LOC110526250 (LOC106576834)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110526250
gene name LOC106576834
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 61561612 ~ 61571769 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021607058.2
ACGACAATTGGTCGACAGTCTGCTTAGTTACACGTTCCTCCATTTATTTCCAATTTGGATTGCTATCTCCTCCTTTCAATATCTCTGGCCACACCGCGCCATACACCAAACGGCAGAAAACGTACCGCGAAGTCTGTTCAAGAACGTTTTGGGGAAACGTACAAACCGTTCCGCAATGTAGTTAACGTTCAAGTGAACTGAACGCACATTGTAGTCATTGCATGATTTTAACTACATTGCCCTTCTGCCCCAGTTCAGGCTCTGCCTAAAAGAAAATGCTGCAAAGTGTCGTAAAACAGTTTTCCATGCAGCAGCTAGCGTACAAGGTGTAAAGGGATGGTGCTCTAAAAACGCAAATTTTCAAATCGAACTTGAAATTCATGAAGATTTTCCTCAGACAACTTGCAAGGCTAAAGCATGGAGGACATGGAAGACGACTGTTTTGTTCTAAATGACGACTACAACCATAACTACTGTGCGAACAGTGCCAGTGGACAAGTCCTCTATCTCAGGAACGAACTGTCAGATGTACCCCAGCCCCTATCTATCTCGCCGGGTCTAGCCACGCGAGATGTAGCTGCGCAGGAGAACCACTCAAAGGTTTGTTCCAGTTCCAGCAGCGGTTTAAAGTTCATGGATTCAGACTCGAGCAGCGTGAGCAGTGACACCAGCGAGACTGACAGCCCATCGGCGGCGTCCATCGCAGGGAAACTGACCCTGAACTCAGCCTCAAAGTTTCTAATGAATGCAATGACCGAAGAGGACTATAGAACCACATACTGGCCGAACCTGGAGAAAGCCATTGACCACCTGCTAATACAAAACCCCATGGACCACATCTCCATTTCATATGAGCAGATTTACAGCTGTGTGTACAAGTGTGTTTGTCAACAGCACTCTGAGCTACTGTACAAAGACTTGATGCTGAAGATTACTACCCATCTTCAACAAGTCTCTTCTGATCTTCAAATTACTCCACCACGGAAtttaattgagaatttcaacattgcTCTGACTCGCTACACAGATGCTCTTCAATGCATAGTTCCCGTATTCATCTACATGAATAAGTTCTACATTGAAACGAAGCTAAACCGAGACCTGCGAGAAGATCTCATGAAGCTTTTTACCGATCATGTTGCAGAAAAACATGTCGACACGTTAATACCTCTTCTCCTCGAAGCCCATTCCATGCCTTTTCAAGTCAGACCTTCAACAATGGCCAGTGTGGTCAAAGGCTTGTATACTCTTTGGCCCGATTGGGCACATTTAGCTCCAGCTGTCTTCTCTGGATTCATTCCTCAAATCAACCCCCCAACAGTGGAATCCCAGCTCTCTGACTATGCTGCTCGTGACCAGAAACTACAAATGGAGCTATCTCTGAATGGTTTTCCCAGATGCTCTGACCGTCAGCGACCTGGCTCAACCCAAATTGACAAAACACTGTGAATGACGAAGATTCTCTGATGCTGAGTGAAGTGGGTGAGCGTCAGCCAAGCTTCATTTTTGACCCACACGAGTTGTAGTGGACACTGTTTCTTTGCCTCCTCTGAAAAGCACAGTGAATTCATGATGGTGCATCATTGTTCTTTCAGTTTATGATGATAAATTCATCTTCTTTATTGTTAAGATACTACGAGGTTTATTTCCATTAAAGTGTGCCTTCTGCTCTGCTTTGTTGGGATATTCAAGTTGCCTAACAGATGCCATtttaggctcccgagtggcgcagcggtctaaagcactgcatctcagtgctagaggcgtcactacagacctggtttgattccaggctgtgtcacaaccggccgcgattgggagtcccataggtcccatagggcggcgcacaattggcccagcgtcgtccgggttagggcttggccggggtaggccgtcattgtaaataagaatattttcttaactgacttgccaagttaaataaatacaataaaaaaaaacaggtgGATGGGCATGAATCCCAGTTTCACCACATATTGTATACTGTGTCAATcatgggtcgtgttcattagggcatgcggcaacaaaaaaaaaaatggacagATATATTTTACAATGGAAAACAAAAAGGAATGTTTCTGATTGGACAAATCTGGGTAGTCCCTCCCTTttccatttttttccccctctttttGTTCCTAATGAACATGGCCCTGATCTCTAACCAGGACCACCCGGATCTCCTATTGGTCTTATTGATCTGATTGAGTAACTGACAGTCTGCTGCTATTCCTCAATTGTTGTTGTGTAGAACACTTGATTCCTGTCTCTTGTTTAACTAATATTGTGTCCCTTTTGTATCAGTCAGGTCAGTCTTGATTCTCCCCAGTGATTTTTAAGCTAAAGGGGCTTGTCTTTGTAATCTCGGCACACAACTAAATGTCCTGTTAGTCGACTTAACATTTAAAATCTCTATCATGGCAACTTTAAACCAATCCACCCCCCAAGTCTTGTTTATCTGGGATTTACAGAATAAAATCTGTCTGGCTTAACATAGTATTTCTTTCTCAATGGGTACAAAAAGCAGCAAAGCATGTTCCGTTACATTTTGAGTAAAGTTTAGGTTAAAACTGTGAAAAGGTTGTGTAGATAATTTTTTAAAGGATTACATTTAGCTTTTATTGAGTTGTTGTCTAACCAAATCATATTTGCCAAGCACGCTAAAGATGATTCACAATGTTTTTATTCCCTGTTATTAAAAGTTGCATTGTGACTCCAGAAATGATGGTGTCAGTCTCCCCATGTTGCTGCTGTAGCTGCATTAGCCTGTGCATTATATCAAGTCACCGAGCCAATTGATTACAATCAAATTTTGAAAATGTTGTGAATTTGGTTACAGTGATGTCAAATGATGTACAGTAGGTGGATGTTGAATGATCCCGCTGTTCTCTCAAGTTGCCCAGATGATGATCAATTTGACCTTCCTTTGTTACATGTTTATGTTGAGTGAAAGTATTTGATACAGCTCTTTGCACTGTTTTAAGTGTAATGTGATGCTCGAGCTTGGTTGTGATTGTTTTCCTGTGAGGATGTTGGAGATGACTCACTCATTGTCTTATGTACAGTTTTACTTTCAATAAACAAATCTTGAAAATGA
>XM_021607066.2
ACAATTGGTCGACAGTCTGCTTAGTTACACGTTCCTCCATTTATTTCCAATTTGGATTGCTATCTCCTCCTTTCAATATCTCTGGCCACACCGCGCCATACACCAAACGGCAGAAAACGTACCGCGAAGTCTGTTCAAGAACGTTTTGGGGAAACGTACAAACCGTTCCGCAATGTAGTTAACGTTCAAGTGAACTGAACGCACATTGTAGTCATTGCATGATTTTAACTACATTGCCCTTCTGCCCCAGTTCAGGCTCTGCCTAAAAGAAAATGCTGCAAAGTGTCGTAAAACAGTTTTCCATGCAGCAGCTAGCGTACAAGGTGTAAAGGGATGGTGCTCTAAAAACGCAAATTTTCAAATCGAACTTGAAATTCATGAAGATTTTCCTCAGACAACTTGCAAGGCTAAAGCATGGAGGACATGGAAGACGACTGTTTTGTTCTAAATGACGACTACAACCATAACTACTGTGCGAACAGTGCCAGTGGACAAGTCCTCTATCTCAGGAACGAACTGTCAGATGTACCCCAGCCCCTATCTATCTCGCCGGGTCTAGCCACGCGAGATGTAGCTGCGCAGGAGAACCACTCAAAGGTTTGTTCCAGTTCCAGCAGCGGTTTAAAGTTCATGGATTCAGACTCGAGCAGCGTGAGCAGTGACACCAGCGAGACTGACAGCCCATCGGCGGCGTCCATCGCAGGGAAACTGACCCTGAACTCAGCCTCAAAGTTTCTAATGAATGCAATGACCGAAGAGGACTATAGAACCACATACTGGCCGAACCTGGAGAAAGCCATTGACCACCTGCTAATACAAAACCCCATGGACCACATCTCCATTTCATATGAGCAGATTTACAGCTGTGTGTACAAGTGTGTTTGTCAACAGCACTCTGAGCTACTGTACAAAGACTTGATGCTGAAGATTACTACCCATCTTCAACAAGTCTCTTCTGATCTTCAAATTACTCCACCACGGAAtttaattgagaatttcaacattgcTCTGACTCGCTACACAGATGCTCTTCAATGCATAGTTCCCGTATTCATCTACATGAATAAGTTCTACATTGAAACGAAGCTAAACCGAGACCTGCGAGAAGATCTCATGAAGCTTTTTACCGATCATGTTGCAGAAAAACATGTCGACACGTTAATACCTCTTCTCCTCGAAGCCCATTCCATGCCTTTTCAAGTCAGACCTTCAACAATGGCCAGTGTGGTCAAAGGCTTGTATACTCTTTGGCCCGATTGGGCACATTTAGCTCCAGCTGTCTTCTCTGGATTCATTCCTCAAATCAACCCCCCAACAGTGGAATCCCAGCTCTCTGACTATGCTGCTCGTGACCAGAAACTACAAATGGAGCTATCTCTGAATGGTTTTCCCAGAGGTGACCAGTCTCGCAAGAGAGCCAGCGAGGAGTCTGCATAGAATAAGGATGATGCATACATTGCTTGCTATTGACTTTAAAAATATGCTCTGACCGTCAGCGACCTGGCTCAACCCAAATTGACAAAACACTGTGAATGACGAAGATTCTCTGATGCTGAGTGAAGTGGGTGAGCGTCAGCCAAGCTTCATTTTTGACCCACACGAGTTGTAGTGGACACTGTTTCTTTGCCTCCTCTGAAAAGCACAGTGAATTCATGATGGTGCATCATTGTTCTTTCAGTTTATGATGATAAATTCATCTTCTTTATTGTTAAGATACTACGAGGTTTATTTCCATTAAAGTGTGCCTTCTGCTCTGCTTTGTTGGGATATTCAAGTTGCCTAACAGATGCCATtttaggctcccgagtggcgcagcggtctaaagcactgcatctcagtgctagaggcgtcactacagacctggtttgattccaggctgtgtcacaaccggccgcgattgggagtcccataggtcccatagggcggcgcacaattggcccagcgtcgtccgggttagggcttggccggggtaggccgtcattgtaaataagaatattttcttaactgacttgccaagttaaataaatacaataaaaaaaaacaggtgGATGGGCATGAATCCCAGTTTCACCACATATTGTATACTGTGTCAATcatgggtcgtgttcattagggcatgcggcaacaaaaaaaaaaatggacagATATATTTTACAATGGAAAACAAAAAGGAATGTTTCTGATTGGACAAATCTGGGTAGTCCCTCCCTTttccatttttttccccctctttttGTTCCTAATGAACATGGCCCTGATCTCTAACCAGGACCACCCGGATCTCCTATTGGTCTTATTGATCTGATTGAGTAACTGACAGTCTGCTGCTATTCCTCAATTGTTGTTGTGTAGAACACTTGATTCCTGTCTCTTGTTTAACTAATATTGTGTCCCTTTTGTATCAGTCAGGTCAGTCTTGATTCTCCCCAGTGATTTTTAAGCTAAAGGGGCTTGTCTTTGTAATCTCGGCACACAACTAAATGTCCTGTTAGTCGACTTAACATTTAAAATCTCTATCATGGCAACTTTAAACCAATCCACCCCCCAAGTCTTGTTTATCTGGGATTTACAGAATAAAATCTGTCTGGCTTAACATAGTATTTCTTTCTCAATGGGTACAAAAAGCAGCAAAGCATGTTCCGTTACATTTTGAGTAAAGTTTAGGTTAAAACTGTGAAAAGGTTGTGTAGATAATTTTTTAAAGGATTACATTTAGCTTTTATTGAGTTGTTGTCTAACCAAATCATATTTGCCAAGCACGCTAAAGATGATTCACAATGTTTTTATTCCCTGTTATTAAAAGTTGCATTGTGACTCCAGAAATGATGGTGTCAGTCTCCCCATGTTGCTGCTGTAGCTGCATTAGCCTGTGCATTATATCAAGTCACCGAGCCAATTGATTACAATCAAATTTTGAAAATGTTGTGAATTTGGTTACAGTGATGTCAAATGATGTACAGTAGGTGGATGTTGAATGATCCCGCTGTTCTCTCAAGTTGCCCAGATGATGATCAATTTGACCTTCCTTTGTTACATGTTTATGTTGAGTGAAAGTATTTGATACAGCTCTTTGCACTGTTTTAAGTGTAATGTGATGCTCGAGCTTGGTTGTGATTGTTTTCCTGTGAGGATGTTGGAGATGACTCACTCATTGTCTTATGTACAGTTTTACTTTCAATAAACAAATCTTGAAAATGA
>TU75164
gtcacaaccggccgcgattgggagtcccataggtcccatagggcggcgcacaattggcccagcgtcgtccgggttagggcttggccggggtaggccgtcattgtaaataagaatattttcttaactgacttgccaagttaaataaatacaataaaaaaaaacaggtgGATGGGCATGAATCCCAGTTTCACCACATATTGTATACATGGCCCTGATAGTCTGCTGCTATTCCTCAATTGTTGTTGTGTAGAACACTTGATTCCTGTCTCTTGTTTAACTAATATTGTGTCCCTTTTGTATCAGTCAGGTCAGTCTTGATTCTCCCCAGTGATTTTTAAGCTAAAGGGGCTTGTCTTTGTAATCTCGGCACACAACTAAATGTCCTGTTAGTCGACTTAACATTTAAAATCTCTATCATGGCAACTTTAAACCAATCCACCCCCCAAGTCTTGTTTATCTGGGATTTACAGAATAAAATCTGTCTGGCTTAACATAGTATTTCTTTCTCAATGGGTACAAAAAGCAGCAAAGCATGTTCCGTTACATTTTGAGTAAAGTTTAGGTTAAAACTGTGAAAAGGTTGTGTAGATAATTTTTTAAAGGATTACATTTAGCTTTTATTGAGTTGTTGTCTAACCAAATCATATTTGCCAAGCACGCTAAAGATGATTCACAATGTTTTTATTCCCTGTTATTAAAAGTTGCATTGTGACTCCAGAAATGATGGTGTCAGTCTCCCCATGTTGCTGCTGTAGCTGCATTAGCCTGTGCATTATATCAAGTCACCGAGCCAATTGATTACAATCAAATTTTGAAAATGTTGTGAATTTGGTTACAGTGATGTCAAATGATGTACAGTAGGTGGATGTTGAATGATCCCGCTGTTCTCTCAAGTTGCCCAGATGATGATCAATTTGACCTTCCTTTGTTACATGTTTATGTTGAGTGAAAGTATTTGATACAGCTCTTTGCACTGTTTTAAGTGTAATGTGATGCTCGAGCTTGGTTGTGATTGTTTTCCTGTGAGGATGTTGGAGATGACT

