LOC110511054


Basic Information

Item Value
gene id LOC110511054
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 23787493 ~ 23793379 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_002471667.2
GTCATTAAAATTAGACCATTCGCTCCAATAAGAATCTCATGCAAATGAACAGAACAATGTTATAGAAAAAACTATTCTAAGAGACATGTATAGCCTAGTGTAGGTCTAGCCTGCTGATAAGGTCCGCATTTTTACAACTAAAGCTACTGGCTACCATTTATCTCATTCTAAAATACATCCTCTATAGGACTTTTGTTGTGAAAGATGGGTTTTTATGTCTCTCCTTCGTAAGGTGACGTCACGCTCATGAAATTGACAGGCCACCTGTGGGGACGAATCGGGATTTAAATGGATATGCCCATCATAAAAACTGTAGGTTGTGATACGGCACATGGCAGAAAGATGCACAGTCAATACTTTCGATTCCAGTTCCAGAGGCGGCGCAGACAGCATCTGCAAGATATGTACGTGGGACGAGTGGTCAAACCGCAATAGTTCATGTCGGGAGGGATGCTGATCATATCAACAGCGATCCCCCATGGAGCAGCAGGGAGACTGAGACCCCTGTTTGATCTGGCCTTGTTACTGGCGTCTGAAGGATGAACGCTCCGCTCCGCACAACACAAAATGATCCAGGGTGAGAGAGAGCTTGCAAAATCTTCTCTCCTCCCAATGGCgaaatgtgtataattgcagcaacttgctttaaaactgcaacattttctctacgccccattgcaaaatgtgtaaaattacAGGAAATGAACTAAAAAACGTTTGTTTTCTCTCCTCCGTCAAAAGGCTGTAAACGTGTTTGTCTAAGGTGTTTTGTATAGAAATGATTTAACCTAACACAAAGTGACATTTAAAGTGCCATGCTTATGCCGGTAAATGTGTGTCATGGATTGACATTGCTTTTGTTTCTTTCTGAAGACAATTCTGAGACAGATCTTAAGGGTGCTGGCTGACATGGCTTGTTTTTCTCCAACAGAGTGATTTATTTATGAAATTGTAAAATTGAAATTAATTGCACCTGtatgtcactctggataagattactaaaattactcaaatgtaaatcaGCCTGGAAGTGAGTTAGAGAAACATTGTCTTTGCAGAAAGACACATATTGTAATATTTACATGTGATATGTATGTACAATATGTGCATCATACGTGTGGATACAGCTTTGTCTCAGAAATAGGTTGCAAAGGGacggtatattactggaaacgttTTAAGTGTACTAGTAAATTACCAGAATTttggtatctttcaaggattttatcAAGGATTTtatctagtggcccttttgggtacttcagattatcacaagtgtctgtaattatctctgcccctctgtgtggccttatcacatg
>TU27186
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>TU27188
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>TU27190
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_002471667.2 False 1319 mRNA 0.40 3 23787493 23791559
TU27186 False 2830 lncRNA 0.38 3 23787802 23793379
TU27188 False 2121 lncRNA 0.44 3 23787802 23792670
TU27190 True 2205 lncRNA 0.29 4 23787802 23792670

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110510174 LOC106573623 coding upstream 918114 22713674 ~ 22869379 (+)
LOC110513869 LOC106560949 coding upstream 1164051 22620666 ~ 22623478 (+)
zgc:110339 LOC106573615 coding upstream 1352343 22432310 ~ 22435150 (+)
LOC110532091 LOC106573613 coding upstream 1365211 22281089 ~ 22422282 (+)
LOC110508905 twf1 coding upstream 1561389 22212332 ~ 22226104 (+)
LOC110511247 LOC106573632 coding downstream 13455 23805014 ~ 23822354 (+)
LOC110511358 LOC106573633 coding downstream 81355 23872914 ~ 23905175 (+)
LOC110512398 LOC106573641 coding downstream 294110 24085669 ~ 24091336 (+)
LOC110512529 LOC106573640 coding downstream 313787 24105346 ~ 24114557 (+)
LOC110513011 LOC106573643 coding downstream 336342 24127901 ~ 24151730 (+)
G23568 NA non-coding upstream 5652 23781559 ~ 23781841 (+)
G23565 NA non-coding upstream 9938 23777297 ~ 23777555 (+)
G23564 NA non-coding upstream 10515 23776764 ~ 23776978 (+)
G23559 NA non-coding upstream 23452 23763703 ~ 23764041 (+)
G23544 NA non-coding upstream 48362 23738927 ~ 23739131 (+)
G23580 NA non-coding downstream 8391 23799950 ~ 23800410 (+)
G23592 NA non-coding downstream 36835 23828394 ~ 23828945 (+)
G23594 NA non-coding downstream 38224 23829783 ~ 23830014 (+)
G23597 LOC106573631 non-coding downstream 40397 23831956 ~ 23832268 (+)
G23599 NA non-coding downstream 44601 23836160 ~ 23836387 (+)
G23135 NA other upstream 212498 23574592 ~ 23574995 (+)
G23109 NA other upstream 248630 23538396 ~ 23538863 (+)
G20773 NA other upstream 2219305 21567545 ~ 21568188 (+)
G19400 NA other upstream 3477595 20309425 ~ 20309898 (+)
G19380 LOC100194703 other upstream 3510598 20276590 ~ 20276895 (+)
ccl4 ccl4 other downstream 713096 24504638 ~ 24506125 (+)
G24123 NA other downstream 758966 24550525 ~ 24552435 (+)
G24295 NA other downstream 1048426 24839985 ~ 24840462 (+)
G24307 NA other downstream 1065385 24856944 ~ 24857251 (+)

Expression


Co-expression Network