XLOC_014878 (hpcal4)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_014878
gene name hpcal4
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 30517311 ~ 30565122 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00029361
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>TCONS_00029362
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>TCONS_00029363
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Function

symbol description
hpcal4 Predicted to enable calcium ion binding activity. Orthologous to human HPCAL4 (hippocalcin like 4).

GO:

id name namespace
GO:0007165 signal transduction biological_process
GO:0005509 calcium ion binding molecular_function
GO:0005246 calcium channel regulator activity molecular_function

KEGG:

id description
ko04990 Domain-containing proteins not elsewhere classified

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-060503-307 Predicted to enable calcium ion binding activity. Orthologous to human HPCAL4 (hippocalcin like 4).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000070491

RNA

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TCONS_00029361 False 5718 mRNA 0.38 4 30517311 30562648
TCONS_00029362 False 5892 mRNA 0.38 4 30517311 30565122
TCONS_00029363 True 576 mRNA 0.48 3 30522281 30524952

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_014876 NA coding downstream 46810 30469970 ~ 30470501 (-)
XLOC_014875 abcf1 coding downstream 69568 30428913 ~ 30447743 (-)
XLOC_014874 ppp1r10 coding downstream 95072 30408317 ~ 30422239 (-)
XLOC_014873 agr2 coding downstream 113215 30400372 ~ 30404096 (-)
XLOC_014879 NA coding upstream 27197 30592319 ~ 30623732 (-)
XLOC_014880 NA coding upstream 155890 30721012 ~ 30722504 (-)
XLOC_014881 trit1 coding upstream 157645 30722767 ~ 30800082 (-)
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XLOC_014888 BX465206.1 non-coding upstream 514204 31079326 ~ 31083973 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
bowfin (Amia calva) AMCG00011045 hpcal4,LOC107691524,LOC107091490,LOC102228321,LOC107562761 coding CM030133.1 CM030133.1 8804751 ~ 8806377 (+)