LOC118965227


Basic Information

Item Value
gene id LOC118965227
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 3822517 ~ 3826226 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005052490.1
GTACATAAGGAAGGAGATTGTCAAGGACGAATCTAAGCACCACTACCTCGGCTTAGCAATACAATATGTTTCTAAAGTGCTTTACAGAGGCGCTAACTCACACGACGACACTGTAGATTTCAGTCAGTGGGTTCAGAGACACACCTAAACTACCCTGGACTAAATCACACACGTGAACTCTCCAACAAACTGTCACCGGTCACATTTACAGTGTATCTTTCCAAAAGGTCCGTCTGAAGAGACACACAAAGCCAGAGAACTGCCTCACTAATACTCCTAGAACTAGAGAAACCTGGTGGTCGGTCGGTCAGTACGGTCGGTCAGTGGCACATATCTGGTGACGACTCCAGAGgtgagctgtctgtctggtcagcTATTTTCAGTTAAGGTTACGGTCAGGAGGAGTCTGGATGGACAGGAGGGTTAGGAGGAGTCTGGATGAACAGGAGTGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAGGAGGGTTAAGGTCAGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTTGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcatgagggttaaggttaggaggagTCTGGATGGTCAGGATGGTTAGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGATGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTCAGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTcaggagggttaaggttaggagatgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTCAGGAGGAGTCTGGATGAACAGGAGTGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAGGAGGGTTAAGGTCAGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTATCTGGTTGGTcatgagggttaaggttaggaggagTCTGGATGGTCAGGATGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTTGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcatgagggttaaggttaggaggagTCTGGATGGTCAGGATGGTTAGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGATGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTCAGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTcaggagggttaaggttaggagatgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGATGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTcaggagggttaaggttaggagatgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGATGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGTAGGTTAGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGAGGGATAAGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcatgagggttaaggttaggaggagTCTGGATGGTCAGGATGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGGGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTCAGGAGGGTTAGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTCAGGAGGGTTAAGTTTGGGAGGTGTATGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTGAGGAGGGTTAAGTTTGGGAGGTGTCTGGATGGTcaggagggttagggttgggaggtgtCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCATGAGGGTTGGGAGGTGTCTGGGTGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCAGGAGGGTTAAAGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGTGTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGACTGGATGGTGAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGCGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCA
>TU3359
ttttacatttatttggtATATTAATATTTTGTCTTTATTTCATTCCCACAAACACCTGGGTACAtcctaaattgcaccctatttccccatatagtgcactacttttaaccagagtgCTATGggcctttttttgtgtgtgttgtgggaaAGGGTCGAGAGCCAAggacacccctccctccctccctccctccgttcgtTCTACCATGTTAACCCTCTATTGAGAGATGGGCTGGGACCTTGTGGAACCGTCACAGAAtcacagagaggatgacagattTTCTGGCACTAACAGATTATtttttattccctctctctcagggagGGATGCAGTCACACCTTAACCCTGAGGAGAGAGACCCCGCCCACACACTGCTGACTGAGAGAAGATGTACCATGTTCTCGTCAACAAATGAGGACAGCATCTGAGCCATTGAAGAATGAGGTTTtgaatatttaaaaataaaaatatatatatatttctatgtTTACAAACATAGTTACATTCCATCTTGGGTTTATATGGATGATATCACAGGAGGCAAACTGTCAATAAAAACAATGACTGCTACAGCACCGCCAAAAACACATTCCACATCCAGAAAAACAGACGTTGAAACGGGTACATAAGGAAGGAGATTGTCAAGGACGAATCTAAGCACCACTACCTCGGCTTAGCAATACAATATGTTTCTAAAGTGCTTTACAGAGGCGCTAACTCACACGACGACACTGTAGATTTCAGTCAGTGGGTTCAGAGACACACCTAAACTACCCTGGACTAAATCACACACGTGAACTCTCCAACAAACTGTCACCGGTCACATTTACAGTGTATCTTTCCAAAAGGTCCGTCTGAAGAGACACACAAAGCCAGAGAACTGCCTCACTAATACTCCTAGAACTAGAGAAACCTGGTGGTCGGTCGGTCAGTACGGTCGGTCAGTGGCACATATCTGGTGACGACTCCAGAGgtgagctgtctgtctggtcagcTATTTTCAGTTAAGGTTACGGTCAGGAGGAGTCTGGATGGACAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTCAGGAGGAGTCTGGATGAACAGGAGTGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAGGAGGGTTAAGGTCAGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTATCTGGTTGGTcatgagggttaaggttaggaggagTCTGGATGGTCAGGATGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTTGGAGGAGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcatgagggttaaggttaggaggagTCTGGATGGTCAGGATGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGGGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTCAGGAGGGTTAGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTCAGGAGGGTTAAGTTTGGGAGGTGTATGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTGAGGAGGGTTAAGTTTGGGAGGTGTCTGGATGGTcaggagggttagggttgggaggtgtCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCATGAGGGTTGGGAGGTGTCTGGGTGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAGGAGGTGTCAGGAGGGTTAAAGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGTGTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGTTGGTcaggagggttaaggttaggaggtgTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGACTGGATGGTGAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGCGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTGAGGAGGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGCGTCTGGATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGAATGGTCAGGAAGGTTAAGGTTGGGAGGTGTCTGGATGGCCCAGGTATTTAGAAACAGTCCTGACATTGTCCTGTCTCATGCCCTGGATGTGAGCATCTAGTCTCTGGAGCAGCTCCTGGGAGCGCAGGTTCTCCTCCTCCAGGTACCGGGAAGCCACCGAGCCA

