Fish Transcriptome and Expression Database

LOC110526377 (LOC106576818)

Basic Information

Item	Value
gene id	LOC110526377
gene name	LOC106576818
gene type	misc
species	rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species	economic fish

Chromosome Information

Item	Value
chromosome id	NC_048565.1
NCBI id	CM023219.2
chromosome length	95772356
location	61920972 ~ 62004617 (-)
genome version	USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021607347.2
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>TU76275
TGGGAGAATCATTGGGTTTCTTTCTCCATGGAGATATTAGCATCTCTGTCCGGGAAAAGCGCTATAGGAAGCGTTTGGTCACCGCAGGATCAGCCAGAGATGTATTTAATTGAGGATGAATTGTTTCCTGTTTGTAGTTTGGTGTTAATCTCTGAAACGTGTTAATTGCCAAGAGACAAAGATTGCCAAGAGTACAGTGGTTTGTTTGTGTATCTTTCAGTATTGTTCGGATTCTGGTCGTCTTGCACTGTTATTCACTGGCCAAACTGAGATTGTTTTTGGATCATTTCAGGTGGTTGGATCGGCCAGATCAATGGAGACAGCGCTCAAACGGGATTTGCTGATGGATGCTTCCACGACATCACAGCTGATTTACCTACAGTCAACAGAACTCAAGCCCAGGTGCGTTTTCATCTAAGATTTTTGATAATTCCCCCTATTTTGGGCATTTATGGGATAATACAT

Function

NR:

description
sorbin and SH3 domain-containing protein 1-like isoform X5

GO: NA

KEGG: NA

RNA

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TU76275	True	465	lncRNA	0.37	1	61964752	61965216

Notice the +/- strand.
Display format: symbol/gene id: RNA id. (Except when gene id is similar to RNA id.)
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Neighbor

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si:dkey-192p21.6	LOC106576822	coding	downstream	80389	61797066 ~ 61840583 (-)
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LOC110526449	LOC106576814	coding	upstream	305866	62310483 ~ 62315483 (-)
LOC110526460	eif3a	coding	upstream	318816	62323433 ~ 62351491 (-)
LOC110526498	NA	coding	upstream	362622	62367239 ~ 62375476 (-)
LOC110526503	LOC106576812	coding	upstream	385676	62390293 ~ 62403103 (-)
G68949	NA	non-coding	downstream	15078	61905474 ~ 61905894 (-)
G68869	NA	non-coding	downstream	127613	61792999 ~ 61793359 (-)
G68737	bag3	non-coding	downstream	238865	61681214 ~ 61682107 (-)
G68741	NA	non-coding	downstream	241186	61678191 ~ 61679786 (-)
G68740	NA	non-coding	downstream	242869	61677818 ~ 61678103 (-)
G69071	NA	non-coding	upstream	166333	62170950 ~ 62173859 (-)
G69149	NA	non-coding	upstream	399936	62404553 ~ 62405932 (-)
LOC110526526	LOC106576810	non-coding	upstream	417293	62421910 ~ 62436080 (-)
G69215	NA	non-coding	upstream	431569	62436186 ~ 62436564 (-)
G68736	NA	other	downstream	234664	61682278 ~ 61686308 (-)
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G69210	NA	other	upstream	406905	62411522 ~ 62418296 (-)
G70013	NA	other	upstream	1272591	63277208 ~ 63277752 (-)
LOC110526867	LOC100136521	other	upstream	2365285	64369803 ~ 64384521 (-)
tjap1	tjap1	other	upstream	4814227	66806836 ~ 66883731 (-)
LOC110527436	ppp2r5d	other	upstream	4990065	66965664 ~ 67010646 (-)
LOC110526417	LOC106576819	coding	upstream	16436	61981652 ~ 61983330 (-)
G68921	NA	non-coding	downstream	20646	61857520 ~ 61944106 (-)
G68910	NA	non-coding	downstream	28354	61935513 ~ 61936398 (-)
G68962	NA	non-coding	upstream	6303	61971519 ~ 61971917 (-)
G68965	NA	non-coding	upstream	15393	61980609 ~ 61980913 (-)
G68974	NA	non-coding	upstream	35689	62000905 ~ 62043540 (-)

gene	XLOC_000007 f7
RNA	TCONS_00000019
bioproject	PRJEB12982

economic fish

Basic

Function

RNA

Neighbor

Expression

WGCNA

LOC110526377 (LOC106576818)

Basic Information

Chromosome Information

Sequence

Function

NR:

GO: NA

KEGG: NA

RNA

Neighbor

Expression

Co-expression Network

copyright 2021-present@Lab of Aquatic Bioinfomatics, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences