XLOC_015570


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_015570
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 32385688 ~ 32390974 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00033585
GCGGCGGCGGAGAGCTGGGAAAAGACATCAAAACGATGCCATAACTGCACATTTACAACGCCTATTTGTGAAATAACCACCGACTCTCATCTGTGTTCGTCTATAGCGAATGGCAAAGTCAAACATTCAGAAAGGTCCGACAACCGGCCGGGCATCCTGACCGATTAAATCCACGATCTGAGGATGCGAGAGGAACGCACGTACATGATGTCCGGGGTCATCTTGGCGAGGACTGAAAGTGAAGACTTTCATCTGGGATTATATAACCACGACCAGCGATATGAAGACGAGCAAGACCCCGGTTCAAGTGCTTCAGTGGCCGCGGGAGCCTCGGGTTTCTTCTTCCGTTCTCCGCGAGCGCGCACTGTTTACATGCTGCCACTACGGCACTTATAGGACACTGaaggacagacaggaaagcattgggagcagagagaggggaaggatcagcataggacctcgagccaggaatcaaactaatgtcaccgtgagcaccttggtgcttTATATCGGCATACTTAACCACCAGGCTATTGACACTGACATACAGAaatattattaatgcatttatacaCTGGGTAtccacagggtcttaaaatgtcttcaatttTAAAACAGAGGCCTTTAAAAGTTAAatgtactgaaatattgtgttgtaggtcataaatcttttttaaacaggtcttcatttgcctttgttcatgtatatctggccattaacacccatacattcaccaacaatacatctcaataaaacctaaCTCTTTATTTAAGATCGCACTTTTGAACTCTATTTAACACAAGGGttgaattattttccttacaacaACATTCTCCATGTCTTTACTGCTGAAGTagctgacctggacagactgttgtgcataaatttagtttatAAATGTTTGCAtacattatagtttttaaaacatttgtctacttttatttttgaacaaGGTTAAATTGAAAAAAGTGTATGTTTACAGCTAGAGCTTGcttttttgacacaatattttgTTAACAAtgatctaaaatattattattttattattaaataattattgtataattaaatgtattaaatttataatgtttttcaatAGGGCAAATTAATATCTATTCCATCTTTGCCATTCAAAAAATTCCTCTGCCTTTAGCCCTGTATGAGTCTAACAGTACaatcataatggtcttaaaaagtgttCAATTTAACTTGACTTTGAtggaacaaaacaaatattaccATCTTACACGTGTACTGCAGACTCACTTTTACCTGTAAATTGTCATAGGATGTTGCTTTGTTTGCTTTCTGTACTCATATTTAATTTGCTTTGGACCAAAAAAATCATCTAccaaatgattaaatataaaataattgcaCTAGTATGCTTGCATGGTGCAACAAAAAATGAGGTTTAGCTTTGAAATATTTAATCGGCttgatattgtttttaaacacagTAAATATATATTGATCTATTTGTGAGTGAATTGTTTTGAGCCggtatttgttgttgttacaaGCTTCTTGTACTATATGGAGTAAATCatttaaaaggtaaataaaatgCTTGTCTGTATAAAAATCATGAGATTCAGTTCTGGTCATGCATTTGGAAATACGCAAATGTTTTCCACCTAttatgaaaaagaaaatgttggAGTTCAGTTTTGAGTCATTCACTTTCATATTTGCACCTAACAAATGTTGTTTTCCCATAGAAAAATATGATTTTACAGTTATATATTATATGGCATATGTCTGCATGTCAGTATGACCATTCACATtgcagatatgtgtgtgtgtgggtcaaaGTGGagtgtttttagtcatttctatGTACAGCAGGAGCCAAAAAAGATACCTGTAGAGGAACCTTTGCACAATATTGGCTTTTAATGACCTTATAAgttaaactatatataataacttatacaAGGATCATGTTGTGCTGAGAAAAGCAAAGCAATGCACTTGGTTGTGATagaatttgattaaaataaaggttttgcatgcaaaaaagggatatcatatatcatacattaaataaaataatactagtTATCAACCTTCCAGCATTTTCCTtgcaatttgaaaataaaaagcaaatatatAGACTAGATGTCACTTTGGCCACTGCTGGATATTTTTGTGCTTCCAAACTATAGCCACGAGATGGCAGCAGAGGTGCATTGATGGAGCACTTCTCACCTCATTTGTAGCTAAACCGTGTTTTTCTGTCAGTCTTTCCTATTTCAGCTTATGAAATATACAATTGCGTGCCAGTATAGCCCATTATTTATGTGGTTaaaacatagtaaaaaaaaaatttattaatcctGTAATGTtacattctttttcaaatatttcccaagtgatgtttaacagagcaagcgcCAC
>TCONS_00033586
CTTTTTCAATATTCCGTCACGGACGCGTTTGCAGATTAGCGATTTATACGTGTTAAACGGTTTTACTGTGTTTAAGTGCCTGTTTTTTAGCCGTAAACCCCGGGGAGTCAGGTCGAAACGAATCCGACAAAAGGAGCGTCTGGTTCGGTATGAAACTCCGCCCAGCGCCGCAGGGGGAGGAACTCCGAGGGAAAACATGCGAGAAAAAAGGCGGAGGCTGAAActtgaaataatatttatttttaacattatgaTACATTTCTAAATGAAACTgggtatttgtttttaaatttttcagCATTTTAAAGCGCTTCTTTATCAAGCTTTACACGCTCTTACAGCAAAGCAGAAAAATTGGCCGTGTATGCATATAACgttaacaataaataaactgcGTTAATATTAGTTCGTAATTATTCCAGAGCTGTCTTTTTATGGCAGGGCATTTAGCGGGACATAAATATCAGCCTGTTCCCATGTAAAAGAGCCGGACTCTCCGCCAGCTTTGCAAAGTCTTGAAGTGCTAAAGCGATTAGTTTGGATGCCCACGTTCATCCCTCCGCCGCGGAGCCGCGCTCGGCCTCCGCGCTCCACAGATCTCGCCTCTGCGGCCCCCAAATACTCGCTGTTAATCAGTCTGTTGAGTTTGTCCCCATTTTGATTTGAAACTGATGTGTTGGCAGAGACGAGGCAGACCGACGTCTGCTTGTGCTTGAGTGATTTCCATCGCCTGAACATCAGTGTCAGTGAGGAGGTTTCTCTCAGTCTGAGTGAAAATGCCATTGACAGAATCTCGGCCTCTCAGCCTCTGATTGTACACAATCGTCACGAGATTTCTTTATGTGGAACTGACCAATGGCACGAGGAAAGGAGGAGACAGCAGTGATTGACTCAACCCACTCACAGGCTGACCAGACCAGAGAGAATAGATGATGACATGCTGAACACACACTCATCGCTGacgaaaacaaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatagcctatatatatatatatatattatacagctTTCATGTTGGTGTAGAAGACCTGAAAATAAACCTCATTCAAATTAAAAGGGTAGTTCACACCAAagagaaaattctgtcatcactgTCACTCACTCCGACTCTGAGTAACCCATATAACCTCTATCATCAGCTATAGATAAATAAAAGGTAACAGGAGCAGTTTAATTCAGGTTTAACACTTTTGATTGTACTTTAAAGAAAAGATCTTGCTCAGACTTCCAACACTCCTGTTGTTCTTTTTATTAGGAtgttatatattcatatattaattaGGAGTAATATACACAACTAATATTAGGAGATTGCTTAAAACTAGTGTTTCTCTGGATTAAAGATTTATTATGTGTTAGAGAAATGATTCTGTAAAGTATTAATGACAACACCACTAACACTGACATATTTAGTACATTAAATAACGAATAAGGCACCATGTATTCAAAAAGTTTGATTTTCAATTAAAGCTGTATTTGCTGGACAAGATATAAACCAGATATTCAATCACAACAACAAATGATCACtttctttattttcataaatgtagatttttttttttgaaagaatgCTCTGAATGAtacagaaatattattattaaatgtgatATTAATCTTTAATGTGATAGGACACTGaaggacagacaggaaagcattgggagcagagagaggggaaggatcagcataggacctcgagccaggaatcaaactaatgtcaccgtgagcaccttggtgcttTATATCGGCATACTTAACCACCAGGCTATTGACACTGACATACAGAaatattattaatgcatttatacaCTGGGTAtccacagggtcttaaaatgtcttcaatttTAAAACAGAGGCCTTTAAAAGTTAAatgtactgaaatattgtgttgtaggtcataaatcttttttaaacaggtcttcatttgcctttgttcatgtatatctggccattaacacccatacattcaccaacaatacatctcaataaaacctaaCTCTTTATTTAAGATCGCACTTTTGAACTCTATTTAACACAAGGGttgaattattttccttacaacaACATTCTCCATGTCTTTACTGCTGAAGTagctgacctggacagactgttgtgcataaatttagtttatAAATGTTTGCAtacattatagtttttaaaacatttgtctacttttatttttgaacaaGGTTAAATTGAAAAAAGTGTATGTTTACAGCTAGAGCTTGcttttttgacacaatattttgTTAACAAtgatctaaaatattattattttattattaaataattattgtataattaaatgtattaaatttataatgtttttcaatAGGGCAAATTAATATCTATTCCATCTTTGCCATTCAAAAAATTCCTCTGCCTTTAGCCCTGTATGAGTCTAACAGTACaatcataatggtcttaaaaagtgttCAATTTAACTTGACTTTGAtggaacaaaacaaatattaccATCTTACACGTGTACTGCAGACTCACTTTTACCTGTAAATTGTCATAGGATGTTGCTTTGTTTGCTTTCTGTACTCATATTTAATTTGCTTTGGACCAAAAAAATCATCTAccaaatgattaaatataaaataattgcaCTAGTATGCTTGCATGGTGCAACAAAAAATGAGGTTTAGCTTTGAAATATTTAATCGGCttgatattgtttttaaacacagTAAATATATATTGATCTATTTGTGAGTGAATTGTTTTGAGCCggtatttgttgttgttacaaGCTTCTTGTACTATATGGAGTAAATCatttaaaaggtaaataaaatgCTTGTCTGTATAAAAATCATGAGATTCAGTTCTGGTCATGCATTTGGAAATACGCAAATGTTTTCCACCTAttatgaaaaagaaaatgttggAGTTCAGTTTTGAGTCATTCACTTTCATATTTGCACCTAACAAATGTTGTTTTCCCATAGAAAAATATGATTTTACAGTTATATATTATATGGCATATGTCTGCATGTCAGTATGACCATTCACATtgcagatatgtgtgtgtgtgggtcaaaGTGGagtgtttttagtcatttctatGTACAGCAGGAGCCAAAAAAGATACCTGTAGAGGAACCTTTGCACAATATTGGCTTTTAATGACCTTATAAgttaaactatatataataacttatacaAGGATCATGTTGTGCTGAGAAAAGCAAAGCAATGCACTTGGTTGTGATagaatttgattaaaataaaggttttgcatgcaaaaaagggatatcatatatcatacattaaataaaataatactagtTATCAACCTTCCAGCATTTTCCTtgcaatttgaaaataaaaagcaaatatatAGACTAGATGTCACTTTGGCCACTGCTGGATATTTTTGTGCTTCCAAACTATAGCCACGAGATGGCAGCAGAGGTGCATTGATGGAGCACTTCTCACCTCATTTGTAGCTAAACCGTGTTTTTCTGTCAGTCTTTCCTATTTCAGCTTATGAAATATACAATTGCGTGCCAGTATAGCCCATTATTTATGTGGTTaaaacatagtaaaaaaaaaatttattaatcctGTAATGTtacattctttttcaaatatttcccaagtgatgtttaacagagcaagcgcCAC

