XLOC_015385


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_015385
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 21431725 ~ 21436401 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00033255
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>TCONS_00033256
cCTGATGGCCGACTTGTTGCTCCGCCTCACGCTGACCTGTGCTCGCCTTATGGCTGAACTGTTGCTCCGAGTCCGCCTGACGAGCCACCTGTTTCTCCGGatctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccggacctgtttctccggacctgtttctccggacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacgcCCGAGCTGTTGCTCCGCCTAACACCTGACCTGTGCTCGCCTCACGCCCAGCCTGTTGATCGGTGGACGGTTAAGCGCGCATGGCATCGGAAGGAGCTCGAAAAGTATAAGgtgatgacagtaagtaacgttactgtgatttgtgatctttctggggtgttaactgtaaagcaatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaagGAGCGAACTTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatgggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccacagtccaatgacatgcggtgtagctgaattggattgggaCCAATATTGCTGAGTATCTTCATCCATTGAATTCAAGAATCTATTGAGTTTCCTCATGTTCTCATCCTTGGAGACCGCCACTTCTTTCAAGCCTTTGCTCACGTGCTGTGCTATTTATTATTGCAAAGTACATTACTTGCCAAAGTGGACGTTTGCTATAAAGCATTCTACATCTTTGGTGTGAACTACCCCAAGCAGTGTTCCCTGGTGTGGCAGACTGTGGTTTATGGACATCCTGGGGAGGAGACACTAGCAGTAAGGGTTCTGCTAGCATTAatttttgctgacaaacagtaatcattaatactgtgacctcactgcttccttggattctgtgttctttaacttgtactttggattgtgggggaaaaggagcacccagagaaaacccacacgaacacggggaaaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgacccagctgaggcttaaaccaccgaccttgttgctgtgaggcaatcgtactacccactgtgccaccatgacacccatttctaaagaatagttttaataactcatttctaataactgatttcttttctctttgctatgatgacggcacataataatggactagatattttttaagacactctacactgcagttacattgcaactaatgttTCTTACAGACTCTTTTATATCTCAGGATTGAAGTTTGCACATGATTGTTcgagtaaaagttaaaaaaagttttcctatttcaaatttgttttaaaatgcttccatcctcaggtttaattttaacttttatatctgttttttcttcaaaactgcatttacattgaacttgatcatccttactgatgattgctttatagctcatatattgatgtttgcacataattgttaaagggaaagttataaaatgttttcttattttttcttaatataaaatttgtattttcttagtttttattgtttgttttgttttttcaagctgtttgatgccttttcattattactttcacatattttttctgcattgcagttgatgatttatatgagaatatgttgatgtttgtgctcaaattactttctgacttcagtcatttagatgcatttttattattacttccttatactattgtttttctctactctgcaataacattgcaattgccttactgatgattcctgatttataaatgatgcaaatgtttttgaatgtatttcaaatatgcattttcttaaagtaatttgtctgatttcagtctgatgcattgttactgaactttagtcagtgtttctgtgatacagtttgataaattttcacagaaatcgtcttaaccctttaacaaccctttcaagaaaaaaaattggattgcatttctcaactgctaatgtcgctattgaacacaatcagtacattttaacacatgttataatttctaaaatatcaacctctaccaaatgattgatatgtatgtttatggtaaaagtaccagaattatgaaaaatctgaaatgtgtaagaccaatttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaataatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatttaaaagaaatattttgaacactaaatcatcttttttcttatgactttaacagtcattatttaaaacagtaaaaacgaggtcaaccatttggtagagcatgcagtcaaagggttaatgctgaggtgcagatgggaaaaatctcaaattcatttggacacattttatcttttgtcataaataaaattccattactgaacaacta
>TCONS_00033257
ATGGCCGACTTGTTGCTCCGCCTCACGCTGACCTGTGCTCGCCTTATGGCTGAACTGTTGCTCCGAGTCCGCCTGACGAGCCACCTGTTTCTCCGGatctgtttctccgcctaacggcgacctgtttctccggacctgtttctccggacctgtttctccggacctgtttctccggacctgtttctccgcctaacgcCCGAGCTGTTGCTCCGCCTAACACCTGACCTGTGCTCGCCTCACGCCCAGCCTGTTGATCGGTGGACGGTTAAGCGCGCATGGCATCGGAAGGAGCTCGAAAAGTATAAGatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaagcacagGAGCGAACTTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatgggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccacagtccaatgacatgcggtgtagctgaattggattgggaCCAATATTGCTGAGTATCTTCATCCATTGAATTCAAGAATCTATTGAGTTTCCTCATGTTCTCATCCTTGGAGACCGCCACTTCTTTCAAGCCTTTGCTCACGTGCTGTGCTATTTATTATTGCAAAGTACATTACTTGCCAAAGTGGACGTTTGCTATAAAGCATTCTACATCTTTGGTGTGAACTACCCCAAGCAGTGTTCCCTGGTGTGGCAGACTGTGGTTTATGGACATCCTGGGGAGGAGACACTAGCAGTAAGGGTTCTGCTAGCATTAatttttgctgacaaacagtaatcattaatactgtgacctcactgcttccttggattctgtgttctttaacttgtactttggattgtgggggaaaaggagcacccagagaaaacccacacgaacacggggaaaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgacccagctgaggcttaaaccaccgaccttgttgctgtgaggcaatcgtactacccactgtgccaccatgacacccatttctaaagaatagttttaataactcatttctaataactgatttcttttctctttgctatgatgacggcacataataatggactagatattttttaagacactctacactgcagttacattgcaactaatgttTCTTACAGACTCTTTTATATCTCAGGATTGAAGTTTGCACATGATTGTTcgagtaaaagttaaaaaaagttttcctatttcaaatttgttttaaaatgcttccatcctcaggtttaattttaacttttatatctgttttttcttcaaaactgcatttacattgaacttgatcatccttactgatgattgctttatagctcatatattgatgtttgcacataattgttaaagggaaagttataaaatgttttcttattttttcttaatataaaatttgtattttcttagtttttattgtttgttttgttttttcaagctgtttgatgccttttcattattactttcacatattttttctgcattgcagttgatgatttatatgagaatatgttgatgtttgtgctcaaattactttctgacttcagtcatttagatgcatttttattattacttccttatactattgtttttctctactctgcaataacattgcaattgccttactgatgattcctgatttataaatgatgcaaatgtttttgaatgtatttcaaatatgcattttcttaaagtaatttgtctgatttcagtctgatgcattgttactgaactttagtcagtgtttctgtgatacagtttgataaattttcacagaaatcgtcttaaccctttaacaaccctttcaagaaaaaaaattggattgcatttctcaactgctaatgtcgctattgaacacaatcagtacattttaacacatgttataatttctaaaatatcaacctctaccaaatgattgatatgtatgtttatggtaaaagtaccagaattatgaaaaatctgaaatgtgtaagaccaatttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaataatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatttaaaagaaatattttgaacactaaatcatcttttttcttatgactttaacagtcattatttaaaacagtaaaaacgaggtcaaccatttggtagagcatgcagtcaaagggttaatgctgaggtgcagatgggaaaaatctcaaattcatttggacacattttatcttttgtcataaataaaattccattactgaacaacta
>TCONS_00033258
GCTCGAAAAGTATAAGGTAACTAATGAAACTAACGTGAAGCATGTTTGATGAccactttataaacacaacacctaggataatttaggagctttttattgtaataaaatgccttttgaatgacacagatttttatgttggctaggtgatgacagtaagtaacgttactgtgatttgtgatctttctggggtgttaactgtaaagcaatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaagcacagGAGCGAACTTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatgggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccacagtccaatgacatgcggtgtagctgaattggattgggaCCAATATTGCTGAGTATCTTCATCCATTGAATTCAAGAATCTATTGAGTTTCCTCATGTTCTCATCCTTGGAGACCGCCACTTCTTTCAAGCCTTTGCTCACGTGCTGTGCTATTTATTATTGCAAAGTACATTACTTGCCAAAGTGGACGTTTGCTATAAAGCATTCTACATCTTTGGTGTGAACTACCCCAAGCAGTGTTCCCTGGTGTGGCAGACTGTGGTTTATGGACATCCTGGGGAGGAGACACTAGCAGTAAGGGTTCTGCTAGCATTAatttttgctgaca
>TCONS_00033259
taggataatttaggagctttttattgtaataaaatgccttttgaatgacacagatttttatgttggctaggtgatgacaatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaagcacagGAGCGAACTTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatgggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccacagtccaatgacatgcggtgtagctgaattggattgggaCCAATATTGCTGAGTATCTTCATCCATTGAATTCAAGAATCTATTGAGTTTCCTCATGTTCTCATCCTTGGAGACCGCCACTTCTTTCAAGCCTTTGCTCACGTGCTGTGCTATTTATTATTGCAAAGTACATTACTTGCCAAAGTGGACGTTTGCTATAAAGCATTCTACATCTTTGGTGTGAACTACCCCAAGCAGTGTTCCCTGGTGTGGCAGACTGTGGTTTATGGACATCCTGGGGAGGAGACACTAGCAGTAAGGGTTCTGCTAGCATTAatttttgctgacaaacagtaatcattaatactgtgacctcactgcttccttggattctgtgttctttaacttgtactttggattgtgggggaaaaggagcacccagagaaaacccacacgaacacggggaaaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgacccagctgaggcttaaaccaccgaccttgttgctgtgaggcaatcgtactacccactgtgccaccatgacacccatttctaaagaatagttttaataactcatttctaataactgatttcttttctctttgctatgatgacggcacataataatggactagatattttttaagacactctacactgcagttacattgcaactaatgttTCTTACAGACTCTTTTATATCTCAGGATTGAAGTTTGCACATGATTGTTcgagtaaaagttaaaaaaagttttcctatttcaaatttgttttaaaatgcttccatcctcaggtttaattttaacttttatatctgttttttcttcaaaactgcatttacattgaacttgatcatccttactgatgattgctttatagctcatatattgatgtttgcacataattgttaaagggaaagttataaaatgttttcttattttttcttaatataaaatttgtattttcttagtttttattgtttgttttgttttttcaagctgtttgatgccttttcattattactttcacatattttttctgcattgcagttgatgatttatatgagaatatgttgatgtttgtgctcaaattactttctgacttcagtcatttagatgcatttttattattacttccttatactattgtttttctctactctgcaataacattgcaattgccttactgatgattcctgatttataaatgatgcaaatgtttttgaatgtatttcaaatatgcattttcttaaagtaatttgtctgatttcagtctgatgcattgttactgaactttagtcagtgtttctgtgatacagtttgataaattttcacagaaatcgtcttaaccctttaacaaccctttcaagaaaaaaaattggattgcatttctcaactgctaatgtcgctattgaacacaatcagtacattttaacacatgttataatttctaaaatatcaacctctaccaaatgattgatatgtatgtttatggtaaaagtaccagaattatgaaaaatctgaaatgtgtaagaccaatttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaataatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatttaaaagaaatattttgaacactaaatcatcttttttcttatgactttaacagtcattatttaaaacagtaaaaacgaggtcaaccatttggtagagcatgcagtcaaagggttaatgctgaggtgcagatgggaaaaatctcaaattcatttggacacattttatcttttgtcataaataaaattccattactgaacaacta
>TCONS_00033260
tccctttattaatctggggtcgccacagcggaatgaaccgccaacttatccagcatattttttacacagcggattcatgcagcatacattgactttgccagtgtggactttttttctgcaactagtgggtagcacattcgcctcatagcaacaaggtcacttgatcgatccttggctgggtcaataggcctttctgtgtggagtttgcatgttctccccgtgttcgcgtgggtttcctccaggtgccccggtttccaaagacgtggtaaagGAGCGAACTTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATACAATTCAGAGGggtggcatgggggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagccttggatgggtttcccctccac

