LOC118945319


Basic Information

Item Value
gene id LOC118945319
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 21085298 ~ 21089250 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005040481.1
TAATTTTTACATTAAAAATAGTTATTACAATCAATGATATGAGCATTATATGGATACAAGTATGAAGTTGAAGTGCAAAGGCGTACAAAATCTTGAGCAAAATGAAATatattacttttaaattcattACTCTAAATGATCCCTTAGGGCCTCAACCAATATCCACATAACACTAGTTAAAACATATTTCATTTTGATCTAATAAaactattcaaaataaaaaatccaCCTTGTATTAACTCACCTTTCCATGTTAAGACTCCACCTTACCTGTCCACAAATAAAAACTAGGTGATCAACTAAATCCTCCGGTCTTTTTACTGACCCTTATTCCAATCACAGAGGAGGCTTTACCTCTTCTCTGTgtctggtcaggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTGttcaggtcaggtctggtctggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtcaggtcaggtctggtctggtcaggtcaggtctggtcAGTTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTGttcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcaggtctggtcaggaCATTATGctggtcaggtcaggtctggtcAGACC
>TU23821
AGCTTTTATTTTTGCAAATACGTtcactttatttgtattttttaccaCAAAATAATGAAATATGCAGCATCCCTTAATTTTTACATTAAAAATAGTTATTACAATCAATGATATGAGCATTATATGGATACAAGTATGAAGTTGAAGTGCAAAGGCGTACAAAATCTTGAGCAAAATGAAATatattacttttaaattcattACTCTAAATGATCCCTTAGGGCCTCAACCAATATCCACATAACACTAGTTAAAACATATTTCATTTTGATCTAATAAaactattcaaaataaaaaatccaCCTTGTATTAACTCACCTTTCCATGTTAAGACTCCACCTTACCTGTCCACAAATAAAAACTAGGTGATCAACTAAATCCTCCGGTCTTTTTACTGACCCTTATTCCAATCACAGAGGAGGCTTTACCTCTTCTCTGTgtctggtcaggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTgttcaggtcaggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTgttcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtcaggtctggtctggtcaggtcagGACATTATGCAGGTCTGGTCAGTTttggtcaggtctggtcaggtcaggtcaggacaTTATGCAGGTCTGGTCagttctggtcaggtctggtcaggtctggtcaggaCATTGATGCTTGATCCGTTCACTGCATTGCCATTGTAGCCTCAGCATCTGAAAATACACAAGACAACAGAAGAATCTGATTAGGACAATGAACATTTCTACATGGACAGTAAACCTGTTCAAATCCAAACATCTAAAACATCAGCACGCGTTGATTGACAGTTTAGTGCCCTCAGATCATGTACACACGTGCAGTgtgacgttgtgtgtgtgtgtcatctccC
>TU23826
AGCTTTTATTTTTGCAAATACGTtcactttatttgtattttttaccaCAAAATAATGAAATATGCAGCATCCCTTAATTTTTACATTAAAAATAGTTATTACAATCAATGATATGAGCATTATATGGATACAAGTATGAAGTTGAAGTGCAAAGGCGTACAAAATCTTGAGCAAAATGAAATatattacttttaaattcattACTCTAAATGATCCCTTAGGGCCTCAACCAATATCCACATAACACTAGTTAAAACATATTTCATTTTGATCTAATAAaactattcaaaataaaaaatccaCCTTGTATTAACTCACCTTTCCATGTTAAGACTCCACCTTACCTGTCCACAAATAAAAACTAGGTGATCAACTAAATCCTCCGGTCTTTTTACTGACCCTTATTCCAATCACAGAGGAGGCTTTACCTCTTCTCTGTgtctggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTgttcaggtcaggtcaggtctggtctggtcaggtcaggtctggtcAGTTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTGttcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcaggtctggtcagatcTGGTCAGGACATTATGCTGgtctggtcaggtcaggtctggtcaggtctggtctggtcaggtcaggtcaggacaTTATGCTGGTCAGGTCAGGGCAGgtctggtcaggtcaggtctggtcaggtctggtctggtcaggtcagGACATTATGCAGGTCTGGTCAGTTttggtcaggtctggtcaggtcaggtcaggacaTTATGCAGGTCTGGTCagttctggtcaggtctggtcaggtctggtcaggaCATTGATGCTTGATCCGTTCACTGCATTGCCATTGTAGCCTCAGCATCTGAAAATACACAAGACAACAGAAGAATCTGATTAGGACAATGAACATTTCTACATGGACAGTAAACCTGTTCAAATCCAAACATCTAAAACATCAGCACGCGTTGATTGACAGTTTAGTGCCCTCAGATCATGTACACACGTGCAGTgtgacgttgtgtgtgtgtgtcatctccC
>TU23813
AGCTTTTATTTTTGCAAATACGTtcactttatttgtattttttaccaCAAAATAATGAAATATGCAGCATCCCTTAATTTTTACATTAAAAATAGTTATTACAATCAATGATATGAGCATTATATGGATACAAGTATGAAGTTGAAGTGCAAAGGCGTACAAAATCTTGAGCAAAATGAAATatattacttttaaattcattACTCTAAATGATCCCTTAGGGCCTCAACCAATATCCACATAACACTAGTTAAAACATATTTCATTTTGATCTAATAAaactattcaaaataaaaaatccaCCTTGTATTAACTCACCTTTCCATGTTAAGACTCCACCTTACCTGTCCACAAATAAAAACTAGGTGATCAACTAAATCCTCCGGTCTTTTTACTGACCCTTATTCCAATCACAGAGGAGGCTTTACCTCTTCTCTGTgtctggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTgttcaggtcaggtcaggtctggtctggtcaggtcagGACATTATGCAGGTCTGGTCAGTTttggtcaggtctggtcaggtcaggtcaggacaTTATGCAGGTCTGGTCagttctggtcaggtctggtcaggtctggtcaggaCATTGATGCTTGATCCGTTCACTGCATTGCCATTGTAGCCTCAGCATCTGAAA
>TU23814
AGCTTTTATTTTTGCAAATACGTtcactttatttgtattttttaccaCAAAATAATGAAATATGCAGCATCCCTTAATTTTTACATTAAAAATAGTTATTACAATCAATGATATGAGCATTATATGGATACAAGTATGAAGTTGAAGTGCAAAGGCGTACAAAATCTTGAGCAAAATGAAATatattacttttaaattcattACTCTAAATGATCCCTTAGGGCCTCAACCAATATCCACATAACACTAGTTAAAACATATTTCATTTTGATCTAATAAaactattcaaaataaaaaatccaCCTTGTATTAACTCACCTTTCCATGTTAAGACTCCACCTTACCTGTCCACAAATAAAAACTAGGTGATCAACTAAATCCTCCGGTCTTTTTACTGACCCTTATTCCAATCACAGAGGAGGCTTTACCTCTTCTCTGTgtctggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTgttcaggtcaggtcaggtcaggtctggtctggtcaggtcaggtctggtcaggtcaGATCTGGCCAGGACATTATGctggtcaggtcaggtctggtcaggccaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtcattatgctggtcaggtcaggtcagttcaggtctggtctggtcaggtcaggtcaggtcaggtcagatctggtcagGACATTATGCTGgtctggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtcaggacaTTATGCAGGTCTGGTCagttctggtcaggtctggtcaggtctggtcaggaCATTGATGCTTGATCCGTTCACTGCATTGCCATTGTAGCCTCAGCATCTGAAA
>TU23817
AGCTTTTATTTTTGCAAATACGTtcactttatttgtattttttaccaCAAAATAATGAAATATGCAGCATCCCTTAATTTTTACATTAAAAATAGTTATTACAATCAATGATATGAGCATTATATGGATACAAGTATGAAGTTGAAGTGCAAAGGCGTACAAAATCTTGAGCAAAATGAAATatattacttttaaattcattACTCTAAATGATCCCTTAGGGCCTCAACCAATATCCACATAACACTAGTTAAAACATATTTCATTTTGATCTAATAAaactattcaaaataaaaaatccaCCTTGTATTAACTCACCTTTCCATGTTAAGACTCCACCTTACCTGTCCACAAATAAAAACTAGGTGATCAACTAAATCCTCCGGTCTTTTTACTGACCCTTATTCCAATCACAGAGGAGGCTTTACCTCTTCTCTGTgtctggtcaggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTgttcaggtcaggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTgttcaggtcaggtcaggtctggtctggtcaggtcagGACATTATGCAGGTCTGGTCAGTTttggtcaggtctggtcaggtcaggtcaggacaTTATGCAGGTCTGGTCagttctggtcaggtctggtcaggtctggtcaggaCATTGATGCTTGATCCGTTCACTGCATTGCCATTGTAGCCTCAGCATCTGAAA
>TU23832
AGCTTTTATTTTTGCAAATACGTtcactttatttgtattttttaccaCAAAATAATGAAATATGCAGCATCCCTTAATTTTTACATTAAAAATAGTTATTACAATCAATGATATGAGCATTATATGGATACAAGTATGAAGTTGAAGTGCAAAGGCGTACAAAATCTTGAGCAAAATGAAATatattacttttaaattcattACTCTAAATGATCCCTTAGGGCCTCAACCAATATCCACATAACACTAGTTAAAACATATTTCATTTTGATCTAATAAaactattcaaaataaaaaatccaCCTTGTATTAACTCACCTTTCCATGTTAAGACTCCACCTTACCTGTCCACAAATAAAAACTAGGTGATCAACTAAATCCTCCGGTCTTTTTACTGACCCTTATTCCAATCACAGAGGAGGCTTTACCTCTTCTCTGTgtctggtcaggