G447


Basic Information

Item Value
gene id G447
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 612654 ~ 616251 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU529
CATAATTgtgaaagggttttctaatgatcaattagcctttttaaaatgattaacttggacatacatacatacatacagacatacatacaacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacataccgtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgcctcctaacccctagctacatgtacataccgtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctgcctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctgGCTACATGTACatacagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctaccagtgt
>TU531
CATAATTgtgaaagggttttctaatgatcaattagcctttttaaaatgattaacttggacatacatacatacatacagacatacatacaacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacataccgtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgcctcctaacccctagctacatgtacataccgtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctgcctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctgGCTACATGTACCTacagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctgcctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgcctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgccagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacataaagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctacccgtgtctgtctcctaacccctggctacATGTACCTacagtgtctgtctcctaacccttagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtccc
>TU530
gtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctggctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacctacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacCTacagtgtctgtctcctaacccttagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctaccagtgtctgtctcctaacccctagctacatgtacatacagtgtctgtccc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU529 False 802 lncRNA 0.35 2 612654 615491
TU531 False 1639 lncRNA 0.41 2 612654 616251
TU530 True 643 lncRNA 0.58 2 615572 616251

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tbc1d23 tbc1d23 coding upstream 115526 439965 ~ 497128 (+)
LOC110532027 tomm70 coding upstream 191421 384207 ~ 421233 (+)
slc9a7 slc9a7 coding downstream 165589 781840 ~ 1244153 (+)
tubgcp5 tubgcp5 coding downstream 473145 1089396 ~ 1133908 (+)
cyfip1 LOC106590724 coding downstream 557460 1173711 ~ 1300624 (+)
LOC118964682 NA coding downstream 711071 1327322 ~ 1328266 (+)
gabrb3 LOC107673538 coding downstream 717846 1334097 ~ 1398380 (+)
G420 NA non-coding upstream 55060 557387 ~ 557594 (+)
G399 NA non-coding upstream 138073 474223 ~ 474581 (+)
G391 NA non-coding upstream 146126 464887 ~ 466528 (+)
G396 NA non-coding upstream 148636 463502 ~ 464018 (+)
G376 NA non-coding upstream 176859 435513 ~ 435795 (+)
G456 LOC106574112 non-coding downstream 15715 631966 ~ 633986 (+)
G464 NA non-coding downstream 33487 649738 ~ 655342 (+)
G465 NA non-coding downstream 34828 651079 ~ 653450 (+)
G389 NA non-coding downstream 45285 661536 ~ 662909 (+)
G467 NA non-coding downstream 49924 666175 ~ 671266 (+)
G166 NA other upstream 292680 318047 ~ 319974 (+)
G51 NA other upstream 482391 120466 ~ 130263 (+)
G50 NA other upstream 492347 112959 ~ 120307 (+)
G26 NA other upstream 518936 56555 ~ 93718 (+)
G19 NA other upstream 540355 52711 ~ 72299 (+)
G583 NA other downstream 387532 1003783 ~ 1010207 (+)
G961 NA other downstream 1462647 2078898 ~ 2079603 (+)
G998 LOC106576565 other downstream 1642632 2258883 ~ 2305334 (+)
G2016 NA other downstream 2028084 2644335 ~ 2645169 (+)
G2343 NA other downstream 2598446 3214697 ~ 3216234 (+)

Expression


Co-expression Network