XLOC_016956


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_016956
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 55684668 ~ 55751698 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00033421
cacgcaaatacacataaacacacccaaacacactcacttacacacacacatatacacacaaacacataaacacacatgcacataaacacacatgcacatataaacatgcacacacaaacatacacgcaaatacacataaacacagccaaatacatacatataaaaacacgcttacacaaacacataaatgcacatacacacacacacgcagacactcacacatacacttgAACAGTCAAATagacacacatacatgtatatacacacaaacatgtacactAACAAGCACAGATGGATACACGCATAACACGCACAAACACAATCTGTGTGCTGCTACatgtgtgctatataaataaaaacaggcTGCAAGCATGtctattgttttatgtttgaGCACTTGTGTTGTGATTTGTGTTCATTCGCAGAGTTCAGAGTCGATAAACCGAAGGCCGACGTACCCGTTGCCTCCTCCAAAAAAACCGGGACCACAGAGACCAGCGCCGCCGCCGTACGTTCGGAAGTGAGGCGCAGCAGCTGGAATGGGCCAAGCGGGAGAGTCAGCGGGAGGAGGCAGAGCGAATCCGGAGACTCCGCCTACAAGAAGAGCAGGATCTGGAACTGGCCCTTGCGCTCAGTCGAGCTCAGATGCCCAGAACATGATCTGGATTCAGTTTTTCAATTTTTACCCACGATTACATCTCAGGTTTGCCGATTACTGTCACACTACAAACGCTGA
>TCONS_00033422
cacgcaaatacacataaacacacccaaacacactcacttacacacacacatatacacacaaacacataaacacacatgcacataaacacacatgcacatataaacatgcacacacaaacatacacgcaaatacacataaacacagccaaatacatacatataaaaacacgcttacacaaacacataaatgcacatacacacacacacgcagacactcacacatacacttgAACAGTCAAATagacacacatacatgtatatacacacaaacatgtacactAACAAGCACAGATGGATACACGCATAACACGCACAAACACAATCTGTGTGCTGCTACatgtgtgctatataaataaaaacaggcTGCAAGCATGtctattgttttatgtttgaGCACTTGTGTTGTGATTTGTGTTCATTCGCAGAGTTCAGAGTCGATAAACCGAAGGCCGACGTACCCGTTGCCTCCTCCAAAAAAACCGGGACCACAGAGACCAGCGCCGCCGCCGTACGTTTCAGGGAAGAATACGTCCGTCACGAATAGTGGTTCAGTGGTTCATAATCAAGGGTTTGGTGCTGCGACACACACAGAACGAGGGTCTTCAGGGTTACGGTCTGCTGTAAACCCATCCACAGAATTTAGAGCTTTCGGAAGTGAGGCGCAGCAGCTGGAATGGGCCAAGCGGGAGAGTCAGCGGGAGGAGGCAGAGCGAATCCGGAGACTCCGCCTACAAGAAGAGCAGGATCTGGAACTGGCCCTTGCGCTCAGTCGAGCTCAGATGCCCAGAACATGA
>TCONS_00033110
ATGGACCAGACCCGAAGTGAGCTGAGTCTGATCCAGGAGAGCCAGCGGGAGCTCAATAAGAGCATCGAGCGCTACAGTAAGGCTCTGACTGAAAACATGAGTCTGACGGACCTGGAGCAGATCATTGCTGAGGAGGagaacaacagcagcagcagcagcagcattagCAGCAGCACTGAAGCCAGGgaggatTCATTGGTTAAATCCAGGATGGCCATGTTTAACAGTGGTGGCTCTAAAGCACTCGGTTCAGACCCTTTCCAGAGCGAAGACCCCTTCAAAAGCGACCTCTTCAGTAAAGCTGATCCTTTTGGAGGAGATCCCTTCAAGCAGAACGACCCATTTAAAGACCCCTTTGCTAATTCTGATCCCTTCGGAGAAAGTTCATCAAGTCAACTCAagGCCAGTCCTTTCACCAGACGAATCAGCCAGACGTCAATGAGTCCAAAACCCAAAGACTCGGATCCGTTTGCTGCGTCAGACCCGTTCAGTGGCGACGCTTTTGGAGGGAAAGGAGGCTTCGCTGATTTTTCTCAAATGTCAAAGAGTTCAGAGTCGATAAACCGAAGGCCGACGTACCCGTTGCCTCCTCCAAAAAAACCGGGACCACAGAGACCAGCGCCGCCGCCGTACGAATGTATTATGACGTTTATCTAGTTGATTGTATCATGCGGTGGAGAAGAACGAAATGAAGTGCTCATCATGTGGTGtggtaatgttattaatattaagggATTTCGTGTGCTGCATTCCTGAAATGAGATTCCTAAAATGAATATTGGATTTTATAATGAatatttgatttatgattattattaaacatgtttGTTTATCTGTAGCCAGCTCTAACTCGGTCCAGACTGAATGCTGAAATCTGGAACTCTATTTAAATGGTTGAAAATCCAGGTTGATTTCAGATTAAATTCAGCTGacagaaaataattaatatatctttgattttttaaagcaaaatataatacttaaaatactataaaagtgttactttaatttaaaaaatggtatcatacactgtaaaaaaatgcagggttccacacaattcattcatgttgtcccaacacaaatcgattaagttaactttacacttttttaacaattttatgtggattgaacataaaaaaattatgtagtCCCAAATacatcttaagaattgtgttaattcagcttatttaaaataagtactttgaacaagcaagtatattatattataattattatattttatttgttatattatactatttttattatattatactatatttattatattatactacattatactatatttattatattatacctaatatattttatttattatattatattttattagattttatttattatattgtattgtactatatttattgtattttatttagtatattatattatatttattagattttatttgttgtattatattatatttattagattttatttattatattatactatatttattgtatttta
