vax1 (LOC106576936)


Basic Information

Item Value
gene id vax1
gene name LOC106576936
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 69169520 ~ 69179563 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021609940.2
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>XM_021609946.2
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Function

NR:

description
ventral anterior homeobox 1

GO: NA

KEGG:

id description
K09318 VAX; homeobox protein ventral anterior

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021609940.2 False 4006 mRNA 0.43 4 69169520 69179563
XM_021609946.2 True 3979 mRNA 0.43 4 69169520 69179563

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
atp6v1ba LOC100136607 coding downstream 28426 69096881 ~ 69141094 (-)
shtn1 shtn1 coding downstream 74286 69046945 ~ 69095234 (-)
LOC110528078 LOC106606490 coding downstream 180113 68941572 ~ 68989407 (-)
LOC110528072 NA coding downstream 246214 68909178 ~ 68923306 (-)
LOC110528038 LOC106576680 coding downstream 320851 68769225 ~ 68848669 (-)
LOC110528163 LOC106576940 coding upstream 108890 69288453 ~ 69363097 (-)
si:ch211-125o16.4 LOC106576941 coding upstream 206673 69386236 ~ 69400573 (-)
LOC118965314 NA coding upstream 241504 69421067 ~ 69432188 (-)
exo1 exo1 coding upstream 257759 69437322 ~ 69445733 (-)
LOC110528285 NA coding upstream 386619 69566181 ~ 69569154 (-)
G76500 NA non-coding downstream 229765 68939536 ~ 68939755 (-)
G76499 NA non-coding downstream 231438 68931237 ~ 68938082 (-)
G76492 NA non-coding downstream 268642 68900628 ~ 68900878 (-)
G77235 NA non-coding upstream 124189 69303752 ~ 69304024 (-)
G77276 LOC106581475 non-coding upstream 184668 69364231 ~ 69364549 (-)
G77277 NA non-coding upstream 186048 69365611 ~ 69366130 (-)
G77279 NA non-coding upstream 189709 69369272 ~ 69369557 (-)
G77284 NA non-coding upstream 193012 69372575 ~ 69372793 (-)
LOC110527951 coda1 other downstream 479291 68575379 ~ 68690343 (-)
G75682 NA other downstream 957814 68210180 ~ 68211706 (-)
sdhaf4 LOC106576700 other downstream 1007518 68157900 ~ 68162024 (-)
LOC110527687 sncg other downstream 1487790 67669589 ~ 67681775 (-)
LOC110527584 LOC106576720 other downstream 1781476 67386509 ~ 67389299 (-)
LOC118965321 LOC106576963 other upstream 903277 70082835 ~ 70088715 (-)
G78414 NA other upstream 1175353 70354916 ~ 70355591 (-)
G79616 NA other upstream 2142387 71321950 ~ 71386523 (-)
G79700 NA other upstream 2290119 71469435 ~ 71470755 (-)
G79904 NA other upstream 2563482 71743045 ~ 71743809 (-)

Expression


Co-expression Network