LOC118966071


Basic Information

Item Value
gene id LOC118966071
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 89657377 ~ 89659317 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005053286.1
aTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGgtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGAGgtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagttacTATGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGttacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGttacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagttacTATGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGTGGGTGTTAAGAGTGACAGGACAGTAATACTATGACAGTGGGTGTGGAAGACCACAACTGTCAGATTTTGCATCATTAAAATGAAATGGAGAGAAATAATAAGAACTAAATAACTTGGTTGACTAGTCTCACATAAATGACTGTTAACTTTCGTTAATATATGTTATATATGACGGGAAATGGCTAGCAAGTGAAAGAGTTTCACCAGATAATGGAATGGGACTTTAGAAATGctaa
>XR_005053287.1
CAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGgtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGAGgtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagttacTATGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGttacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGttacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagttacTATGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGTGGGTGTTAAGAGTGACAGGACAGTAATACTATGACAGTGGGTGTGGAAGACCACAACTGTCAGATTTTGCATCATTAAAATGAAATGGAGAGAAATAATAAGAACTAAATAACTTGGTTGACTAGTCTCACATAAATGACTGTTAACTTTCGTTAATATATGTTATATATGACGGGAAATGGCTAGCAAGTGAAAGAGTTTCACCAGATAATGGAATGGGACTTTAGAAATGctaa
>XR_005053285.1
atactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGgtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGAGgtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagttacTATGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGttacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGttacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagttacTATGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGTGGGTGTTAAGAGTGACAGGACAGTAATACTATGACAGTGGGTGTGGAAGACCACAACTGTCAGATTTTGCATCATTAAAATGAAATGGAGAGAAATAATAAGAACTAAATAACTTGGTTGACTAGTCTCACATAAATGACTGTTAACTTTCGTTAATATATGTTATATATGACGGGAAATGGCTAGCAAGTGAAAGAGTTTCACCAGATAATGGAATGGGACTTTAGAAATGctaa
>XR_005053284.1
actaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGgtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGAGgtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagttacTATGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGttacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGttacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagttacTATGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGTGGGTGTTAAGAGTGACAGGACAGTAATACTATGACAGTGGGTGTGGAAGACCACAACTGTCAGATTTTGCATCATTAAAATGAAATGGAGAGAAATAATAAGAACTAAATAACTTGGTTGACTAGTCTCACATAAATGACTGTTAACTTTCGTTAATATATGTTATATATGACGGGAAATGGCTAGCAAGTGAAAGAGTTTCACCAGATAATGGAATGGGACTTTAGAAATGcta
>XR_005053289.1
actaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGgtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGAGgtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagttacTATGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGttacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGttacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagttacTATGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGTGGGTGTTAAGAGTGACAGGACAGTAATACTATGACAGTGGGTGTGGAAGACCACAACTGTCAGATTTTGCATCATTAAAATGAAATGGAGAGAAATAATAAGAACTAAATAACTTGGTTGACTAGTCTCACATAAATGACTGTTAACTTTCGTTAATATATGTTATATATGACGGGAAATGGCTAGCAAGTGAAAGAGTTTCACCAGATAATGGAATGGGACTTTAGAAATGctaat
>XR_005053288.1
AGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGAGgtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagttacTATGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGttacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGttacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagttacTATGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGTGGGTGTTAAGAGTGACAGGACAGTAATACTATGACAGTGGGTGTGGAAGACCACAACTGTCAGATTTTGCATCATTAAAATGAAATGGAGAGAAATAATAAGAACTAAATAACTTGGTTGACTAGTCTCACATAAATGACTGTTAACTTTCGTTAATATATGTTATATATGACGGGAAATGGCTAGCAAGTGAAAGAGTTTCACCAGATAATGGAATGGGACTTTAGAAATGcta
>TU110020
gtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcagGTGTTatgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAG
>TU110025
gtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAGgtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGAGgtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAG
>TU110027
ggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactatgacagcagGTGTTatgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTaagaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTatgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactatgacagcaggtgaggtacaggacagtagatactaTGACAGCAGGTGTTAAGAG

Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC104937639 isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005053286.1 False 882 mRNA 0.42 4 89657377 89659316
XR_005053287.1 False 875 mRNA 0.42 4 89657695 89659316
XR_005053285.1 False 887 mRNA 0.42 4 89657926 89659316
XR_005053284.1 False 918 mRNA 0.42 3 89657928 89659315
XR_005053289.1 False 852 mRNA 0.41 3 89657928 89659317
XR_005053288.1 False 834 mRNA 0.42 3 89658309 89659315
TU110020 False 287 lncRNA 0.46 2 89657601 89658897
TU110025 False 360 lncRNA 0.45 3 89657922 89658897
TU110027 True 298 lncRNA 0.45 2 89658135 89658897

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110510724 chst3 coding upstream 368753 89270808 ~ 89288624 (+)
LOC118966069 NA coding upstream 636777 89018704 ~ 89020600 (+)
si:dkey-78p8.1 LOC106577363 coding upstream 639107 89007456 ~ 89018305 (+)
LOC110518194 LOC106577299 coding upstream 664917 88981098 ~ 88992460 (+)
LOC118966734 NA coding upstream 827125 88829551 ~ 88830252 (+)
gpx9 LOC106577309 coding downstream 144591 89803908 ~ 89806519 (+)
LOC110531574 LOC106577308 coding downstream 147959 89807276 ~ 89813481 (+)
LOC118936687 LOC106577393 coding downstream 161058 89820375 ~ 89845196 (+)
LOC118966074 NA coding downstream 175962 89835279 ~ 89837227 (+)
LOC110531805 LOC106597856 coding downstream 188309 89847512 ~ 89873986 (+)
G99271 NA non-coding upstream 855 89655413 ~ 89656522 (+)
G99244 NA non-coding upstream 77773 89579400 ~ 89579604 (+)
G99243 NA non-coding upstream 80892 89576248 ~ 89576485 (+)
G99241 NA non-coding upstream 84343 89572254 ~ 89573034 (+)
G99238 NA non-coding upstream 93640 89563328 ~ 89563737 (+)
G99322 NA non-coding downstream 9539 89668856 ~ 89669234 (+)
G99327 NA non-coding downstream 14733 89674050 ~ 89676679 (+)
G99414 NA non-coding downstream 118150 89777467 ~ 89779757 (+)
G99416 NA non-coding downstream 131528 89790845 ~ 89793063 (+)
G99436 NA non-coding downstream 168349 89827666 ~ 89828443 (+)
G99160 NA other upstream 198306 89458735 ~ 89459071 (+)
LOC118966060 LOC106613898 other upstream 912964 88608182 ~ 88744413 (+)
G99440 NA other downstream 180551 89839868 ~ 89841791 (+)
G99466 NA other downstream 248455 89907772 ~ 89908434 (+)
G99470 NA other downstream 255763 89915080 ~ 89918120 (+)
G99484 NA other downstream 290122 89949439 ~ 89950884 (+)
G99486 NA other downstream 295709 89955026 ~ 89955619 (+)
G99246 NA non-coding downstream 364 89659261 ~ 89663140 (+)

Expression


Co-expression Network