Function

GO:

id name namespace
GO:0007215 glutamate receptor signaling pathway biological_process
GO:0019265 glycine biosynthetic process, by transamination of glyoxylate biological_process
GO:0032922 circadian regulation of gene expression biological_process
GO:0050953 sensory perception of light stimulus biological_process
GO:0007601 visual perception biological_process
GO:0097272 ammonium homeostasis biological_process
GO:0004760 serine-pyruvate transaminase activity molecular_function
GO:0008453 alanine-glyoxylate transaminase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033585 False 2401 lncRNA 0.35 2 32385688 32390974
TCONS_00033586 True 3696 lncRNA 0.34 1 32387279 32390974

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_015569 NA coding upstream 119016 32264355 ~ 32266672 (+)
XLOC_015568 NA coding upstream 196697 32149121 ~ 32188991 (+)
XLOC_015567 NA coding upstream 257758 32019642 ~ 32127930 (+)
XLOC_015566 mycb coding upstream 367317 32016256 ~ 32018371 (+)
XLOC_015565 otulinb coding upstream 375972 31942390 ~ 32009716 (+)
XLOC_015571 BX323559.6 coding downstream 213873 32604847 ~ 32608027 (+)
XLOC_015572 NA coding downstream 246106 32637080 ~ 32637505 (+)
XLOC_015573 NA coding downstream 253951 32644925 ~ 32647404 (+)
XLOC_015574 BX323559.3 coding downstream 310846 32701820 ~ 32719974 (+)
XLOC_015575 klhl18 coding downstream 352833 32743807 ~ 32756706 (+)
XLOC_015564 NA non-coding upstream 516933 31866499 ~ 31868755 (+)
XLOC_015559 NA non-coding upstream 599406 31784012 ~ 31786282 (+)
XLOC_015576 BX323559.5 non-coding downstream 367689 32758663 ~ 32760332 (+)

Expression


Co-expression Network