Function

NR:

description
unnamed protein product, partial

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021607058.2 False 3115 mRNA 0.43 8 61561612 61571769
XM_021607066.2 False 3198 mRNA 0.43 9 61561615 61571769
TU75164 True 1043 lncRNA 0.34 3 61570452 61571716

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110526236 sirt1 coding upstream 274 61549181 ~ 61561338 (+)
herc4 herc4 coding upstream 20675 61517953 ~ 61540937 (+)
LOC110526212 LOC106576837 coding upstream 56307 61501014 ~ 61505305 (+)
LOC110526206 fam83h coding upstream 73185 61437607 ~ 61488427 (+)
lrrfip2 lrrfip2 coding upstream 159805 61342105 ~ 61401807 (+)
mypn mypn coding downstream 1032 61572801 ~ 61623278 (+)
atoh7 atoh7 coding downstream 58156 61629925 ~ 61631527 (+)
pkd2l1 pkd2l1 coding downstream 63394 61635163 ~ 61646181 (+)
bag3 bag3 coding downstream 106011 61677780 ~ 61684168 (+)
inpp5f LOC106576825 coding downstream 115797 61687566 ~ 61710069 (+)
G67870 NA non-coding upstream 17412 61541521 ~ 61544200 (+)
G67897 NA non-coding upstream 49777 61511635 ~ 61511835 (+)
G67856 NA non-coding upstream 133048 61423275 ~ 61428564 (+)
G67855 NA non-coding upstream 143885 61417130 ~ 61417727 (+)
G67847 mlh1 non-coding upstream 150996 61409429 ~ 61410616 (+)
G67921 NA non-coding downstream 12695 61584464 ~ 61584663 (+)
G67938 NA non-coding downstream 21808 61593577 ~ 61593781 (+)
G67939 NA non-coding downstream 22125 61593894 ~ 61594121 (+)
G67950 NA non-coding downstream 43624 61615393 ~ 61615668 (+)
G67954 NA non-coding downstream 50002 61621771 ~ 61621990 (+)
G67806 LOC106581772 other upstream 246360 61314874 ~ 61315252 (+)
G66188 NA other upstream 1619548 59941486 ~ 59942064 (+)
G65442 NA other upstream 2236483 59324636 ~ 59325129 (+)
G64338 NA other upstream 2861233 58699296 ~ 58700379 (+)
G64315 NA other upstream 2895706 58665334 ~ 58665906 (+)
G67930 mcmbp other downstream 157996 61729765 ~ 61733388 (+)
G70011 NA other downstream 1703194 63274963 ~ 63275296 (+)
LOC110526969 stk32c other downstream 3237820 64809255 ~ 64946164 (+)
LOC110527164 LOC106576754 other downstream 4343966 65915581 ~ 65922285 (+)
G73515 NA other downstream 4715910 66287679 ~ 66288469 (+)

Expression


Co-expression Network