XLOC_017953


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_017953
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 13309282 ~ 13313010 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036808
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>TCONS_00036810
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>TCONS_00036809
ccccttatttatttttttcctcaatttctgtttttaaTGCAGATCAATCAAtgcagatttttttccacacatttctaaacttaatagtttttataactcatttcaaataactgatttattttatcttggccatgatgacagtaaataatatttgactagatagttttcaagacacttctatgcagcttaaagtgacatttaaagacttaaaagacatttaaagactagggtaattaggtcaaCAAGGCAAGTTAGCCTAAACAGGAAatttataatgatgatttgttctgtagactatcgaaaaaaaattgcttaaaggggctaataattttgacctaaacggatttaaaaaaaattaaaaactgcttttattctacccgaaataatacatataagactttctctagaagaaaaaaatatcatcagacatactgtgaaaaattccttgctcaaaaaaattcaaagagaggctaataattctgacttggactgtatacacacacacacatactgtcatACTGAGCATAGGCGGTTGACATTCCGCAACAAGATGGCGACGTAGACCGCATTTTAAGTCCTTAGGggggaaaaacagcattttttagtgtacgtttcaaactacagctgaacaaatcattacagaacaggtaagtgacattctaaggtcgatctctctcttttgtttgttgtagtgcagtatttataccacagaaactggtagtgtttgctttgctttgggcTTTTGGGGGTTAATTATTGTCTCCCGATTATAACAGAAATACCGGGAAATCTTtacagactgatggcattttatgcagTTTAGcactataatcttaaaatgtgagcaaaattacctaGAGAGTCATTATAATACTAGTTCTTAAGTGACGTTGGTAAATAagttctgctgttctgacgtcaacaGATGTttatgaatggcagaagaaagtagttcctctaacaaaaggatttttagactctctgtgtttgattttctttttatatacacaaatatgctgtcgaactgttgtatgaaTACAATATCACagtcgtagcagtgcgatatggctgtgtatCGCCTGGTGGGACACCTGCGGCCTTGTGCCaagcatgcctcccaccagtgccgacaTATTTCgcaaaattaattaacaaataaacaaatcaaaccaatttaaaagtaaaatgtcTAGTCACATCTGCACATTTTTTGCCAAACTgtacagacaaaaaaaatctatatactGTTTTGATCAACTTGGTGTGAAGAAATGTGCCATGCTTCTGTATAAAATCATGTCAGAGAAAAGTAGCGATTAAATTTGAGTGCAtcttcaaaattattattttttggcagTGTAGCTGagaagttttcattttaaatacacacaaaaaagcatAATTTACTGTACCCACACTTTACATCCAAAATAGACttacatacataaaatatattatcttTTACCAAGGGAAAATAGTATTTAGAGTTAGTTTTACATTGTTAATTTAGTTCAAATCAGTTGTTGTAGATGAACTGCAAGGTATATCTGTAATTCTGAATGATGGTGGTGGTGATTTTTGTTGTAGGTGAACTGGATATCGTGTTGCTCTGGATGCTGATTGTTTTTGCAGTAGCTGGTGTATTAGACGCTATGTCTGTTGGTTGTTGTTTTAGTAGGTATACCAGACGTTTTTTCTGTCTTTCAGAATGGTGTTTTTGTTGTAGGTAAAGTGGATGTCGTGTCTGTCAATCAGAATAGAGGTTGTTGTTTCTGTTGTAGGTCAAGTGGATGCTGTTTTTCAAACAGAATGGTAAACCGGACTTTTTGTCTGTCATTCAGaatgtttgttgttgtattattagATAAAATGGACATGTTGTCTGTCATTTAGAATgatggttgttgtttttgttgttgtactaGGTGAACTAGATGTCATGTTCGTTATTCTTGATGGAAGTTGTTGTTGTAAGTGAACTGGACGTTTTGTCTGTTGTTCTGGATGGTGGTGGTTGTTGTAGCTGAACTGATGGTGGTGGTTGTTGCTGTAGGTGAATTTAACATTGTGTCTGTTGTTCTGGATGGTGGTGGTTGGTTTTGTTGTATGTGAACTGGACATTGTGTCTGTCAAACAGAATGgtgattgttgttttttatggAATAGTTGAATTGGATGTGTTTGTTGTTCTGGATAATGGTTGTAGATGAACTGGTCATAATGTCACTCTGAAGAGTGGTTGTTTTGTTTGTAGTAGTTGGTGAACTGGGCATTGTGTCTGTTGTTTTTGAAGGTGGTTTTTGGTAGTGTACTGGAGATTGTGTCTGTCATTCTGAATGGtggttgttgttgctgtagtagATGAACTGTATGTCAGGTTTGTTATTCTGGatggtggttgttgttgttgtagatgaACCAATGGTGGTTGTAGTTGCTGAAGAAGAACCGGACGTTGTGTCTGTTGTTCTGGATGGTGGTGGTTGTTGCTGTAGGTGAACTGCTGAtggttgttgttgctgtagttaAACTGATGGTGGTTGTTGTTGCTGTAGATGAACTTATCGTTGGCCCTCTTGTTCTGGACGGTGGTAGTTGTTGTAGGTGAACTGATGGTGGTTGTTGTGGCTGTAGTTGAACTGAATGTTGTGTCTGTCATTCTGAATggtggttgttgtttttgttgttgctggtgAACTTAACTTTGGCCTGTTTTTTGGCCCTGTTGTTCTGGACGGTGGTAGCTGTTGTAGGTGAACTGATGGTGGTTGTTGTAGCTGTACGTAACCTGAACGTTGAGTCTGTCATCCTGAATGGTGGTTGTTGTAGGTGAACTTGAGATTGTGTCTGTTGTTTTGAATGGTGGTTGTTGTTGTAGATGTACTGGACCTTGTGTATGTCATTTTGTTGTAGCCGAACTGGATGTCATGTTTGTTGTTCTGAATTGTTGTAGTTGTGGTAGGTGACCTAGACACTGTGTTTGTCATTGTGAATGGTGGTTGTTGTTGTAGGTGAACTGGACTTAATATGTGTCGTTCTGGATGTTGGATGTAGGTGAACTGGACATTGTCTATTAGTCAGTCTggtggttgttgtttttgttgttgtagtagGTGAACTGGGCATTGTGTCTGTTGTTCTGGATGGTGGTGGTTGTTGTAGGTGAACTGGACATAATATCTGTTGTACTGGATGGTGGTTGTTGTTGGTTAACTGGACATTGTATCTGTTGTTCTTGatggtggttgttgttgttggtggtggtggtgaacTGGACATTGTATCTGTTGTTCTTTATGGTGGTTATTATTGTAGGTGAACATGACTTTTTTTTCCGTCATTCTAatggtggttgttgttgttgtaagtgAACTGGATGTCGTGTCTGTTGTTCTGGATCATCAACACCTCTTTCATTCTCAGTTCATCCAATCTCCTCCACAGTTCCTCACGCTCCTGCTCTTTCTTCTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036808 False 3306 lncRNA 0.38 2 13309282 13312947
TCONS_00036810 False 3627 lncRNA 0.38 2 13309282 13313010
TCONS_00036809 True 3471 lncRNA 0.37 2 13309282 13313010

