XLOC_017311


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_017311
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 24389622 ~ 24704953 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036587
CAGCCTCTGATTATAACAGTGACGGCTGGACAAGCAGAGGAAACGCTTATGGAGCAGAACAGAGGCTTTGGAGGTGTTTCCAGCATGCGATCAGTTAAAGAAGGAAGACCTTGAGTGAGTCGGTGGAGGACAGGAGCTGAGAGGGGCACGGGAGACGCATGCAGCCGTTTGATCAGAGCTAATGCGCTGGAAGCAGCCGAGGATGTTACCCTTACCGCACTATTCCCAGGAGAGACGGCAAGCGAGTAGAAGAAAGAGGGAATGAAGATGTTCCCAGCGGACTCCTGCAGAGCATACATCACCTTCATCCATCAGGAATCTCCCCTATGAGTTAATGCCGGCAGGGAACCATCCTGACAGAATCACATCAGCTTGGTGGCACGGAGACCAACCTGAAAGTGGAAGCCAGTTATGAGGGTCAGACAAAACACTTAAAACTTGAGAAAAGCTTTCAAACCTTGCAGTTCCACTAGAGTCTTTCAAAATGTGCTGAACATGAATATAGCACTCACATGGCGAATTAGTTGGTGGCTTTTACGCAAACCTGAATTGCACTTAGGTCTATTGATTGAGGCTGTTATTGTTAAAGACTGCTCATATTCACCGATGAAAAGTGTGAACGCATTTTTACTAAGTCTGTCATGCAAACGGTCACAAGCAGTTACATCTCTTTGTGTTTCTTAGCCTTGCAATGTCAAATGTATAGTTAATGCACAGATTATTGTAACTCTATACATTTTATCTTATAATAGAAGGCTTTGATGAAATAGAAAAattacatgtgtttgtgtgtaaatacaAACGTTTGtgtgtaaatacaaataaaatttgtTGTGGGTTGTGATGAGGAATACTGG
>TCONS_00036588
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>TCONS_00036589
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>TCONS_00036590
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>TCONS_00036591
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>TCONS_00034457
GGCTTGTAGACGGAAGACAGTGAATGGAGAGTAGAGAGTGTGACACTGTTTtgagttttgtattttaaagtttaaaaacaaatttttgttGAAGTTTCTGGTTTTACAAAGACCTAACATACACATTATCACATCTGTCGATCGAtggacattttttgctgttaAACGTTCAGTGCGAGGGAGTGAAAGTTGTTGGACCTGCCGCGGACGGGAAGATTGACTGGAGAGAGACCGAGACTTTGCTGATCGTGCCTGTTTGCATCGTGAACGGAGGATTCGTGAAGGCGGTTATACAACTCATCTTCGTGAGCGCGGACGAACGTTTGTAGACTTCGCCATTTCATCGGATTTTACTCAAATGAAGTGGAACCGCAGATGAGAGACTCTTCTGCCGTCCTATCTCTCTAGGGAGCAGGAGAGGGAGCCTTTTCCATGAAACCTTTTCAAAGCCTCATCTGTGTCTTCCATTAGCCATGCAGAACGAGAAGAAAGCAAGACGCCCGCATAAAACACACCTTTTCTGGTGTGAGGGGAAACACCAGAGACTCTgatcaaatgtaatgtaataatttaGCACACATTTGGGCTACCCTGCCTGTTGCTTTCTTTTTATTGGAGAGATGGTTATGATTGCTCAATGACTTGATTTGATTATTTGCTTGGGATACAGCGGTCTCCATTACTATTGACACCCTTGCTTAATATAAGCAAAGAATGCCAGGGAGAAAATGTTTTGTTCAACCTATTGGTTTTTTAGCTCAAAATAATACCAATTATACTGACGATGCTTGAGCTTGTTGACAGtagaggcttttttttttcttgaaagccATTCTAATAACTTATAATAATGTACAGTAGGTGACATTGATTGTAGTTTTTATGACTTTGACTCTTAGTCCTAAGTAATTTCTGCAGTTCTCCACCTGTGATTCTTAGAGGTTTTTGGCCACTCAAACCATCCTTCTCAACTATATTTAGACCAAGCTGCAATCTCCCGCTCTCTTTCGTGAAGCAAATATGGAAGCAACTGAAACTGCtattcatcgaaattccgcttGTCTTGGCTCCATGaattttacagcagaaaaaaaggtgtttacagcctggtatgAAGAATGATTTTGGTTCagatagctaatattacc

Function

GO:

id name namespace
GO:0044444 obsolete cytoplasmic part cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000097778

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036587 False 857 lncRNA 0.43 3 24389622 24412818
TCONS_00036588 False 1448 lncRNA 0.41 3 24389639 24521735
TCONS_00036589 False 1517 lncRNA 0.42 4 24389646 24521735
TCONS_00036590 False 1458 lncRNA 0.42 3 24389648 24521735
TCONS_00036591 False 2826 lncRNA 0.42 3 24418388 24704953
TCONS_00034457 True 1148 lncRNA 0.41 2 24418405 24521407

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_017310 BX901952.1 coding upstream 15689 24365947 ~ 24373933 (+)
XLOC_017309 BX119992.1 coding upstream 251060 24132073 ~ 24138562 (+)
XLOC_017308 cx52.6 coding upstream 425239 23960525 ~ 23964383 (+)
XLOC_017307 casp8ap2 coding upstream 433608 23947004 ~ 23956014 (+)
XLOC_017306 NA coding upstream 477016 23910422 ~ 23912606 (+)
XLOC_017313 NA coding downstream 49493 24754446 ~ 24754820 (+)
XLOC_017314 NA coding downstream 386949 25091902 ~ 25095032 (+)
XLOC_017315 NA coding downstream 491551 25196504 ~ 25197510 (+)
XLOC_017316 moxd1 coding downstream 520159 25225112 ~ 25271878 (+)
XLOC_017317 BX530723.1 coding downstream 532056 25237009 ~ 25237124 (+)
XLOC_017304 BX255904.1 non-coding upstream 622553 23766953 ~ 23767069 (+)
XLOC_017301 NA non-coding upstream 727075 23662006 ~ 23662547 (+)
XLOC_017323 BX322665.1 non-coding downstream 853925 25558878 ~ 25561817 (+)

Expression


Co-expression Network