LOC110494078 (LOC106573895)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110494078
gene name LOC106573895
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 17273600 ~ 17313926 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036955861.1
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>TU18649
ACAAATCCTCCCCATGTTTGCTCTTACGGTTGCCGGTTGCAACGACATCTCACTAGATATAATCAGATAAGGCCTCTTAAAATATAGGGTAGGATCTGCAATTGTGTTTTCATCACTTACATGGGCCCGCAATCGTTGGGTTTCATCTTGTGCCAATGCTGTTTTTAAATGTATCTTAACTAATGAAAAACATATTCAACAGATGCTTATAAGCTTAAGCAAATGTGACAATGTAAACATGGAAAATGCAAATACCCAAACTAGATGGCCATAATTCTCCTTTGCATGTATATCCAGATTGAATGCCTCCTGAAAATCTGAAGGATACAAACTCCTCAGAAACCTGTTGAACTTGTCACTGTGAGATCACCTGATTTTGCCTTACATATTGAGTATTGTACTGTTTTTAAGTGTAACTAATGTGACAGTGTATTTTCTTAACTTCTAACATTTTCTTGTATTTGAGAGGAATTTTAAATCCTAGTCAGTGACAATATTTGTGGTTATGTAGTGTAAAGTTTGACAAATCACTGTACTGTATTTTGTACTGGTACACTTTCTAAATGAGTTATGggtgttttgtaaaaaaaaaaaaaaaaggaaatgttGATTTCAAATTTGTGATGGAGAGTGCAAATATGGGGAGGCTTTCTTCTCCTTAAAGGGAAACTTACAAacacaaatacaattattttggTAGACAATTGTTATGATAAAAAAACAATGTTACTTAGAATTCATATTTGGTTCTTCCCTCCAGATTAGGGTCTGGTAGAAAActatttgaaccattccattttaTGCTCATAGCTAAATGAGTCCCACAACACATGTAGAACTTTGCAAAAGAGGTTAAAATGGGCAGAGTTTTCGTCTATACGCTAACTTGTAGAGCTGAAATACTTAAACTTTTTATTTTACTCTATCTTCCCCTCTGTTTCATATTCTGACATTTCCGTTTTGAAAACTAATATAGCGAGATGGAAGTAAGTGAAGAGCAACTTGGCTAAATAGGATGTTTCCTTATATGGGCTGAGAATGTGTCAACCATTTAGTGTCAAGTGTCAACCATTTATAAAGAAcacaatattacatttttttgtttttctcttaacatttgacatttttatacGGTAGCTATGTTTGATCATGtttctactgtactgtgtgtgtgtatatacagaaAATGTTAATGTTACTTTTTAACTAAATCCCAATGTGGGAAGAGGCATAGTTCGCCAACTATGAGTTAATGATAAgtacaaatatatatttgagaAATAATATTTGATTCTTACGCAAATCGGAAATGAGAAATCATACcattgcatcactagaatatgTAGAAATGCACCGTTCTACAAAAAACTGTTTAAGCCAAACTGCAATACTCCAGTATGCTACTTTCTTACAGTGCCATCCAGATTAATTCGCTGCAAattatttttattcatttttgtttCTGAACATTTTCCAAAATGTGCATTCTGATATCCTGTACATAGGCTATAGCTGAAACAAAATGACCGCATGACAAAAATGGAAGTGACCCTCAGAAAAAGGCCTTCAAATCAAGTATTTGgtcacacatatttagcagatgttattgcgggtgtagcgaaatgctcatTTTCTATACAGTATTGATTTAAATTGAGCTCTACAATGTAGTAAAAACAGAAAACACCACATAAAAAATTATGCATGTGTCAGTTGTTCCTAATGATTCATGTAAATGGTTACTTTTCAGATGACTGTGTTGCCTCCATTTATGCATAATGCTAGCGCATTGCTGAAATAGGAATGTATTTGTTTACGGTCTTGGAATGTCTGTTTCAACAAATGACATAAGTCAAAAGCATTTTTCTTGAATATCTCTTACTACCATCCATTTGTTGTTCAATTGAATTGGCTGTTAATTGCTTTTGAACCTAGTTCTTCACTGTAGCACTTCACTGTGGGTTTTAAATAGTTGTTCCTGTAAGGCGAACCTATTATGAATCCCATCTTCATAACAGACATTTTTTAAAGTGGTAGTTCACTCCAAAGATCGAAGATTTCAGCTCtcatagttgtctaatgttgagaTGAAACCATTTCAAAAAGAGGGTTGAGTTAAGGAGCCAACTTCTTTCAAATTCTTAATCAACTTTGAATTTCCTGATGCAGAAAAAGTTTTCTAGCCTAATCAGAAACCGGCTTAATTGCAGGATAACCCATATCTTGAACGTGGAAATTCACATTGCGTTCTCCtcaaataatcaaatcaaaacGATGGATGTGGATAAAAGCCAAATAGTTGATGTGATTTATAGCATGCATGTTGTAATTAGTTTGATGCAACTTTTTGTCTTCAAATGACCACCCAAATTACTGAGCTACAAGTGTGAACTGAAAGGGAAAAATGATGGAATCAGATGTTGTGCATCTTTTCCATTCCTTTAAGACTGAGGCATACACTGAATAGCTGGAGCTACAGAACATTAGGCTTGGGCCATGGACTCCCCTTGACATTAGACCACAATATAACATCTTTGGAGAAATTTAGATTTTGGAGTGAACTGTCACTTTACTGGCCTGGCAAGAGTGAAAACAAAAACAGTTTCACTAAATATGTCGCTTACAGTAGCGGTCAAACTTGCCACTGTTTACGATCTTTAAAAAATAAGTTGAAATTGGAAAAACTATTGGTTTTCAAGTGTATTTGTTTGAtttacaaccacatgaccaagaGAGAAAATGAAATTGAGACTTTTAACTTAAGTCAAAAAATTGGTGGACTGAATTATTCAAAATTCAAATGAATTTGGTTGGAGGCAAGTGATTTCTCTTTTACTGTGTCATTTTTCACCTGTGGTAAGTTGCAGGTGCCTACAgggtaaaaaataaacattcaaaCCATTTTGAAAAGAGAACATTCTGCTCCATTGCACTCAATTGTAAAGTGCCTATATATTTGACTGTACTCTATTTGCAGTAAAATTTGACTGTCAAGAGAGCTTACTGTCAGTTGCATGACATGACAGATGTTATAAGTAGTCCCTACTGCTGATACGGGTTTATTGAAAATGATTCAGCACTATCATGTTAACTTCAGCAGTATGTGTATGAcctatggctagctagctaacataaattGAGGCATGTTTTGAAATCAATTCTAAACACATATCAGTTACTGTGACTGCATACAGTAAGACATATTCTATGTAAGGTTTAACAAACATGTTTGTATTGTATGTGTTCGTTCTTATTCTGTTGCTTTCTCACTTTAGTTATGGTCACCTGCCTTGTGAACAGTGACTGTTCTGTCAATGCTGACTGTTTTACCCCAAGTTTGAAGAAAGCGTATATTCTTTTATTTTTGTAAAGCCGGTCATTTTAAATGTGACTTGCATCTATATTCCTTATTTTGGGATGCAAAACCAGAAAGGGCTTATTCCAATGCAGCTTGTTTTCCCAACatgttaaaaaaaagaaatagcACTCGATGTATTGTCGATCAATATACCATACTGCTCTGCATATGCATGGGAAGTGGAAATCTAATAAGGTGATGTGGACTCCTGTGTTGACAGTAGTAATTGAAATCAACTGACTGAAGTGAGAATGTTATCTTGATTCTCACTAAGTATACTGTCACTGCCTGAGGACCTGTCACCACAAATTCCCTCAACTAATAAGGTAAACATTGAGCAATTGCAAAGGAACTTAATCTCAAGTCAATTGTTACCCATACTTTAAATGCATTAGTATGAATCCATATAATTGCCTCCTCTAGGACCGTTGATGTTGGAAAACCTAAAATGACACTTTTGGAAAGTATTTCCAGTTAGTAATGTAAAGAAAATCTCTTCTTGGTCATCTTTAAGTGGATATCACATATTTAACCATTGTCCTGTAAATCATATTCTGAgatgtatttttttgttgctatGTGAAACTACGTATGTGGCCCATTTGTAAGATGAAACTTGAATGTGGGTGGCATCTTTTTCCTGTACATagtctcaatatcaaataaaatTCATTTTCACCAAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036955861.1 False 6443 mRNA 0.40 13 17273600 17313926
TU18649 True 4041 lncRNA 0.37 1 17309885 17313925

