XLOC_001961


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_001961
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 11652594 ~ 11665963 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00005835
aGAGAGCTCAAGACATTTGCACTATCTCCATTGTTCAGGTTGTTATGACCAAGCAGGGAAGTTATTTCGACCCAGGAGGGCAGCTAAAACGAGGTAAAGCAGTAGTGAGAGGAACTAAACAGGGACCCATTCAGCTTTGTTCTGGCTTACTTTGCCTACTTACGCTGGGCTGTCACAGTGTCGCATGGACGAGGAGACGCCACCGCCGCAGGTTCGACTGCACTCACCCCAGACTGTCCACGGGCCCCAGCTGCCATCCACACTCTGCGGCCATGTCCCAAACGCCACACATTCACCCTGATAACACCACTAGACACACACAGAGGGAGGAAATAGTTGCCCAAATAAATATACAGAGATTGTTCAGAGCCACTGATGTGATCCAAGTCCTGTGAAGAGACgatgccaaccatagaggacttcaAGAGGTCTCCATAACAGAGCATAATTAGTAAAGTTGTTCCTTGCCacaggcttgcttggtttgggactttcagcagtgaaaaattAAACCAccgaactgaactgaactgaacttaaaatcTAAACTGAcacaatttcagtttaatttcaaTATCAATTcaatagaacttctatgttaagctgctttgacacaaatcTACATTGTAAGAGCACTATAGTAATAAATAAGAATTGACTTCAATTGAATATAATAGATTATATAAACCAAATCAGAGTTTatattaaagtgacagttcactcaaaaaaagttGACTAATTTCTTGACCCTTTTACTCACCCAAATTTAAAAGAGTTTCTTTTTAGGAGTATCTTACTGACATCCATAGCAAAGaaaatatactatggaagtcaatatctacttcttttgtgtttaacagaagaaagaaactcaagcatgttagtattcatttttgggtgaactgtctctttaaatagaGTCAATCTTGCCAGTTGTGAACTGGAAGCGTCCTAAGCAGCACATTAATAATGAACTCTGCCTTGAAATGCGTGGCTTTCTAGCACTGTGCTTCCTGCAGTGTTCGACAGTCTGTCTTTACGACGTGACAAATTCATTATCATTGTTGCTGGTTGAAAGCACATTCAGTAGCATGTGTGGTCATCGCTGCTTCCGTGCCTTTCCATCTCTGGTCTTTCTGGAGCTGGCAGGGCCTCCACTCCATTACACGCTAAGTGAGAAATGGCTGACATTCGTATTCCTTTGATGCTGACCCAGACATAAGTACGCCActcgctaaaaaaaaaaacagcggcTCAACCTGAAGCTCGCGGCTTGTCCAAGAAAGCTCACAAGAGCTAGCCGGTAAATAGATCCAGTGAGCGAATGGTAACAGAGACAGACAGCTCATGGTCCTCTTCTATTCTTCCTCTTGAGCCGTCCTATGAGCGAGTACAATGACCACCGTAATCTTTGTTCAAACTGTCTCTCGAACCGGGCCCAGCAGAAATGTGAACTGATGACCCAAACGCTGAGCGCATGAGTGAACATTGGGAAGAGGCTTTCTTATTCCCATATCTGCTACAATGAGAGCGGAGCCATGAGCGCTTATTTTcctaattttttgtattttataactTTTAGATATATgatttaactgagcaaggaaattttcacagcatgtctgataatactttttcttctggaaaaagtcctatttgttttatttcagctagaaaaaaaaagttgttttaatttataaaagcaattttaaggtcaaaattattagtccctttcagcaaatgttttttcgataatctacagaacaaatcatgctattgtgcatgtgttgtgagaaaatgcagcttgttttcttaatttgtttgcatcTTTTGTAAATGCATGTGTTTTCATAAATTgaagcatgttaagctctctcgggcCACAGGACTGTGATGCACAGTTAAGTAATGCCAACGATTAAAGACTTACAATAAAGTCATGTTAGCCAATCTGAAAGGAGAAACAATGCAACACACTGTCATCATGGTGCAAAATCTGTGGTATTGTGGCCACACGACCAAACTGTTACCAGAGTTTTTGAAAATCTTTTTTGCATAAACCTTTGGTGTTAGTTACCTGACACTGCGTTTTTGTGTGGACGAATGGCTAAACAGTATAAACAGTATCTTTTTTTGATAAATTGGTcagaatatttgaaaaaggactGACTCATTGACTGTGACAACAATCATACAGagcataaataattatttctattGAATTAATTCTCTTTATTTACAATGTTGCTTTCAAGCAGTCTCCAGCTGGACCTAGGTCCAAGTGCCTGCCGCAAGAACTTTATTCAAAAGCTGATGTgttacaacaataaaaataaaatgtaaaatgtaaaatttttcttaaaataaagcaTCAATTGGGGTCTTAAAATCTCAAATCTGGTTTTCATTTATTGTGTGAAACTAACACTTATGGGAAACGAAAATATGAAACCTGACAGTAAATTGACCTGTAAAGTAACACttctaaaaaaacagaaaacatattggcatcttcattttaaaagtatttcagaagtttttaagtaaatttataataacaatatttgaTTATCTGCAATAACCTCCATTCTAAATAGCTATATCGTTAAATATATCGTAACCCTGAAATAAAAAGAATTTCGGTTATATCACTCACCCGTATTATAACCTTCATCCATTGCATAAAGTTTTGGGATGGGACGCTGACTTACCCCTTTTTCAATAGTGTTAGTCTGGCACAGGGTTCCTTCTGCGGCAGGGATACTGTTGGTGACACAGCGGTTACTTTTGCTAAGGCACCAGAGCTCTCTACACACTTCCTAGGAAAGAAGGCAAAAGCAAGTTGATCAGAATATAGAAATTCCCAAGAGAGACCAGAACAAGTGGACACAAGACCAGCAGAATGTGGTGGGCAGGCTTCACAAACAGGCTTTTTAGAGATTGCATGAAAACATGTCTTCTTAATAATGTTTAATGAATTGTAGATTCAGATGTTAGGATTGATTCACATTTTAGTTCGTAAACAATTTTggacagctgtttttttttccaccaatcTAAACTTACACATGTATGTTTGATAGTCTACATTTTTTCATGGAAGTAAGTTGCTATACCTGGTTTGTAAATGAATTTGTgataaaataaagtgaatttagG
>TCONS_00005836
GTTATTTCGACCCAGGAGGGCAGCTAAAACGAGTGTCGCATGGACGAGGAGACGCCACCGCCGCAGGTTCGACTGCACTCACCCCAGACTGTCCACGGGCCCCAGCTGCCATCCACACTCTGCGGCCATGTCCCAAACGCCACACATTCACCCTGATAACACCACTAGACACACACAGAGGGAGGAAATAGTTGCCCAAATAAATATACAGAGATTGTTCAGAGCCACTGATGTGATCCAAGTCCTGTGAAGAGACgatgccaaccatagaggacttcaAGAGGTCTCCATAACAGAGCATAATTAGTAAAGTTGTTCCTTGCCacaggcttgcttggtttgggactttcagcagtgaaaaattAAACCAccgaactgaactgaactgaacttaaaatcTAAACTGAcacaatttcagtttaatttcaaTATCAATTcaatagaacttctatgttaagctgctttgacacaaatcTACATTGTAAGAGCACTATAGTAATAAATAAGAATTGACTTCAATTGAATATAATAGATTATATAAACCAAATCAGAGTTTatattaaagtgacagttcactcaaaaaaagttGACTAATTTCTTGACCCTTTTACTCACCCAAATTTAAAAGAGTTTCTTTTTAGGAGTATCTTACTGACATCCATAGCAAAGaaaatatactatggaagtcaatatctacttcttttgtgtttaacagaagaaagaaactcaagcatgttagtattcatttttgggtgaactgtctctttaaatagaGTCAATCTTGCCAGTTGTGAACTGGAAGCGTCCTAAGCAGCACATTAATAATGAACTCTGCCTTGAAATGCGTGGCTTTCTAGCACTGTGCTTCCTGCAGTGTTCGACAGTCTGTCTTTACGACGTGACAAATTCATTATCATTGTTGCTGGTTGAAAGCACATTCAGTAGCATGTGTGGTCATCGCTGCTTCCGTGCCTTTCCATCTCTGGTCTTTCTGGAGCTGGCAGGGCCTCCACTCCATTACACGCTAAGTGAGAAATGGCTGACATTCGTATTCCTTTGATGCTGACCCAGACATAAGTACGCCActcgctaaaaaaaaaaacagcggcTCAACCTGAAGCTCGCGGCTTGTCCAAGAAAGCTCACAAGAGCTAGCCGGTAAATAGATCCAGTGAGCGAATGGTAACAGAGACAGACAGCTCATGGTCCTCTTCTATTCTTCCTCTTGAGCCGTCCTATGAGCGAGTACAATGACCACCGTAATCTTTGTTCAAACTGTCTCTCGAACCGGGCCCAGCAGAAATGTGAACTGATGACCCAAACGCTGAGCGCATGAGTGAACATTGGGAAGAGGCTTTCTTATTCCCATATCTGCTACAATGAGAGCGGAGCCATGAGCGCTTATTTTcctaattttttgtattttataactTTTAGATATATgatttaactgagcaaggaaattttcacagcatgtctgataatactttttcttctggaaaaagtcctatttgttttatttcagctagaaaaaaaaagttgttttaatttataaaagcaattttaaggtcaaaattattagtccctttcagcaaatgttttttcgataatctacagaacaaatcatgctattgtgcatgtgttgtgagaaaatgcagcttgttttcttaatttgtttgcatcTTTTGTAAATGCATGTGTTTTCATAAATTgaagcatgttaagctctctcgggcCACAGGACTGTGATGCACAGTTAAGTAATGCCAACGATTAAAGACTTACAATAAAGTCATGTTAGCCAATCTGAAAGGAGAAACAATGCAACACACTGTCATCATGGTGCAAAATCTGTGGTATTGTGGCCACACGACCAAACTGTTACCAGAGTTTTTGAAAATCTTTTTTGCATAAACCTTTGGTGTTAGTTACCTGACACTGCGTTTTTGTGTGGACGAATGGCTAAACAGTATAAACAGTATCTTTTTTTGATAAATTGGTcagaatatttgaaaaaggactGACTCATTGACTGTGACAACAATCATACAGagcataaataattatttctattGAATTAATTCTCTTTATTTACAATGTTGCTTTCAAGCAGTCTCCAGCTGGACCTAGGTCCAAGTGCCTGCCGCAAGAACTTTATTCAAAAGCTGATGTgttacaacaataaaaataaaatgtaaaatgtaaaatttttcttaaaataaagcaTCAATTGGGGTCTTAAAATCTCAAATCTGGTTTTCATTTATTGTGTGAAACTAACACTTATGGGAAACGAAAATATGAAACCTGACAGTAAATTGACCTGTAAAGTAACACttctaaaaaaacagaaaacatattggcatcttcattttaaaagtatttcagaagtttttaagtaaatttataataacaatatttgaTTATCTGCAATAACCTCCATTCTAAATAGCTATATCGTTAAATATATCGTAACCCTGAAATAAAAAGAATTTCGGTTATATCACTCACCCGTATTATAACCTTCATCCATTGCATAAAGTTTTGGGATGGGACGCTGACTTACCCCTTTTTCAATAGTGTTAGTCTGGCACAGGGTTCCTTCTGCGGCAGGGATACTGTTGGTGACACAGCGGTTACTTTTGCTAAGGCACCAGAGCTCTCTACACACTTCCTAGGAAAGAAGGCAAAAGCAAGTTGATCAGAATATAGAAATTCCCAAGAGAGACCAGAACAAGTGGACACAAGACCAGCAGAATGTGGTGGGCAGGCTTCACAAACAGGCTTTTTAGAGATTGCATGAAAACATGTCTTCTTAATAATGTTTAATGAATTGTAGATTCAGATGTTAGGATTGATTCACATTTTAGTTCGTAAACAATTTTggacagctgtttttttttccaccaatcTAAACTTACACATGTATGTTTGATAGTCTACATTTTTTCATGGAAGTAAGTTGCTATACCTGGTTTGTAAATGAATTTGTgataaaataaagtgaatttagG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00005835 False 3159 lncRNA 0.38 4 11652594 11665963
TCONS_00005836 True 3014 lncRNA 0.38 3 11652749 11665963

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_001960 NA coding upstream 133855 11513386 ~ 11518739 (+)
XLOC_001958 cwc27 coding upstream 151170 11398111 ~ 11501424 (+)
XLOC_001959 BX640403.1 coding upstream 153785 11498693 ~ 11498809 (+)
XLOC_001957 cops4 coding upstream 280053 11355841 ~ 11372541 (+)
XLOC_001955 NA coding upstream 340252 11260154 ~ 11312342 (+)
XLOC_001962 ppwd1 coding downstream 101828 11767791 ~ 11788565 (+)
XLOC_001963 CR925713.2 coding downstream 108442 11774405 ~ 11774519 (+)
XLOC_001964 NA coding downstream 260110 11926073 ~ 11927986 (+)
XLOC_001965 NA coding downstream 262126 11928089 ~ 11929132 (+)
XLOC_001966 CR388225.1 coding downstream 667290 12333253 ~ 12333369 (+)
XLOC_001954 CR931761.1 non-coding upstream 536624 11115854 ~ 11115970 (+)
XLOC_001943 NA non-coding upstream 1356805 10288148 ~ 10295789 (+)
XLOC_001971 NA non-coding downstream 1632761 13298724 ~ 13304277 (+)

Expression


Co-expression Network