XLOC_015045


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_015045
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 46412613 ~ 46420558 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00030346
TTCAGAAGCAAACAAAACTCTTAAAGAgtcagttcacccagaaatgataATTTAGTCAGTGTCTATTCTCCCTTAAATGATTTGCAGAACTTTCAGTTTCTTCATTCTGTTGAAAGCTgaaaacccattgacttccaccgtaggaaaaacaaatactatgagaGATAGTggttacaacattcttcaaaatatcttattttcttCTTCATCCAGGACCATTCTTATTAGTGTTATCAAAAGTGCCCCACTGTGATGCTAAAATCATAGAGATTTTAAAGTTCAAGATGTAAACAaaactcttaaagggacagttcacccagaaatgataACTTAAGAGTTTATTCTCCCTCAAATGATTGATGAATGATGACATTTACCAGTTTAAATATTCTGTTCAAGGCCAAAAAAACATCAACCTCCaatgtaggaaaacaaatactatagaagtcaatggttacaggttcccaacattcttcaaaatatcttcttttttcttcttcatccAGATCCAGTCATATTAGTGTTATCAAAATTTTCCCACTGTGATGCTAAAATAATACAGAGattttaaagttatatttataaTTCAGACGCAAACAAAACTCTTAAAAtgacagttcacccagaaatgatcATTTAGTCAGTTTATTCTCCCTCAACTGATTAcagacctttatgagtttttttttctgttgaaagcTGAAAACTATTGTGTTtcctagtatttgtttttcctactatggaagtcaatggttacaggtttccaacattctttaaaatatcttcttttttttttacttcttcatCCAGATCGATTCATACTAGTGTTATCAAGTGTACAGAGATTTTAAAGTTGTAAATGAAGAATTCAGATGCAAACCCTCAAATAATTTCAGACCTTTATCAATTTGATTATTCTGTACAAAGCCGAAAACCATCGAACTCCaatgtaggaaaacaaatactatggaagtcaatggttacaacattcttcaaaatatcttattttcctCTTCATCCAGAACCATTCATATTAGTGTTATCAAAAGTGCCCCGCTGTGATGCTAAAATCATAGAGATTTTGTAGTTAAataaaaagttcagatgcaaacaaaactcttaaagggacagttcacccaaaaatgataactTGGAGTTTATTCTCCCTCAAATAATTGATGAATGAAGACCTTTACCAGTTTGATTATTCTACTCAGCCAAAAAACATCAACCTCCaatgtaggaaaacaaatactatggaagtcgatggttacaggttcccaacattcttcaaaatatcttcttttttcttcttcatccAGATCCAGTCATATTTGTGTTATCAAAACTCCCACTTTGATGCTAAAATGAGATTTAtacagttcagatgcaaaaaaaaaaaaaaaactcttaaagaaagttcatccaaaaactttatttttgaatatatttatttatttcacttcacctttatgagtttctttcttctgttggacactttaaagacaatattttgaagaaagctgaaatccaTTGGCCTCCAAAGTAGGAAAtacaattactatggaagtcagtggttacaggtttccaacattcttcaaaatatcttctttggtgttcaacagaagaaagaaactctaaaAAGGATTGAAGCCAGTTAATGATGACACGATTAACATTTTTTGAGTGACCTGTCTCTTTAATTTTTCTTctgaaatgagcatttttctcaggttcaGTCATTTCACTTTGATAGTaaagaataatttattttattctcttaaaagggaaataactgaacataaacacagTGTTCAGATGTCAATTacagatttttgcatctgaacttgtTTGTTAAATGGAttcttaaaaggacagttcaaaaaaaaaatgtcattgtttCTTCATCCTCCACTTGATCCAAACATCctgctgaacacaaagaaagatgcACTGAAGAATATATATCATTGGCTTCCAGTGTTTTGTTTTCACTACGGAGGtcaatagctgatttattttttcgAAAATTCTTCGAAAAAACCTTGATTTGTGTCCATCAGAAGAAAAGAAAGTCATAAGTTGACACCACTTGAGTGAGTAAATGCTtctcatgtttgggtgaactgtcttcTGATTGGCTTTTATGATCACGTTGTCATCAGACAGGACTGTGATTGGCTCCACTGATCATCAAATGTAATATCACCTCTATGAAAGTCAGGTTAATTAGTTTATCTCACTTGTATATCTGCTCATAGACAGATCCTCTTATAGATGTGACTTTTAATTGCTCTAATATCTGTGTAGATGAGAAATTAATATGAGAGCCAATTACGCTCGTATCTGTCGAGCATGTGATCATAACAGCCAATCAGCATCATGTAAAGGGATATTTCTCTCAAATTTTACTCTTCTCCATGTGGTTTttaacctttgagtttcttcattcacacaaaagaagagattttgaagaatgctgctcACTGGCacccattgattttaatagtcataataaaattactatggaagtcgatggctaccagcatttttcaaaacatcttcttttgtgtttaacagaagattaCTCGTGTATATAGACAGATCCTCTTCTAGATGTGACTTTTAATTGCTCTAATATCCGTGTACATGatgaaagattattattattagagccAATCAGGAatatctgttgagcatgtgatttacaatagccaatcagcagcacccaaaaataaaaatacctcATATTTTAGTGTCCcgcatgtggttttaaacctttgactttctttattctgttgaacacaaaagaagatattttgaagaatgctggttgctggcacccctTGATTTCAATGGTAGGAATAAAATTACTATAGAagtcaaccagcatttttcaaaacatcttcttttgtgttcaacacaagacgGAAACTCAAAGTTTACATCCACGTGTGAGTAAATGTTGAGGAACTTAAACAATGCGTGAACTCTCTCTTTAAAGTCCTCTGATTGGCCAATATGTTCACATTGTcatcagaaatgactgtgattggctccgCTGATCATCATATGTAATATCACCAATATGAAAGTCAGGTTTATCCATCAGCAGATCACTCGTATATAGACAGATCCTTTAATAGATGTGACTTTAAGGTGTTCTAATATCTGtgtacatcaggggtcaccaatctcggtcctggagggccggtgtccctgcagggttttgctccaacttgcttcaacacacctgcctgagtgtttcaagtatacaccttgattagctgttcaggtgtgtttgattaaggttggagctaagatctgcaGGACACAAGTTTGGTGCCCCCTGGTGTACATGATGAGAAGTGATGATTAGAGCCAATCACGGTCATATCTGTTGAGCATCAGCATCGTGTAAAGGGATATTTCTCTCAAATCTTCCTCTCCCCGTGTGGTTTttaacctttgagtttcttctggTAGCTGGTAGCTGGTAGCTTCACCCATTGATTTCAATAGTCGGATAAAAATTAGTATGAAAGGCTACCAACATTTCTCTAAACatctttttctttttgtgttcaacagaaaaagaaaaaactgaaataagTGTGTGAATCATGAgtgaataatgacagaattttcagctttCAGTTTAGAGTTTGgagtactgtccctttaagaatctGCTCAAACAGGAAGTTGCATTTCTAAAAATTCCAATGCTGGATTATATTGCAGTCGGCACTTTTTTTTAACCTGTAACCCATCTTTACATTTTGGGGTATTAGTTTTTGTGTTCGTTTCTAAGGCTTCATAATGAGTCATTGCCAATGCATCTAAATGATCAAAGCTGATAAGTAAACAAATAGAGCGTCATTGGATATAACGCTTCATCTTATTAGTGCTGTAGCCACCATTCAAACACCCTGCAGTGTTTTATTTCTcatacatgtattttattttcttaaaaatcaGTGCCAAGACTGAGTTGCCTTAAGTGGCTTGTCAAATCGCCCTACCCAATTAATTCATGCAAATCCACcttaaaaatgcattcaaataaaaaaataattacaattccCTAAATCCTCAGAGAAAAAATAGTGTTAATGAAAGAATTAGCATGTAAACAAAGGCTTACAGTGCAGAAACGGTGAGATTTCCTCTGATCTCTGCTTTATCGTTCTCCTGCAAAACGATCTGTGCGTCATAAGTCCATCGTTCCTCCTCAAATGAACACATCTGGCTGATTTACATCCTCTAGAAACCCACAAGTGTTTGCTCTGATCAACATGTGCGTGATCTGCTCTGGAGGTGAAGTTTCTGGGTGTTTTCAGCCTCCGCTCGCTGGTACTTGAATATCTGAAGACTTGAAGGAGAGCTGTGTTTAGTGGCCTTTAGTGAAGGTGACTGgacttaaagaaacactccacttgtTTTGAATAAGCTGATTTTACAGCTCCGCTACAGTTAAATGAGTTTTACCATTGTTGTAATCCATTCCACTGATATCTGGGtttagcaggagcacttttagcttagcatagatcattaaatcggattgGACCAtcagcatctcgctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaactcaaaagagTTGCCATgatttttttcctatttaaagcttgactcttctgtggATGCAAGACTGACAGAACTTAAAAGTTGCTATTTATATGACTTAAATATACTCTAATTTTGGCGTTATAATCAATTAAACTTGCTGTCGTACCATGTAATTATACTACACAGCagctgaaaatagtccccagctagatAACAGCACTGCCTAACATCATTGAGCTGCTTCAATGGGAAAAtatagtaacttttttttttaatgctaatggtctaatccgattcaatgatttatgctaagctaagctaaaagtgcttctgccagaTCCAGAATAGATACAAAAATactaaactaaactgtttaactctatgAGAGCcataaaataagcctattttc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>TCONS_00029633
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Function

