XLOC_015823


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_015823
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 44395314 ~ 44400668 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00033655
GGAAAAcctgcaaaagaaaaaaactgtcatTCCCACATGATCAAAAACAAAAGGTGAGTttgtacaaaaatacaaatttgcagtcagtttactcatcctcaggtcaagatgtaggtgacttttcttttcgtcagaggaaaattaagaaagatgaaaaataaaaacaaataaataaaacaaacaacaaaattaaaaatcagtttctgcaggttttacaagtccaatttaagactttttaagacgcTTTTTAGACTATTAAGAATGACTTTTTagacttaagcctgatttatacttctgcgtcaagtgaccggcgtaacccacggcacagGCAACGCGCGTagatgtgcatttatacttctgcgcgctgtctctgttggtctgcattaacacttccgaaacgctagtgggcagtgaggtggtaatgttcctctgtgtcgtttttgagaggtgcacgtcagtgacgccgatggccacggcgaagggctatgcgtcagcgccgtagcatacgccggcgtttgacgcagaagtataaatcagcctttacagtgAAACAGACTAAATTTATACAGCACCTACCTTGCacatagtcatgcatttatacagcTGAATGCTGTTTGTGCTGCTCCGCAAAAACACTTCCAaaagctggcagtaggtttttatgttcctctgtgtcgagtttcttcgctggtgttttgttttttctgaaagcTACCTAAATGTGCAAGAAGCTAAAATTCGCTCATACAGAGGCGGGAACCGGTGGACATGCAGCAACTTTaattaaggtaaacacaaaacaaaagtttctatccggagctccttcacgggactcgacacttgtaaactcGACACTTGcaaactcgtcagcgctaccaagcagaccaatcacagagcttacgctacgcatctgataataatttttcttcaggagaaagtattgtttgctttattttggctagaataaaagcagtttttaatattttaaaaaccattttagggacaaaattattagccccttttagctatatattttttcgatagtctacagaacaaatcggCGTTATaaaacaacttgcctaattaccctaacctgcctagttaacctaattaacctagttaagcctttaaatgtcactttaaggtgtatagaagtgtgttgaataatatctagtgaaatattatttactgtcatcatggcaaagataaaaaaaaatctgttattagagatgagttattaaaactattatgctaagaaatgtgttgaaaaaatcttctctccgcacATTTTCAGTGAACTATCCTGTTAACATTATGATGAAATTTATTAAgtagaacagaaattgggggaaaaaataaacagggcggctaataattcagagggcttTGCAACTTCAGAGGATTGCAACTGTAAGTGCTGCTAACTGTTCACTTGTATTTACACATCTTCAAGAATCACAATTTCAGCTAAAATCATTTTTCATGTTCAACTTAAGAAACAAAGTCATCTACATCTGTACATGTTGGATAGCCAGAGGAAATTAGTAAGAACGTTAGTAAATTATTAACTGCACATTTTCAGTGAACTATCCTGTTAACGTTATGATGAAATGTactatattatttttcaaatgcaTGTTATTGTAGAGCAAACTGTGAATAATTAATATGTGCATGTTTATATAAAGGTTCAGTGACAACCAATACACTGATCCAGGTCCACAGAATTTCTTTTGTGTCATAATGTGGAAGAACACATCAGTCATATCTATCATCAGATGAATATACTACAAGTTGAAATATACTATATTCAAATATACTACTCTCAGGGGTGTagttgacattttaaaagtggggggacAGCTGTATGAAAACCAAAGGTTTAAATTCTtgatcacctgtttctaaatggtctgtctctgaAAGTGCTGGGGACACGTCACCCCCATCCCCCGGTTGCTACGCCCCTGCTTGCTCTTGATGTAGAGTCATTAAAACGAAAGTTTCGTTTACTCCACAAAGTTTAACCGAACACTGAAACTTGCACTTTGGAAAGGGGAAATAGTTCTTGGTCACCCACGCCATTAGGATTAACAAGAAAATCAGATTTGGTCTCGAGATCAGCTGAAAGGAGCTTTATAAGGAGACTGCTGGAATGTGGCTGCATGGTCACTAGTACACAAATCCCTGtaataaccacatttttttacaAAGGTCTCAGAaaaagttaaacatatttggacTGGCTGCATTTAAAGAACAGCACTTTAAAATGCTCTTCTAATCTAAAACACTATCTCTAGAATATACAACAGTAAAACCAATGTGGATGCCATAAAATAATGTTATTCTCATAACATTTCGCCAGCATCAACACAGCACCATCAGCAGCAGAAGCACGCCCTTTAGTAACTTTCTATTGGCCCCGCCCACTCTGTTAAACGATTGGTTCTGCTCTGCTCAGCCAACATTTTCAGCCTTCCTGAATGGCCCACAGACGTGCCAGTcatgtgtgtttgggtgtagcTGGAGTTACAGGATACGGCAGATTACTGTAAATTTGTAATGCAGAGACGCTGACTGCCCGGTAAAAGTGGATAAACGGGAATAATGAAAATCTTTGCTCAGCCGTCTACAGGCATATGACTagttttagaaaataaaaccCTTTATTATATTTCACCTACCTCGGAAAGGCCAATAACAGAACAGTAAACAGACATGGACAAGTGCATGATGCTCATTCATTAACAGCTTATCAGCTTTTACGATGAATGACAGAAGTATGTGAGGATCAGCTTAACTATAATTTGTGAGATAAAACAATATGACTCTTTAGACGCAGGTGTATCGTATGTAACTGCATTGTACTATGTTGAGCAGCATGTATCAGTCACTGACCGCGCGCGTGCACGTACAATCTGCCATCTGCCAGAAAAAACATCCTCCCTTCAGTTTCTGTCACATCATCAACAGCGTGCAAAACAAAGCAAGAAAACCCCACAGAACACGCAACCGAATCCGTAGTAAATGTATAAGCATGCgcgtgtctatgtgtgtgtgtttgtgtatgcgcgGGCCCGTGACAGCGCAGAAACGCGCCGCGCTCGCTACTCACTCTGCGGTTTGTTCGGAGCGCCGAGGGAAGCCGCTCCGGGAGACACCCCTCCGTTACCGCTGCCCAGAGCTCCATCACCAAGATCCGAGAGCAACGGGGACCGCTCGCCGTCCGCCATAACGAGAGCGAGGCGTAAAGAGGGGGGAGCGGCGAGAGCTTGTATTGTTGTGCTAccggagagtgtgtgtgtgtaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggagcccGCCTGCGTCACACTGGTACGTCCGCTGCTGTGGCAACGCGTGTGCGCATCCGTGCGCTCGGGGGGTGTATTGCATGAAGCCCCTGAGGAATTACGCACGAAAGGCTGTGCTTTCTGTCACCTACAGTACAATGCAACCATTTCAAAGAGTACTAAATAATATGGAGCCAGAGCAGTCTCAAAAGtaattcatttacaaaataaaattcagcaCAATTCACATTAACAAAATCAATTTTGTCAGTTTGTAAACTGAATTTGAATTCACAATTATTTTTcacaaataaactgaatttgcatatttttgaatttacgaattggttttgtgtatttttaaatcgtgttttaaatttatgaattggatttgtgtatttttgaatcgtgttttcaattcacaaattggatttgtgtattttttaatcgtgttttgaatttatgaattggatttgtgtatttttttaatcataatttcAATTCACGAattggttttgtgtatttttgaatcgtcttttgaatttatgaattggatttgtgtatttttttaattgtgttttgaattcacgaattggttttgtgtatttttgaattgtgttttgaatttacgaattggatttgtgtatttttgaatcgtgtttttaattcatgaattggatttgtgtatctctgaatcgtgttttaaacCTTCAAATtggctttgtttatttttaaatcttgttttgaattcatgaatttgatttgtgtatttttgaatcgggTTTTAAACTCACaaatttcatttgtgttttttttttatcatgttttgaatttacaaattagatttttttaatgttaattgtgttgtggatgtatgaattttattttgtaaatgtattaattctgagactgatctggctccatattatGTACACAAAGGGCATCTGCTCAAAAATGCATTTTGTTATTCTTATACAGCTTTGAAATGTCTATGGGAGACACAACAACCACAACAGACCACAACAACGTTCAGGTAAACCTTTGTTTGATTGTCATCTAAACATATGATCAAATACAACCGCTACATGTACTACTGAATTTAAGGAATTTATTGCCTTTTTTTTTATCAAGCGTCTTACTTGTTCTCACAGTGCAGACCCCCAAAACTTTATACTTTTTCACTAACTTTCAAACCACTAACTTATACCCATTTGTCATTGAATTGtcattattataaaattttaaaataagctcatgtgaatatatgtttattttaatggtttaatggggttagggttagtgtaagttgacatgtacttgcaaagtttctaatagtcagttaaatgtctgtcgaAGGAgtatatcaacagatattaaacagacagtctactaatactcaaataaaccatcaaaataaagtgttacctatatttcactcatatttaaatgtacagttttgtattttaatatttttttctctcctaATTTTGACTAAAATTGTTTGCATTTGTTGCTTATACATTCTTCTTGTAGTGTTTTTAGAATTTGTGTGCACccagggtctgagagtaacatgATTTACATACAATCCTCTGTATGTCTCTACTTGTGGCAGAATTGAAAATAATGCTGACTTTGATAATTAGACACACATGCATTTTATGTATTCTTTGTTATAAAATAGA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Function

