 101317 27463930 ~ 27470389 (-)
XLOC_014835 NA coding downstream 108095 27453552 ~ 27463611 (-)
XLOC_014834 vars2 coding downstream 123100 27399168 ~ 27448606 (-)
XLOC_014840 si:dkeyp-46h3.3 coding upstream 2005 27577099 ~ 27579835 (-)
XLOC_014841 BX548075.1 coding upstream 6656 27581750 ~ 27584737 (-)
XLOC_014842 si:dkeyp-46h3.2 coding upstream 11729 27586823 ~ 27588842 (-)
XLOC_014843 BX548075.2 coding upstream 14241 27589335 ~ 27605740 (-)
XLOC_014844 adcy2b coding upstream 33833 27608927 ~ 27777228 (-)
XLOC_014711 CR382300.3 misc downstream 7842951 19728690 ~ 19728755 (-)
XLOC_014831 BX539323.1 non-coding downstream 398876 27172714 ~ 27172830 (-)
XLOC_014824 FP085398.2 non-coding downstream 734582 26828181 ~ 26837124 (-)
XLOC_014822 NA non-coding downstream 764487 26803869 ~ 26807219 (-)
XLOC_014845 NA non-coding upstream 225961 27801055 ~ 27802557 (-)
XLOC_014850 NA non-coding upstream 662827 28237921 ~ 28239057 (-)
XLOC_014853 CR391974.1 non-coding upstream 866747 28441841 ~ 28441960 (-)

Expression


Co-expression Network