GO:

id name namespace
GO:0072546 endoplasmic reticulum membrane protein complex cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000099569

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00030346 False 7582 lncRNA 0.35 2 46412613 46420558
TCONS_00029633 True 410 lncRNA 0.32 2 46416806 46419781

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_015044 si:ch1073-228h2.2 coding downstream 193578 46218099 ~ 46219035 (-)
XLOC_015043 ptdss1b coding downstream 321008 46066889 ~ 46091605 (-)
XLOC_015042 nup153 coding downstream 353650 46019313 ~ 46058963 (-)
XLOC_015041 krit1 coding downstream 394461 45991054 ~ 46018152 (-)
XLOC_015040 si:ch211-153f2.3 coding downstream 426624 45983647 ~ 45985989 (-)
XLOC_015046 ext1b coding upstream 791 46421349 ~ 46566430 (-)
XLOC_015047 NA coding upstream 71025 46491583 ~ 46492033 (-)
XLOC_015048 SAMD12 coding upstream 303653 46724211 ~ 46764361 (-)
XLOC_015049 abrab coding upstream 347708 46768266 ~ 46777963 (-)
XLOC_015050 angpt1 coding upstream 391714 46812272 ~ 46957968 (-)
XLOC_014711 CR382300.3 misc downstream 26683858 19728690 ~ 19728755 (-)
XLOC_015038 NA non-coding downstream 722198 45689237 ~ 45690415 (-)
XLOC_015036 FP340497.1 non-coding downstream 1167905 45157502 ~ 45244708 (-)
XLOC_015035 NA non-coding downstream 1405556 45003801 ~ 45007057 (-)
XLOC_015031 NA non-coding downstream 2511561 43897940 ~ 43901052 (-)
XLOC_015028 NA non-coding downstream 2701320 43704915 ~ 43711293 (-)
XLOC_015051 NA non-coding upstream 578703 46999261 ~ 47173408 (-)
XLOC_015054 CU929178.2 non-coding upstream 979631 47400189 ~ 47400307 (-)
XLOC_015055 CU929178.1 non-coding upstream 995032 47415590 ~ 47416405 (-)
XLOC_015061 CU695215.1 non-coding upstream 1147155 47567713 ~ 47567848 (-)

Expression


Co-expression Network