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTgttcaggtcaggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTGttcaggtcaggtctggtctggtcaggtcaggtcaggtctggtctggtctggtctggtcaggtctggtcaggtctggtcaggtctggtcaaaTCTGGTCAGGACATTatgctggtctggtctgatctgaTCAGATCATTATgctggtcaggtcaggtcaggtcaggtcaggtgagGTCAGGATATTATgctggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaTTATGctggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtcaggacaTTATGCTGGTCAGGTCAGGGCAGgtctggtcaggtcaggtctggtcaggtctggtctggtcaggtcagGACATTATGCAGGTCTGGTCAGTTttggtcaggtctggtcaggtcaggtcaggacaTTATGCAGGTCTGGTCagttctggtcaggtctggtcaggtctggtcaggaCATTGATGCTTGATCCGTTCACTGCATTGCCATTGTAGCCTCAGCATCTGAAA
>TU23833
AGCTTTTATTTTTGCAAATACGTtcactttatttgtattttttaccaCAAAATAATGAAATATGCAGCATCCCTTAATTTTTACATTAAAAATAGTTATTACAATCAATGATATGAGCATTATATGGATACAAGTATGAAGTTGAAGTGCAAAGGCGTACAAAATCTTGAGCAAAATGAAATatattacttttaaattcattACTCTAAATGATCCCTTAGGGCCTCAACCAATATCCACATAACACTAGTTAAAACATATTTCATTTTGATCTAATAAaactattcaaaataaaaaatccaCCTTGTATTAACTCACCTTTCCATGTTAAGACTCCACCTTACCTGTCCACAAATAAAAACTAGGTGATCAACTAAATCCTCCGGTCTTTTTACTGACCCTTATTCCAATCACAGAGGAGGCTTTACCTCTTCTCTGTgtctggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTgttcaggtcaggtcaggtcaggtctggtctggtcaggtcaggtctggtctggtcAGACCAGGTTGTATGCTgttcaggtcaggtcaggtctggtctggtcaggtcagGACATTATGCAGGTCTGGTCAGTTttggtcaggtctggtcaggtcaggtcaggacaTTATGCAGGTCTGGTCagttctggtcaggtctggtcaggtctggtcaggaCATTGATGCTTGATCCGTTCACTGCATTGCCATTGTAGCCTCAGCATCTGAAA
>TU23816
AGCTTTTATTTTTGCAAATACGTtcactttatttgtattttttaccaCAAAATAATGAAATATGCAGCATCCCTTAATTTTTACATTAAAAATAGTTATTACAATCAATGATATGAGCATTATATGGATACAAGTATGAAGTTGAAGTGCAAAGGCGTACAAAATCTTGAGCAAAATGAAATatattacttttaaattcattACTCTAAATGATCCCTTAGGGCCTCAACCAATATCCACATAACACTAGTTAAAACATATTTCATTTTGATCTAATAAaactattcaaaataaaaaatccaCCTTGTATTAACTCACCTTTCCATGTTAAGACTCCACCTTACCTGTCCACAAATAAAAACTAGGTGATCAACTAAATCCTCCGGTCTTTTTACTGACCCTTATTCCAATCACAGAGGAGGCTTTACCTCTTCTCTGTgtctggtcaggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTgttcaggtcaggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTGttcaggtcaggtctggtctggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtcaggtctggtcAGTTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTGttcaggtcaggtctggtctggtctgg
>TU23820
AGCTTTTATTTTTGCAAATACGTtcactttatttgtattttttaccaCAAAATAATGAAATATGCAGCATCCCTTAATTTTTACATTAAAAATAGTTATTACAATCAATGATATGAGCATTATATGGATACAAGTATGAAGTTGAAGTGCAAAGGCGTACAAAATCTTGAGCAAAATGAAATatattacttttaaattcattACTCTAAATGATCCCTTAGGGCCTCAACCAATATCCACATAACACTAGTTAAAACATATTTCATTTTGATCTAATAAaactattcaaaataaaaaatccaCCTTGTATTAACTCACCTTTCCATGTTAAGACTCCACCTTACCTGTCCACAAATAAAAACTAGGTGATCAACTAAATCCTCCGGTCTTTTTACTGACCCTTATTCCAATCACAGAGGAGGCTTTACCTCTTCTCTGTgtctggtcaggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcagtTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTGttcaggtcaggtctggtctggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtctggtctggtctggtcaggtctggtcaggtcaggtcaggtctggtcaggtcaggtcaggtctggtcAGTTCAGGACATTAtgctggtcaggtctggtcaggtcaGACCAGGTTGTATGCTGttcaggtcaggtctggtctggtctgg