>TCONS_00033423
CGTTTAATTTTCCTGGATGTCCCTGCCGTAAAAGCATCTTTGTGTTGTGTATTGTTCTTCAGACCCGAAGTGAGCTGAGTCTGATCCAGGAGAGCCAGCGGGAGCTCAATAAGAGCATCGAGCGCTACAGTAAGGCTCTGACTGAAAACATGAGTCTGACGGACCTGGAGCAGATCATTGCTGAGGAGGagaacaacagcagcagcagcagcagcattagCAGCAGCACTGAAGCCAGGgaggatTCATTGGTTAAATCCAGGATGGCCATGTTTAACAGTGGTGGCTCTAAAGCACTCGGTTCAGACCCTTTCCAGAGCGAAGACCCCTTCAAAAGCGACCTCTTCAGTAAAGCTGATCCTTTTGGAGGAGATCCCTTCAAGCAGAACGACCCATTTAAAGACCCCTTTGCTAATTCTGATCCCTTCGGAGAAAGTTCATCAAGTCAACTCAagGCCAGTCCTTTCACCAGACGAATCAGCCAGACGTCAATGAGTCCAAAACCCAAAGACTCGGATCCGTTTGCTGCGTCAGACCCGTTCAGTGGCGACGCTTTTGGAGGGAAAGGAGGCTTCGCTGATTTTTCTCAAATGTCAAAGGTATGTCTAAAACAAATCTGAAAGCTAGAGTGTAAAATAgtttcagtcacacacacatacacaattacacacacacacatatatacaggtacacataaacatttaaatagacacatataaacacacacacacatacatacagacagacacgtaaacgcacacaaacatacacacagatgcacacaatTGTACATAATcgaccacatacacacacatagtcACACGCAGACACTCACAAATACATGTTAACAtacccaaatacacacacacacaaacaca
>TCONS_00033424
TGAAACTGCTCAAGACATCACAGGACGAGATGGACCAGACCCGAAGTGAGCTGAGTCTGATCCAGGAGAGCCAGCGGGAGCTCAATAAGAGCATCGAGCGCTACAGTAAGGCTCTGACTGAAAACATGAGTCTGACGGACCTGGAGCAGATCATTGCTGAGGAGGagaacaacagcagcagcagcagcagcattagCAGCAGCACTGAAGCCAGGgaggatTCATTGGTTAAATCCAGGATGGCCATGTTTAACAGTGGTGGCTCTAAAGCACTCGGTTCAGACCCTTTCCAGAGCGAAGACCCCTTCAAAAGCGACCTCTTCAGTAAAGCTGATCCTTTTGGAGGAGATCCCTTCAAGCAGAACGACCCATTTAAAGACCCCTTTGCTAATTCTGATCCCTTCGGAGAAAGTTCATCAAGTCAACTCAagGCCAGTCCTTTCACCAGACGAATCAGCCAGACGTCAATGAGTCCAAAACCCAAAGACTCGGATCCGTTTGCTGCGTCAGACCCGTTCAGTGGCGACGCTTTTGGAGGGAAAGGAGGCTTCGCTGATTTTTCTCAAATGTCAAAGGTATGTCTAAAACAAATCTGAAAGCTAGAGTGTAAAATAgtttcagtcacacacacatacacaattacacacacacacatatatacaggtacacataaacatttaaatagacacatataaacacacacacacatacatacagacagacacgtaaacgcacacaaacatacacacagatgcacacaatTGTACATAATcgaccacatacacacacatagtcACACGCAGACACTCACAAATACATGTTAACAtacccaaatacacacacacacaaacaca
>TCONS_00033425
CGTTTAATTTTCCTGGATGTCCCTGCCGTAAAAGCATCTTTGTGTTGTGTATTGTTCTTCAGACCCGAAGTGAGCTGAGTCTGATCCAGGAGAGCCAGCGGGAGCTCAATAAGAGCATCGAGCGCTACAGTAAGGCTCTGACTGAAAACATGAGTCTGACGGACCTGGAGCAGATCATTGCTGAGGAGGagaacaacagcagcagcagcagcagcattagCAGCAGCACTGAAGCCAGGgaggatTCATTGGTTAAATCCAGGATGGCCATGTTTAACAGTGGTGGCTCTAAAGCACTCGGTTCAGACCCTTTCCAGAGCGAAGACCCCTTCAAAAGCGACCTCTTCAGTAAAGCTGATCCTTTTGGAGGAGATCCCTTCAAGCAGAACGACCCATTTAAAGACCCCTTTGCTAATTCTGATCCCTTCGGAGAAAGTTCATCAAGTCAACTCAaggtgaataaaaataaaaaaaatactgcaaatattGGTGCTGTCATTGACCAGAAAGAACATGAGTATTATCAGGTATGCAGCgctgaaaaaaaacattcattgtatttacctttactttttttaaagtaagtggttgcaaacaattgatgtgGCCTGAATTTAAAATTAGGTTGAACTACAtttcatttctttgtttaaattcagcccatatcaattgtGTTCCACCAGGTAAAACATTTTAGTAGTTAATCAaccaattaatcatttttttactcTACTATGgctaataattgtttttaaatcagtTGCATCAGTCTGAGTAAGAGGTATTTGAGTATCgggattagggctgtgcaattaatcgaaaatccagtttcgatttcgattacggcttctaacgattatgaaaatcattaatcaagataaacgattgTTCTATCATGTACCGCTTCCTTTCCAGTTCCACGTGAAAGTGACTGAAAGATGTGCTGCAATGTAACTTttgcatcattcatatttttaaaagcgcgaaagagcacgtgctgttgtgtgtgtgcgcgcgctgcgCTCAGCCTCGGACAggtattgtgtgtgtctgtgtgcgcgcggtccgcgcttagcctcggaca