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
klhl26 LOC106573902 coding upstream 1550 17263953 ~ 17272050 (+)
LOC110493709 LOC106573901 coding upstream 17340 17244353 ~ 17256260 (+)
LOC110493316 LOC106573897 coding upstream 137235 16982509 ~ 17136370 (+)
LOC110493012 NA coding upstream 292773 16976867 ~ 16980827 (+)
LOC110492876 LOC106613263 coding upstream 307743 16962997 ~ 16967790 (+)
smim7 LOC106573893 coding downstream 30456 17344382 ~ 17347870 (+)
LOC110494277 LOC106573893 coding downstream 34522 17348448 ~ 17356979 (+)
slc35e1 LOC106573890 coding downstream 53123 17367049 ~ 17384408 (+)
LOC110494533 LOC106573888 coding downstream 106470 17420396 ~ 17436449 (+)
pex11g pex11g coding downstream 122863 17436789 ~ 17439767 (+)
G15865 NA non-coding upstream 15773 17257428 ~ 17257827 (+)
G15891 NA non-coding upstream 32983 17240391 ~ 17240617 (+)
G15743 NA non-coding upstream 300232 16973141 ~ 16973368 (+)
G15717 NA non-coding upstream 303377 16969905 ~ 16970223 (+)
G15928 NA non-coding downstream 640 17314566 ~ 17314970 (+)
G15909 NA non-coding downstream 43775 17357701 ~ 17358053 (+)
G15942 NA non-coding downstream 45243 17359169 ~ 17360106 (+)
LOC110492606 LOC106573909 other upstream 353191 16916482 ~ 16920945 (+)
LOC118941201 NA other upstream 692718 16578956 ~ 16592967 (+)
LOC110490510 LOC106573976 other upstream 1557918 15694810 ~ 15716774 (+)
sass6 sass6 other upstream 1805612 15447458 ~ 15468011 (+)
LOC110495874 LOC106573877 other downstream 340281 17654164 ~ 17673094 (+)
ccdc124 cc124 other downstream 662038 17975918 ~ 17991176 (+)
G17420 NA other downstream 1568797 18882723 ~ 18956208 (+)
G18481 NA other downstream 2250923 19564849 ~ 19565221 (+)
LOC110502506 LOC106573550 other downstream 2254859 19568684 ~ 19575028 (+)

Expression


Co-expression Network