XLOC_016710


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_016710
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 40766601 ~ 40769804 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00033389
TTCGTGTTGTAGCAGTTTAGGTAATGTATTTTCGCGAATGtaaattagtaaaaataataggtttaatCAGATGTGTAGATGAGCACATTTTTAAGATCACTTTGAGACAGTTTATATTAGTGAAACAAGTCACGTCTGAAATTAATACAGTGAATGCAAAGAAAAAGACAACGAAAAGCATGAAAATGGTGACATCTTGTAAAGACGGCTACATCTGGCAGTGCAAGAAGTCATGTAGACGAATTTGGAAAAGTGTAAGGACGAAGTCTATATTTTTCCATTCCCATGCAAGTCATTTCAGTTGGATGAAGTGTATTTACAGtatggcAGAGGGCGTTTTGGAGGTCCGTGGAAAAGGAAATGCTGGGTATTTGGAATGGTTGAAATTTTGCCTTCCTGAAAACCTGTTTTGCAGCTGGTGGACAAACGGGACAAGAAGACCCTTATACCAATCATAGCAAAACATTTCAAGAAAGACAGCATCATTCATAGTGATGAATGGCGTGCATACTCAAGTTTTTCAGAGAGGATACCTACATCACACAGTGAACCACAGCATTAGTTTTGTTATTCCATCATCACGAGTACATACACAATACATTGAAAAGGCATAGGCAAACTACAAAAGGGAAGTATGGAGACTGCGTGCAAACCGGACAGAAAAGTCGCTGAAAAACcatctaatatatatagaatGGACTTATTGGTTGGGTAAGAAACACAAACAAGGGATTCTTGGAAGGCTTATACATGACATCAGTCAGCTCtaccagtgtgtgtgtatacaattaaggtcagaattattagcccccctttgaattttgtttgaaaatgatgTTTTAACGGATttaggaaatattcacagtatgtctaataatatttttttcttctgaagaaagtcttatttgttttattttggctagaataaaagcagttttgaatttttgaaatccattttaaggtcaaaattattagccccttaaagctatatattttttta
>TCONS_00033908
GTAATGTATTTTCGCGAATGtaaattagtaaaaataataggtttaatCAGATGTGTAGATGAGCACATTTTTAAGATCACTTTGAGACAGTTTATATTAGTGAAACAAGTCACGTCTGAAATTAATACAGTGAATGCAAAGAAAAAGACAACGAAAAGCATGAAAATGGTGACATCTTGTAAAGACGGCTACATCTGGtaagtatattatatttatttaatccatATCCTATTCAAAAAATAACATCAATAAAAGTAAGTTATTATTGGGCTATTATAGCATTTGCTTCaagtttaacaattattttaagcaCTTACAAGTTTCACCCTCTTATAGTACTGTAAATGTTTGAaaccttttaaatttaaattaccttaaaaaaaatgttaaactattgttttatttaatatagaaGCAGTCCTCAAACTTAAAATAAGATGACTATAAATGAGACTGAGATTATTTTAActtgtctatttatttgtttgtgtgtgtgtttgtttgtttgtttgtttgcattgccAAAGCTAATACATGTTTATGAACAACTTTACTACTTATTTGCAGGCAGTGCAAGAAGTCATGTAGACGAATTTGGAAAAGTGTAAGGACGAAGTCTATATTTTTCCATTCCCATGCAAGTCATTTCAGTTGGATGAAGTGTATTTACAGGCAAGTTTTCATATGGTCTCTACAGCATATTTTCTATGATCTCTAGTAGCCTGTTCTCTAGTATTCtacatattcatttttttcattcagtttttttactgtaatataacATTGCATTATTTAGATTTCACAAGGTCTCCATATACGACAAGTGGATATGATGTTACcattgtgtgtatatacataatataaatatgtatactgttgatgtcagaattgttgcccccccctttgaattttttttttttaaatattaacggagcaaggacatttttacagtatatctgatatttttttcttctgtagaaagtcttattcattttatttccactagaataaaagcagatattaatgtttaaaaaaaaaaattattagcccctttaagctatatatgtatttttttttgatagtctacagaacaaaccatcattatacaataacttcctaattgtcctaacctgcctagttaacccaatttacctaatttagcctttaaatgtcactttaagctgtaagaagtgtcttgaaaaatatctagtaaattattatttactgtcatcattgcaaagaaaaaataaatcagttattaaaaataagttattaaaactattatgtctagaaatgtgtagataaaatattctctctgttaaacagaaattggtgaaaaaaataaacggggctaatatttctgactttaactgtgtatataggtgacgaaaatgaatgaatgaatcaatatatatttacatatatattagtTACATAAGTTGTAAgggtaataacaatggaatgacacaaggagaaagtactgaactactgaaatgtatttaatacttcatattactgtatattatagtaATAGCAGCTTAAAGACGATTTAAATTTTTGAGGTAACTGTTACTCACCCCTAATCTCATTCCAAATCTAAAagaaattatttcattcattcattttcttttcggcttagtccctttattaatccggggtcgccacagcggaataaaccgccaacttatctagcatgtttttacgcagcagaagcccttccagctgcaacccatttttgGTAAATGAATTAATCTTATgaacacataaaatatttttgttatgaaGTATTAGAGAAGTGCCTAAAATATAccatagttattttaaaatttgggATGAACAAAAGCCTTTGAGTTTGCAACTTAATgtgggtaagtaaatgatgtaaTATCGTaatatatgtaatgtttttaaacatgataacaaaatgctttattttaatacgtaagttaaaacttttattaataaatatttattaaacagtttgcGAGTGCTAACAGCCAGTGAATGCAAGTGAGAGGAATTTAAATCTGTTGCCTAGTAATTTGTACATAAACATCCCTTCTGTTTTTGTAGGGTTTAAAGTTTCATAATTAAAATTGTCATGACAAGAATAAATGAATTTGCACCATTTTAGCATTGCAAATTAACAAAATGGTGTGCTTTGAACTTAAACTTGGTGGTAAATGAGCTATAGTATAACTACAAGAATTTAGCCAAGAGATTCTAACTCataatgcagcattttttttaagttaattataGAGTGAAAAATCCCTAGAAAAGTCTGAAAATTTGATTCAGAAAaggatgcaattttttttatggaATTTGTGTAGTGTTTATACATGTAGATAAAAAATGAACATTGCTCCATTGCTCTAATAAATTAAATAGCCACAAGTATTTTTATAGACTCAcaatatttgactttattttaaggCTGCATGGCTTTTGACTATTCAGAGTTTTTGAAAAGGTTTaacttaaatttctttttttttttcagtatggcAGAGGGCGTTTTGGAGGTCCGTGGAAAAGGAAATGCTGGGTATTTGGA