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_017952 BX510324.2 coding downstream 100530 13204066 ~ 13208752 (-)
XLOC_017951 ints7 coding downstream 166925 13020489 ~ 13142357 (-)
XLOC_017950 si:dkey-54g2.2 coding downstream 372421 12936096 ~ 12936861 (-)
XLOC_017949 NA coding downstream 381327 12927182 ~ 12927955 (-)
XLOC_017948 NA coding downstream 452236 12854967 ~ 12857046 (-)
XLOC_017954 kcnk3a coding upstream 47646 13360656 ~ 13394780 (-)
XLOC_017955 BX470123.1 coding upstream 56217 13369227 ~ 13369343 (-)
XLOC_017956 ezrb coding upstream 251921 13564931 ~ 13625588 (-)
XLOC_017957 rsph3 coding upstream 319516 13632526 ~ 13640598 (-)
XLOC_017958 TAGAP coding upstream 334977 13647987 ~ 13722514 (-)
XLOC_017928 CU539064.1 misc downstream 3255581 10053405 ~ 10053701 (-)
XLOC_017947 NA non-coding downstream 454477 12853911 ~ 12854805 (-)
XLOC_017946 NA non-coding downstream 455921 12852898 ~ 12853361 (-)
XLOC_017960 BX248403.1 non-coding upstream 505385 13818395 ~ 13818510 (-)
XLOC_017961 BX469908.1 non-coding upstream 581908 13894918 ~ 13896672 (-)
XLOC_017962 NA non-coding upstream 685301 13998311 ~ 14001001 (-)
XLOC_017968 BX465225.1 non-coding upstream 1141898 14454908 ~ 14455626 (-)

Expression


Co-expression Network