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117247

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033421 False 736 lncRNA 0.45 2 55684668 55727240
TCONS_00033422 False 794 lncRNA 0.46 3 55684744 55727240
TCONS_00033110 False 1503 lncRNA 0.34 8 55725568 55751669
TCONS_00033423 False 878 lncRNA 0.45 5 55727674 55749321
TCONS_00033424 False 854 lncRNA 0.46 6 55727674 55751698
TCONS_00033425 True 1084 lncRNA 0.42 3 55739818 55749321

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_016955 NA coding downstream 20693 55639371 ~ 55663975 (-)
XLOC_016954 tpm4b coding downstream 347083 55300425 ~ 55337585 (-)
XLOC_016953 rab8a coding downstream 386593 55270566 ~ 55298075 (-)
XLOC_016952 NA coding downstream 460093 55215186 ~ 55224575 (-)
XLOC_016951 NA coding downstream 613124 55059826 ~ 55071544 (-)
XLOC_016957 EPS15L1 coding upstream 268 55751966 ~ 55779927 (-)
XLOC_016958 calr3b coding upstream 32198 55783896 ~ 55797318 (-)
XLOC_016959 rx2 coding upstream 81727 55833425 ~ 55861351 (-)
XLOC_016960 cplx4c coding upstream 138975 55890673 ~ 56003820 (-)
XLOC_016961 CU013534.2 coding upstream 228529 55980227 ~ 56002115 (-)
XLOC_016950 NA non-coding downstream 700015 54983323 ~ 54984653 (-)
XLOC_016948 NA non-coding downstream 897090 54783824 ~ 54787578 (-)
XLOC_016962 CU013534.1 non-coding upstream 290814 56042512 ~ 56042630 (-)
XLOC_016963 NA non-coding upstream 308702 56060400 ~ 56095275 (-)
XLOC_016969 NA non-coding upstream 890440 56642138 ~ 56655769 (-)
XLOC_016971 NA non-coding upstream 1057594 56809292 ~ 56884888 (-)
XLOC_016972 NA non-coding upstream 1301321 57053019 ~ 57061935 (-)

Expression


Co-expression Network