Function

GO:

id name namespace
GO:0036342 post-anal tail morphogenesis biological_process
GO:0003002 regionalization biological_process
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function
GO:0003677 DNA binding molecular_function
GO:0097159 organic cyclic compound binding molecular_function
GO:1901363 heterocyclic compound binding molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033389 False 1000 lncRNA 0.35 3 40766601 40769804
TCONS_00033908 True 2560 lncRNA 0.29 1 40767225 40769784

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_016709 NA coding downstream 54338 40622954 ~ 40712263 (-)
XLOC_016708 CR931819.1 coding downstream 171107 40595375 ~ 40595494 (-)
XLOC_016707 CR931819.2 coding downstream 221540 40544946 ~ 40545061 (-)
XLOC_016706 NA coding downstream 231738 40533963 ~ 40534863 (-)
XLOC_016705 NA coding downstream 554809 40205908 ~ 40211792 (-)
XLOC_016711 BX005042.1 coding upstream 16861 40786665 ~ 40804968 (-)
XLOC_016712 uggt1 coding upstream 60964 40830768 ~ 40890264 (-)
XLOC_016713 hs6st1a coding upstream 132193 40901997 ~ 41124013 (-)
XLOC_016714 NA coding upstream 392299 41162103 ~ 41447891 (-)
XLOC_016715 LO018352.1 coding upstream 442174 41211978 ~ 41212094 (-)
XLOC_016716 NA non-coding upstream 463545 41233349 ~ 41235532 (-)
XLOC_016717 BX890557.1 non-coding upstream 651802 41421606 ~ 41421722 (-)

Expression


Co-expression Network