GO:

id name namespace
GO:0072698 protein localization to microtubule cytoskeleton biological_process
GO:0051276 chromosome organization biological_process
GO:0007059 chromosome segregation biological_process
GO:0044380 protein localization to cytoskeleton biological_process

KEGG:

id description
ko03050 Proteasome
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko05169 Epstein-Barr virus infection
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033655 True 5355 lncRNA 0.37 1 44395314 44400668

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_015821 BX005060.1 coding upstream 8621 44373221 ~ 44386693 (+)
XLOC_015822 NA coding upstream 10076 44383172 ~ 44385238 (+)
XLOC_015820 zgc:152670 coding upstream 32371 44348473 ~ 44362943 (+)
XLOC_015818 si:ch211-195h23.3 coding upstream 439904 43920461 ~ 43955410 (+)
XLOC_015819 NA coding upstream 459182 43935376 ~ 43936132 (+)
XLOC_015824 kcnab1b coding downstream 25941 44426609 ~ 44510752 (+)
XLOC_015825 pask coding downstream 111656 44512324 ~ 44545869 (+)
XLOC_015826 MTERF4 coding downstream 145244 44545912 ~ 44557318 (+)
XLOC_015827 BX323035.2 coding downstream 163710 44564378 ~ 44564494 (+)
XLOC_015828 klhl24a coding downstream 170532 44571200 ~ 44604455 (+)
XLOC_015814 NA non-coding upstream 736030 43653620 ~ 43659284 (+)
XLOC_015811 NA non-coding upstream 1231796 43138555 ~ 43163518 (+)
XLOC_015832 NA non-coding downstream 583815 44984483 ~ 44989293 (+)
XLOC_015843 NA non-coding downstream 1031914 45432582 ~ 45433628 (+)
XLOC_015846 NA non-coding downstream 1060465 45461133 ~ 45461974 (+)
XLOC_015847 NA non-coding downstream 1067399 45468067 ~ 45468585 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G358547 NA non-coding CI01000152 null 1565504 ~ 1569248 (+)