Function

NR:

description
centrosomal protein of 63 kDa

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005052490.1 False 2696 mRNA 0.54 2 3823136 3825865
TU3359 True 2711 lncRNA 0.37 3 3822517 3826226

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
bcl6aa LOC106574104 coding upstream 198554 3602663 ~ 3624582 (+)
LOC118966170 NA coding upstream 422988 3399426 ~ 3400148 (+)
LOC110531937 LOC106574099 coding upstream 1242828 2538334 ~ 2580308 (+)
zbtb11 LOC106560622 coding upstream 1564811 2212135 ~ 2258325 (+)
dpt LOC106574207 coding upstream 1630241 2176672 ~ 2192895 (+)
trnap-cgg NA coding downstream 21758 3847623 ~ 3847694 (+)
trnap-ugg NA coding downstream 22023 3847888 ~ 3847959 (+)
im:7152348 LOC106573986 coding downstream 22652 3848517 ~ 3853009 (+)
agxta LOC105025628 coding downstream 1122862 4948727 ~ 4957086 (+)
LOC110526525 LOC106613452 coding downstream 1838306 5664171 ~ 5767693 (+)
G2585 NA non-coding upstream 8931 3813916 ~ 3814205 (+)
G2570 NA non-coding upstream 42458 3780289 ~ 3780678 (+)
G2559 NA non-coding upstream 58539 3756223 ~ 3764597 (+)
G2426 NA non-coding upstream 150634 3650116 ~ 3672502 (+)
G2514 NA non-coding upstream 182181 3632338 ~ 3640955 (+)
G2958 NA non-coding downstream 39136 3865001 ~ 3865275 (+)
G2963 NA non-coding downstream 41869 3867734 ~ 3871079 (+)
G2971 NA non-coding downstream 55030 3880895 ~ 3881979 (+)
G2978 NA non-coding downstream 68226 3894091 ~ 3894468 (+)
G2979 NA non-coding downstream 70723 3896588 ~ 3906272 (+)
G2464 NA other upstream 319555 3503269 ~ 3503581 (+)
G2343 NA other upstream 606902 3214697 ~ 3216234 (+)
G2016 NA other upstream 1177967 2644335 ~ 2645169 (+)
G998 LOC106576565 other upstream 1559571 2258883 ~ 2305334 (+)
G961 NA other upstream 1743533 2078898 ~ 2079603 (+)
G3176 NA other downstream 349458 4175323 ~ 4178073 (+)
G3234 NA other downstream 573039 4398904 ~ 4399444 (+)
G3351 NA other downstream 614101 4439966 ~ 4441908 (+)
G3596 NA other downstream 1028656 4854521 ~ 4856248 (+)
G3597 NA other downstream 1030660 4856525 ~ 4857065 (+)
G2525 NA non-coding upstream 185463 3636668 ~ 3637054 (+)

Expression


Co-expression Network