Function

NR:

description
PREDICTED: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, liver type-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005040481.1 False 731 mRNA 0.44 4 21087368 21089176
TU23821 False 1054 TUCP 0.43 4 21085298 21089250
TU23826 False 1178 TUCP 0.52 5 21085298 21089250
TU23813 False 751 lncRNA 0.42 4 21085468 21089250
TU23814 False 940 TUCP 0.45 6 21085468 21089250
TU23817 False 859 TUCP 0.42 4 21085468 21089250
TU23832 False 1149 TUCP 0.39 5 21085468 21089250
TU23833 False 822 lncRNA 0.43 6 21085468 21089250
TU23816 False 854 TUCP 0.53 2 21086177 21089250
TU23820 True 756 lncRNA 0.51 3 21086177 21089250

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110532071 LOC106573588 coding downstream 82159 20988056 ~ 21005209 (-)
tmem221 LOC106573585 coding downstream 154916 20927809 ~ 20932452 (-)
rfxank rfxank coding downstream 164435 20919626 ~ 20922933 (-)
LOC110506380 NA coding downstream 185329 20885537 ~ 20902039 (-)
LOC110532063 ncan coding downstream 244457 20586586 ~ 20842911 (-)
LOC110507379 LOC106573593 coding upstream 39011 21128187 ~ 21133777 (-)
LOC110511465 LOC106573796 coding upstream 103168 21192344 ~ 21193157 (-)
LOC118945781 NA coding upstream 143606 21232782 ~ 21242022 (-)
LOC110507674 LOC105011525 coding upstream 268559 21357735 ~ 21362790 (-)
cirbp LOC106573597 coding upstream 273816 21362992 ~ 21368888 (-)
G20419 NA non-coding downstream 7284 21074899 ~ 21080084 (-)
G20307 NA non-coding downstream 224175 20862022 ~ 20863193 (-)
G20299 NA non-coding downstream 234485 20852451 ~ 20852883 (-)
G20273 NA non-coding downstream 277783 20809355 ~ 20809585 (-)
G20272 NA non-coding downstream 279255 20807885 ~ 20808113 (-)
G20423 NA non-coding upstream 5147 21094323 ~ 21094522 (-)
G20425 NA non-coding upstream 31726 21120902 ~ 21121351 (-)
G20456 LOC106573594 non-coding upstream 85308 21174484 ~ 21175171 (-)
G20557 NA non-coding upstream 221629 21310805 ~ 21312539 (-)
G20666 NA non-coding upstream 268032 21357208 ~ 21357457 (-)
G20266 NA other downstream 287360 20799120 ~ 20800008 (-)
LOC110502937 ccl25 other downstream 1454751 19630376 ~ 19633058 (-)
mydgf LOC106573827 other downstream 2201716 18876547 ~ 18888907 (-)
LOC110497762 LOC106573859 other downstream 2692508 18390123 ~ 18450517 (-)
LOC110497564 LOC106573866 other downstream 2992430 18089520 ~ 18098678 (-)
LOC110507736 LOC106573601 other upstream 446757 21535882 ~ 21565723 (-)
G21993 NA other upstream 1292694 22381870 ~ 22382208 (-)
G22350 LOC106573623 other upstream 1750669 22839845 ~ 22843305 (-)
G23394 NA other upstream 2534850 23624026 ~ 23624349 (-)
LOC110511130 LOC106573631 other upstream 2733524 23821656 ~ 23861029 (-)

Expression


Co-expression Network