XLOC_015485


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_015485
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 26721068 ~ 26742206 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00033551
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GGGTAATAAGCATTGATTGCCTTATTTGCAATCCATTTTAATTTGAGATGATTTGCTGCATTTGAACATGGTCAGCTTTCACTTCCTCACAGTTGTTAGAAAAGGAAAGGCATTTTATGTTACTCAAATGGGTGAAAAAGCTCAGCATACACAACATCAGCATCAACGACTCATATATTAAAAAGTTAACGACTGCATTGACTTATACTCGCATTTTATCTTGTAGAATGATCAGCAGAATAACAAAGTCACACAGTTTCCCCTCAGAGATCAATAAAGTATCTTTCTCTGTTCTCTCTTTTTTGTGCGGCTACAATTTATTGCTGCTACAGAACACACTGGCTAGAAGTTGGAGTACTATTAATACCCTTAGTTTGCTGAATGGTCTTTGAGTTTAATATTTCATTGATCCCTAGGTGGCTTACAGACATGAAATATCCTGGGTTTCCATGGTGACCTACCACCCTCATCCTGCAGATTTGATGGCGGAAACTGGGCAAGTCAGCAGCAACTTCTGCAAAGCATGAGCGCTCACTCTACCCGAACTAAGGCAAGGTGGC
>TCONS_00033264
CTTAGTTTGCTGAATGGTCTTTGAGTTTAATATTTCATTGATCCCTAGGTGGCTTACAGACATGAAATATCCTGGGTTTCCATGGTGACCTACCACCCTCATCCTGCAGATTTGATGGCGGAAACTGGGCAAGTCAGCAGCAACTTCTGCAAAGCATGAGCGCTCACTCTACCCGAACTAAGGCAAGGGTTGCAGTGGGTCCTCTAAACATCTGTAACCCGCCGTTCTGTTGGCCTCCTGCACCTCTTCAGCTCATCCCAATAGGATCTTATCACTCCTTGCTGGATTTTCTGCTCACAAAAGAAAGCATTAACTCTACCCTGCACGCTCGTGCAGAAGAGACAGAGGTATTCCTGAAGAGAAATGTTTCCTTTTCTTATTTCCAAACCAGTGTAGTTAAAATGCAAAAGATGACCAAAATGTGTGGTTAAGAAagcttacttagaatttttgctTGGCACAATAATCCCTTGTTGATGGTGCTggcaaaacaacagcaaaaacaacaacagaaacaacaacaaaaacatacaaatgcaGAAAACATACCAATTGGAATcttatgggcgacgcagtggcgcagtgggtagtgctgtcgcctcagagcaagaaggtc

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033551 False 20560 lncRNA 0.35 1 26721068 26741627
TCONS_00033264 True 616 lncRNA 0.44 2 26741436 26742206
Loading

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_015482 asph coding upstream 38886 26655744 ~ 26682182 (+)
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XLOC_015480 lrrc42 coding upstream 110035 26604773 ~ 26611033 (+)
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XLOC_015487 cdh7a coding downstream 268233 27010439 ~ 27094653 (+)
XLOC_015488 BX649522.3 coding downstream 475943 27218149 ~ 27242711 (+)
XLOC_015489 BX649522.1 coding downstream 578808 27321014 ~ 27324181 (+)
XLOC_015490 tesk2 coding downstream 588255 27330461 ~ 27380161 (+)
XLOC_015479 NA non-coding upstream 125650 26592695 ~ 26595418 (+)
XLOC_015478 NA non-coding upstream 201519 26513608 ~ 26519549 (+)
XLOC_015473 CR788230.1 non-coding upstream 433563 26286465 ~ 26287505 (+)
XLOC_015470 NA non-coding upstream 553649 26166578 ~ 26167419 (+)
XLOC_015500 CR925777.1 non-coding downstream 1233348 27975554 ~ 28038625 (+)
XLOC_015501 NA non-coding downstream 1451932 28194138 ~ 28194608 (+)

Expression

Expression of XLOC_015485 in the Zebrafish Sample from each Developmental Stage of PRJEB12982

Boxplot with 18 boxes. Box plot charts are typically used to display groups of statistical data. Each data point in the chart can have up to 5 values: minimum, lower quartile, median, upper quartile, and maximum.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 4.
End of interactive chart.

Co-expression Network