Function

GO:

id name namespace
GO:0009952 anterior/posterior pattern specification biological_process
GO:0044271 cellular nitrogen compound biosynthetic process biological_process
GO:0003002 regionalization biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033255 False 2589 lncRNA 0.36 6 21431725 21436401
TCONS_00033256 False 2424 lncRNA 0.36 6 21431885 21436401
TCONS_00033257 False 2363 lncRNA 0.36 5 21431889 21436401
TCONS_00033258 False 737 lncRNA 0.42 5 21432179 21434876
TCONS_00033259 False 2136 lncRNA 0.33 5 21432252 21436401
TCONS_00033260 True 404 lncRNA 0.50 3 21433076 21433958

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_015383 ctdsplb coding upstream 50319 21356242 ~ 21381406 (+)
XLOC_015384 dre-mir-26a-2 coding upstream 56131 21375467 ~ 21375594 (+)
XLOC_015382 zbtb47a coding upstream 109976 21309272 ~ 21321749 (+)
XLOC_015381 si:dkey-29d8.3 coding upstream 131610 21185903 ~ 21300115 (+)
XLOC_015380 dnajc1 coding upstream 249164 21174998 ~ 21182561 (+)
XLOC_015386 afg3l2 coding downstream 16421 21452822 ~ 21469898 (+)
XLOC_015387 inhbab coding downstream 49091 21485492 ~ 21504467 (+)
XLOC_015388 NA coding downstream 97637 21534038 ~ 21537272 (+)
XLOC_015389 mplkip coding downstream 169146 21605547 ~ 21607784 (+)
XLOC_015390 fbxl7 coding downstream 197727 21634128 ~ 21734733 (+)
XLOC_015372 rxrga non-coding upstream 654884 20725684 ~ 20776841 (+)
XLOC_015371 AL954134.2 non-coding upstream 798198 20632221 ~ 20633527 (+)
XLOC_015368 NA non-coding upstream 904895 20472150 ~ 20526830 (+)
XLOC_015363 NA non-coding upstream 1752396 19659710 ~ 19679329 (+)
XLOC_015392 CT956055.1 non-coding downstream 446480 21882881 ~ 21971409 (+)
XLOC_015407 NA non-coding downstream 1474791 22911192 ~ 22916384 (+)
XLOC_015408 NA non-coding downstream 1548729 22985130 ~ 22992029 (+)
XLOC_015410 NA non-coding downstream 1588920 23025321 ~ 23026978 (+)

Expression


Co-expression Network